src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class Viewport.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _conservationSelected\r
  40      */\r
  41     private boolean _conservationSelected;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  45      */\r
  46     private boolean _has_conservationSelected;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _pidSelected\r
  50      */\r
  51     private boolean _pidSelected;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  55      */\r
  56     private boolean _has_pidSelected;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _bgColour\r
  60      */\r
  61     private java.lang.String _bgColour;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _consThreshold\r
  65      */\r
  66     private int _consThreshold;\r
  67 \r
  68     /**\r
  69      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  70      */\r
  71     private boolean _has_consThreshold;\r
  72 \r
  73     /**\r
  74      * Field _pidThreshold\r
  75      */\r
  76     private int _pidThreshold;\r
  77 \r
  78     /**\r
  79      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  80      */\r
  81     private boolean _has_pidThreshold;\r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * Field _title\r
  85      */\r
  86     private java.lang.String _title;\r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * Field _showFullId\r
  90      */\r
  91     private boolean _showFullId;\r
  92 \r
  93     /**\r
  94      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  95      */\r
  96     private boolean _has_showFullId;\r
  97 \r
  98     /**\r
  99      * Field _showText\r
 100      */\r
 101     private boolean _showText;\r
 102 \r
 103     /**\r
 104      * keeps track of state for field: _showText\r
 105      */\r
 106     private boolean _has_showText;\r
 107 \r
 108     /**\r
 109      * Field _showColourText\r
 110      */\r
 111     private boolean _showColourText;\r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 115      */\r
 116     private boolean _has_showColourText;\r
 117 \r
 118     /**\r
 119      * Field _showBoxes\r
 120      */\r
 121     private boolean _showBoxes;\r
 122 \r
 123     /**\r
 124      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 125      */\r
 126     private boolean _has_showBoxes;\r
 127 \r
 128     /**\r
 129      * Field _wrapAlignment\r
 130      */\r
 131     private boolean _wrapAlignment;\r
 132 \r
 133     /**\r
 134      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 135      */\r
 136     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * Field _renderGaps\r
 140      */\r
 141     private boolean _renderGaps;\r
 142 \r
 143     /**\r
 144      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 145      */\r
 146     private boolean _has_renderGaps;\r
 147 \r
 148     /**\r
 149      * Field _showSequenceFeatures\r
 150      */\r
 151     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 155      */\r
 156     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 157 \r
 158     /**\r
 159      * Field _showAnnotation\r
 160      */\r
 161     private boolean _showAnnotation;\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 165      */\r
 166     private boolean _has_showAnnotation;\r
 167 \r
 168     /**\r
 169      * Field _xpos\r
 170      */\r
 171     private int _xpos;\r
 172 \r
 173     /**\r
 174      * keeps track of state for field: _xpos\r
 175      */\r
 176     private boolean _has_xpos;\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * Field _ypos\r
 180      */\r
 181     private int _ypos;\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * keeps track of state for field: _ypos\r
 185      */\r
 186     private boolean _has_ypos;\r
 187 \r
 188     /**\r
 189      * Field _width\r
 190      */\r
 191     private int _width;\r
 192 \r
 193     /**\r
 194      * keeps track of state for field: _width\r
 195      */\r
 196     private boolean _has_width;\r
 197 \r
 198     /**\r
 199      * Field _height\r
 200      */\r
 201     private int _height;\r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * keeps track of state for field: _height\r
 205      */\r
 206     private boolean _has_height;\r
 207 \r
 208     /**\r
 209      * Field _startRes\r
 210      */\r
 211     private int _startRes;\r
 212 \r
 213     /**\r
 214      * keeps track of state for field: _startRes\r
 215      */\r
 216     private boolean _has_startRes;\r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Field _startSeq\r
 220      */\r
 221     private int _startSeq;\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 225      */\r
 226     private boolean _has_startSeq;\r
 227 \r
 228     /**\r
 229      * Field _fontName\r
 230      */\r
 231     private java.lang.String _fontName;\r
 232 \r
 233     /**\r
 234      * Field _fontSize\r
 235      */\r
 236     private int _fontSize;\r
 237 \r
 238     /**\r
 239      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 240      */\r
 241     private boolean _has_fontSize;\r
 242 \r
 243     /**\r
 244      * Field _fontStyle\r
 245      */\r
 246     private int _fontStyle;\r
 247 \r
 248     /**\r
 249      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 250      */\r
 251     private boolean _has_fontStyle;\r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * Field _viewName\r
 255      */\r
 256     private java.lang.String _viewName;\r
 257 \r
 258     /**\r
 259      * Field _sequenceSetId\r
 260      */\r
 261     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 262 \r
 263     /**\r
 264      * Field _gatheredViews\r
 265      */\r
 266     private boolean _gatheredViews;\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 270      */\r
 271     private boolean _has_gatheredViews;\r
 272 \r
 273     /**\r
 274      * Field _annotationColours\r
 275      */\r
 276     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * Field _hiddenColumnsList\r
 280      */\r
 281     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 282 \r
 283 \r
 284       //----------------/\r
 285      //- Constructors -/\r
 286     //----------------/\r
 287 \r
 288     public Viewport() {\r
 289         super();\r
 290         _hiddenColumnsList = new Vector();\r
 291     } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
 292 \r
 293 \r
 294       //-----------/\r
 295      //- Methods -/\r
 296     //-----------/\r
 297 \r
 298     /**\r
 299      * Method addHiddenColumns\r
 300      * \r
 301      * \r
 302      * \r
 303      * @param vHiddenColumns\r
 304      */\r
 305     public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 306         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 307     {\r
 308         _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 309     } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 310 \r
 311     /**\r
 312      * Method addHiddenColumns\r
 313      * \r
 314      * \r
 315      * \r
 316      * @param index\r
 317      * @param vHiddenColumns\r
 318      */\r
 319     public void addHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 320         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 321     {\r
 322         _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
 323     } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * Method deleteConsThreshold\r
 327      * \r
 328      */\r
 329     public void deleteConsThreshold()\r
 330     {\r
 331         this._has_consThreshold= false;\r
 332     } //-- void deleteConsThreshold() \r
 333 \r
 334     /**\r
 335      * Method deleteConservationSelected\r
 336      * \r
 337      */\r
 338     public void deleteConservationSelected()\r
 339     {\r
 340         this._has_conservationSelected= false;\r
 341     } //-- void deleteConservationSelected() \r
 342 \r
 343     /**\r
 344      * Method deleteFontSize\r
 345      * \r
 346      */\r
 347     public void deleteFontSize()\r
 348     {\r
 349         this._has_fontSize= false;\r
 350     } //-- void deleteFontSize() \r
 351 \r
 352     /**\r
 353      * Method deleteFontStyle\r
 354      * \r
 355      */\r
 356     public void deleteFontStyle()\r
 357     {\r
 358         this._has_fontStyle= false;\r
 359     } //-- void deleteFontStyle() \r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * Method deleteGatheredViews\r
 363      * \r
 364      */\r
 365     public void deleteGatheredViews()\r
 366     {\r
 367         this._has_gatheredViews= false;\r
 368     } //-- void deleteGatheredViews() \r
 369 \r
 370     /**\r
 371      * Method deleteHeight\r
 372      * \r
 373      */\r
 374     public void deleteHeight()\r
 375     {\r
 376         this._has_height= false;\r
 377     } //-- void deleteHeight() \r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * Method deletePidSelected\r
 381      * \r
 382      */\r
 383     public void deletePidSelected()\r
 384     {\r
 385         this._has_pidSelected= false;\r
 386     } //-- void deletePidSelected() \r
 387 \r
 388     /**\r
 389      * Method deletePidThreshold\r
 390      * \r
 391      */\r
 392     public void deletePidThreshold()\r
 393     {\r
 394         this._has_pidThreshold= false;\r
 395     } //-- void deletePidThreshold() \r
 396 \r
 397     /**\r
 398      * Method deleteRenderGaps\r
 399      * \r
 400      */\r
 401     public void deleteRenderGaps()\r
 402     {\r
 403         this._has_renderGaps= false;\r
 404     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 405 \r
 406     /**\r
 407      * Method deleteShowAnnotation\r
 408      * \r
 409      */\r
 410     public void deleteShowAnnotation()\r
 411     {\r
 412         this._has_showAnnotation= false;\r
 413     } //-- void deleteShowAnnotation() \r
 414 \r
 415     /**\r
 416      * Method deleteShowBoxes\r
 417      * \r
 418      */\r
 419     public void deleteShowBoxes()\r
 420     {\r
 421         this._has_showBoxes= false;\r
 422     } //-- void deleteShowBoxes() \r
 423 \r
 424     /**\r
 425      * Method deleteShowColourText\r
 426      * \r
 427      */\r
 428     public void deleteShowColourText()\r
 429     {\r
 430         this._has_showColourText= false;\r
 431     } //-- void deleteShowColourText() \r
 432 \r
 433     /**\r
 434      * Method deleteShowFullId\r
 435      * \r
 436      */\r
 437     public void deleteShowFullId()\r
 438     {\r
 439         this._has_showFullId= false;\r
 440     } //-- void deleteShowFullId() \r
 441 \r
 442     /**\r
 443      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 444      * \r
 445      */\r
 446     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 447     {\r
 448         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 449     } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
 450 \r
 451     /**\r
 452      * Method deleteShowText\r
 453      * \r
 454      */\r
 455     public void deleteShowText()\r
 456     {\r
 457         this._has_showText= false;\r
 458     } //-- void deleteShowText() \r
 459 \r
 460     /**\r
 461      * Method deleteStartRes\r
 462      * \r
 463      */\r
 464     public void deleteStartRes()\r
 465     {\r
 466         this._has_startRes= false;\r
 467     } //-- void deleteStartRes() \r
 468 \r
 469     /**\r
 470      * Method deleteStartSeq\r
 471      * \r
 472      */\r
 473     public void deleteStartSeq()\r
 474     {\r
 475         this._has_startSeq= false;\r
 476     } //-- void deleteStartSeq() \r
 477 \r
 478     /**\r
 479      * Method deleteWidth\r
 480      * \r
 481      */\r
 482     public void deleteWidth()\r
 483     {\r
 484         this._has_width= false;\r
 485     } //-- void deleteWidth() \r
 486 \r
 487     /**\r
 488      * Method deleteWrapAlignment\r
 489      * \r
 490      */\r
 491     public void deleteWrapAlignment()\r
 492     {\r
 493         this._has_wrapAlignment= false;\r
 494     } //-- void deleteWrapAlignment() \r
 495 \r
 496     /**\r
 497      * Method deleteXpos\r
 498      * \r
 499      */\r
 500     public void deleteXpos()\r
 501     {\r
 502         this._has_xpos= false;\r
 503     } //-- void deleteXpos() \r
 504 \r
 505     /**\r
 506      * Method deleteYpos\r
 507      * \r
 508      */\r
 509     public void deleteYpos()\r
 510     {\r
 511         this._has_ypos= false;\r
 512     } //-- void deleteYpos() \r
 513 \r
 514     /**\r
 515      * Method enumerateHiddenColumns\r
 516      * \r
 517      * \r
 518      * \r
 519      * @return Enumeration\r
 520      */\r
 521     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 522     {\r
 523         return _hiddenColumnsList.elements();\r
 524     } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns() \r
 525 \r
 526     /**\r
 527      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 528      * \r
 529      * @return AnnotationColours\r
 530      * @return the value of field 'annotationColours'.\r
 531      */\r
 532     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 533     {\r
 534         return this._annotationColours;\r
 535     } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours() \r
 536 \r
 537     /**\r
 538      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 539      * \r
 540      * @return String\r
 541      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 542      */\r
 543     public java.lang.String getBgColour()\r
 544     {\r
 545         return this._bgColour;\r
 546     } //-- java.lang.String getBgColour() \r
 547 \r
 548     /**\r
 549      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 550      * \r
 551      * @return int\r
 552      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 553      */\r
 554     public int getConsThreshold()\r
 555     {\r
 556         return this._consThreshold;\r
 557     } //-- int getConsThreshold() \r
 558 \r
 559     /**\r
 560      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 561      * \r
 562      * @return boolean\r
 563      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 564      */\r
 565     public boolean getConservationSelected()\r
 566     {\r
 567         return this._conservationSelected;\r
 568     } //-- boolean getConservationSelected() \r
 569 \r
 570     /**\r
 571      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 572      * \r
 573      * @return String\r
 574      * @return the value of field 'fontName'.\r
 575      */\r
 576     public java.lang.String getFontName()\r
 577     {\r
 578         return this._fontName;\r
 579     } //-- java.lang.String getFontName() \r
 580 \r
 581     /**\r
 582      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 583      * \r
 584      * @return int\r
 585      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 586      */\r
 587     public int getFontSize()\r
 588     {\r
 589         return this._fontSize;\r
 590     } //-- int getFontSize() \r
 591 \r
 592     /**\r
 593      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 594      * \r
 595      * @return int\r
 596      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 597      */\r
 598     public int getFontStyle()\r
 599     {\r
 600         return this._fontStyle;\r
 601     } //-- int getFontStyle() \r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 605      * \r
 606      * @return boolean\r
 607      * @return the value of field 'gatheredViews'.\r
 608      */\r
 609     public boolean getGatheredViews()\r
 610     {\r
 611         return this._gatheredViews;\r
 612     } //-- boolean getGatheredViews() \r
 613 \r
 614     /**\r
 615      * Returns the value of field 'height'.\r
 616      * \r
 617      * @return int\r
 618      * @return the value of field 'height'.\r
 619      */\r
 620     public int getHeight()\r
 621     {\r
 622         return this._height;\r
 623     } //-- int getHeight() \r
 624 \r
 625     /**\r
 626      * Method getHiddenColumns\r
 627      * \r
 628      * \r
 629      * \r
 630      * @param index\r
 631      * @return HiddenColumns\r
 632      */\r
 633     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int index)\r
 634         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 635     {\r
 636         //-- check bounds for index\r
 637         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
 638             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 639         }\r
 640         \r
 641         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 642     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int) \r
 643 \r
 644     /**\r
 645      * Method getHiddenColumns\r
 646      * \r
 647      * \r
 648      * \r
 649      * @return HiddenColumns\r
 650      */\r
 651     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 652     {\r
 653         int size = _hiddenColumnsList.size();\r
 654         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
 655         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 656             mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 657         }\r
 658         return mArray;\r
 659     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns() \r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * Method getHiddenColumnsCount\r
 663      * \r
 664      * \r
 665      * \r
 666      * @return int\r
 667      */\r
 668     public int getHiddenColumnsCount()\r
 669     {\r
 670         return _hiddenColumnsList.size();\r
 671     } //-- int getHiddenColumnsCount() \r
 672 \r
 673     /**\r
 674      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 675      * \r
 676      * @return boolean\r
 677      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 678      */\r
 679     public boolean getPidSelected()\r
 680     {\r
 681         return this._pidSelected;\r
 682     } //-- boolean getPidSelected() \r
 683 \r
 684     /**\r
 685      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 686      * \r
 687      * @return int\r
 688      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 689      */\r
 690     public int getPidThreshold()\r
 691     {\r
 692         return this._pidThreshold;\r
 693     } //-- int getPidThreshold() \r
 694 \r
 695     /**\r
 696      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 697      * \r
 698      * @return boolean\r
 699      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 700      */\r
 701     public boolean getRenderGaps()\r
 702     {\r
 703         return this._renderGaps;\r
 704     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 705 \r
 706     /**\r
 707      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 708      * \r
 709      * @return String\r
 710      * @return the value of field 'sequenceSetId'.\r
 711      */\r
 712     public java.lang.String getSequenceSetId()\r
 713     {\r
 714         return this._sequenceSetId;\r
 715     } //-- java.lang.String getSequenceSetId() \r
 716 \r
 717     /**\r
 718      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 719      * \r
 720      * @return boolean\r
 721      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 722      */\r
 723     public boolean getShowAnnotation()\r
 724     {\r
 725         return this._showAnnotation;\r
 726     } //-- boolean getShowAnnotation() \r
 727 \r
 728     /**\r
 729      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 730      * \r
 731      * @return boolean\r
 732      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 733      */\r
 734     public boolean getShowBoxes()\r
 735     {\r
 736         return this._showBoxes;\r
 737     } //-- boolean getShowBoxes() \r
 738 \r
 739     /**\r
 740      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 741      * \r
 742      * @return boolean\r
 743      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 744      */\r
 745     public boolean getShowColourText()\r
 746     {\r
 747         return this._showColourText;\r
 748     } //-- boolean getShowColourText() \r
 749 \r
 750     /**\r
 751      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 752      * \r
 753      * @return boolean\r
 754      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 755      */\r
 756     public boolean getShowFullId()\r
 757     {\r
 758         return this._showFullId;\r
 759     } //-- boolean getShowFullId() \r
 760 \r
 761     /**\r
 762      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 763      * \r
 764      * @return boolean\r
 765      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 766      */\r
 767     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 768     {\r
 769         return this._showSequenceFeatures;\r
 770     } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
 771 \r
 772     /**\r
 773      * Returns the value of field 'showText'.\r
 774      * \r
 775      * @return boolean\r
 776      * @return the value of field 'showText'.\r
 777      */\r
 778     public boolean getShowText()\r
 779     {\r
 780         return this._showText;\r
 781     } //-- boolean getShowText() \r
 782 \r
 783     /**\r
 784      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 785      * \r
 786      * @return int\r
 787      * @return the value of field 'startRes'.\r
 788      */\r
 789     public int getStartRes()\r
 790     {\r
 791         return this._startRes;\r
 792     } //-- int getStartRes() \r
 793 \r
 794     /**\r
 795      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 796      * \r
 797      * @return int\r
 798      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 799      */\r
 800     public int getStartSeq()\r
 801     {\r
 802         return this._startSeq;\r
 803     } //-- int getStartSeq() \r
 804 \r
 805     /**\r
 806      * Returns the value of field 'title'.\r
 807      * \r
 808      * @return String\r
 809      * @return the value of field 'title'.\r
 810      */\r
 811     public java.lang.String getTitle()\r
 812     {\r
 813         return this._title;\r
 814     } //-- java.lang.String getTitle() \r
 815 \r
 816     /**\r
 817      * Returns the value of field 'viewName'.\r
 818      * \r
 819      * @return String\r
 820      * @return the value of field 'viewName'.\r
 821      */\r
 822     public java.lang.String getViewName()\r
 823     {\r
 824         return this._viewName;\r
 825     } //-- java.lang.String getViewName() \r
 826 \r
 827     /**\r
 828      * Returns the value of field 'width'.\r
 829      * \r
 830      * @return int\r
 831      * @return the value of field 'width'.\r
 832      */\r
 833     public int getWidth()\r
 834     {\r
 835         return this._width;\r
 836     } //-- int getWidth() \r
 837 \r
 838     /**\r
 839      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 840      * \r
 841      * @return boolean\r
 842      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 843      */\r
 844     public boolean getWrapAlignment()\r
 845     {\r
 846         return this._wrapAlignment;\r
 847     } //-- boolean getWrapAlignment() \r
 848 \r
 849     /**\r
 850      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 851      * \r
 852      * @return int\r
 853      * @return the value of field 'xpos'.\r
 854      */\r
 855     public int getXpos()\r
 856     {\r
 857         return this._xpos;\r
 858     } //-- int getXpos() \r
 859 \r
 860     /**\r
 861      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 862      * \r
 863      * @return int\r
 864      * @return the value of field 'ypos'.\r
 865      */\r
 866     public int getYpos()\r
 867     {\r
 868         return this._ypos;\r
 869     } //-- int getYpos() \r
 870 \r
 871     /**\r
 872      * Method hasConsThreshold\r
 873      * \r
 874      * \r
 875      * \r
 876      * @return boolean\r
 877      */\r
 878     public boolean hasConsThreshold()\r
 879     {\r
 880         return this._has_consThreshold;\r
 881     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
 882 \r
 883     /**\r
 884      * Method hasConservationSelected\r
 885      * \r
 886      * \r
 887      * \r
 888      * @return boolean\r
 889      */\r
 890     public boolean hasConservationSelected()\r
 891     {\r
 892         return this._has_conservationSelected;\r
 893     } //-- boolean hasConservationSelected() \r
 894 \r
 895     /**\r
 896      * Method hasFontSize\r
 897      * \r
 898      * \r
 899      * \r
 900      * @return boolean\r
 901      */\r
 902     public boolean hasFontSize()\r
 903     {\r
 904         return this._has_fontSize;\r
 905     } //-- boolean hasFontSize() \r
 906 \r
 907     /**\r
 908      * Method hasFontStyle\r
 909      * \r
 910      * \r
 911      * \r
 912      * @return boolean\r
 913      */\r
 914     public boolean hasFontStyle()\r
 915     {\r
 916         return this._has_fontStyle;\r
 917     } //-- boolean hasFontStyle() \r
 918 \r
 919     /**\r
 920      * Method hasGatheredViews\r
 921      * \r
 922      * \r
 923      * \r
 924      * @return boolean\r
 925      */\r
 926     public boolean hasGatheredViews()\r
 927     {\r
 928         return this._has_gatheredViews;\r
 929     } //-- boolean hasGatheredViews() \r
 930 \r
 931     /**\r
 932      * Method hasHeight\r
 933      * \r
 934      * \r
 935      * \r
 936      * @return boolean\r
 937      */\r
 938     public boolean hasHeight()\r
 939     {\r
 940         return this._has_height;\r
 941     } //-- boolean hasHeight() \r
 942 \r
 943     /**\r
 944      * Method hasPidSelected\r
 945      * \r
 946      * \r
 947      * \r
 948      * @return boolean\r
 949      */\r
 950     public boolean hasPidSelected()\r
 951     {\r
 952         return this._has_pidSelected;\r
 953     } //-- boolean hasPidSelected() \r
 954 \r
 955     /**\r
 956      * Method hasPidThreshold\r
 957      * \r
 958      * \r
 959      * \r
 960      * @return boolean\r
 961      */\r
 962     public boolean hasPidThreshold()\r
 963     {\r
 964         return this._has_pidThreshold;\r
 965     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
 966 \r
 967     /**\r
 968      * Method hasRenderGaps\r
 969      * \r
 970      * \r
 971      * \r
 972      * @return boolean\r
 973      */\r
 974     public boolean hasRenderGaps()\r
 975     {\r
 976         return this._has_renderGaps;\r
 977     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
 978 \r
 979     /**\r
 980      * Method hasShowAnnotation\r
 981      * \r
 982      * \r
 983      * \r
 984      * @return boolean\r
 985      */\r
 986     public boolean hasShowAnnotation()\r
 987     {\r
 988         return this._has_showAnnotation;\r
 989     } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * Method hasShowBoxes\r
 993      * \r
 994      * \r
 995      * \r
 996      * @return boolean\r
 997      */\r
 998     public boolean hasShowBoxes()\r
 999     {\r
1000         return this._has_showBoxes;\r
1001     } //-- boolean hasShowBoxes() \r
1002 \r
1003     /**\r
1004      * Method hasShowColourText\r
1005      * \r
1006      * \r
1007      * \r
1008      * @return boolean\r
1009      */\r
1010     public boolean hasShowColourText()\r
1011     {\r
1012         return this._has_showColourText;\r
1013     } //-- boolean hasShowColourText() \r
1014 \r
1015     /**\r
1016      * Method hasShowFullId\r
1017      * \r
1018      * \r
1019      * \r
1020      * @return boolean\r
1021      */\r
1022     public boolean hasShowFullId()\r
1023     {\r
1024         return this._has_showFullId;\r
1025     } //-- boolean hasShowFullId() \r
1026 \r
1027     /**\r
1028      * Method hasShowSequenceFeatures\r
1029      * \r
1030      * \r
1031      * \r
1032      * @return boolean\r
1033      */\r
1034     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1035     {\r
1036         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1037     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
1038 \r
1039     /**\r
1040      * Method hasShowText\r
1041      * \r
1042      * \r
1043      * \r
1044      * @return boolean\r
1045      */\r
1046     public boolean hasShowText()\r
1047     {\r
1048         return this._has_showText;\r
1049     } //-- boolean hasShowText() \r
1050 \r
1051     /**\r
1052      * Method hasStartRes\r
1053      * \r
1054      * \r
1055      * \r
1056      * @return boolean\r
1057      */\r
1058     public boolean hasStartRes()\r
1059     {\r
1060         return this._has_startRes;\r
1061     } //-- boolean hasStartRes() \r
1062 \r
1063     /**\r
1064      * Method hasStartSeq\r
1065      * \r
1066      * \r
1067      * \r
1068      * @return boolean\r
1069      */\r
1070     public boolean hasStartSeq()\r
1071     {\r
1072         return this._has_startSeq;\r
1073     } //-- boolean hasStartSeq() \r
1074 \r
1075     /**\r
1076      * Method hasWidth\r
1077      * \r
1078      * \r
1079      * \r
1080      * @return boolean\r
1081      */\r
1082     public boolean hasWidth()\r
1083     {\r
1084         return this._has_width;\r
1085     } //-- boolean hasWidth() \r
1086 \r
1087     /**\r
1088      * Method hasWrapAlignment\r
1089      * \r
1090      * \r
1091      * \r
1092      * @return boolean\r
1093      */\r
1094     public boolean hasWrapAlignment()\r
1095     {\r
1096         return this._has_wrapAlignment;\r
1097     } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
1098 \r
1099     /**\r
1100      * Method hasXpos\r
1101      * \r
1102      * \r
1103      * \r
1104      * @return boolean\r
1105      */\r
1106     public boolean hasXpos()\r
1107     {\r
1108         return this._has_xpos;\r
1109     } //-- boolean hasXpos() \r
1110 \r
1111     /**\r
1112      * Method hasYpos\r
1113      * \r
1114      * \r
1115      * \r
1116      * @return boolean\r
1117      */\r
1118     public boolean hasYpos()\r
1119     {\r
1120         return this._has_ypos;\r
1121     } //-- boolean hasYpos() \r
1122 \r
1123     /**\r
1124      * Method isValid\r
1125      * \r
1126      * \r
1127      * \r
1128      * @return boolean\r
1129      */\r
1130     public boolean isValid()\r
1131     {\r
1132         try {\r
1133             validate();\r
1134         }\r
1135         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1136             return false;\r
1137         }\r
1138         return true;\r
1139     } //-- boolean isValid() \r
1140 \r
1141     /**\r
1142      * Method marshal\r
1143      * \r
1144      * \r
1145      * \r
1146      * @param out\r
1147      */\r
1148     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1149         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1150     {\r
1151         \r
1152         Marshaller.marshal(this, out);\r
1153     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
1154 \r
1155     /**\r
1156      * Method marshal\r
1157      * \r
1158      * \r
1159      * \r
1160      * @param handler\r
1161      */\r
1162     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1163         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1164     {\r
1165         \r
1166         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1167     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
1168 \r
1169     /**\r
1170      * Method removeAllHiddenColumns\r
1171      * \r
1172      */\r
1173     public void removeAllHiddenColumns()\r
1174     {\r
1175         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1176     } //-- void removeAllHiddenColumns() \r
1177 \r
1178     /**\r
1179      * Method removeHiddenColumns\r
1180      * \r
1181      * \r
1182      * \r
1183      * @param index\r
1184      * @return HiddenColumns\r
1185      */\r
1186     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int index)\r
1187     {\r
1188         java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
1189         _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
1190         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1191     } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int) \r
1192 \r
1193     /**\r
1194      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1195      * \r
1196      * @param annotationColours the value of field\r
1197      * 'annotationColours'.\r
1198      */\r
1199     public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
1200     {\r
1201         this._annotationColours = annotationColours;\r
1202     } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) \r
1203 \r
1204     /**\r
1205      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1206      * \r
1207      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1208      */\r
1209     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1210     {\r
1211         this._bgColour = bgColour;\r
1212     } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
1213 \r
1214     /**\r
1215      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1216      * \r
1217      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1218      */\r
1219     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1220     {\r
1221         this._consThreshold = consThreshold;\r
1222         this._has_consThreshold = true;\r
1223     } //-- void setConsThreshold(int) \r
1224 \r
1225     /**\r
1226      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1227      * \r
1228      * @param conservationSelected the value of field\r
1229      * 'conservationSelected'.\r
1230      */\r
1231     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1232     {\r
1233         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1234         this._has_conservationSelected = true;\r
1235     } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
1236 \r
1237     /**\r
1238      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1239      * \r
1240      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1241      */\r
1242     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1243     {\r
1244         this._fontName = fontName;\r
1245     } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
1246 \r
1247     /**\r
1248      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1249      * \r
1250      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1251      */\r
1252     public void setFontSize(int fontSize)\r
1253     {\r
1254         this._fontSize = fontSize;\r
1255         this._has_fontSize = true;\r
1256     } //-- void setFontSize(int) \r
1257 \r
1258     /**\r
1259      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1260      * \r
1261      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1262      */\r
1263     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1264     {\r
1265         this._fontStyle = fontStyle;\r
1266         this._has_fontStyle = true;\r
1267     } //-- void setFontStyle(int) \r
1268 \r
1269     /**\r
1270      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1271      * \r
1272      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1273      */\r
1274     public void setGatheredViews(boolean gatheredViews)\r
1275     {\r
1276         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1277         this._has_gatheredViews = true;\r
1278     } //-- void setGatheredViews(boolean) \r
1279 \r
1280     /**\r
1281      * Sets the value of field 'height'.\r
1282      * \r
1283      * @param height the value of field 'height'.\r
1284      */\r
1285     public void setHeight(int height)\r
1286     {\r
1287         this._height = height;\r
1288         this._has_height = true;\r
1289     } //-- void setHeight(int) \r
1290 \r
1291     /**\r
1292      * Method setHiddenColumns\r
1293      * \r
1294      * \r
1295      * \r
1296      * @param index\r
1297      * @param vHiddenColumns\r
1298      */\r
1299     public void setHiddenColumns(int index, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1300         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
1301     {\r
1302         //-- check bounds for index\r
1303         if ((index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size())) {\r
1304             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
1305         }\r
1306         _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
1307     } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1308 \r
1309     /**\r
1310      * Method setHiddenColumns\r
1311      * \r
1312      * \r
1313      * \r
1314      * @param hiddenColumnsArray\r
1315      */\r
1316     public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] hiddenColumnsArray)\r
1317     {\r
1318         //-- copy array\r
1319         _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1320         for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1321             _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
1322         }\r
1323     } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) \r
1324 \r
1325     /**\r
1326      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1327      * \r
1328      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1329      */\r
1330     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1331     {\r
1332         this._pidSelected = pidSelected;\r
1333         this._has_pidSelected = true;\r
1334     } //-- void setPidSelected(boolean) \r
1335 \r
1336     /**\r
1337      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1338      * \r
1339      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1340      */\r
1341     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1342     {\r
1343         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1344         this._has_pidThreshold = true;\r
1345     } //-- void setPidThreshold(int) \r
1346 \r
1347     /**\r
1348      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1349      * \r
1350      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1351      */\r
1352     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1353     {\r
1354         this._renderGaps = renderGaps;\r
1355         this._has_renderGaps = true;\r
1356     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
1357 \r
1358     /**\r
1359      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1360      * \r
1361      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1362      */\r
1363     public void setSequenceSetId(java.lang.String sequenceSetId)\r
1364     {\r
1365         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1366     } //-- void setSequenceSetId(java.lang.String) \r
1367 \r
1368     /**\r
1369      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1370      * \r
1371      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1372      */\r
1373     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1374     {\r
1375         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1376         this._has_showAnnotation = true;\r
1377     } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
1378 \r
1379     /**\r
1380      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1381      * \r
1382      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1383      */\r
1384     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1385     {\r
1386         this._showBoxes = showBoxes;\r
1387         this._has_showBoxes = true;\r
1388     } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
1389 \r
1390     /**\r
1391      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1392      * \r
1393      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1394      */\r
1395     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1396     {\r
1397         this._showColourText = showColourText;\r
1398         this._has_showColourText = true;\r
1399     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
1400 \r
1401     /**\r
1402      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1403      * \r
1404      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1405      */\r
1406     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1407     {\r
1408         this._showFullId = showFullId;\r
1409         this._has_showFullId = true;\r
1410     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
1411 \r
1412     /**\r
1413      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1414      * \r
1415      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1416      * 'showSequenceFeatures'.\r
1417      */\r
1418     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1419     {\r
1420         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1421         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1422     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
1423 \r
1424     /**\r
1425      * Sets the value of field 'showText'.\r
1426      * \r
1427      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1428      */\r
1429     public void setShowText(boolean showText)\r
1430     {\r
1431         this._showText = showText;\r
1432         this._has_showText = true;\r
1433     } //-- void setShowText(boolean) \r
1434 \r
1435     /**\r
1436      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1437      * \r
1438      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1439      */\r
1440     public void setStartRes(int startRes)\r
1441     {\r
1442         this._startRes = startRes;\r
1443         this._has_startRes = true;\r
1444     } //-- void setStartRes(int) \r
1445 \r
1446     /**\r
1447      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1448      * \r
1449      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1450      */\r
1451     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1452     {\r
1453         this._startSeq = startSeq;\r
1454         this._has_startSeq = true;\r
1455     } //-- void setStartSeq(int) \r
1456 \r
1457     /**\r
1458      * Sets the value of field 'title'.\r
1459      * \r
1460      * @param title the value of field 'title'.\r
1461      */\r
1462     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1463     {\r
1464         this._title = title;\r
1465     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
1466 \r
1467     /**\r
1468      * Sets the value of field 'viewName'.\r
1469      * \r
1470      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1471      */\r
1472     public void setViewName(java.lang.String viewName)\r
1473     {\r
1474         this._viewName = viewName;\r
1475     } //-- void setViewName(java.lang.String) \r
1476 \r
1477     /**\r
1478      * Sets the value of field 'width'.\r
1479      * \r
1480      * @param width the value of field 'width'.\r
1481      */\r
1482     public void setWidth(int width)\r
1483     {\r
1484         this._width = width;\r
1485         this._has_width = true;\r
1486     } //-- void setWidth(int) \r
1487 \r
1488     /**\r
1489      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1490      * \r
1491      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1492      */\r
1493     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1494     {\r
1495         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1496         this._has_wrapAlignment = true;\r
1497     } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
1498 \r
1499     /**\r
1500      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1501      * \r
1502      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1503      */\r
1504     public void setXpos(int xpos)\r
1505     {\r
1506         this._xpos = xpos;\r
1507         this._has_xpos = true;\r
1508     } //-- void setXpos(int) \r
1509 \r
1510     /**\r
1511      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1512      * \r
1513      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1514      */\r
1515     public void setYpos(int ypos)\r
1516     {\r
1517         this._ypos = ypos;\r
1518         this._has_ypos = true;\r
1519     } //-- void setYpos(int) \r
1520 \r
1521     /**\r
1522      * Method unmarshal\r
1523      * \r
1524      * \r
1525      * \r
1526      * @param reader\r
1527      * @return Object\r
1528      */\r
1529     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1530         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1531     {\r
1532         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1533     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
1534 \r
1535     /**\r
1536      * Method validate\r
1537      * \r
1538      */\r
1539     public void validate()\r
1540         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1541     {\r
1542         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1543         validator.validate(this);\r
1544     } //-- void validate() \r
1545 \r
1546 }\r