src/jalview/schemabinding/version2/JalviewModelSequence.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class JalviewModelSequence.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _JSeqList.\r
  31      */\r
  32     private java.util.Vector _JSeqList;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * Field _JGroupList.\r
  36      */\r
  37     private java.util.Vector _JGroupList;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _viewportList.\r
  41      */\r
  42     private java.util.Vector _viewportList;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * Field _userColoursList.\r
  46      */\r
  47     private java.util.Vector _userColoursList;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _treeList.\r
  51      */\r
  52     private java.util.Vector _treeList;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _featureSettings.\r
  56      */\r
  57     private jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings _featureSettings;\r
  58 \r
  59 \r
  60       //----------------/\r
  61      //- Constructors -/\r
  62     //----------------/\r
  63 \r
  64     public JalviewModelSequence() {\r
  65         super();\r
  66         this._JSeqList = new java.util.Vector();\r
  67         this._JGroupList = new java.util.Vector();\r
  68         this._viewportList = new java.util.Vector();\r
  69         this._userColoursList = new java.util.Vector();\r
  70         this._treeList = new java.util.Vector();\r
  71     }\r
  72 \r
  73 \r
  74       //-----------/\r
  75      //- Methods -/\r
  76     //-----------/\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * \r
  80      * \r
  81      * @param vJGroup\r
  82      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
  83      * given is outside the bounds of the collection\r
  84      */\r
  85     public void addJGroup(\r
  86             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
  87     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
  88         this._JGroupList.addElement(vJGroup);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * \r
  93      * \r
  94      * @param index\r
  95      * @param vJGroup\r
  96      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
  97      * given is outside the bounds of the collection\r
  98      */\r
  99     public void addJGroup(\r
 100             final int index,\r
 101             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
 102     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 103         this._JGroupList.add(index, vJGroup);\r
 104     }\r
 105 \r
 106     /**\r
 107      * \r
 108      * \r
 109      * @param vJSeq\r
 110      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 111      * given is outside the bounds of the collection\r
 112      */\r
 113     public void addJSeq(\r
 114             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
 115     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 116         this._JSeqList.addElement(vJSeq);\r
 117     }\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * \r
 121      * \r
 122      * @param index\r
 123      * @param vJSeq\r
 124      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 125      * given is outside the bounds of the collection\r
 126      */\r
 127     public void addJSeq(\r
 128             final int index,\r
 129             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
 130     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 131         this._JSeqList.add(index, vJSeq);\r
 132     }\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * \r
 136      * \r
 137      * @param vTree\r
 138      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 139      * given is outside the bounds of the collection\r
 140      */\r
 141     public void addTree(\r
 142             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
 143     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 144         this._treeList.addElement(vTree);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     /**\r
 148      * \r
 149      * \r
 150      * @param index\r
 151      * @param vTree\r
 152      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 153      * given is outside the bounds of the collection\r
 154      */\r
 155     public void addTree(\r
 156             final int index,\r
 157             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
 158     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 159         this._treeList.add(index, vTree);\r
 160     }\r
 161 \r
 162     /**\r
 163      * \r
 164      * \r
 165      * @param vUserColours\r
 166      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 167      * given is outside the bounds of the collection\r
 168      */\r
 169     public void addUserColours(\r
 170             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
 171     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 172         this._userColoursList.addElement(vUserColours);\r
 173     }\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * \r
 177      * \r
 178      * @param index\r
 179      * @param vUserColours\r
 180      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 181      * given is outside the bounds of the collection\r
 182      */\r
 183     public void addUserColours(\r
 184             final int index,\r
 185             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
 186     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 187         this._userColoursList.add(index, vUserColours);\r
 188     }\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * \r
 192      * \r
 193      * @param vViewport\r
 194      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 195      * given is outside the bounds of the collection\r
 196      */\r
 197     public void addViewport(\r
 198             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
 199     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 200         this._viewportList.addElement(vViewport);\r
 201     }\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * \r
 205      * \r
 206      * @param index\r
 207      * @param vViewport\r
 208      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 209      * given is outside the bounds of the collection\r
 210      */\r
 211     public void addViewport(\r
 212             final int index,\r
 213             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
 214     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 215         this._viewportList.add(index, vViewport);\r
 216     }\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Method enumerateJGroup.\r
 220      * \r
 221      * @return an Enumeration over all\r
 222      * jalview.schemabinding.version2.JGroup elements\r
 223      */\r
 224     public java.util.Enumeration enumerateJGroup(\r
 225     ) {\r
 226         return this._JGroupList.elements();\r
 227     }\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Method enumerateJSeq.\r
 231      * \r
 232      * @return an Enumeration over all\r
 233      * jalview.schemabinding.version2.JSeq elements\r
 234      */\r
 235     public java.util.Enumeration enumerateJSeq(\r
 236     ) {\r
 237         return this._JSeqList.elements();\r
 238     }\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * Method enumerateTree.\r
 242      * \r
 243      * @return an Enumeration over all\r
 244      * jalview.schemabinding.version2.Tree elements\r
 245      */\r
 246     public java.util.Enumeration enumerateTree(\r
 247     ) {\r
 248         return this._treeList.elements();\r
 249     }\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      * Method enumerateUserColours.\r
 253      * \r
 254      * @return an Enumeration over all\r
 255      * jalview.schemabinding.version2.UserColours elements\r
 256      */\r
 257     public java.util.Enumeration enumerateUserColours(\r
 258     ) {\r
 259         return this._userColoursList.elements();\r
 260     }\r
 261 \r
 262     /**\r
 263      * Method enumerateViewport.\r
 264      * \r
 265      * @return an Enumeration over all\r
 266      * jalview.schemabinding.version2.Viewport elements\r
 267      */\r
 268     public java.util.Enumeration enumerateViewport(\r
 269     ) {\r
 270         return this._viewportList.elements();\r
 271     }\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * Returns the value of field 'featureSettings'.\r
 275      * \r
 276      * @return the value of field 'FeatureSettings'.\r
 277      */\r
 278     public jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings getFeatureSettings(\r
 279     ) {\r
 280         return this._featureSettings;\r
 281     }\r
 282 \r
 283     /**\r
 284      * Method getJGroup.\r
 285      * \r
 286      * @param index\r
 287      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 288      * given is outside the bounds of the collection\r
 289      * @return the value of the\r
 290      * jalview.schemabinding.version2.JGroup at the given index\r
 291      */\r
 292     public jalview.schemabinding.version2.JGroup getJGroup(\r
 293             final int index)\r
 294     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 295         // check bounds for index\r
 296         if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {\r
 297             throw new IndexOutOfBoundsException("getJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");\r
 298         }\r
 299         \r
 300         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) _JGroupList.get(index);\r
 301     }\r
 302 \r
 303     /**\r
 304      * Method getJGroup.Returns the contents of the collection in\r
 305      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 306      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 307      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 308      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 309      * \r
 310      * @return this collection as an Array\r
 311      */\r
 312     public jalview.schemabinding.version2.JGroup[] getJGroup(\r
 313     ) {\r
 314         jalview.schemabinding.version2.JGroup[] array = new jalview.schemabinding.version2.JGroup[0];\r
 315         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup[]) this._JGroupList.toArray(array);\r
 316     }\r
 317 \r
 318     /**\r
 319      * Method getJGroupCount.\r
 320      * \r
 321      * @return the size of this collection\r
 322      */\r
 323     public int getJGroupCount(\r
 324     ) {\r
 325         return this._JGroupList.size();\r
 326     }\r
 327 \r
 328     /**\r
 329      * Method getJSeq.\r
 330      * \r
 331      * @param index\r
 332      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 333      * given is outside the bounds of the collection\r
 334      * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.JSeq\r
 335      * at the given index\r
 336      */\r
 337     public jalview.schemabinding.version2.JSeq getJSeq(\r
 338             final int index)\r
 339     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 340         // check bounds for index\r
 341         if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {\r
 342             throw new IndexOutOfBoundsException("getJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");\r
 343         }\r
 344         \r
 345         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) _JSeqList.get(index);\r
 346     }\r
 347 \r
 348     /**\r
 349      * Method getJSeq.Returns the contents of the collection in an\r
 350      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 351      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 352      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 353      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 354      * \r
 355      * @return this collection as an Array\r
 356      */\r
 357     public jalview.schemabinding.version2.JSeq[] getJSeq(\r
 358     ) {\r
 359         jalview.schemabinding.version2.JSeq[] array = new jalview.schemabinding.version2.JSeq[0];\r
 360         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq[]) this._JSeqList.toArray(array);\r
 361     }\r
 362 \r
 363     /**\r
 364      * Method getJSeqCount.\r
 365      * \r
 366      * @return the size of this collection\r
 367      */\r
 368     public int getJSeqCount(\r
 369     ) {\r
 370         return this._JSeqList.size();\r
 371     }\r
 372 \r
 373     /**\r
 374      * Method getTree.\r
 375      * \r
 376      * @param index\r
 377      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 378      * given is outside the bounds of the collection\r
 379      * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.Tree\r
 380      * at the given index\r
 381      */\r
 382     public jalview.schemabinding.version2.Tree getTree(\r
 383             final int index)\r
 384     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 385         // check bounds for index\r
 386         if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {\r
 387             throw new IndexOutOfBoundsException("getTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
 388         }\r
 389         \r
 390         return (jalview.schemabinding.version2.Tree) _treeList.get(index);\r
 391     }\r
 392 \r
 393     /**\r
 394      * Method getTree.Returns the contents of the collection in an\r
 395      * Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents are\r
 396      * changing in another thread, we pass a 0-length Array of the\r
 397      * correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 398      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 399      * \r
 400      * @return this collection as an Array\r
 401      */\r
 402     public jalview.schemabinding.version2.Tree[] getTree(\r
 403     ) {\r
 404         jalview.schemabinding.version2.Tree[] array = new jalview.schemabinding.version2.Tree[0];\r
 405         return (jalview.schemabinding.version2.Tree[]) this._treeList.toArray(array);\r
 406     }\r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * Method getTreeCount.\r
 410      * \r
 411      * @return the size of this collection\r
 412      */\r
 413     public int getTreeCount(\r
 414     ) {\r
 415         return this._treeList.size();\r
 416     }\r
 417 \r
 418     /**\r
 419      * Method getUserColours.\r
 420      * \r
 421      * @param index\r
 422      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 423      * given is outside the bounds of the collection\r
 424      * @return the value of the\r
 425      * jalview.schemabinding.version2.UserColours at the given index\r
 426      */\r
 427     public jalview.schemabinding.version2.UserColours getUserColours(\r
 428             final int index)\r
 429     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 430         // check bounds for index\r
 431         if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {\r
 432             throw new IndexOutOfBoundsException("getUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");\r
 433         }\r
 434         \r
 435         return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) _userColoursList.get(index);\r
 436     }\r
 437 \r
 438     /**\r
 439      * Method getUserColours.Returns the contents of the collection\r
 440      * in an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 441      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 442      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 443      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 444      * \r
 445      * @return this collection as an Array\r
 446      */\r
 447     public jalview.schemabinding.version2.UserColours[] getUserColours(\r
 448     ) {\r
 449         jalview.schemabinding.version2.UserColours[] array = new jalview.schemabinding.version2.UserColours[0];\r
 450         return (jalview.schemabinding.version2.UserColours[]) this._userColoursList.toArray(array);\r
 451     }\r
 452 \r
 453     /**\r
 454      * Method getUserColoursCount.\r
 455      * \r
 456      * @return the size of this collection\r
 457      */\r
 458     public int getUserColoursCount(\r
 459     ) {\r
 460         return this._userColoursList.size();\r
 461     }\r
 462 \r
 463     /**\r
 464      * Method getViewport.\r
 465      * \r
 466      * @param index\r
 467      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 468      * given is outside the bounds of the collection\r
 469      * @return the value of the\r
 470      * jalview.schemabinding.version2.Viewport at the given index\r
 471      */\r
 472     public jalview.schemabinding.version2.Viewport getViewport(\r
 473             final int index)\r
 474     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 475         // check bounds for index\r
 476         if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {\r
 477             throw new IndexOutOfBoundsException("getViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");\r
 478         }\r
 479         \r
 480         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) _viewportList.get(index);\r
 481     }\r
 482 \r
 483     /**\r
 484      * Method getViewport.Returns the contents of the collection in\r
 485      * an Array.  <p>Note:  Just in case the collection contents\r
 486      * are changing in another thread, we pass a 0-length Array of\r
 487      * the correct type into the API call.  This way we <i>know</i>\r
 488      * that the Array returned is of exactly the correct length.\r
 489      * \r
 490      * @return this collection as an Array\r
 491      */\r
 492     public jalview.schemabinding.version2.Viewport[] getViewport(\r
 493     ) {\r
 494         jalview.schemabinding.version2.Viewport[] array = new jalview.schemabinding.version2.Viewport[0];\r
 495         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport[]) this._viewportList.toArray(array);\r
 496     }\r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * Method getViewportCount.\r
 500      * \r
 501      * @return the size of this collection\r
 502      */\r
 503     public int getViewportCount(\r
 504     ) {\r
 505         return this._viewportList.size();\r
 506     }\r
 507 \r
 508     /**\r
 509      * Method isValid.\r
 510      * \r
 511      * @return true if this object is valid according to the schema\r
 512      */\r
 513     public boolean isValid(\r
 514     ) {\r
 515         try {\r
 516             validate();\r
 517         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 518             return false;\r
 519         }\r
 520         return true;\r
 521     }\r
 522 \r
 523     /**\r
 524      * \r
 525      * \r
 526      * @param out\r
 527      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 528      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 529      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 530      * object is an invalid instance according to the schema\r
 531      */\r
 532     public void marshal(\r
 533             final java.io.Writer out)\r
 534     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 535         Marshaller.marshal(this, out);\r
 536     }\r
 537 \r
 538     /**\r
 539      * \r
 540      * \r
 541      * @param handler\r
 542      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
 543      * marshaling\r
 544      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 545      * object is an invalid instance according to the schema\r
 546      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 547      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 548      */\r
 549     public void marshal(\r
 550             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 551     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 552         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 553     }\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      */\r
 557     public void removeAllJGroup(\r
 558     ) {\r
 559         this._JGroupList.clear();\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      */\r
 564     public void removeAllJSeq(\r
 565     ) {\r
 566         this._JSeqList.clear();\r
 567     }\r
 568 \r
 569     /**\r
 570      */\r
 571     public void removeAllTree(\r
 572     ) {\r
 573         this._treeList.clear();\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      */\r
 578     public void removeAllUserColours(\r
 579     ) {\r
 580         this._userColoursList.clear();\r
 581     }\r
 582 \r
 583     /**\r
 584      */\r
 585     public void removeAllViewport(\r
 586     ) {\r
 587         this._viewportList.clear();\r
 588     }\r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * Method removeJGroup.\r
 592      * \r
 593      * @param vJGroup\r
 594      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 595      */\r
 596     public boolean removeJGroup(\r
 597             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup) {\r
 598         boolean removed = _JGroupList.remove(vJGroup);\r
 599         return removed;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     /**\r
 603      * Method removeJGroupAt.\r
 604      * \r
 605      * @param index\r
 606      * @return the element removed from the collection\r
 607      */\r
 608     public jalview.schemabinding.version2.JGroup removeJGroupAt(\r
 609             final int index) {\r
 610         java.lang.Object obj = this._JGroupList.remove(index);\r
 611         return (jalview.schemabinding.version2.JGroup) obj;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     /**\r
 615      * Method removeJSeq.\r
 616      * \r
 617      * @param vJSeq\r
 618      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 619      */\r
 620     public boolean removeJSeq(\r
 621             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq) {\r
 622         boolean removed = _JSeqList.remove(vJSeq);\r
 623         return removed;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     /**\r
 627      * Method removeJSeqAt.\r
 628      * \r
 629      * @param index\r
 630      * @return the element removed from the collection\r
 631      */\r
 632     public jalview.schemabinding.version2.JSeq removeJSeqAt(\r
 633             final int index) {\r
 634         java.lang.Object obj = this._JSeqList.remove(index);\r
 635         return (jalview.schemabinding.version2.JSeq) obj;\r
 636     }\r
 637 \r
 638     /**\r
 639      * Method removeTree.\r
 640      * \r
 641      * @param vTree\r
 642      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 643      */\r
 644     public boolean removeTree(\r
 645             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree) {\r
 646         boolean removed = _treeList.remove(vTree);\r
 647         return removed;\r
 648     }\r
 649 \r
 650     /**\r
 651      * Method removeTreeAt.\r
 652      * \r
 653      * @param index\r
 654      * @return the element removed from the collection\r
 655      */\r
 656     public jalview.schemabinding.version2.Tree removeTreeAt(\r
 657             final int index) {\r
 658         java.lang.Object obj = this._treeList.remove(index);\r
 659         return (jalview.schemabinding.version2.Tree) obj;\r
 660     }\r
 661 \r
 662     /**\r
 663      * Method removeUserColours.\r
 664      * \r
 665      * @param vUserColours\r
 666      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 667      */\r
 668     public boolean removeUserColours(\r
 669             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours) {\r
 670         boolean removed = _userColoursList.remove(vUserColours);\r
 671         return removed;\r
 672     }\r
 673 \r
 674     /**\r
 675      * Method removeUserColoursAt.\r
 676      * \r
 677      * @param index\r
 678      * @return the element removed from the collection\r
 679      */\r
 680     public jalview.schemabinding.version2.UserColours removeUserColoursAt(\r
 681             final int index) {\r
 682         java.lang.Object obj = this._userColoursList.remove(index);\r
 683         return (jalview.schemabinding.version2.UserColours) obj;\r
 684     }\r
 685 \r
 686     /**\r
 687      * Method removeViewport.\r
 688      * \r
 689      * @param vViewport\r
 690      * @return true if the object was removed from the collection.\r
 691      */\r
 692     public boolean removeViewport(\r
 693             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport) {\r
 694         boolean removed = _viewportList.remove(vViewport);\r
 695         return removed;\r
 696     }\r
 697 \r
 698     /**\r
 699      * Method removeViewportAt.\r
 700      * \r
 701      * @param index\r
 702      * @return the element removed from the collection\r
 703      */\r
 704     public jalview.schemabinding.version2.Viewport removeViewportAt(\r
 705             final int index) {\r
 706         java.lang.Object obj = this._viewportList.remove(index);\r
 707         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) obj;\r
 708     }\r
 709 \r
 710     /**\r
 711      * Sets the value of field 'featureSettings'.\r
 712      * \r
 713      * @param featureSettings the value of field 'featureSettings'.\r
 714      */\r
 715     public void setFeatureSettings(\r
 716             final jalview.schemabinding.version2.FeatureSettings featureSettings) {\r
 717         this._featureSettings = featureSettings;\r
 718     }\r
 719 \r
 720     /**\r
 721      * \r
 722      * \r
 723      * @param index\r
 724      * @param vJGroup\r
 725      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 726      * given is outside the bounds of the collection\r
 727      */\r
 728     public void setJGroup(\r
 729             final int index,\r
 730             final jalview.schemabinding.version2.JGroup vJGroup)\r
 731     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 732         // check bounds for index\r
 733         if (index < 0 || index >= this._JGroupList.size()) {\r
 734             throw new IndexOutOfBoundsException("setJGroup: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JGroupList.size() - 1) + "]");\r
 735         }\r
 736         \r
 737         this._JGroupList.set(index, vJGroup);\r
 738     }\r
 739 \r
 740     /**\r
 741      * \r
 742      * \r
 743      * @param vJGroupArray\r
 744      */\r
 745     public void setJGroup(\r
 746             final jalview.schemabinding.version2.JGroup[] vJGroupArray) {\r
 747         //-- copy array\r
 748         _JGroupList.clear();\r
 749         \r
 750         for (int i = 0; i < vJGroupArray.length; i++) {\r
 751                 this._JGroupList.add(vJGroupArray[i]);\r
 752         }\r
 753     }\r
 754 \r
 755     /**\r
 756      * \r
 757      * \r
 758      * @param index\r
 759      * @param vJSeq\r
 760      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 761      * given is outside the bounds of the collection\r
 762      */\r
 763     public void setJSeq(\r
 764             final int index,\r
 765             final jalview.schemabinding.version2.JSeq vJSeq)\r
 766     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 767         // check bounds for index\r
 768         if (index < 0 || index >= this._JSeqList.size()) {\r
 769             throw new IndexOutOfBoundsException("setJSeq: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._JSeqList.size() - 1) + "]");\r
 770         }\r
 771         \r
 772         this._JSeqList.set(index, vJSeq);\r
 773     }\r
 774 \r
 775     /**\r
 776      * \r
 777      * \r
 778      * @param vJSeqArray\r
 779      */\r
 780     public void setJSeq(\r
 781             final jalview.schemabinding.version2.JSeq[] vJSeqArray) {\r
 782         //-- copy array\r
 783         _JSeqList.clear();\r
 784         \r
 785         for (int i = 0; i < vJSeqArray.length; i++) {\r
 786                 this._JSeqList.add(vJSeqArray[i]);\r
 787         }\r
 788     }\r
 789 \r
 790     /**\r
 791      * \r
 792      * \r
 793      * @param index\r
 794      * @param vTree\r
 795      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 796      * given is outside the bounds of the collection\r
 797      */\r
 798     public void setTree(\r
 799             final int index,\r
 800             final jalview.schemabinding.version2.Tree vTree)\r
 801     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 802         // check bounds for index\r
 803         if (index < 0 || index >= this._treeList.size()) {\r
 804             throw new IndexOutOfBoundsException("setTree: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._treeList.size() - 1) + "]");\r
 805         }\r
 806         \r
 807         this._treeList.set(index, vTree);\r
 808     }\r
 809 \r
 810     /**\r
 811      * \r
 812      * \r
 813      * @param vTreeArray\r
 814      */\r
 815     public void setTree(\r
 816             final jalview.schemabinding.version2.Tree[] vTreeArray) {\r
 817         //-- copy array\r
 818         _treeList.clear();\r
 819         \r
 820         for (int i = 0; i < vTreeArray.length; i++) {\r
 821                 this._treeList.add(vTreeArray[i]);\r
 822         }\r
 823     }\r
 824 \r
 825     /**\r
 826      * \r
 827      * \r
 828      * @param index\r
 829      * @param vUserColours\r
 830      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 831      * given is outside the bounds of the collection\r
 832      */\r
 833     public void setUserColours(\r
 834             final int index,\r
 835             final jalview.schemabinding.version2.UserColours vUserColours)\r
 836     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 837         // check bounds for index\r
 838         if (index < 0 || index >= this._userColoursList.size()) {\r
 839             throw new IndexOutOfBoundsException("setUserColours: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._userColoursList.size() - 1) + "]");\r
 840         }\r
 841         \r
 842         this._userColoursList.set(index, vUserColours);\r
 843     }\r
 844 \r
 845     /**\r
 846      * \r
 847      * \r
 848      * @param vUserColoursArray\r
 849      */\r
 850     public void setUserColours(\r
 851             final jalview.schemabinding.version2.UserColours[] vUserColoursArray) {\r
 852         //-- copy array\r
 853         _userColoursList.clear();\r
 854         \r
 855         for (int i = 0; i < vUserColoursArray.length; i++) {\r
 856                 this._userColoursList.add(vUserColoursArray[i]);\r
 857         }\r
 858     }\r
 859 \r
 860     /**\r
 861      * \r
 862      * \r
 863      * @param index\r
 864      * @param vViewport\r
 865      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 866      * given is outside the bounds of the collection\r
 867      */\r
 868     public void setViewport(\r
 869             final int index,\r
 870             final jalview.schemabinding.version2.Viewport vViewport)\r
 871     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 872         // check bounds for index\r
 873         if (index < 0 || index >= this._viewportList.size()) {\r
 874             throw new IndexOutOfBoundsException("setViewport: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._viewportList.size() - 1) + "]");\r
 875         }\r
 876         \r
 877         this._viewportList.set(index, vViewport);\r
 878     }\r
 879 \r
 880     /**\r
 881      * \r
 882      * \r
 883      * @param vViewportArray\r
 884      */\r
 885     public void setViewport(\r
 886             final jalview.schemabinding.version2.Viewport[] vViewportArray) {\r
 887         //-- copy array\r
 888         _viewportList.clear();\r
 889         \r
 890         for (int i = 0; i < vViewportArray.length; i++) {\r
 891                 this._viewportList.add(vViewportArray[i]);\r
 892         }\r
 893     }\r
 894 \r
 895     /**\r
 896      * Method unmarshal.\r
 897      * \r
 898      * @param reader\r
 899      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
 900      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
 901      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 902      * object is an invalid instance according to the schema\r
 903      * @return the unmarshaled\r
 904      * jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence\r
 905      */\r
 906     public static jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence unmarshal(\r
 907             final java.io.Reader reader)\r
 908     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 909         return (jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.JalviewModelSequence.class, reader);\r
 910     }\r
 911 \r
 912     /**\r
 913      * \r
 914      * \r
 915      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
 916      * object is an invalid instance according to the schema\r
 917      */\r
 918     public void validate(\r
 919     )\r
 920     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
 921         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 922         validator.validate(this);\r
 923     }\r
 924 \r
 925 }\r