src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4.1)\r
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2;\r
  20 \r
  21   //---------------------------------/\r
  22  //- Imported classes and packages -/\r
  23 //---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  26 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * Class Viewport.\r
  30  * \r
  31  * @version $Revision$ $Date$\r
  32  */\r
  33 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  34 \r
  35 \r
  36       //--------------------------/\r
  37      //- Class/Member Variables -/\r
  38     //--------------------------/\r
  39 \r
  40     /**\r
  41      * Field _conservationSelected.\r
  42      */\r
  43     private boolean _conservationSelected;\r
  44 \r
  45     /**\r
  46      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  47      */\r
  48     private boolean _has_conservationSelected;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Field _pidSelected.\r
  52      */\r
  53     private boolean _pidSelected;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  57      */\r
  58     private boolean _has_pidSelected;\r
  59 \r
  60     /**\r
  61      * Field _bgColour.\r
  62      */\r
  63     private java.lang.String _bgColour;\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * Field _consThreshold.\r
  67      */\r
  68     private int _consThreshold;\r
  69 \r
  70     /**\r
  71      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  72      */\r
  73     private boolean _has_consThreshold;\r
  74 \r
  75     /**\r
  76      * Field _pidThreshold.\r
  77      */\r
  78     private int _pidThreshold;\r
  79 \r
  80     /**\r
  81      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  82      */\r
  83     private boolean _has_pidThreshold;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * Field _title.\r
  87      */\r
  88     private java.lang.String _title;\r
  89 \r
  90     /**\r
  91      * Field _showFullId.\r
  92      */\r
  93     private boolean _showFullId;\r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  97      */\r
  98     private boolean _has_showFullId;\r
  99 \r
 100     /**\r
 101      * Field _rightAlignIds.\r
 102      */\r
 103     private boolean _rightAlignIds;\r
 104 \r
 105     /**\r
 106      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
 107      */\r
 108     private boolean _has_rightAlignIds;\r
 109 \r
 110     /**\r
 111      * Field _showText.\r
 112      */\r
 113     private boolean _showText;\r
 114 \r
 115     /**\r
 116      * keeps track of state for field: _showText\r
 117      */\r
 118     private boolean _has_showText;\r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * Field _showColourText.\r
 122      */\r
 123     private boolean _showColourText;\r
 124 \r
 125     /**\r
 126      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 127      */\r
 128     private boolean _has_showColourText;\r
 129 \r
 130     /**\r
 131      * Field _showUnconserved.\r
 132      */\r
 133     private boolean _showUnconserved = false;\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * keeps track of state for field: _showUnconserved\r
 137      */\r
 138     private boolean _has_showUnconserved;\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * Field _showBoxes.\r
 142      */\r
 143     private boolean _showBoxes;\r
 144 \r
 145     /**\r
 146      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 147      */\r
 148     private boolean _has_showBoxes;\r
 149 \r
 150     /**\r
 151      * Field _wrapAlignment.\r
 152      */\r
 153     private boolean _wrapAlignment;\r
 154 \r
 155     /**\r
 156      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 157      */\r
 158     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 159 \r
 160     /**\r
 161      * Field _renderGaps.\r
 162      */\r
 163     private boolean _renderGaps;\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 167      */\r
 168     private boolean _has_renderGaps;\r
 169 \r
 170     /**\r
 171      * Field _showSequenceFeatures.\r
 172      */\r
 173     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 174 \r
 175     /**\r
 176      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 177      */\r
 178     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * Field _showNPfeatureTooltip.\r
 182      */\r
 183     private boolean _showNPfeatureTooltip;\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip\r
 187      */\r
 188     private boolean _has_showNPfeatureTooltip;\r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * Field _showDbRefTooltip.\r
 192      */\r
 193     private boolean _showDbRefTooltip;\r
 194 \r
 195     /**\r
 196      * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip\r
 197      */\r
 198     private boolean _has_showDbRefTooltip;\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * Field _followHighlight.\r
 202      */\r
 203     private boolean _followHighlight = true;\r
 204 \r
 205     /**\r
 206      * keeps track of state for field: _followHighlight\r
 207      */\r
 208     private boolean _has_followHighlight;\r
 209 \r
 210     /**\r
 211      * Field _followSelection.\r
 212      */\r
 213     private boolean _followSelection = true;\r
 214 \r
 215     /**\r
 216      * keeps track of state for field: _followSelection\r
 217      */\r
 218     private boolean _has_followSelection;\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      * Field _showAnnotation.\r
 222      */\r
 223     private boolean _showAnnotation;\r
 224 \r
 225     /**\r
 226      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 227      */\r
 228     private boolean _has_showAnnotation;\r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * Field _centreColumnLabels.\r
 232      */\r
 233     private boolean _centreColumnLabels = false;\r
 234 \r
 235     /**\r
 236      * keeps track of state for field: _centreColumnLabels\r
 237      */\r
 238     private boolean _has_centreColumnLabels;\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * Field _showGroupConservation.\r
 242      */\r
 243     private boolean _showGroupConservation = false;\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      * keeps track of state for field: _showGroupConservation\r
 247      */\r
 248     private boolean _has_showGroupConservation;\r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * Field _showGroupConsensus.\r
 252      */\r
 253     private boolean _showGroupConsensus = false;\r
 254 \r
 255     /**\r
 256      * keeps track of state for field: _showGroupConsensus\r
 257      */\r
 258     private boolean _has_showGroupConsensus;\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      * Field _showConsensusHistogram.\r
 262      */\r
 263     private boolean _showConsensusHistogram = true;\r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram\r
 267      */\r
 268     private boolean _has_showConsensusHistogram;\r
 269 \r
 270     /**\r
 271      * Field _showConsensusProfile.\r
 272      */\r
 273     private boolean _showConsensusProfile = false;\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * keeps track of state for field: _showConsensusProfile\r
 277      */\r
 278     private boolean _has_showConsensusProfile;\r
 279 \r
 280     /**\r
 281      * Field _ignoreGapsinConsensus.\r
 282      */\r
 283     private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;\r
 284 \r
 285     /**\r
 286      * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus\r
 287      */\r
 288     private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;\r
 289 \r
 290     /**\r
 291      * Field _xpos.\r
 292      */\r
 293     private int _xpos;\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * keeps track of state for field: _xpos\r
 297      */\r
 298     private boolean _has_xpos;\r
 299 \r
 300     /**\r
 301      * Field _ypos.\r
 302      */\r
 303     private int _ypos;\r
 304 \r
 305     /**\r
 306      * keeps track of state for field: _ypos\r
 307      */\r
 308     private boolean _has_ypos;\r
 309 \r
 310     /**\r
 311      * Field _width.\r
 312      */\r
 313     private int _width;\r
 314 \r
 315     /**\r
 316      * keeps track of state for field: _width\r
 317      */\r
 318     private boolean _has_width;\r
 319 \r
 320     /**\r
 321      * Field _height.\r
 322      */\r
 323     private int _height;\r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * keeps track of state for field: _height\r
 327      */\r
 328     private boolean _has_height;\r
 329 \r
 330     /**\r
 331      * Field _startRes.\r
 332      */\r
 333     private int _startRes;\r
 334 \r
 335     /**\r
 336      * keeps track of state for field: _startRes\r
 337      */\r
 338     private boolean _has_startRes;\r
 339 \r
 340     /**\r
 341      * Field _startSeq.\r
 342      */\r
 343     private int _startSeq;\r
 344 \r
 345     /**\r
 346      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 347      */\r
 348     private boolean _has_startSeq;\r
 349 \r
 350     /**\r
 351      * Field _fontName.\r
 352      */\r
 353     private java.lang.String _fontName;\r
 354 \r
 355     /**\r
 356      * Field _fontSize.\r
 357      */\r
 358     private int _fontSize;\r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 362      */\r
 363     private boolean _has_fontSize;\r
 364 \r
 365     /**\r
 366      * Field _fontStyle.\r
 367      */\r
 368     private int _fontStyle;\r
 369 \r
 370     /**\r
 371      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 372      */\r
 373     private boolean _has_fontStyle;\r
 374 \r
 375     /**\r
 376      * Field _viewName.\r
 377      */\r
 378     private java.lang.String _viewName;\r
 379 \r
 380     /**\r
 381      * Field _sequenceSetId.\r
 382      */\r
 383     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 384 \r
 385     /**\r
 386      * Field _gatheredViews.\r
 387      */\r
 388     private boolean _gatheredViews;\r
 389 \r
 390     /**\r
 391      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 392      */\r
 393     private boolean _has_gatheredViews;\r
 394 \r
 395     /**\r
 396      * Field _textCol1.\r
 397      */\r
 398     private int _textCol1;\r
 399 \r
 400     /**\r
 401      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 402      */\r
 403     private boolean _has_textCol1;\r
 404 \r
 405     /**\r
 406      * Field _textCol2.\r
 407      */\r
 408     private int _textCol2;\r
 409 \r
 410     /**\r
 411      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 412      */\r
 413     private boolean _has_textCol2;\r
 414 \r
 415     /**\r
 416      * Field _textColThreshold.\r
 417      */\r
 418     private int _textColThreshold;\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 422      */\r
 423     private boolean _has_textColThreshold;\r
 424 \r
 425     /**\r
 426      * unique id used by jalview to synchronize between stored and\r
 427      * instantiated views\r
 428      *  \r
 429      */\r
 430     private java.lang.String _id;\r
 431 \r
 432     /**\r
 433      * Field _annotationColours.\r
 434      */\r
 435     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 436 \r
 437     /**\r
 438      * Field _hiddenColumnsList.\r
 439      */\r
 440     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 441 \r
 442 \r
 443       //----------------/\r
 444      //- Constructors -/\r
 445     //----------------/\r
 446 \r
 447     public Viewport() {\r
 448         super();\r
 449         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 450     }\r
 451 \r
 452 \r
 453       //-----------/\r
 454      //- Methods -/\r
 455     //-----------/\r
 456 \r
 457     /**\r
 458      * \r
 459      * \r
 460      * @param vHiddenColumns\r
 461      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 462      * given is outside the bounds of the collection\r
 463      */\r
 464     public void addHiddenColumns(\r
 465             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 466     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 467         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 468     }\r
 469 \r
 470     /**\r
 471      * \r
 472      * \r
 473      * @param index\r
 474      * @param vHiddenColumns\r
 475      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 476      * given is outside the bounds of the collection\r
 477      */\r
 478     public void addHiddenColumns(\r
 479             final int index,\r
 480             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 481     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 482         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 483     }\r
 484 \r
 485     /**\r
 486      */\r
 487     public void deleteCentreColumnLabels(\r
 488     ) {\r
 489         this._has_centreColumnLabels= false;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     /**\r
 493      */\r
 494     public void deleteConsThreshold(\r
 495     ) {\r
 496         this._has_consThreshold= false;\r
 497     }\r
 498 \r
 499     /**\r
 500      */\r
 501     public void deleteConservationSelected(\r
 502     ) {\r
 503         this._has_conservationSelected= false;\r
 504     }\r
 505 \r
 506     /**\r
 507      */\r
 508     public void deleteFollowHighlight(\r
 509     ) {\r
 510         this._has_followHighlight= false;\r
 511     }\r
 512 \r
 513     /**\r
 514      */\r
 515     public void deleteFollowSelection(\r
 516     ) {\r
 517         this._has_followSelection= false;\r
 518     }\r
 519 \r
 520     /**\r
 521      */\r
 522     public void deleteFontSize(\r
 523     ) {\r
 524         this._has_fontSize= false;\r
 525     }\r
 526 \r
 527     /**\r
 528      */\r
 529     public void deleteFontStyle(\r
 530     ) {\r
 531         this._has_fontStyle= false;\r
 532     }\r
 533 \r
 534     /**\r
 535      */\r
 536     public void deleteGatheredViews(\r
 537     ) {\r
 538         this._has_gatheredViews= false;\r
 539     }\r
 540 \r
 541     /**\r
 542      */\r
 543     public void deleteHeight(\r
 544     ) {\r
 545         this._has_height= false;\r
 546     }\r
 547 \r
 548     /**\r
 549      */\r
 550     public void deleteIgnoreGapsinConsensus(\r
 551     ) {\r
 552         this._has_ignoreGapsinConsensus= false;\r
 553     }\r
 554 \r
 555     /**\r
 556      */\r
 557     public void deletePidSelected(\r
 558     ) {\r
 559         this._has_pidSelected= false;\r
 560     }\r
 561 \r
 562     /**\r
 563      */\r
 564     public void deletePidThreshold(\r
 565     ) {\r
 566         this._has_pidThreshold= false;\r
 567     }\r
 568 \r
 569     /**\r
 570      */\r
 571     public void deleteRenderGaps(\r
 572     ) {\r
 573         this._has_renderGaps= false;\r
 574     }\r
 575 \r
 576     /**\r
 577      */\r
 578     public void deleteRightAlignIds(\r
 579     ) {\r
 580         this._has_rightAlignIds= false;\r
 581     }\r
 582 \r
 583     /**\r
 584      */\r
 585     public void deleteShowAnnotation(\r
 586     ) {\r
 587         this._has_showAnnotation= false;\r
 588     }\r
 589 \r
 590     /**\r
 591      */\r
 592     public void deleteShowBoxes(\r
 593     ) {\r
 594         this._has_showBoxes= false;\r
 595     }\r
 596 \r
 597     /**\r
 598      */\r
 599     public void deleteShowColourText(\r
 600     ) {\r
 601         this._has_showColourText= false;\r
 602     }\r
 603 \r
 604     /**\r
 605      */\r
 606     public void deleteShowConsensusHistogram(\r
 607     ) {\r
 608         this._has_showConsensusHistogram= false;\r
 609     }\r
 610 \r
 611     /**\r
 612      */\r
 613     public void deleteShowConsensusProfile(\r
 614     ) {\r
 615         this._has_showConsensusProfile= false;\r
 616     }\r
 617 \r
 618     /**\r
 619      */\r
 620     public void deleteShowDbRefTooltip(\r
 621     ) {\r
 622         this._has_showDbRefTooltip= false;\r
 623     }\r
 624 \r
 625     /**\r
 626      */\r
 627     public void deleteShowFullId(\r
 628     ) {\r
 629         this._has_showFullId= false;\r
 630     }\r
 631 \r
 632     /**\r
 633      */\r
 634     public void deleteShowGroupConsensus(\r
 635     ) {\r
 636         this._has_showGroupConsensus= false;\r
 637     }\r
 638 \r
 639     /**\r
 640      */\r
 641     public void deleteShowGroupConservation(\r
 642     ) {\r
 643         this._has_showGroupConservation= false;\r
 644     }\r
 645 \r
 646     /**\r
 647      */\r
 648     public void deleteShowNPfeatureTooltip(\r
 649     ) {\r
 650         this._has_showNPfeatureTooltip= false;\r
 651     }\r
 652 \r
 653     /**\r
 654      */\r
 655     public void deleteShowSequenceFeatures(\r
 656     ) {\r
 657         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 658     }\r
 659 \r
 660     /**\r
 661      */\r
 662     public void deleteShowText(\r
 663     ) {\r
 664         this._has_showText= false;\r
 665     }\r
 666 \r
 667     /**\r
 668      */\r
 669     public void deleteShowUnconserved(\r
 670     ) {\r
 671         this._has_showUnconserved= false;\r
 672     }\r
 673 \r
 674     /**\r
 675      */\r
 676     public void deleteStartRes(\r
 677     ) {\r
 678         this._has_startRes= false;\r
 679     }\r
 680 \r
 681     /**\r
 682      */\r
 683     public void deleteStartSeq(\r
 684     ) {\r
 685         this._has_startSeq= false;\r
 686     }\r
 687 \r
 688     /**\r
 689      */\r
 690     public void deleteTextCol1(\r
 691     ) {\r
 692         this._has_textCol1= false;\r
 693     }\r
 694 \r
 695     /**\r
 696      */\r
 697     public void deleteTextCol2(\r
 698     ) {\r
 699         this._has_textCol2= false;\r
 700     }\r
 701 \r
 702     /**\r
 703      */\r
 704     public void deleteTextColThreshold(\r
 705     ) {\r
 706         this._has_textColThreshold= false;\r
 707     }\r
 708 \r
 709     /**\r
 710      */\r
 711     public void deleteWidth(\r
 712     ) {\r
 713         this._has_width= false;\r
 714     }\r
 715 \r
 716     /**\r
 717      */\r
 718     public void deleteWrapAlignment(\r
 719     ) {\r
 720         this._has_wrapAlignment= false;\r
 721     }\r
 722 \r
 723     /**\r
 724      */\r
 725     public void deleteXpos(\r
 726     ) {\r
 727         this._has_xpos= false;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     /**\r
 731      */\r
 732     public void deleteYpos(\r
 733     ) {\r
 734         this._has_ypos= false;\r
 735     }\r
 736 \r
 737     /**\r
 738      * Method enumerateHiddenColumns.\r
 739      * \r
 740      * @return an Enumeration over all\r
 741      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 742      */\r
 743     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
 744     ) {\r
 745         return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 746     }\r
 747 \r
 748     /**\r
 749      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 750      * \r
 751      * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 752      */\r
 753     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
 754     ) {\r
 755         return this._annotationColours;\r
 756     }\r
 757 \r
 758     /**\r
 759      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 760      * \r
 761      * @return the value of field 'BgColour'.\r
 762      */\r
 763     public java.lang.String getBgColour(\r
 764     ) {\r
 765         return this._bgColour;\r
 766     }\r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
 770      * \r
 771      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
 772      */\r
 773     public boolean getCentreColumnLabels(\r
 774     ) {\r
 775         return this._centreColumnLabels;\r
 776     }\r
 777 \r
 778     /**\r
 779      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 780      * \r
 781      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 782      */\r
 783     public int getConsThreshold(\r
 784     ) {\r
 785         return this._consThreshold;\r
 786     }\r
 787 \r
 788     /**\r
 789      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 790      * \r
 791      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 792      */\r
 793     public boolean getConservationSelected(\r
 794     ) {\r
 795         return this._conservationSelected;\r
 796     }\r
 797 \r
 798     /**\r
 799      * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
 800      * \r
 801      * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
 802      */\r
 803     public boolean getFollowHighlight(\r
 804     ) {\r
 805         return this._followHighlight;\r
 806     }\r
 807 \r
 808     /**\r
 809      * Returns the value of field 'followSelection'.\r
 810      * \r
 811      * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
 812      */\r
 813     public boolean getFollowSelection(\r
 814     ) {\r
 815         return this._followSelection;\r
 816     }\r
 817 \r
 818     /**\r
 819      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 820      * \r
 821      * @return the value of field 'FontName'.\r
 822      */\r
 823     public java.lang.String getFontName(\r
 824     ) {\r
 825         return this._fontName;\r
 826     }\r
 827 \r
 828     /**\r
 829      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 830      * \r
 831      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 832      */\r
 833     public int getFontSize(\r
 834     ) {\r
 835         return this._fontSize;\r
 836     }\r
 837 \r
 838     /**\r
 839      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 840      * \r
 841      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 842      */\r
 843     public int getFontStyle(\r
 844     ) {\r
 845         return this._fontStyle;\r
 846     }\r
 847 \r
 848     /**\r
 849      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 850      * \r
 851      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 852      */\r
 853     public boolean getGatheredViews(\r
 854     ) {\r
 855         return this._gatheredViews;\r
 856     }\r
 857 \r
 858     /**\r
 859      * Returns the value of field 'height'.\r
 860      * \r
 861      * @return the value of field 'Height'.\r
 862      */\r
 863     public int getHeight(\r
 864     ) {\r
 865         return this._height;\r
 866     }\r
 867 \r
 868     /**\r
 869      * Method getHiddenColumns.\r
 870      * \r
 871      * @param index\r
 872      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 873      * given is outside the bounds of the collection\r
 874      * @return the value of the\r
 875      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
 876      * index\r
 877      */\r
 878     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 879             final int index)\r
 880     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 881         // check bounds for index\r
 882         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
 883             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 884         }\r
 885         \r
 886         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
 887     }\r
 888 \r
 889     /**\r
 890      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
 891      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 892      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 893      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 894      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 895      * exactly the correct length.\r
 896      * \r
 897      * @return this collection as an Array\r
 898      */\r
 899     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
 900     ) {\r
 901         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 902         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
 903     }\r
 904 \r
 905     /**\r
 906      * Method getHiddenColumnsCount.\r
 907      * \r
 908      * @return the size of this collection\r
 909      */\r
 910     public int getHiddenColumnsCount(\r
 911     ) {\r
 912         return this._hiddenColumnsList.size();\r
 913     }\r
 914 \r
 915     /**\r
 916      * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
 917      * following description: unique id used by jalview to\r
 918      * synchronize between stored and instantiated views\r
 919      *  \r
 920      * \r
 921      * @return the value of field 'Id'.\r
 922      */\r
 923     public java.lang.String getId(\r
 924     ) {\r
 925         return this._id;\r
 926     }\r
 927 \r
 928     /**\r
 929      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
 930      * \r
 931      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
 932      */\r
 933     public boolean getIgnoreGapsinConsensus(\r
 934     ) {\r
 935         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
 936     }\r
 937 \r
 938     /**\r
 939      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 940      * \r
 941      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 942      */\r
 943     public boolean getPidSelected(\r
 944     ) {\r
 945         return this._pidSelected;\r
 946     }\r
 947 \r
 948     /**\r
 949      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 950      * \r
 951      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 952      */\r
 953     public int getPidThreshold(\r
 954     ) {\r
 955         return this._pidThreshold;\r
 956     }\r
 957 \r
 958     /**\r
 959      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 960      * \r
 961      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 962      */\r
 963     public boolean getRenderGaps(\r
 964     ) {\r
 965         return this._renderGaps;\r
 966     }\r
 967 \r
 968     /**\r
 969      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 970      * \r
 971      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 972      */\r
 973     public boolean getRightAlignIds(\r
 974     ) {\r
 975         return this._rightAlignIds;\r
 976     }\r
 977 \r
 978     /**\r
 979      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 980      * \r
 981      * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 982      */\r
 983     public java.lang.String getSequenceSetId(\r
 984     ) {\r
 985         return this._sequenceSetId;\r
 986     }\r
 987 \r
 988     /**\r
 989      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 990      * \r
 991      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 992      */\r
 993     public boolean getShowAnnotation(\r
 994     ) {\r
 995         return this._showAnnotation;\r
 996     }\r
 997 \r
 998     /**\r
 999      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1000      * \r
1001      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1002      */\r
1003     public boolean getShowBoxes(\r
1004     ) {\r
1005         return this._showBoxes;\r
1006     }\r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1010      * \r
1011      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1012      */\r
1013     public boolean getShowColourText(\r
1014     ) {\r
1015         return this._showColourText;\r
1016     }\r
1017 \r
1018     /**\r
1019      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1020      * \r
1021      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1022      */\r
1023     public boolean getShowConsensusHistogram(\r
1024     ) {\r
1025         return this._showConsensusHistogram;\r
1026     }\r
1027 \r
1028     /**\r
1029      * Returns the value of field 'showConsensusProfile'.\r
1030      * \r
1031      * @return the value of field 'ShowConsensusProfile'.\r
1032      */\r
1033     public boolean getShowConsensusProfile(\r
1034     ) {\r
1035         return this._showConsensusProfile;\r
1036     }\r
1037 \r
1038     /**\r
1039      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1040      * \r
1041      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1042      */\r
1043     public boolean getShowDbRefTooltip(\r
1044     ) {\r
1045         return this._showDbRefTooltip;\r
1046     }\r
1047 \r
1048     /**\r
1049      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1050      * \r
1051      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1052      */\r
1053     public boolean getShowFullId(\r
1054     ) {\r
1055         return this._showFullId;\r
1056     }\r
1057 \r
1058     /**\r
1059      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1060      * \r
1061      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1062      */\r
1063     public boolean getShowGroupConsensus(\r
1064     ) {\r
1065         return this._showGroupConsensus;\r
1066     }\r
1067 \r
1068     /**\r
1069      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1070      * \r
1071      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1072      */\r
1073     public boolean getShowGroupConservation(\r
1074     ) {\r
1075         return this._showGroupConservation;\r
1076     }\r
1077 \r
1078     /**\r
1079      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1080      * \r
1081      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1082      */\r
1083     public boolean getShowNPfeatureTooltip(\r
1084     ) {\r
1085         return this._showNPfeatureTooltip;\r
1086     }\r
1087 \r
1088     /**\r
1089      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1090      * \r
1091      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1092      */\r
1093     public boolean getShowSequenceFeatures(\r
1094     ) {\r
1095         return this._showSequenceFeatures;\r
1096     }\r
1097 \r
1098     /**\r
1099      * Returns the value of field 'showText'.\r
1100      * \r
1101      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1102      */\r
1103     public boolean getShowText(\r
1104     ) {\r
1105         return this._showText;\r
1106     }\r
1107 \r
1108     /**\r
1109      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1110      * \r
1111      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1112      */\r
1113     public boolean getShowUnconserved(\r
1114     ) {\r
1115         return this._showUnconserved;\r
1116     }\r
1117 \r
1118     /**\r
1119      * Returns the value of field 'startRes'.\r
1120      * \r
1121      * @return the value of field 'StartRes'.\r
1122      */\r
1123     public int getStartRes(\r
1124     ) {\r
1125         return this._startRes;\r
1126     }\r
1127 \r
1128     /**\r
1129      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
1130      * \r
1131      * @return the value of field 'StartSeq'.\r
1132      */\r
1133     public int getStartSeq(\r
1134     ) {\r
1135         return this._startSeq;\r
1136     }\r
1137 \r
1138     /**\r
1139      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
1140      * \r
1141      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
1142      */\r
1143     public int getTextCol1(\r
1144     ) {\r
1145         return this._textCol1;\r
1146     }\r
1147 \r
1148     /**\r
1149      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
1150      * \r
1151      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
1152      */\r
1153     public int getTextCol2(\r
1154     ) {\r
1155         return this._textCol2;\r
1156     }\r
1157 \r
1158     /**\r
1159      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
1160      * \r
1161      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
1162      */\r
1163     public int getTextColThreshold(\r
1164     ) {\r
1165         return this._textColThreshold;\r
1166     }\r
1167 \r
1168     /**\r
1169      * Returns the value of field 'title'.\r
1170      * \r
1171      * @return the value of field 'Title'.\r
1172      */\r
1173     public java.lang.String getTitle(\r
1174     ) {\r
1175         return this._title;\r
1176     }\r
1177 \r
1178     /**\r
1179      * Returns the value of field 'viewName'.\r
1180      * \r
1181      * @return the value of field 'ViewName'.\r
1182      */\r
1183     public java.lang.String getViewName(\r
1184     ) {\r
1185         return this._viewName;\r
1186     }\r
1187 \r
1188     /**\r
1189      * Returns the value of field 'width'.\r
1190      * \r
1191      * @return the value of field 'Width'.\r
1192      */\r
1193     public int getWidth(\r
1194     ) {\r
1195         return this._width;\r
1196     }\r
1197 \r
1198     /**\r
1199      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1200      * \r
1201      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1202      */\r
1203     public boolean getWrapAlignment(\r
1204     ) {\r
1205         return this._wrapAlignment;\r
1206     }\r
1207 \r
1208     /**\r
1209      * Returns the value of field 'xpos'.\r
1210      * \r
1211      * @return the value of field 'Xpos'.\r
1212      */\r
1213     public int getXpos(\r
1214     ) {\r
1215         return this._xpos;\r
1216     }\r
1217 \r
1218     /**\r
1219      * Returns the value of field 'ypos'.\r
1220      * \r
1221      * @return the value of field 'Ypos'.\r
1222      */\r
1223     public int getYpos(\r
1224     ) {\r
1225         return this._ypos;\r
1226     }\r
1227 \r
1228     /**\r
1229      * Method hasCentreColumnLabels.\r
1230      * \r
1231      * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde\r
1232      */\r
1233     public boolean hasCentreColumnLabels(\r
1234     ) {\r
1235         return this._has_centreColumnLabels;\r
1236     }\r
1237 \r
1238     /**\r
1239      * Method hasConsThreshold.\r
1240      * \r
1241      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
1242      */\r
1243     public boolean hasConsThreshold(\r
1244     ) {\r
1245         return this._has_consThreshold;\r
1246     }\r
1247 \r
1248     /**\r
1249      * Method hasConservationSelected.\r
1250      * \r
1251      * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
1252      * added\r
1253      */\r
1254     public boolean hasConservationSelected(\r
1255     ) {\r
1256         return this._has_conservationSelected;\r
1257     }\r
1258 \r
1259     /**\r
1260      * Method hasFollowHighlight.\r
1261      * \r
1262      * @return true if at least one FollowHighlight has been added\r
1263      */\r
1264     public boolean hasFollowHighlight(\r
1265     ) {\r
1266         return this._has_followHighlight;\r
1267     }\r
1268 \r
1269     /**\r
1270      * Method hasFollowSelection.\r
1271      * \r
1272      * @return true if at least one FollowSelection has been added\r
1273      */\r
1274     public boolean hasFollowSelection(\r
1275     ) {\r
1276         return this._has_followSelection;\r
1277     }\r
1278 \r
1279     /**\r
1280      * Method hasFontSize.\r
1281      * \r
1282      * @return true if at least one FontSize has been added\r
1283      */\r
1284     public boolean hasFontSize(\r
1285     ) {\r
1286         return this._has_fontSize;\r
1287     }\r
1288 \r
1289     /**\r
1290      * Method hasFontStyle.\r
1291      * \r
1292      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
1293      */\r
1294     public boolean hasFontStyle(\r
1295     ) {\r
1296         return this._has_fontStyle;\r
1297     }\r
1298 \r
1299     /**\r
1300      * Method hasGatheredViews.\r
1301      * \r
1302      * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
1303      */\r
1304     public boolean hasGatheredViews(\r
1305     ) {\r
1306         return this._has_gatheredViews;\r
1307     }\r
1308 \r
1309     /**\r
1310      * Method hasHeight.\r
1311      * \r
1312      * @return true if at least one Height has been added\r
1313      */\r
1314     public boolean hasHeight(\r
1315     ) {\r
1316         return this._has_height;\r
1317     }\r
1318 \r
1319     /**\r
1320      * Method hasIgnoreGapsinConsensus.\r
1321      * \r
1322      * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been\r
1323      * added\r
1324      */\r
1325     public boolean hasIgnoreGapsinConsensus(\r
1326     ) {\r
1327         return this._has_ignoreGapsinConsensus;\r
1328     }\r
1329 \r
1330     /**\r
1331      * Method hasPidSelected.\r
1332      * \r
1333      * @return true if at least one PidSelected has been added\r
1334      */\r
1335     public boolean hasPidSelected(\r
1336     ) {\r
1337         return this._has_pidSelected;\r
1338     }\r
1339 \r
1340     /**\r
1341      * Method hasPidThreshold.\r
1342      * \r
1343      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
1344      */\r
1345     public boolean hasPidThreshold(\r
1346     ) {\r
1347         return this._has_pidThreshold;\r
1348     }\r
1349 \r
1350     /**\r
1351      * Method hasRenderGaps.\r
1352      * \r
1353      * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
1354      */\r
1355     public boolean hasRenderGaps(\r
1356     ) {\r
1357         return this._has_renderGaps;\r
1358     }\r
1359 \r
1360     /**\r
1361      * Method hasRightAlignIds.\r
1362      * \r
1363      * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
1364      */\r
1365     public boolean hasRightAlignIds(\r
1366     ) {\r
1367         return this._has_rightAlignIds;\r
1368     }\r
1369 \r
1370     /**\r
1371      * Method hasShowAnnotation.\r
1372      * \r
1373      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1374      */\r
1375     public boolean hasShowAnnotation(\r
1376     ) {\r
1377         return this._has_showAnnotation;\r
1378     }\r
1379 \r
1380     /**\r
1381      * Method hasShowBoxes.\r
1382      * \r
1383      * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1384      */\r
1385     public boolean hasShowBoxes(\r
1386     ) {\r
1387         return this._has_showBoxes;\r
1388     }\r
1389 \r
1390     /**\r
1391      * Method hasShowColourText.\r
1392      * \r
1393      * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1394      */\r
1395     public boolean hasShowColourText(\r
1396     ) {\r
1397         return this._has_showColourText;\r
1398     }\r
1399 \r
1400     /**\r
1401      * Method hasShowConsensusHistogram.\r
1402      * \r
1403      * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been\r
1404      * added\r
1405      */\r
1406     public boolean hasShowConsensusHistogram(\r
1407     ) {\r
1408         return this._has_showConsensusHistogram;\r
1409     }\r
1410 \r
1411     /**\r
1412      * Method hasShowConsensusProfile.\r
1413      * \r
1414      * @return true if at least one ShowConsensusProfile has been\r
1415      * added\r
1416      */\r
1417     public boolean hasShowConsensusProfile(\r
1418     ) {\r
1419         return this._has_showConsensusProfile;\r
1420     }\r
1421 \r
1422     /**\r
1423      * Method hasShowDbRefTooltip.\r
1424      * \r
1425      * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added\r
1426      */\r
1427     public boolean hasShowDbRefTooltip(\r
1428     ) {\r
1429         return this._has_showDbRefTooltip;\r
1430     }\r
1431 \r
1432     /**\r
1433      * Method hasShowFullId.\r
1434      * \r
1435      * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1436      */\r
1437     public boolean hasShowFullId(\r
1438     ) {\r
1439         return this._has_showFullId;\r
1440     }\r
1441 \r
1442     /**\r
1443      * Method hasShowGroupConsensus.\r
1444      * \r
1445      * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde\r
1446      */\r
1447     public boolean hasShowGroupConsensus(\r
1448     ) {\r
1449         return this._has_showGroupConsensus;\r
1450     }\r
1451 \r
1452     /**\r
1453      * Method hasShowGroupConservation.\r
1454      * \r
1455      * @return true if at least one ShowGroupConservation has been\r
1456      * added\r
1457      */\r
1458     public boolean hasShowGroupConservation(\r
1459     ) {\r
1460         return this._has_showGroupConservation;\r
1461     }\r
1462 \r
1463     /**\r
1464      * Method hasShowNPfeatureTooltip.\r
1465      * \r
1466      * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been\r
1467      * added\r
1468      */\r
1469     public boolean hasShowNPfeatureTooltip(\r
1470     ) {\r
1471         return this._has_showNPfeatureTooltip;\r
1472     }\r
1473 \r
1474     /**\r
1475      * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1476      * \r
1477      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
1478      * added\r
1479      */\r
1480     public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
1481     ) {\r
1482         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1483     }\r
1484 \r
1485     /**\r
1486      * Method hasShowText.\r
1487      * \r
1488      * @return true if at least one ShowText has been added\r
1489      */\r
1490     public boolean hasShowText(\r
1491     ) {\r
1492         return this._has_showText;\r
1493     }\r
1494 \r
1495     /**\r
1496      * Method hasShowUnconserved.\r
1497      * \r
1498      * @return true if at least one ShowUnconserved has been added\r
1499      */\r
1500     public boolean hasShowUnconserved(\r
1501     ) {\r
1502         return this._has_showUnconserved;\r
1503     }\r
1504 \r
1505     /**\r
1506      * Method hasStartRes.\r
1507      * \r
1508      * @return true if at least one StartRes has been added\r
1509      */\r
1510     public boolean hasStartRes(\r
1511     ) {\r
1512         return this._has_startRes;\r
1513     }\r
1514 \r
1515     /**\r
1516      * Method hasStartSeq.\r
1517      * \r
1518      * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1519      */\r
1520     public boolean hasStartSeq(\r
1521     ) {\r
1522         return this._has_startSeq;\r
1523     }\r
1524 \r
1525     /**\r
1526      * Method hasTextCol1.\r
1527      * \r
1528      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1529      */\r
1530     public boolean hasTextCol1(\r
1531     ) {\r
1532         return this._has_textCol1;\r
1533     }\r
1534 \r
1535     /**\r
1536      * Method hasTextCol2.\r
1537      * \r
1538      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1539      */\r
1540     public boolean hasTextCol2(\r
1541     ) {\r
1542         return this._has_textCol2;\r
1543     }\r
1544 \r
1545     /**\r
1546      * Method hasTextColThreshold.\r
1547      * \r
1548      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1549      */\r
1550     public boolean hasTextColThreshold(\r
1551     ) {\r
1552         return this._has_textColThreshold;\r
1553     }\r
1554 \r
1555     /**\r
1556      * Method hasWidth.\r
1557      * \r
1558      * @return true if at least one Width has been added\r
1559      */\r
1560     public boolean hasWidth(\r
1561     ) {\r
1562         return this._has_width;\r
1563     }\r
1564 \r
1565     /**\r
1566      * Method hasWrapAlignment.\r
1567      * \r
1568      * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1569      */\r
1570     public boolean hasWrapAlignment(\r
1571     ) {\r
1572         return this._has_wrapAlignment;\r
1573     }\r
1574 \r
1575     /**\r
1576      * Method hasXpos.\r
1577      * \r
1578      * @return true if at least one Xpos has been added\r
1579      */\r
1580     public boolean hasXpos(\r
1581     ) {\r
1582         return this._has_xpos;\r
1583     }\r
1584 \r
1585     /**\r
1586      * Method hasYpos.\r
1587      * \r
1588      * @return true if at least one Ypos has been added\r
1589      */\r
1590     public boolean hasYpos(\r
1591     ) {\r
1592         return this._has_ypos;\r
1593     }\r
1594 \r
1595     /**\r
1596      * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1597      * \r
1598      * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.\r
1599      */\r
1600     public boolean isCentreColumnLabels(\r
1601     ) {\r
1602         return this._centreColumnLabels;\r
1603     }\r
1604 \r
1605     /**\r
1606      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1607      * \r
1608      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1609      */\r
1610     public boolean isConservationSelected(\r
1611     ) {\r
1612         return this._conservationSelected;\r
1613     }\r
1614 \r
1615     /**\r
1616      * Returns the value of field 'followHighlight'.\r
1617      * \r
1618      * @return the value of field 'FollowHighlight'.\r
1619      */\r
1620     public boolean isFollowHighlight(\r
1621     ) {\r
1622         return this._followHighlight;\r
1623     }\r
1624 \r
1625     /**\r
1626      * Returns the value of field 'followSelection'.\r
1627      * \r
1628      * @return the value of field 'FollowSelection'.\r
1629      */\r
1630     public boolean isFollowSelection(\r
1631     ) {\r
1632         return this._followSelection;\r
1633     }\r
1634 \r
1635     /**\r
1636      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1637      * \r
1638      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1639      */\r
1640     public boolean isGatheredViews(\r
1641     ) {\r
1642         return this._gatheredViews;\r
1643     }\r
1644 \r
1645     /**\r
1646      * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
1647      * \r
1648      * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.\r
1649      */\r
1650     public boolean isIgnoreGapsinConsensus(\r
1651     ) {\r
1652         return this._ignoreGapsinConsensus;\r
1653     }\r
1654 \r
1655     /**\r
1656      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1657      * \r
1658      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1659      */\r
1660     public boolean isPidSelected(\r
1661     ) {\r
1662         return this._pidSelected;\r
1663     }\r
1664 \r
1665     /**\r
1666      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1667      * \r
1668      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1669      */\r
1670     public boolean isRenderGaps(\r
1671     ) {\r
1672         return this._renderGaps;\r
1673     }\r
1674 \r
1675     /**\r
1676      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1677      * \r
1678      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1679      */\r
1680     public boolean isRightAlignIds(\r
1681     ) {\r
1682         return this._rightAlignIds;\r
1683     }\r
1684 \r
1685     /**\r
1686      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1687      * \r
1688      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1689      */\r
1690     public boolean isShowAnnotation(\r
1691     ) {\r
1692         return this._showAnnotation;\r
1693     }\r
1694 \r
1695     /**\r
1696      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1697      * \r
1698      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1699      */\r
1700     public boolean isShowBoxes(\r
1701     ) {\r
1702         return this._showBoxes;\r
1703     }\r
1704 \r
1705     /**\r
1706      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1707      * \r
1708      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1709      */\r
1710     public boolean isShowColourText(\r
1711     ) {\r
1712         return this._showColourText;\r
1713     }\r
1714 \r
1715     /**\r
1716      * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
1717      * \r
1718      * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.\r
1719      */\r
1720     public boolean isShowConsensusHistogram(\r
1721     ) {\r
1722         return this._showConsensusHistogram;\r
1723     }\r
1724 \r
1725     /**\r
1726      * Returns the value of field 'showConsensusProfile'.\r
1727      * \r
1728      * @return the value of field 'ShowConsensusProfile'.\r
1729      */\r
1730     public boolean isShowConsensusProfile(\r
1731     ) {\r
1732         return this._showConsensusProfile;\r
1733     }\r
1734 \r
1735     /**\r
1736      * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
1737      * \r
1738      * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.\r
1739      */\r
1740     public boolean isShowDbRefTooltip(\r
1741     ) {\r
1742         return this._showDbRefTooltip;\r
1743     }\r
1744 \r
1745     /**\r
1746      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1747      * \r
1748      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1749      */\r
1750     public boolean isShowFullId(\r
1751     ) {\r
1752         return this._showFullId;\r
1753     }\r
1754 \r
1755     /**\r
1756      * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.\r
1757      * \r
1758      * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.\r
1759      */\r
1760     public boolean isShowGroupConsensus(\r
1761     ) {\r
1762         return this._showGroupConsensus;\r
1763     }\r
1764 \r
1765     /**\r
1766      * Returns the value of field 'showGroupConservation'.\r
1767      * \r
1768      * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.\r
1769      */\r
1770     public boolean isShowGroupConservation(\r
1771     ) {\r
1772         return this._showGroupConservation;\r
1773     }\r
1774 \r
1775     /**\r
1776      * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
1777      * \r
1778      * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.\r
1779      */\r
1780     public boolean isShowNPfeatureTooltip(\r
1781     ) {\r
1782         return this._showNPfeatureTooltip;\r
1783     }\r
1784 \r
1785     /**\r
1786      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1787      * \r
1788      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1789      */\r
1790     public boolean isShowSequenceFeatures(\r
1791     ) {\r
1792         return this._showSequenceFeatures;\r
1793     }\r
1794 \r
1795     /**\r
1796      * Returns the value of field 'showText'.\r
1797      * \r
1798      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1799      */\r
1800     public boolean isShowText(\r
1801     ) {\r
1802         return this._showText;\r
1803     }\r
1804 \r
1805     /**\r
1806      * Returns the value of field 'showUnconserved'.\r
1807      * \r
1808      * @return the value of field 'ShowUnconserved'.\r
1809      */\r
1810     public boolean isShowUnconserved(\r
1811     ) {\r
1812         return this._showUnconserved;\r
1813     }\r
1814 \r
1815     /**\r
1816      * Method isValid.\r
1817      * \r
1818      * @return true if this object is valid according to the schema\r
1819      */\r
1820     public boolean isValid(\r
1821     ) {\r
1822         try {\r
1823             validate();\r
1824         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1825             return false;\r
1826         }\r
1827         return true;\r
1828     }\r
1829 \r
1830     /**\r
1831      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1832      * \r
1833      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1834      */\r
1835     public boolean isWrapAlignment(\r
1836     ) {\r
1837         return this._wrapAlignment;\r
1838     }\r
1839 \r
1840     /**\r
1841      * \r
1842      * \r
1843      * @param out\r
1844      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1845      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1846      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1847      * object is an invalid instance according to the schema\r
1848      */\r
1849     public void marshal(\r
1850             final java.io.Writer out)\r
1851     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1852         Marshaller.marshal(this, out);\r
1853     }\r
1854 \r
1855     /**\r
1856      * \r
1857      * \r
1858      * @param handler\r
1859      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
1860      * marshaling\r
1861      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1862      * object is an invalid instance according to the schema\r
1863      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1864      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1865      */\r
1866     public void marshal(\r
1867             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1868     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1869         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1870     }\r
1871 \r
1872     /**\r
1873      */\r
1874     public void removeAllHiddenColumns(\r
1875     ) {\r
1876         this._hiddenColumnsList.clear();\r
1877     }\r
1878 \r
1879     /**\r
1880      * Method removeHiddenColumns.\r
1881      * \r
1882      * @param vHiddenColumns\r
1883      * @return true if the object was removed from the collection.\r
1884      */\r
1885     public boolean removeHiddenColumns(\r
1886             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
1887         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1888         return removed;\r
1889     }\r
1890 \r
1891     /**\r
1892      * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1893      * \r
1894      * @param index\r
1895      * @return the element removed from the collection\r
1896      */\r
1897     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1898             final int index) {\r
1899         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1900         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1901     }\r
1902 \r
1903     /**\r
1904      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1905      * \r
1906      * @param annotationColours the value of field\r
1907      * 'annotationColours'.\r
1908      */\r
1909     public void setAnnotationColours(\r
1910             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
1911         this._annotationColours = annotationColours;\r
1912     }\r
1913 \r
1914     /**\r
1915      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1916      * \r
1917      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1918      */\r
1919     public void setBgColour(\r
1920             final java.lang.String bgColour) {\r
1921         this._bgColour = bgColour;\r
1922     }\r
1923 \r
1924     /**\r
1925      * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.\r
1926      * \r
1927      * @param centreColumnLabels the value of field\r
1928      * 'centreColumnLabels'.\r
1929      */\r
1930     public void setCentreColumnLabels(\r
1931             final boolean centreColumnLabels) {\r
1932         this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;\r
1933         this._has_centreColumnLabels = true;\r
1934     }\r
1935 \r
1936     /**\r
1937      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1938      * \r
1939      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1940      */\r
1941     public void setConsThreshold(\r
1942             final int consThreshold) {\r
1943         this._consThreshold = consThreshold;\r
1944         this._has_consThreshold = true;\r
1945     }\r
1946 \r
1947     /**\r
1948      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1949      * \r
1950      * @param conservationSelected the value of field\r
1951      * 'conservationSelected'.\r
1952      */\r
1953     public void setConservationSelected(\r
1954             final boolean conservationSelected) {\r
1955         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1956         this._has_conservationSelected = true;\r
1957     }\r
1958 \r
1959     /**\r
1960      * Sets the value of field 'followHighlight'.\r
1961      * \r
1962      * @param followHighlight the value of field 'followHighlight'.\r
1963      */\r
1964     public void setFollowHighlight(\r
1965             final boolean followHighlight) {\r
1966         this._followHighlight = followHighlight;\r
1967         this._has_followHighlight = true;\r
1968     }\r
1969 \r
1970     /**\r
1971      * Sets the value of field 'followSelection'.\r
1972      * \r
1973      * @param followSelection the value of field 'followSelection'.\r
1974      */\r
1975     public void setFollowSelection(\r
1976             final boolean followSelection) {\r
1977         this._followSelection = followSelection;\r
1978         this._has_followSelection = true;\r
1979     }\r
1980 \r
1981     /**\r
1982      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1983      * \r
1984      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1985      */\r
1986     public void setFontName(\r
1987             final java.lang.String fontName) {\r
1988         this._fontName = fontName;\r
1989     }\r
1990 \r
1991     /**\r
1992      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1993      * \r
1994      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1995      */\r
1996     public void setFontSize(\r
1997             final int fontSize) {\r
1998         this._fontSize = fontSize;\r
1999         this._has_fontSize = true;\r
2000     }\r
2001 \r
2002     /**\r
2003      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
2004      * \r
2005      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
2006      */\r
2007     public void setFontStyle(\r
2008             final int fontStyle) {\r
2009         this._fontStyle = fontStyle;\r
2010         this._has_fontStyle = true;\r
2011     }\r
2012 \r
2013     /**\r
2014      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
2015      * \r
2016      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
2017      */\r
2018     public void setGatheredViews(\r
2019             final boolean gatheredViews) {\r
2020         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
2021         this._has_gatheredViews = true;\r
2022     }\r
2023 \r
2024     /**\r
2025      * Sets the value of field 'height'.\r
2026      * \r
2027      * @param height the value of field 'height'.\r
2028      */\r
2029     public void setHeight(\r
2030             final int height) {\r
2031         this._height = height;\r
2032         this._has_height = true;\r
2033     }\r
2034 \r
2035     /**\r
2036      * \r
2037      * \r
2038      * @param index\r
2039      * @param vHiddenColumns\r
2040      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
2041      * given is outside the bounds of the collection\r
2042      */\r
2043     public void setHiddenColumns(\r
2044             final int index,\r
2045             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
2046     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
2047         // check bounds for index\r
2048         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
2049             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
2050         }\r
2051         \r
2052         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
2053     }\r
2054 \r
2055     /**\r
2056      * \r
2057      * \r
2058      * @param vHiddenColumnsArray\r
2059      */\r
2060     public void setHiddenColumns(\r
2061             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
2062         //-- copy array\r
2063         _hiddenColumnsList.clear();\r
2064         \r
2065         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
2066                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
2067         }\r
2068     }\r
2069 \r
2070     /**\r
2071      * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the\r
2072      * following description: unique id used by jalview to\r
2073      * synchronize between stored and instantiated views\r
2074      *  \r
2075      * \r
2076      * @param id the value of field 'id'.\r
2077      */\r
2078     public void setId(\r
2079             final java.lang.String id) {\r
2080         this._id = id;\r
2081     }\r
2082 \r
2083     /**\r
2084      * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2085      * \r
2086      * @param ignoreGapsinConsensus the value of field\r
2087      * 'ignoreGapsinConsensus'.\r
2088      */\r
2089     public void setIgnoreGapsinConsensus(\r
2090             final boolean ignoreGapsinConsensus) {\r
2091         this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;\r
2092         this._has_ignoreGapsinConsensus = true;\r
2093     }\r
2094 \r
2095     /**\r
2096      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
2097      * \r
2098      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
2099      */\r
2100     public void setPidSelected(\r
2101             final boolean pidSelected) {\r
2102         this._pidSelected = pidSelected;\r
2103         this._has_pidSelected = true;\r
2104     }\r
2105 \r
2106     /**\r
2107      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
2108      * \r
2109      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
2110      */\r
2111     public void setPidThreshold(\r
2112             final int pidThreshold) {\r
2113         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
2114         this._has_pidThreshold = true;\r
2115     }\r
2116 \r
2117     /**\r
2118      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
2119      * \r
2120      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
2121      */\r
2122     public void setRenderGaps(\r
2123             final boolean renderGaps) {\r
2124         this._renderGaps = renderGaps;\r
2125         this._has_renderGaps = true;\r
2126     }\r
2127 \r
2128     /**\r
2129      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
2130      * \r
2131      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
2132      */\r
2133     public void setRightAlignIds(\r
2134             final boolean rightAlignIds) {\r
2135         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
2136         this._has_rightAlignIds = true;\r
2137     }\r
2138 \r
2139     /**\r
2140      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
2141      * \r
2142      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
2143      */\r
2144     public void setSequenceSetId(\r
2145             final java.lang.String sequenceSetId) {\r
2146         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
2147     }\r
2148 \r
2149     /**\r
2150      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
2151      * \r
2152      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
2153      */\r
2154     public void setShowAnnotation(\r
2155             final boolean showAnnotation) {\r
2156         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
2157         this._has_showAnnotation = true;\r
2158     }\r
2159 \r
2160     /**\r
2161      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
2162      * \r
2163      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
2164      */\r
2165     public void setShowBoxes(\r
2166             final boolean showBoxes) {\r
2167         this._showBoxes = showBoxes;\r
2168         this._has_showBoxes = true;\r
2169     }\r
2170 \r
2171     /**\r
2172      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
2173      * \r
2174      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
2175      */\r
2176     public void setShowColourText(\r
2177             final boolean showColourText) {\r
2178         this._showColourText = showColourText;\r
2179         this._has_showColourText = true;\r
2180     }\r
2181 \r
2182     /**\r
2183      * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.\r
2184      * \r
2185      * @param showConsensusHistogram the value of field\r
2186      * 'showConsensusHistogram'.\r
2187      */\r
2188     public void setShowConsensusHistogram(\r
2189             final boolean showConsensusHistogram) {\r
2190         this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;\r
2191         this._has_showConsensusHistogram = true;\r
2192     }\r
2193 \r
2194     /**\r
2195      * Sets the value of field 'showConsensusProfile'.\r
2196      * \r
2197      * @param showConsensusProfile the value of field\r
2198      * 'showConsensusProfile'.\r
2199      */\r
2200     public void setShowConsensusProfile(\r
2201             final boolean showConsensusProfile) {\r
2202         this._showConsensusProfile = showConsensusProfile;\r
2203         this._has_showConsensusProfile = true;\r
2204     }\r
2205 \r
2206     /**\r
2207      * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.\r
2208      * \r
2209      * @param showDbRefTooltip the value of field 'showDbRefTooltip'\r
2210      */\r
2211     public void setShowDbRefTooltip(\r
2212             final boolean showDbRefTooltip) {\r
2213         this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;\r
2214         this._has_showDbRefTooltip = true;\r
2215     }\r
2216 \r
2217     /**\r
2218      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
2219      * \r
2220      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
2221      */\r
2222     public void setShowFullId(\r
2223             final boolean showFullId) {\r
2224         this._showFullId = showFullId;\r
2225         this._has_showFullId = true;\r
2226     }\r
2227 \r
2228     /**\r
2229      * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.\r
2230      * \r
2231      * @param showGroupConsensus the value of field\r
2232      * 'showGroupConsensus'.\r
2233      */\r
2234     public void setShowGroupConsensus(\r
2235             final boolean showGroupConsensus) {\r
2236         this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;\r
2237         this._has_showGroupConsensus = true;\r
2238     }\r
2239 \r
2240     /**\r
2241      * Sets the value of field 'showGroupConservation'.\r
2242      * \r
2243      * @param showGroupConservation the value of field\r
2244      * 'showGroupConservation'.\r
2245      */\r
2246     public void setShowGroupConservation(\r
2247             final boolean showGroupConservation) {\r
2248         this._showGroupConservation = showGroupConservation;\r
2249         this._has_showGroupConservation = true;\r
2250     }\r
2251 \r
2252     /**\r
2253      * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.\r
2254      * \r
2255      * @param showNPfeatureTooltip the value of field\r
2256      * 'showNPfeatureTooltip'.\r
2257      */\r
2258     public void setShowNPfeatureTooltip(\r
2259             final boolean showNPfeatureTooltip) {\r
2260         this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;\r
2261         this._has_showNPfeatureTooltip = true;\r
2262     }\r
2263 \r
2264     /**\r
2265      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
2266      * \r
2267      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
2268      * 'showSequenceFeatures'.\r
2269      */\r
2270     public void setShowSequenceFeatures(\r
2271             final boolean showSequenceFeatures) {\r
2272         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
2273         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
2274     }\r
2275 \r
2276     /**\r
2277      * Sets the value of field 'showText'.\r
2278      * \r
2279      * @param showText the value of field 'showText'.\r
2280      */\r
2281     public void setShowText(\r
2282             final boolean showText) {\r
2283         this._showText = showText;\r
2284         this._has_showText = true;\r
2285     }\r
2286 \r
2287     /**\r
2288      * Sets the value of field 'showUnconserved'.\r
2289      * \r
2290      * @param showUnconserved the value of field 'showUnconserved'.\r
2291      */\r
2292     public void setShowUnconserved(\r
2293             final boolean showUnconserved) {\r
2294         this._showUnconserved = showUnconserved;\r
2295         this._has_showUnconserved = true;\r
2296     }\r
2297 \r
2298     /**\r
2299      * Sets the value of field 'startRes'.\r
2300      * \r
2301      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
2302      */\r
2303     public void setStartRes(\r
2304             final int startRes) {\r
2305         this._startRes = startRes;\r
2306         this._has_startRes = true;\r
2307     }\r
2308 \r
2309     /**\r
2310      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
2311      * \r
2312      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
2313      */\r
2314     public void setStartSeq(\r
2315             final int startSeq) {\r
2316         this._startSeq = startSeq;\r
2317         this._has_startSeq = true;\r
2318     }\r
2319 \r
2320     /**\r
2321      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
2322      * \r
2323      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
2324      */\r
2325     public void setTextCol1(\r
2326             final int textCol1) {\r
2327         this._textCol1 = textCol1;\r
2328         this._has_textCol1 = true;\r
2329     }\r
2330 \r
2331     /**\r
2332      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
2333      * \r
2334      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
2335      */\r
2336     public void setTextCol2(\r
2337             final int textCol2) {\r
2338         this._textCol2 = textCol2;\r
2339         this._has_textCol2 = true;\r
2340     }\r
2341 \r
2342     /**\r
2343      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
2344      * \r
2345      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
2346      */\r
2347     public void setTextColThreshold(\r
2348             final int textColThreshold) {\r
2349         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
2350         this._has_textColThreshold = true;\r
2351     }\r
2352 \r
2353     /**\r
2354      * Sets the value of field 'title'.\r
2355      * \r
2356      * @param title the value of field 'title'.\r
2357      */\r
2358     public void setTitle(\r
2359             final java.lang.String title) {\r
2360         this._title = title;\r
2361     }\r
2362 \r
2363     /**\r
2364      * Sets the value of field 'viewName'.\r
2365      * \r
2366      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
2367      */\r
2368     public void setViewName(\r
2369             final java.lang.String viewName) {\r
2370         this._viewName = viewName;\r
2371     }\r
2372 \r
2373     /**\r
2374      * Sets the value of field 'width'.\r
2375      * \r
2376      * @param width the value of field 'width'.\r
2377      */\r
2378     public void setWidth(\r
2379             final int width) {\r
2380         this._width = width;\r
2381         this._has_width = true;\r
2382     }\r
2383 \r
2384     /**\r
2385      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
2386      * \r
2387      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
2388      */\r
2389     public void setWrapAlignment(\r
2390             final boolean wrapAlignment) {\r
2391         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
2392         this._has_wrapAlignment = true;\r
2393     }\r
2394 \r
2395     /**\r
2396      * Sets the value of field 'xpos'.\r
2397      * \r
2398      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
2399      */\r
2400     public void setXpos(\r
2401             final int xpos) {\r
2402         this._xpos = xpos;\r
2403         this._has_xpos = true;\r
2404     }\r
2405 \r
2406     /**\r
2407      * Sets the value of field 'ypos'.\r
2408      * \r
2409      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
2410      */\r
2411     public void setYpos(\r
2412             final int ypos) {\r
2413         this._ypos = ypos;\r
2414         this._has_ypos = true;\r
2415     }\r
2416 \r
2417     /**\r
2418      * Method unmarshal.\r
2419      * \r
2420      * @param reader\r
2421      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
2422      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
2423      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
2424      * object is an invalid instance according to the schema\r
2425      * @return the unmarshaled\r
2426      * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
2427      */\r
2428     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
2429             final java.io.Reader reader)\r
2430     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
2431         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
2432     }\r
2433 \r
2434     /**\r
2435      * \r
2436      * \r
2437      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
2438      * object is an invalid instance according to the schema\r
2439      */\r
2440     public void validate(\r
2441     )\r
2442     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
2443         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
2444         validator.validate(this);\r
2445     }\r
2446 \r
2447 }\r