src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.util.*;\r
  15 \r
  16 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  17 \r
  18 /**\r
  19  * Class JalviewModelSequence.\r
  20  *\r
  21  * @version $Revision$ $Date$\r
  22  */\r
  23 public class JalviewModelSequence\r
  24     implements java.io.Serializable\r
  25 {\r
  26 \r
  27   //--------------------------/\r
  28   //- Class/Member Variables -/\r
  29   //--------------------------/\r
  30 \r
  31   /**\r
  32    * Field _JSeqList\r
  33    */\r
  34   private java.util.Vector _JSeqList;\r
  35 \r
  36   /**\r
  37    * Field _JGroupList\r
  38    */\r
  39   private java.util.Vector _JGroupList;\r
  40 \r
  41   /**\r
  42    * Field _viewportList\r
  43    */\r
  44   private java.util.Vector _viewportList;\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * Field _userColoursList\r
  48    */\r
  49   private java.util.Vector _userColoursList;\r
  50 \r
  51   /**\r
  52    * Field _treeList\r
  53    */\r
  54   private java.util.Vector _treeList;\r
  55 \r
  56   /**\r
  57    * Field _featureSettings\r
  58    */\r
  59   private jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings _featureSettings;\r
  60 \r
  61   //----------------/\r
  62   //- Constructors -/\r
  63   //----------------/\r
  64 \r
  65   public JalviewModelSequence()\r
  66   {\r
  67     super();\r
  68     _JSeqList = new Vector();\r
  69     _JGroupList = new Vector();\r
  70     _viewportList = new Vector();\r
  71     _userColoursList = new Vector();\r
  72     _treeList = new Vector();\r
  73   } //-- jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence()\r
  74 \r
  75   //-----------/\r
  76   //- Methods -/\r
  77   //-----------/\r
  78 \r
  79   /**\r
  80    * Method addJGroup\r
  81    *\r
  82    *\r
  83    *\r
  84    * @param vJGroup\r
  85    */\r
  86   public void addJGroup(jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
  87       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  88   {\r
  89     _JGroupList.addElement(vJGroup);\r
  90   } //-- void addJGroup(jalview.schemabinding.version2.JGroup)\r
  91 \r
  92   /**\r
  93    * Method addJGroup\r
  94    *\r
  95    *\r
  96    *\r
  97    * @param index\r
  98    * @param vJGroup\r
  99    */\r
 100   public void addJGroup(int index,\r
 101                         jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
 102       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 103   {\r
 104     _JGroupList.insertElementAt(vJGroup, index);\r
 105   } //-- void addJGroup(int, jalview.schemabinding.version2.JGroup)\r
 106 \r
 107   /**\r
 108    * Method addJSeq\r
 109    *\r
 110    *\r
 111    *\r
 112    * @param vJSeq\r
 113    */\r
 114   public void addJSeq(jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
 115       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 116   {\r
 117     _JSeqList.addElement(vJSeq);\r
 118   } //-- void addJSeq(jalview.schemabinding.version2.JSeq)\r
 119 \r
 120   /**\r
 121    * Method addJSeq\r
 122    *\r
 123    *\r
 124    *\r
 125    * @param index\r
 126    * @param vJSeq\r
 127    */\r
 128   public void addJSeq(int index, jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
 129       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 130   {\r
 131     _JSeqList.insertElementAt(vJSeq, index);\r
 132   } //-- void addJSeq(int, jalview.schemabinding.version2.JSeq)\r
 133 \r
 134   /**\r
 135    * Method addTree\r
 136    *\r
 137    *\r
 138    *\r
 139    * @param vTree\r
 140    */\r
 141   public void addTree(jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
 142       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 143   {\r
 144     _treeList.addElement(vTree);\r
 145   } //-- void addTree(jalview.schemabinding.version2.Tree)\r
 146 \r
 147   /**\r
 148    * Method addTree\r
 149    *\r
 150    *\r
 151    *\r
 152    * @param index\r
 153    * @param vTree\r
 154    */\r
 155   public void addTree(int index, jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
 156       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 157   {\r
 158     _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
 159   } //-- void addTree(int, jalview.schemabinding.version2.Tree)\r
 160 \r
 161   /**\r
 162    * Method addUserColours\r
 163    *\r
 164    *\r
 165    *\r
 166    * @param vUserColours\r
 167    */\r
 168   public void addUserColours(jalview.schemabinding.version2.UserColours\r
 169                              vUserColours)\r
 170       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 171   {\r
 172     _userColoursList.addElement(vUserColours);\r
 173   } //-- void addUserColours(jalview.schemabinding.version2.UserColours)\r
 174 \r
 175   /**\r
 176    * Method addUserColours\r
 177    *\r
 178    *\r
 179    *\r
 180    * @param index\r
 181    * @param vUserColours\r
 182    */\r
 183   public void addUserColours(int index,\r
 184                              jalview.schemabinding.version2.UserColours\r
 185                              vUserColours)\r
 186       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 187   {\r
 188     _userColoursList.insertElementAt(vUserColours, index);\r
 189   } //-- void addUserColours(int, jalview.schemabinding.version2.UserColours)\r
 190 \r
 191   /**\r
 192    * Method addViewport\r
 193    *\r
 194    *\r
 195    *\r
 196    * @param vViewport\r
 197    */\r
 198   public void addViewport(jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
 199       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 200   {\r
 201     _viewportList.addElement(vViewport);\r
 202   } //-- void addViewport(jalview.schemabinding.version2.Viewport)\r
 203 \r
 204   /**\r
 205    * Method addViewport\r
 206    *\r
 207    *\r
 208    *\r
 209    * @param index\r
 210    * @param vViewport\r
 211    */\r
 212   public void addViewport(int index,\r
 213                           jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
 214       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 215   {\r
 216     _viewportList.insertElementAt(vViewport, index);\r
 217   } //-- void addViewport(int, jalview.schemabinding.version2.Viewport)\r
 218 \r
 219   /**\r
 220    * Method enumerateJGroup\r
 221    *\r
 222    *\r
 223    *\r
 224    * @return Enumeration\r
 225    */\r
 226   public java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 227   {\r
 228     return _JGroupList.elements();\r
 229   } //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 230 \r
 231   /**\r
 232    * Method enumerateJSeq\r
 233    *\r
 234    *\r
 235    *\r
 236    * @return Enumeration\r
 237    */\r
 238   public java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 239   {\r
 240     return _JSeqList.elements();\r
 241   } //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 242 \r
 243   /**\r
 244    * Method enumerateTree\r
 245    *\r
 246    *\r
 247    *\r
 248    * @return Enumeration\r
 249    */\r
 250   public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 251   {\r
 252     return _treeList.elements();\r
 253   } //-- java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 254 \r
 255   /**\r
 256    * Method enumerateUserColours\r
 257    *\r
 258    *\r
 259    *\r
 260    * @return Enumeration\r
 261    */\r
 262   public java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 263   {\r
 264     return _userColoursList.elements();\r
 265   } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 266 \r
 267   /**\r
 268    * Method enumerateViewport\r
 269    *\r
 270    *\r
 271    *\r
 272    * @return Enumeration\r
 273    */\r
 274   public java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 275   {\r
 276     return _viewportList.elements();\r
 277   } //-- java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 278 \r
 279   /**\r
 280    * Returns the value of field 'featureSettings'.\r
 281    *\r
 282    * @return FeatureSettings\r
 283    * @return the value of field 'featureSettings'.\r
 284    */\r
 285   public jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings getFeatureSettings()\r
 286   {\r
 287     return this._featureSettings;\r
 288   } //-- jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings getFeatureSettings()\r
 289 \r
 290   /**\r
 291    * Method getJGroup\r
 292    *\r
 293    *\r
 294    *\r
 295    * @param index\r
 296    * @return JGroup\r
 297    */\r
 298   public jalview.schemabinding.version2.JGroup getJGroup(int index)\r
 299       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 300   {\r
 301     //-- check bounds for index\r
 302     if ( (index < 0) || (index > _JGroupList.size()))\r
 303     {\r
 304       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 305     }\r
 306 \r
 307     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 308   } //-- jalview.schemabinding.version2.JGroup getJGroup(int)\r
 309 \r
 310   /**\r
 311    * Method getJGroup\r
 312    *\r
 313    *\r
 314    *\r
 315    * @return JGroup\r
 316    */\r
 317   public jalview.schemabinding.version2.JGroup[] getJGroup()\r
 318   {\r
 319     int size = _JGroupList.size();\r
 320     jalview.schemabinding.version2.JGroup[] mArray = new jalview.schemabinding.\r
 321         version2.JGroup[size];\r
 322     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 323     {\r
 324       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.JGroup) _JGroupList.\r
 325           elementAt(index);\r
 326     }\r
 327     return mArray;\r
 328   } //-- jalview.schemabinding.version2.JGroup[] getJGroup()\r
 329 \r
 330   /**\r
 331    * Method getJGroupCount\r
 332    *\r
 333    *\r
 334    *\r
 335    * @return int\r
 336    */\r
 337   public int getJGroupCount()\r
 338   {\r
 339     return _JGroupList.size();\r
 340   } //-- int getJGroupCount()\r
 341 \r
 342   /**\r
 343    * Method getJSeq\r
 344    *\r
 345    *\r
 346    *\r
 347    * @param index\r
 348    * @return JSeq\r
 349    */\r
 350   public jalview.schemabinding.version2.JSeq getJSeq(int index)\r
 351       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 352   {\r
 353     //-- check bounds for index\r
 354     if ( (index < 0) || (index > _JSeqList.size()))\r
 355     {\r
 356       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 357     }\r
 358 \r
 359     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 360   } //-- jalview.schemabinding.version2.JSeq getJSeq(int)\r
 361 \r
 362   /**\r
 363    * Method getJSeq\r
 364    *\r
 365    *\r
 366    *\r
 367    * @return JSeq\r
 368    */\r
 369   public jalview.schemabinding.version2.JSeq[] getJSeq()\r
 370   {\r
 371     int size = _JSeqList.size();\r
 372     jalview.schemabinding.version2.JSeq[] mArray = new jalview.schemabinding.\r
 373         version2.JSeq[size];\r
 374     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 375     {\r
 376       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.JSeq) _JSeqList.elementAt(\r
 377           index);\r
 378     }\r
 379     return mArray;\r
 380   } //-- jalview.schemabinding.version2.JSeq[] getJSeq()\r
 381 \r
 382   /**\r
 383    * Method getJSeqCount\r
 384    *\r
 385    *\r
 386    *\r
 387    * @return int\r
 388    */\r
 389   public int getJSeqCount()\r
 390   {\r
 391     return _JSeqList.size();\r
 392   } //-- int getJSeqCount()\r
 393 \r
 394   /**\r
 395    * Method getTree\r
 396    *\r
 397    *\r
 398    *\r
 399    * @param index\r
 400    * @return Tree\r
 401    */\r
 402   public jalview.schemabinding.version2.Tree getTree(int index)\r
 403       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 404   {\r
 405     //-- check bounds for index\r
 406     if ( (index < 0) || (index > _treeList.size()))\r
 407     {\r
 408       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 409     }\r
 410 \r
 411     return (jalview.schemabinding.version2.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 412   } //-- jalview.schemabinding.version2.Tree getTree(int)\r
 413 \r
 414   /**\r
 415    * Method getTree\r
 416    *\r
 417    *\r
 418    *\r
 419    * @return Tree\r
 420    */\r
 421   public jalview.schemabinding.version2.Tree[] getTree()\r
 422   {\r
 423     int size = _treeList.size();\r
 424     jalview.schemabinding.version2.Tree[] mArray = new jalview.schemabinding.\r
 425         version2.Tree[size];\r
 426     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 427     {\r
 428       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Tree) _treeList.elementAt(\r
 429           index);\r
 430     }\r
 431     return mArray;\r
 432   } //-- jalview.schemabinding.version2.Tree[] getTree()\r
 433 \r
 434   /**\r
 435    * Method getTreeCount\r
 436    *\r
 437    *\r
 438    *\r
 439    * @return int\r
 440    */\r
 441   public int getTreeCount()\r
 442   {\r
 443     return _treeList.size();\r
 444   } //-- int getTreeCount()\r
 445 \r
 446   /**\r
 447    * Method getUserColours\r
 448    *\r
 449    *\r
 450    *\r
 451    * @param index\r
 452    * @return UserColours\r
 453    */\r
 454   public jalview.schemabinding.version2.UserColours getUserColours(int index)\r
 455       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 456   {\r
 457     //-- check bounds for index\r
 458     if ( (index < 0) || (index > _userColoursList.size()))\r
 459     {\r
 460       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 461     }\r
 462 \r
 463     return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) _userColoursList.\r
 464         elementAt(index);\r
 465   } //-- jalview.schemabinding.version2.UserColours getUserColours(int)\r
 466 \r
 467   /**\r
 468    * Method getUserColours\r
 469    *\r
 470    *\r
 471    *\r
 472    * @return UserColours\r
 473    */\r
 474   public jalview.schemabinding.version2.UserColours[] getUserColours()\r
 475   {\r
 476     int size = _userColoursList.size();\r
 477     jalview.schemabinding.version2.UserColours[] mArray = new jalview.\r
 478         schemabinding.version2.UserColours[size];\r
 479     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 480     {\r
 481       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.UserColours)\r
 482           _userColoursList.elementAt(index);\r
 483     }\r
 484     return mArray;\r
 485   } //-- jalview.schemabinding.version2.UserColours[] getUserColours()\r
 486 \r
 487   /**\r
 488    * Method getUserColoursCount\r
 489    *\r
 490    *\r
 491    *\r
 492    * @return int\r
 493    */\r
 494   public int getUserColoursCount()\r
 495   {\r
 496     return _userColoursList.size();\r
 497   } //-- int getUserColoursCount()\r
 498 \r
 499   /**\r
 500    * Method getViewport\r
 501    *\r
 502    *\r
 503    *\r
 504    * @param index\r
 505    * @return Viewport\r
 506    */\r
 507   public jalview.schemabinding.version2.Viewport getViewport(int index)\r
 508       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 509   {\r
 510     //-- check bounds for index\r
 511     if ( (index < 0) || (index > _viewportList.size()))\r
 512     {\r
 513       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 514     }\r
 515 \r
 516     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) _viewportList.elementAt(\r
 517         index);\r
 518   } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport getViewport(int)\r
 519 \r
 520   /**\r
 521    * Method getViewport\r
 522    *\r
 523    *\r
 524    *\r
 525    * @return Viewport\r
 526    */\r
 527   public jalview.schemabinding.version2.Viewport[] getViewport()\r
 528   {\r
 529     int size = _viewportList.size();\r
 530     jalview.schemabinding.version2.Viewport[] mArray = new jalview.\r
 531         schemabinding.version2.Viewport[size];\r
 532     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 533     {\r
 534       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.Viewport) _viewportList.\r
 535           elementAt(index);\r
 536     }\r
 537     return mArray;\r
 538   } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport[] getViewport()\r
 539 \r
 540   /**\r
 541    * Method getViewportCount\r
 542    *\r
 543    *\r
 544    *\r
 545    * @return int\r
 546    */\r
 547   public int getViewportCount()\r
 548   {\r
 549     return _viewportList.size();\r
 550   } //-- int getViewportCount()\r
 551 \r
 552   /**\r
 553    * Method isValid\r
 554    *\r
 555    *\r
 556    *\r
 557    * @return boolean\r
 558    */\r
 559   public boolean isValid()\r
 560   {\r
 561     try\r
 562     {\r
 563       validate();\r
 564     }\r
 565     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
 566     {\r
 567       return false;\r
 568     }\r
 569     return true;\r
 570   } //-- boolean isValid()\r
 571 \r
 572   /**\r
 573    * Method marshal\r
 574    *\r
 575    *\r
 576    *\r
 577    * @param out\r
 578    */\r
 579   public void marshal(java.io.Writer out)\r
 580       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 581       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 582   {\r
 583 \r
 584     Marshaller.marshal(this, out);\r
 585   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
 586 \r
 587   /**\r
 588    * Method marshal\r
 589    *\r
 590    *\r
 591    *\r
 592    * @param handler\r
 593    */\r
 594   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 595       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 596       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 597   {\r
 598 \r
 599     Marshaller.marshal(this, handler);\r
 600   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
 601 \r
 602   /**\r
 603    * Method removeAllJGroup\r
 604    *\r
 605    */\r
 606   public void removeAllJGroup()\r
 607   {\r
 608     _JGroupList.removeAllElements();\r
 609   } //-- void removeAllJGroup()\r
 610 \r
 611   /**\r
 612    * Method removeAllJSeq\r
 613    *\r
 614    */\r
 615   public void removeAllJSeq()\r
 616   {\r
 617     _JSeqList.removeAllElements();\r
 618   } //-- void removeAllJSeq()\r
 619 \r
 620   /**\r
 621    * Method removeAllTree\r
 622    *\r
 623    */\r
 624   public void removeAllTree()\r
 625   {\r
 626     _treeList.removeAllElements();\r
 627   } //-- void removeAllTree()\r
 628 \r
 629   /**\r
 630    * Method removeAllUserColours\r
 631    *\r
 632    */\r
 633   public void removeAllUserColours()\r
 634   {\r
 635     _userColoursList.removeAllElements();\r
 636   } //-- void removeAllUserColours()\r
 637 \r
 638   /**\r
 639    * Method removeAllViewport\r
 640    *\r
 641    */\r
 642   public void removeAllViewport()\r
 643   {\r
 644     _viewportList.removeAllElements();\r
 645   } //-- void removeAllViewport()\r
 646 \r
 647   /**\r
 648    * Method removeJGroup\r
 649    *\r
 650    *\r
 651    *\r
 652    * @param index\r
 653    * @return JGroup\r
 654    */\r
 655   public jalview.schemabinding.version2.JGroup removeJGroup(int index)\r
 656   {\r
 657     java.lang.Object obj = _JGroupList.elementAt(index);\r
 658     _JGroupList.removeElementAt(index);\r
 659     return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) obj;\r
 660   } //-- jalview.schemabinding.version2.JGroup removeJGroup(int)\r
 661 \r
 662   /**\r
 663    * Method removeJSeq\r
 664    *\r
 665    *\r
 666    *\r
 667    * @param index\r
 668    * @return JSeq\r
 669    */\r
 670   public jalview.schemabinding.version2.JSeq removeJSeq(int index)\r
 671   {\r
 672     java.lang.Object obj = _JSeqList.elementAt(index);\r
 673     _JSeqList.removeElementAt(index);\r
 674     return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) obj;\r
 675   } //-- jalview.schemabinding.version2.JSeq removeJSeq(int)\r
 676 \r
 677   /**\r
 678    * Method removeTree\r
 679    *\r
 680    *\r
 681    *\r
 682    * @param index\r
 683    * @return Tree\r
 684    */\r
 685   public jalview.schemabinding.version2.Tree removeTree(int index)\r
 686   {\r
 687     java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
 688     _treeList.removeElementAt(index);\r
 689     return (jalview.schemabinding.version2.Tree) obj;\r
 690   } //-- jalview.schemabinding.version2.Tree removeTree(int)\r
 691 \r
 692   /**\r
 693    * Method removeUserColours\r
 694    *\r
 695    *\r
 696    *\r
 697    * @param index\r
 698    * @return UserColours\r
 699    */\r
 700   public jalview.schemabinding.version2.UserColours removeUserColours(int index)\r
 701   {\r
 702     java.lang.Object obj = _userColoursList.elementAt(index);\r
 703     _userColoursList.removeElementAt(index);\r
 704     return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) obj;\r
 705   } //-- jalview.schemabinding.version2.UserColours removeUserColours(int)\r
 706 \r
 707   /**\r
 708    * Method removeViewport\r
 709    *\r
 710    *\r
 711    *\r
 712    * @param index\r
 713    * @return Viewport\r
 714    */\r
 715   public jalview.schemabinding.version2.Viewport removeViewport(int index)\r
 716   {\r
 717     java.lang.Object obj = _viewportList.elementAt(index);\r
 718     _viewportList.removeElementAt(index);\r
 719     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) obj;\r
 720   } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport removeViewport(int)\r
 721 \r
 722   /**\r
 723    * Sets the value of field 'featureSettings'.\r
 724    *\r
 725    * @param featureSettings the value of field 'featureSettings'.\r
 726    */\r
 727   public void setFeatureSettings(jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings\r
 728                                  featureSettings)\r
 729   {\r
 730     this._featureSettings = featureSettings;\r
 731   } //-- void setFeatureSettings(jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings)\r
 732 \r
 733   /**\r
 734    * Method setJGroup\r
 735    *\r
 736    *\r
 737    *\r
 738    * @param index\r
 739    * @param vJGroup\r
 740    */\r
 741   public void setJGroup(int index,\r
 742                         jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
 743       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 744   {\r
 745     //-- check bounds for index\r
 746     if ( (index < 0) || (index > _JGroupList.size()))\r
 747     {\r
 748       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 749     }\r
 750     _JGroupList.setElementAt(vJGroup, index);\r
 751   } //-- void setJGroup(int, jalview.schemabinding.version2.JGroup)\r
 752 \r
 753   /**\r
 754    * Method setJGroup\r
 755    *\r
 756    *\r
 757    *\r
 758    * @param JGroupArray\r
 759    */\r
 760   public void setJGroup(jalview.schemabinding.version2.JGroup[] JGroupArray)\r
 761   {\r
 762     //-- copy array\r
 763     _JGroupList.removeAllElements();\r
 764     for (int i = 0; i < JGroupArray.length; i++)\r
 765     {\r
 766       _JGroupList.addElement(JGroupArray[i]);\r
 767     }\r
 768   } //-- void setJGroup(jalview.schemabinding.version2.JGroup)\r
 769 \r
 770   /**\r
 771    * Method setJSeq\r
 772    *\r
 773    *\r
 774    *\r
 775    * @param index\r
 776    * @param vJSeq\r
 777    */\r
 778   public void setJSeq(int index, jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
 779       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 780   {\r
 781     //-- check bounds for index\r
 782     if ( (index < 0) || (index > _JSeqList.size()))\r
 783     {\r
 784       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 785     }\r
 786     _JSeqList.setElementAt(vJSeq, index);\r
 787   } //-- void setJSeq(int, jalview.schemabinding.version2.JSeq)\r
 788 \r
 789   /**\r
 790    * Method setJSeq\r
 791    *\r
 792    *\r
 793    *\r
 794    * @param JSeqArray\r
 795    */\r
 796   public void setJSeq(jalview.schemabinding.version2.JSeq[] JSeqArray)\r
 797   {\r
 798     //-- copy array\r
 799     _JSeqList.removeAllElements();\r
 800     for (int i = 0; i < JSeqArray.length; i++)\r
 801     {\r
 802       _JSeqList.addElement(JSeqArray[i]);\r
 803     }\r
 804   } //-- void setJSeq(jalview.schemabinding.version2.JSeq)\r
 805 \r
 806   /**\r
 807    * Method setTree\r
 808    *\r
 809    *\r
 810    *\r
 811    * @param index\r
 812    * @param vTree\r
 813    */\r
 814   public void setTree(int index, jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
 815       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 816   {\r
 817     //-- check bounds for index\r
 818     if ( (index < 0) || (index > _treeList.size()))\r
 819     {\r
 820       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 821     }\r
 822     _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
 823   } //-- void setTree(int, jalview.schemabinding.version2.Tree)\r
 824 \r
 825   /**\r
 826    * Method setTree\r
 827    *\r
 828    *\r
 829    *\r
 830    * @param treeArray\r
 831    */\r
 832   public void setTree(jalview.schemabinding.version2.Tree[] treeArray)\r
 833   {\r
 834     //-- copy array\r
 835     _treeList.removeAllElements();\r
 836     for (int i = 0; i < treeArray.length; i++)\r
 837     {\r
 838       _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
 839     }\r
 840   } //-- void setTree(jalview.schemabinding.version2.Tree)\r
 841 \r
 842   /**\r
 843    * Method setUserColours\r
 844    *\r
 845    *\r
 846    *\r
 847    * @param index\r
 848    * @param vUserColours\r
 849    */\r
 850   public void setUserColours(int index,\r
 851                              jalview.schemabinding.version2.UserColours\r
 852                              vUserColours)\r
 853       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 854   {\r
 855     //-- check bounds for index\r
 856     if ( (index < 0) || (index > _userColoursList.size()))\r
 857     {\r
 858       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 859     }\r
 860     _userColoursList.setElementAt(vUserColours, index);\r
 861   } //-- void setUserColours(int, jalview.schemabinding.version2.UserColours)\r
 862 \r
 863   /**\r
 864    * Method setUserColours\r
 865    *\r
 866    *\r
 867    *\r
 868    * @param userColoursArray\r
 869    */\r
 870   public void setUserColours(jalview.schemabinding.version2.UserColours[]\r
 871                              userColoursArray)\r
 872   {\r
 873     //-- copy array\r
 874     _userColoursList.removeAllElements();\r
 875     for (int i = 0; i < userColoursArray.length; i++)\r
 876     {\r
 877       _userColoursList.addElement(userColoursArray[i]);\r
 878     }\r
 879   } //-- void setUserColours(jalview.schemabinding.version2.UserColours)\r
 880 \r
 881   /**\r
 882    * Method setViewport\r
 883    *\r
 884    *\r
 885    *\r
 886    * @param index\r
 887    * @param vViewport\r
 888    */\r
 889   public void setViewport(int index,\r
 890                           jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
 891       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 892   {\r
 893     //-- check bounds for index\r
 894     if ( (index < 0) || (index > _viewportList.size()))\r
 895     {\r
 896       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 897     }\r
 898     _viewportList.setElementAt(vViewport, index);\r
 899   } //-- void setViewport(int, jalview.schemabinding.version2.Viewport)\r
 900 \r
 901   /**\r
 902    * Method setViewport\r
 903    *\r
 904    *\r
 905    *\r
 906    * @param viewportArray\r
 907    */\r
 908   public void setViewport(jalview.schemabinding.version2.Viewport[]\r
 909                           viewportArray)\r
 910   {\r
 911     //-- copy array\r
 912     _viewportList.removeAllElements();\r
 913     for (int i = 0; i < viewportArray.length; i++)\r
 914     {\r
 915       _viewportList.addElement(viewportArray[i]);\r
 916     }\r
 917   } //-- void setViewport(jalview.schemabinding.version2.Viewport)\r
 918 \r
 919   /**\r
 920    * Method unmarshal\r
 921    *\r
 922    *\r
 923    *\r
 924    * @param reader\r
 925    * @return Object\r
 926    */\r
 927   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 928       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
 929       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 930   {\r
 931     return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) Unmarshaller.\r
 932         unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class,\r
 933                   reader);\r
 934   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
 935 \r
 936   /**\r
 937    * Method validate\r
 938    *\r
 939    */\r
 940   public void validate()\r
 941       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 942   {\r
 943     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
 944         Validator();\r
 945     validator.validate(this);\r
 946   } //-- void validate()\r
 947 \r
 948 }\r