src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with\r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10 //---------------------------------/\r
  11 //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.util.*;\r
  15 \r
  16 import org.exolab.castor.xml.*;\r
  17 \r
  18 /**\r
  19  * Class Viewport.\r
  20  *\r
  21  * @version $Revision$ $Date$\r
  22  */\r
  23 public class Viewport\r
  24     implements java.io.Serializable\r
  25 {\r
  26 \r
  27   //--------------------------/\r
  28   //- Class/Member Variables -/\r
  29   //--------------------------/\r
  30 \r
  31   /**\r
  32    * Field _conservationSelected\r
  33    */\r
  34   private boolean _conservationSelected;\r
  35 \r
  36   /**\r
  37    * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  38    */\r
  39   private boolean _has_conservationSelected;\r
  40 \r
  41   /**\r
  42    * Field _pidSelected\r
  43    */\r
  44   private boolean _pidSelected;\r
  45 \r
  46   /**\r
  47    * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  48    */\r
  49   private boolean _has_pidSelected;\r
  50 \r
  51   /**\r
  52    * Field _bgColour\r
  53    */\r
  54   private java.lang.String _bgColour;\r
  55 \r
  56   /**\r
  57    * Field _consThreshold\r
  58    */\r
  59   private int _consThreshold;\r
  60 \r
  61   /**\r
  62    * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  63    */\r
  64   private boolean _has_consThreshold;\r
  65 \r
  66   /**\r
  67    * Field _pidThreshold\r
  68    */\r
  69   private int _pidThreshold;\r
  70 \r
  71   /**\r
  72    * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  73    */\r
  74   private boolean _has_pidThreshold;\r
  75 \r
  76   /**\r
  77    * Field _title\r
  78    */\r
  79   private java.lang.String _title;\r
  80 \r
  81   /**\r
  82    * Field _showFullId\r
  83    */\r
  84   private boolean _showFullId;\r
  85 \r
  86   /**\r
  87    * keeps track of state for field: _showFullId\r
  88    */\r
  89   private boolean _has_showFullId;\r
  90 \r
  91   /**\r
  92    * Field _rightAlignIds\r
  93    */\r
  94   private boolean _rightAlignIds;\r
  95 \r
  96   /**\r
  97    * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
  98    */\r
  99   private boolean _has_rightAlignIds;\r
 100 \r
 101   /**\r
 102    * Field _showText\r
 103    */\r
 104   private boolean _showText;\r
 105 \r
 106   /**\r
 107    * keeps track of state for field: _showText\r
 108    */\r
 109   private boolean _has_showText;\r
 110 \r
 111   /**\r
 112    * Field _showColourText\r
 113    */\r
 114   private boolean _showColourText;\r
 115 \r
 116   /**\r
 117    * keeps track of state for field: _showColourText\r
 118    */\r
 119   private boolean _has_showColourText;\r
 120 \r
 121   /**\r
 122    * Field _showBoxes\r
 123    */\r
 124   private boolean _showBoxes;\r
 125 \r
 126   /**\r
 127    * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 128    */\r
 129   private boolean _has_showBoxes;\r
 130 \r
 131   /**\r
 132    * Field _wrapAlignment\r
 133    */\r
 134   private boolean _wrapAlignment;\r
 135 \r
 136   /**\r
 137    * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 138    */\r
 139   private boolean _has_wrapAlignment;\r
 140 \r
 141   /**\r
 142    * Field _renderGaps\r
 143    */\r
 144   private boolean _renderGaps;\r
 145 \r
 146   /**\r
 147    * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 148    */\r
 149   private boolean _has_renderGaps;\r
 150 \r
 151   /**\r
 152    * Field _showSequenceFeatures\r
 153    */\r
 154   private boolean _showSequenceFeatures;\r
 155 \r
 156   /**\r
 157    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 158    */\r
 159   private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 160 \r
 161   /**\r
 162    * Field _showAnnotation\r
 163    */\r
 164   private boolean _showAnnotation;\r
 165 \r
 166   /**\r
 167    * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 168    */\r
 169   private boolean _has_showAnnotation;\r
 170 \r
 171   /**\r
 172    * Field _xpos\r
 173    */\r
 174   private int _xpos;\r
 175 \r
 176   /**\r
 177    * keeps track of state for field: _xpos\r
 178    */\r
 179   private boolean _has_xpos;\r
 180 \r
 181   /**\r
 182    * Field _ypos\r
 183    */\r
 184   private int _ypos;\r
 185 \r
 186   /**\r
 187    * keeps track of state for field: _ypos\r
 188    */\r
 189   private boolean _has_ypos;\r
 190 \r
 191   /**\r
 192    * Field _width\r
 193    */\r
 194   private int _width;\r
 195 \r
 196   /**\r
 197    * keeps track of state for field: _width\r
 198    */\r
 199   private boolean _has_width;\r
 200 \r
 201   /**\r
 202    * Field _height\r
 203    */\r
 204   private int _height;\r
 205 \r
 206   /**\r
 207    * keeps track of state for field: _height\r
 208    */\r
 209   private boolean _has_height;\r
 210 \r
 211   /**\r
 212    * Field _startRes\r
 213    */\r
 214   private int _startRes;\r
 215 \r
 216   /**\r
 217    * keeps track of state for field: _startRes\r
 218    */\r
 219   private boolean _has_startRes;\r
 220 \r
 221   /**\r
 222    * Field _startSeq\r
 223    */\r
 224   private int _startSeq;\r
 225 \r
 226   /**\r
 227    * keeps track of state for field: _startSeq\r
 228    */\r
 229   private boolean _has_startSeq;\r
 230 \r
 231   /**\r
 232    * Field _fontName\r
 233    */\r
 234   private java.lang.String _fontName;\r
 235 \r
 236   /**\r
 237    * Field _fontSize\r
 238    */\r
 239   private int _fontSize;\r
 240 \r
 241   /**\r
 242    * keeps track of state for field: _fontSize\r
 243    */\r
 244   private boolean _has_fontSize;\r
 245 \r
 246   /**\r
 247    * Field _fontStyle\r
 248    */\r
 249   private int _fontStyle;\r
 250 \r
 251   /**\r
 252    * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 253    */\r
 254   private boolean _has_fontStyle;\r
 255 \r
 256   /**\r
 257    * Field _viewName\r
 258    */\r
 259   private java.lang.String _viewName;\r
 260 \r
 261   /**\r
 262    * Field _sequenceSetId\r
 263    */\r
 264   private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 265 \r
 266   /**\r
 267    * Field _gatheredViews\r
 268    */\r
 269   private boolean _gatheredViews;\r
 270 \r
 271   /**\r
 272    * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 273    */\r
 274   private boolean _has_gatheredViews;\r
 275 \r
 276   /**\r
 277    * Field _textCol1\r
 278    */\r
 279   private int _textCol1;\r
 280 \r
 281   /**\r
 282    * keeps track of state for field: _textCol1\r
 283    */\r
 284   private boolean _has_textCol1;\r
 285 \r
 286   /**\r
 287    * Field _textCol2\r
 288    */\r
 289   private int _textCol2;\r
 290 \r
 291   /**\r
 292    * keeps track of state for field: _textCol2\r
 293    */\r
 294   private boolean _has_textCol2;\r
 295 \r
 296   /**\r
 297    * Field _textColThreshold\r
 298    */\r
 299   private int _textColThreshold;\r
 300 \r
 301   /**\r
 302    * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 303    */\r
 304   private boolean _has_textColThreshold;\r
 305 \r
 306   /**\r
 307    * Field _annotationColours\r
 308    */\r
 309   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 310 \r
 311   /**\r
 312    * Field _hiddenColumnsList\r
 313    */\r
 314   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 315 \r
 316   //----------------/\r
 317   //- Constructors -/\r
 318   //----------------/\r
 319 \r
 320   public Viewport()\r
 321   {\r
 322     super();\r
 323     _hiddenColumnsList = new Vector();\r
 324   } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
 325 \r
 326   //-----------/\r
 327   //- Methods -/\r
 328   //-----------/\r
 329 \r
 330   /**\r
 331    * Method addHiddenColumns\r
 332    *\r
 333    *\r
 334    *\r
 335    * @param vHiddenColumns\r
 336    */\r
 337   public void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
 338                                vHiddenColumns)\r
 339       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 340   {\r
 341     _hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 342   } //-- void addHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
 343 \r
 344   /**\r
 345    * Method addHiddenColumns\r
 346    *\r
 347    *\r
 348    *\r
 349    * @param index\r
 350    * @param vHiddenColumns\r
 351    */\r
 352   public void addHiddenColumns(int index,\r
 353                                jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
 354                                vHiddenColumns)\r
 355       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 356   {\r
 357     _hiddenColumnsList.insertElementAt(vHiddenColumns, index);\r
 358   } //-- void addHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
 359 \r
 360   /**\r
 361    * Method deleteConsThreshold\r
 362    *\r
 363    */\r
 364   public void deleteConsThreshold()\r
 365   {\r
 366     this._has_consThreshold = false;\r
 367   } //-- void deleteConsThreshold()\r
 368 \r
 369   /**\r
 370    * Method deleteConservationSelected\r
 371    *\r
 372    */\r
 373   public void deleteConservationSelected()\r
 374   {\r
 375     this._has_conservationSelected = false;\r
 376   } //-- void deleteConservationSelected()\r
 377 \r
 378   /**\r
 379    * Method deleteFontSize\r
 380    *\r
 381    */\r
 382   public void deleteFontSize()\r
 383   {\r
 384     this._has_fontSize = false;\r
 385   } //-- void deleteFontSize()\r
 386 \r
 387   /**\r
 388    * Method deleteFontStyle\r
 389    *\r
 390    */\r
 391   public void deleteFontStyle()\r
 392   {\r
 393     this._has_fontStyle = false;\r
 394   } //-- void deleteFontStyle()\r
 395 \r
 396   /**\r
 397    * Method deleteGatheredViews\r
 398    *\r
 399    */\r
 400   public void deleteGatheredViews()\r
 401   {\r
 402     this._has_gatheredViews = false;\r
 403   } //-- void deleteGatheredViews()\r
 404 \r
 405   /**\r
 406    * Method deleteHeight\r
 407    *\r
 408    */\r
 409   public void deleteHeight()\r
 410   {\r
 411     this._has_height = false;\r
 412   } //-- void deleteHeight()\r
 413 \r
 414   /**\r
 415    * Method deletePidSelected\r
 416    *\r
 417    */\r
 418   public void deletePidSelected()\r
 419   {\r
 420     this._has_pidSelected = false;\r
 421   } //-- void deletePidSelected()\r
 422 \r
 423   /**\r
 424    * Method deletePidThreshold\r
 425    *\r
 426    */\r
 427   public void deletePidThreshold()\r
 428   {\r
 429     this._has_pidThreshold = false;\r
 430   } //-- void deletePidThreshold()\r
 431 \r
 432   /**\r
 433    * Method deleteRenderGaps\r
 434    *\r
 435    */\r
 436   public void deleteRenderGaps()\r
 437   {\r
 438     this._has_renderGaps = false;\r
 439   } //-- void deleteRenderGaps()\r
 440 \r
 441   /**\r
 442    * Method deleteRightAlignIds\r
 443    *\r
 444    */\r
 445   public void deleteRightAlignIds()\r
 446   {\r
 447     this._has_rightAlignIds = false;\r
 448   } //-- void deleteRightAlignIds()\r
 449 \r
 450   /**\r
 451    * Method deleteShowAnnotation\r
 452    *\r
 453    */\r
 454   public void deleteShowAnnotation()\r
 455   {\r
 456     this._has_showAnnotation = false;\r
 457   } //-- void deleteShowAnnotation()\r
 458 \r
 459   /**\r
 460    * Method deleteShowBoxes\r
 461    *\r
 462    */\r
 463   public void deleteShowBoxes()\r
 464   {\r
 465     this._has_showBoxes = false;\r
 466   } //-- void deleteShowBoxes()\r
 467 \r
 468   /**\r
 469    * Method deleteShowColourText\r
 470    *\r
 471    */\r
 472   public void deleteShowColourText()\r
 473   {\r
 474     this._has_showColourText = false;\r
 475   } //-- void deleteShowColourText()\r
 476 \r
 477   /**\r
 478    * Method deleteShowFullId\r
 479    *\r
 480    */\r
 481   public void deleteShowFullId()\r
 482   {\r
 483     this._has_showFullId = false;\r
 484   } //-- void deleteShowFullId()\r
 485 \r
 486   /**\r
 487    * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 488    *\r
 489    */\r
 490   public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 491   {\r
 492     this._has_showSequenceFeatures = false;\r
 493   } //-- void deleteShowSequenceFeatures()\r
 494 \r
 495   /**\r
 496    * Method deleteShowText\r
 497    *\r
 498    */\r
 499   public void deleteShowText()\r
 500   {\r
 501     this._has_showText = false;\r
 502   } //-- void deleteShowText()\r
 503 \r
 504   /**\r
 505    * Method deleteStartRes\r
 506    *\r
 507    */\r
 508   public void deleteStartRes()\r
 509   {\r
 510     this._has_startRes = false;\r
 511   } //-- void deleteStartRes()\r
 512 \r
 513   /**\r
 514    * Method deleteStartSeq\r
 515    *\r
 516    */\r
 517   public void deleteStartSeq()\r
 518   {\r
 519     this._has_startSeq = false;\r
 520   } //-- void deleteStartSeq()\r
 521 \r
 522   /**\r
 523    * Method deleteTextCol1\r
 524    *\r
 525    */\r
 526   public void deleteTextCol1()\r
 527   {\r
 528     this._has_textCol1 = false;\r
 529   } //-- void deleteTextCol1()\r
 530 \r
 531   /**\r
 532    * Method deleteTextCol2\r
 533    *\r
 534    */\r
 535   public void deleteTextCol2()\r
 536   {\r
 537     this._has_textCol2 = false;\r
 538   } //-- void deleteTextCol2()\r
 539 \r
 540   /**\r
 541    * Method deleteTextColThreshold\r
 542    *\r
 543    */\r
 544   public void deleteTextColThreshold()\r
 545   {\r
 546     this._has_textColThreshold = false;\r
 547   } //-- void deleteTextColThreshold()\r
 548 \r
 549   /**\r
 550    * Method deleteWidth\r
 551    *\r
 552    */\r
 553   public void deleteWidth()\r
 554   {\r
 555     this._has_width = false;\r
 556   } //-- void deleteWidth()\r
 557 \r
 558   /**\r
 559    * Method deleteWrapAlignment\r
 560    *\r
 561    */\r
 562   public void deleteWrapAlignment()\r
 563   {\r
 564     this._has_wrapAlignment = false;\r
 565   } //-- void deleteWrapAlignment()\r
 566 \r
 567   /**\r
 568    * Method deleteXpos\r
 569    *\r
 570    */\r
 571   public void deleteXpos()\r
 572   {\r
 573     this._has_xpos = false;\r
 574   } //-- void deleteXpos()\r
 575 \r
 576   /**\r
 577    * Method deleteYpos\r
 578    *\r
 579    */\r
 580   public void deleteYpos()\r
 581   {\r
 582     this._has_ypos = false;\r
 583   } //-- void deleteYpos()\r
 584 \r
 585   /**\r
 586    * Method enumerateHiddenColumns\r
 587    *\r
 588    *\r
 589    *\r
 590    * @return Enumeration\r
 591    */\r
 592   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 593   {\r
 594     return _hiddenColumnsList.elements();\r
 595   } //-- java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()\r
 596 \r
 597   /**\r
 598    * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 599    *\r
 600    * @return AnnotationColours\r
 601    * @return the value of field 'annotationColours'.\r
 602    */\r
 603   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 604   {\r
 605     return this._annotationColours;\r
 606   } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 607 \r
 608   /**\r
 609    * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 610    *\r
 611    * @return String\r
 612    * @return the value of field 'bgColour'.\r
 613    */\r
 614   public java.lang.String getBgColour()\r
 615   {\r
 616     return this._bgColour;\r
 617   } //-- java.lang.String getBgColour()\r
 618 \r
 619   /**\r
 620    * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 621    *\r
 622    * @return int\r
 623    * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 624    */\r
 625   public int getConsThreshold()\r
 626   {\r
 627     return this._consThreshold;\r
 628   } //-- int getConsThreshold()\r
 629 \r
 630   /**\r
 631    * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 632    *\r
 633    * @return boolean\r
 634    * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 635    */\r
 636   public boolean getConservationSelected()\r
 637   {\r
 638     return this._conservationSelected;\r
 639   } //-- boolean getConservationSelected()\r
 640 \r
 641   /**\r
 642    * Returns the value of field 'fontName'.\r
 643    *\r
 644    * @return String\r
 645    * @return the value of field 'fontName'.\r
 646    */\r
 647   public java.lang.String getFontName()\r
 648   {\r
 649     return this._fontName;\r
 650   } //-- java.lang.String getFontName()\r
 651 \r
 652   /**\r
 653    * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 654    *\r
 655    * @return int\r
 656    * @return the value of field 'fontSize'.\r
 657    */\r
 658   public int getFontSize()\r
 659   {\r
 660     return this._fontSize;\r
 661   } //-- int getFontSize()\r
 662 \r
 663   /**\r
 664    * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 665    *\r
 666    * @return int\r
 667    * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 668    */\r
 669   public int getFontStyle()\r
 670   {\r
 671     return this._fontStyle;\r
 672   } //-- int getFontStyle()\r
 673 \r
 674   /**\r
 675    * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 676    *\r
 677    * @return boolean\r
 678    * @return the value of field 'gatheredViews'.\r
 679    */\r
 680   public boolean getGatheredViews()\r
 681   {\r
 682     return this._gatheredViews;\r
 683   } //-- boolean getGatheredViews()\r
 684 \r
 685   /**\r
 686    * Returns the value of field 'height'.\r
 687    *\r
 688    * @return int\r
 689    * @return the value of field 'height'.\r
 690    */\r
 691   public int getHeight()\r
 692   {\r
 693     return this._height;\r
 694   } //-- int getHeight()\r
 695 \r
 696   /**\r
 697    * Method getHiddenColumns\r
 698    *\r
 699    *\r
 700    *\r
 701    * @param index\r
 702    * @return HiddenColumns\r
 703    */\r
 704   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int\r
 705       index)\r
 706       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 707   {\r
 708     //-- check bounds for index\r
 709     if ( (index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size()))\r
 710     {\r
 711       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 712     }\r
 713 \r
 714     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.\r
 715         elementAt(index);\r
 716   } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(int)\r
 717 \r
 718   /**\r
 719    * Method getHiddenColumns\r
 720    *\r
 721    *\r
 722    *\r
 723    * @return HiddenColumns\r
 724    */\r
 725   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 726   {\r
 727     int size = _hiddenColumnsList.size();\r
 728     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] mArray = new jalview.\r
 729         schemabinding.version2.HiddenColumns[size];\r
 730     for (int index = 0; index < size; index++)\r
 731     {\r
 732       mArray[index] = (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
 733           _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
 734     }\r
 735     return mArray;\r
 736   } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()\r
 737 \r
 738   /**\r
 739    * Method getHiddenColumnsCount\r
 740    *\r
 741    *\r
 742    *\r
 743    * @return int\r
 744    */\r
 745   public int getHiddenColumnsCount()\r
 746   {\r
 747     return _hiddenColumnsList.size();\r
 748   } //-- int getHiddenColumnsCount()\r
 749 \r
 750   /**\r
 751    * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 752    *\r
 753    * @return boolean\r
 754    * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 755    */\r
 756   public boolean getPidSelected()\r
 757   {\r
 758     return this._pidSelected;\r
 759   } //-- boolean getPidSelected()\r
 760 \r
 761   /**\r
 762    * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 763    *\r
 764    * @return int\r
 765    * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 766    */\r
 767   public int getPidThreshold()\r
 768   {\r
 769     return this._pidThreshold;\r
 770   } //-- int getPidThreshold()\r
 771 \r
 772   /**\r
 773    * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 774    *\r
 775    * @return boolean\r
 776    * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 777    */\r
 778   public boolean getRenderGaps()\r
 779   {\r
 780     return this._renderGaps;\r
 781   } //-- boolean getRenderGaps()\r
 782 \r
 783   /**\r
 784    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 785    *\r
 786    * @return boolean\r
 787    * @return the value of field 'rightAlignIds'.\r
 788    */\r
 789   public boolean getRightAlignIds()\r
 790   {\r
 791     return this._rightAlignIds;\r
 792   } //-- boolean getRightAlignIds()\r
 793 \r
 794   /**\r
 795    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 796    *\r
 797    * @return String\r
 798    * @return the value of field 'sequenceSetId'.\r
 799    */\r
 800   public java.lang.String getSequenceSetId()\r
 801   {\r
 802     return this._sequenceSetId;\r
 803   } //-- java.lang.String getSequenceSetId()\r
 804 \r
 805   /**\r
 806    * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 807    *\r
 808    * @return boolean\r
 809    * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 810    */\r
 811   public boolean getShowAnnotation()\r
 812   {\r
 813     return this._showAnnotation;\r
 814   } //-- boolean getShowAnnotation()\r
 815 \r
 816   /**\r
 817    * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 818    *\r
 819    * @return boolean\r
 820    * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 821    */\r
 822   public boolean getShowBoxes()\r
 823   {\r
 824     return this._showBoxes;\r
 825   } //-- boolean getShowBoxes()\r
 826 \r
 827   /**\r
 828    * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 829    *\r
 830    * @return boolean\r
 831    * @return the value of field 'showColourText'.\r
 832    */\r
 833   public boolean getShowColourText()\r
 834   {\r
 835     return this._showColourText;\r
 836   } //-- boolean getShowColourText()\r
 837 \r
 838   /**\r
 839    * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 840    *\r
 841    * @return boolean\r
 842    * @return the value of field 'showFullId'.\r
 843    */\r
 844   public boolean getShowFullId()\r
 845   {\r
 846     return this._showFullId;\r
 847   } //-- boolean getShowFullId()\r
 848 \r
 849   /**\r
 850    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 851    *\r
 852    * @return boolean\r
 853    * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 854    */\r
 855   public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 856   {\r
 857     return this._showSequenceFeatures;\r
 858   } //-- boolean getShowSequenceFeatures()\r
 859 \r
 860   /**\r
 861    * Returns the value of field 'showText'.\r
 862    *\r
 863    * @return boolean\r
 864    * @return the value of field 'showText'.\r
 865    */\r
 866   public boolean getShowText()\r
 867   {\r
 868     return this._showText;\r
 869   } //-- boolean getShowText()\r
 870 \r
 871   /**\r
 872    * Returns the value of field 'startRes'.\r
 873    *\r
 874    * @return int\r
 875    * @return the value of field 'startRes'.\r
 876    */\r
 877   public int getStartRes()\r
 878   {\r
 879     return this._startRes;\r
 880   } //-- int getStartRes()\r
 881 \r
 882   /**\r
 883    * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 884    *\r
 885    * @return int\r
 886    * @return the value of field 'startSeq'.\r
 887    */\r
 888   public int getStartSeq()\r
 889   {\r
 890     return this._startSeq;\r
 891   } //-- int getStartSeq()\r
 892 \r
 893   /**\r
 894    * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 895    *\r
 896    * @return int\r
 897    * @return the value of field 'textCol1'.\r
 898    */\r
 899   public int getTextCol1()\r
 900   {\r
 901     return this._textCol1;\r
 902   } //-- int getTextCol1()\r
 903 \r
 904   /**\r
 905    * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 906    *\r
 907    * @return int\r
 908    * @return the value of field 'textCol2'.\r
 909    */\r
 910   public int getTextCol2()\r
 911   {\r
 912     return this._textCol2;\r
 913   } //-- int getTextCol2()\r
 914 \r
 915   /**\r
 916    * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 917    *\r
 918    * @return int\r
 919    * @return the value of field 'textColThreshold'.\r
 920    */\r
 921   public int getTextColThreshold()\r
 922   {\r
 923     return this._textColThreshold;\r
 924   } //-- int getTextColThreshold()\r
 925 \r
 926   /**\r
 927    * Returns the value of field 'title'.\r
 928    *\r
 929    * @return String\r
 930    * @return the value of field 'title'.\r
 931    */\r
 932   public java.lang.String getTitle()\r
 933   {\r
 934     return this._title;\r
 935   } //-- java.lang.String getTitle()\r
 936 \r
 937   /**\r
 938    * Returns the value of field 'viewName'.\r
 939    *\r
 940    * @return String\r
 941    * @return the value of field 'viewName'.\r
 942    */\r
 943   public java.lang.String getViewName()\r
 944   {\r
 945     return this._viewName;\r
 946   } //-- java.lang.String getViewName()\r
 947 \r
 948   /**\r
 949    * Returns the value of field 'width'.\r
 950    *\r
 951    * @return int\r
 952    * @return the value of field 'width'.\r
 953    */\r
 954   public int getWidth()\r
 955   {\r
 956     return this._width;\r
 957   } //-- int getWidth()\r
 958 \r
 959   /**\r
 960    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 961    *\r
 962    * @return boolean\r
 963    * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 964    */\r
 965   public boolean getWrapAlignment()\r
 966   {\r
 967     return this._wrapAlignment;\r
 968   } //-- boolean getWrapAlignment()\r
 969 \r
 970   /**\r
 971    * Returns the value of field 'xpos'.\r
 972    *\r
 973    * @return int\r
 974    * @return the value of field 'xpos'.\r
 975    */\r
 976   public int getXpos()\r
 977   {\r
 978     return this._xpos;\r
 979   } //-- int getXpos()\r
 980 \r
 981   /**\r
 982    * Returns the value of field 'ypos'.\r
 983    *\r
 984    * @return int\r
 985    * @return the value of field 'ypos'.\r
 986    */\r
 987   public int getYpos()\r
 988   {\r
 989     return this._ypos;\r
 990   } //-- int getYpos()\r
 991 \r
 992   /**\r
 993    * Method hasConsThreshold\r
 994    *\r
 995    *\r
 996    *\r
 997    * @return boolean\r
 998    */\r
 999   public boolean hasConsThreshold()\r
1000   {\r
1001     return this._has_consThreshold;\r
1002   } //-- boolean hasConsThreshold()\r
1003 \r
1004   /**\r
1005    * Method hasConservationSelected\r
1006    *\r
1007    *\r
1008    *\r
1009    * @return boolean\r
1010    */\r
1011   public boolean hasConservationSelected()\r
1012   {\r
1013     return this._has_conservationSelected;\r
1014   } //-- boolean hasConservationSelected()\r
1015 \r
1016   /**\r
1017    * Method hasFontSize\r
1018    *\r
1019    *\r
1020    *\r
1021    * @return boolean\r
1022    */\r
1023   public boolean hasFontSize()\r
1024   {\r
1025     return this._has_fontSize;\r
1026   } //-- boolean hasFontSize()\r
1027 \r
1028   /**\r
1029    * Method hasFontStyle\r
1030    *\r
1031    *\r
1032    *\r
1033    * @return boolean\r
1034    */\r
1035   public boolean hasFontStyle()\r
1036   {\r
1037     return this._has_fontStyle;\r
1038   } //-- boolean hasFontStyle()\r
1039 \r
1040   /**\r
1041    * Method hasGatheredViews\r
1042    *\r
1043    *\r
1044    *\r
1045    * @return boolean\r
1046    */\r
1047   public boolean hasGatheredViews()\r
1048   {\r
1049     return this._has_gatheredViews;\r
1050   } //-- boolean hasGatheredViews()\r
1051 \r
1052   /**\r
1053    * Method hasHeight\r
1054    *\r
1055    *\r
1056    *\r
1057    * @return boolean\r
1058    */\r
1059   public boolean hasHeight()\r
1060   {\r
1061     return this._has_height;\r
1062   } //-- boolean hasHeight()\r
1063 \r
1064   /**\r
1065    * Method hasPidSelected\r
1066    *\r
1067    *\r
1068    *\r
1069    * @return boolean\r
1070    */\r
1071   public boolean hasPidSelected()\r
1072   {\r
1073     return this._has_pidSelected;\r
1074   } //-- boolean hasPidSelected()\r
1075 \r
1076   /**\r
1077    * Method hasPidThreshold\r
1078    *\r
1079    *\r
1080    *\r
1081    * @return boolean\r
1082    */\r
1083   public boolean hasPidThreshold()\r
1084   {\r
1085     return this._has_pidThreshold;\r
1086   } //-- boolean hasPidThreshold()\r
1087 \r
1088   /**\r
1089    * Method hasRenderGaps\r
1090    *\r
1091    *\r
1092    *\r
1093    * @return boolean\r
1094    */\r
1095   public boolean hasRenderGaps()\r
1096   {\r
1097     return this._has_renderGaps;\r
1098   } //-- boolean hasRenderGaps()\r
1099 \r
1100   /**\r
1101    * Method hasRightAlignIds\r
1102    *\r
1103    *\r
1104    *\r
1105    * @return boolean\r
1106    */\r
1107   public boolean hasRightAlignIds()\r
1108   {\r
1109     return this._has_rightAlignIds;\r
1110   } //-- boolean hasRightAlignIds()\r
1111 \r
1112   /**\r
1113    * Method hasShowAnnotation\r
1114    *\r
1115    *\r
1116    *\r
1117    * @return boolean\r
1118    */\r
1119   public boolean hasShowAnnotation()\r
1120   {\r
1121     return this._has_showAnnotation;\r
1122   } //-- boolean hasShowAnnotation()\r
1123 \r
1124   /**\r
1125    * Method hasShowBoxes\r
1126    *\r
1127    *\r
1128    *\r
1129    * @return boolean\r
1130    */\r
1131   public boolean hasShowBoxes()\r
1132   {\r
1133     return this._has_showBoxes;\r
1134   } //-- boolean hasShowBoxes()\r
1135 \r
1136   /**\r
1137    * Method hasShowColourText\r
1138    *\r
1139    *\r
1140    *\r
1141    * @return boolean\r
1142    */\r
1143   public boolean hasShowColourText()\r
1144   {\r
1145     return this._has_showColourText;\r
1146   } //-- boolean hasShowColourText()\r
1147 \r
1148   /**\r
1149    * Method hasShowFullId\r
1150    *\r
1151    *\r
1152    *\r
1153    * @return boolean\r
1154    */\r
1155   public boolean hasShowFullId()\r
1156   {\r
1157     return this._has_showFullId;\r
1158   } //-- boolean hasShowFullId()\r
1159 \r
1160   /**\r
1161    * Method hasShowSequenceFeatures\r
1162    *\r
1163    *\r
1164    *\r
1165    * @return boolean\r
1166    */\r
1167   public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1168   {\r
1169     return this._has_showSequenceFeatures;\r
1170   } //-- boolean hasShowSequenceFeatures()\r
1171 \r
1172   /**\r
1173    * Method hasShowText\r
1174    *\r
1175    *\r
1176    *\r
1177    * @return boolean\r
1178    */\r
1179   public boolean hasShowText()\r
1180   {\r
1181     return this._has_showText;\r
1182   } //-- boolean hasShowText()\r
1183 \r
1184   /**\r
1185    * Method hasStartRes\r
1186    *\r
1187    *\r
1188    *\r
1189    * @return boolean\r
1190    */\r
1191   public boolean hasStartRes()\r
1192   {\r
1193     return this._has_startRes;\r
1194   } //-- boolean hasStartRes()\r
1195 \r
1196   /**\r
1197    * Method hasStartSeq\r
1198    *\r
1199    *\r
1200    *\r
1201    * @return boolean\r
1202    */\r
1203   public boolean hasStartSeq()\r
1204   {\r
1205     return this._has_startSeq;\r
1206   } //-- boolean hasStartSeq()\r
1207 \r
1208   /**\r
1209    * Method hasTextCol1\r
1210    *\r
1211    *\r
1212    *\r
1213    * @return boolean\r
1214    */\r
1215   public boolean hasTextCol1()\r
1216   {\r
1217     return this._has_textCol1;\r
1218   } //-- boolean hasTextCol1()\r
1219 \r
1220   /**\r
1221    * Method hasTextCol2\r
1222    *\r
1223    *\r
1224    *\r
1225    * @return boolean\r
1226    */\r
1227   public boolean hasTextCol2()\r
1228   {\r
1229     return this._has_textCol2;\r
1230   } //-- boolean hasTextCol2()\r
1231 \r
1232   /**\r
1233    * Method hasTextColThreshold\r
1234    *\r
1235    *\r
1236    *\r
1237    * @return boolean\r
1238    */\r
1239   public boolean hasTextColThreshold()\r
1240   {\r
1241     return this._has_textColThreshold;\r
1242   } //-- boolean hasTextColThreshold()\r
1243 \r
1244   /**\r
1245    * Method hasWidth\r
1246    *\r
1247    *\r
1248    *\r
1249    * @return boolean\r
1250    */\r
1251   public boolean hasWidth()\r
1252   {\r
1253     return this._has_width;\r
1254   } //-- boolean hasWidth()\r
1255 \r
1256   /**\r
1257    * Method hasWrapAlignment\r
1258    *\r
1259    *\r
1260    *\r
1261    * @return boolean\r
1262    */\r
1263   public boolean hasWrapAlignment()\r
1264   {\r
1265     return this._has_wrapAlignment;\r
1266   } //-- boolean hasWrapAlignment()\r
1267 \r
1268   /**\r
1269    * Method hasXpos\r
1270    *\r
1271    *\r
1272    *\r
1273    * @return boolean\r
1274    */\r
1275   public boolean hasXpos()\r
1276   {\r
1277     return this._has_xpos;\r
1278   } //-- boolean hasXpos()\r
1279 \r
1280   /**\r
1281    * Method hasYpos\r
1282    *\r
1283    *\r
1284    *\r
1285    * @return boolean\r
1286    */\r
1287   public boolean hasYpos()\r
1288   {\r
1289     return this._has_ypos;\r
1290   } //-- boolean hasYpos()\r
1291 \r
1292   /**\r
1293    * Method isValid\r
1294    *\r
1295    *\r
1296    *\r
1297    * @return boolean\r
1298    */\r
1299   public boolean isValid()\r
1300   {\r
1301     try\r
1302     {\r
1303       validate();\r
1304     }\r
1305     catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)\r
1306     {\r
1307       return false;\r
1308     }\r
1309     return true;\r
1310   } //-- boolean isValid()\r
1311 \r
1312   /**\r
1313    * Method marshal\r
1314    *\r
1315    *\r
1316    *\r
1317    * @param out\r
1318    */\r
1319   public void marshal(java.io.Writer out)\r
1320       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1321       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1322   {\r
1323 \r
1324     Marshaller.marshal(this, out);\r
1325   } //-- void marshal(java.io.Writer)\r
1326 \r
1327   /**\r
1328    * Method marshal\r
1329    *\r
1330    *\r
1331    *\r
1332    * @param handler\r
1333    */\r
1334   public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1335       throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1336       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1337   {\r
1338 \r
1339     Marshaller.marshal(this, handler);\r
1340   } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler)\r
1341 \r
1342   /**\r
1343    * Method removeAllHiddenColumns\r
1344    *\r
1345    */\r
1346   public void removeAllHiddenColumns()\r
1347   {\r
1348     _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1349   } //-- void removeAllHiddenColumns()\r
1350 \r
1351   /**\r
1352    * Method removeHiddenColumns\r
1353    *\r
1354    *\r
1355    *\r
1356    * @param index\r
1357    * @return HiddenColumns\r
1358    */\r
1359   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int\r
1360       index)\r
1361   {\r
1362     java.lang.Object obj = _hiddenColumnsList.elementAt(index);\r
1363     _hiddenColumnsList.removeElementAt(index);\r
1364     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1365   } //-- jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumns(int)\r
1366 \r
1367   /**\r
1368    * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1369    *\r
1370    * @param annotationColours the value of field\r
1371    * 'annotationColours'.\r
1372    */\r
1373   public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.\r
1374                                    AnnotationColours annotationColours)\r
1375   {\r
1376     this._annotationColours = annotationColours;\r
1377   } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours)\r
1378 \r
1379   /**\r
1380    * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1381    *\r
1382    * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1383    */\r
1384   public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1385   {\r
1386     this._bgColour = bgColour;\r
1387   } //-- void setBgColour(java.lang.String)\r
1388 \r
1389   /**\r
1390    * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1391    *\r
1392    * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1393    */\r
1394   public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1395   {\r
1396     this._consThreshold = consThreshold;\r
1397     this._has_consThreshold = true;\r
1398   } //-- void setConsThreshold(int)\r
1399 \r
1400   /**\r
1401    * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1402    *\r
1403    * @param conservationSelected the value of field\r
1404    * 'conservationSelected'.\r
1405    */\r
1406   public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1407   {\r
1408     this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1409     this._has_conservationSelected = true;\r
1410   } //-- void setConservationSelected(boolean)\r
1411 \r
1412   /**\r
1413    * Sets the value of field 'fontName'.\r
1414    *\r
1415    * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1416    */\r
1417   public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1418   {\r
1419     this._fontName = fontName;\r
1420   } //-- void setFontName(java.lang.String)\r
1421 \r
1422   /**\r
1423    * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1424    *\r
1425    * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1426    */\r
1427   public void setFontSize(int fontSize)\r
1428   {\r
1429     this._fontSize = fontSize;\r
1430     this._has_fontSize = true;\r
1431   } //-- void setFontSize(int)\r
1432 \r
1433   /**\r
1434    * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1435    *\r
1436    * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1437    */\r
1438   public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1439   {\r
1440     this._fontStyle = fontStyle;\r
1441     this._has_fontStyle = true;\r
1442   } //-- void setFontStyle(int)\r
1443 \r
1444   /**\r
1445    * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1446    *\r
1447    * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1448    */\r
1449   public void setGatheredViews(boolean gatheredViews)\r
1450   {\r
1451     this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1452     this._has_gatheredViews = true;\r
1453   } //-- void setGatheredViews(boolean)\r
1454 \r
1455   /**\r
1456    * Sets the value of field 'height'.\r
1457    *\r
1458    * @param height the value of field 'height'.\r
1459    */\r
1460   public void setHeight(int height)\r
1461   {\r
1462     this._height = height;\r
1463     this._has_height = true;\r
1464   } //-- void setHeight(int)\r
1465 \r
1466   /**\r
1467    * Method setHiddenColumns\r
1468    *\r
1469    *\r
1470    *\r
1471    * @param index\r
1472    * @param vHiddenColumns\r
1473    */\r
1474   public void setHiddenColumns(int index,\r
1475                                jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns\r
1476                                vHiddenColumns)\r
1477       throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
1478   {\r
1479     //-- check bounds for index\r
1480     if ( (index < 0) || (index > _hiddenColumnsList.size()))\r
1481     {\r
1482       throw new IndexOutOfBoundsException();\r
1483     }\r
1484     _hiddenColumnsList.setElementAt(vHiddenColumns, index);\r
1485   } //-- void setHiddenColumns(int, jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
1486 \r
1487   /**\r
1488    * Method setHiddenColumns\r
1489    *\r
1490    *\r
1491    *\r
1492    * @param hiddenColumnsArray\r
1493    */\r
1494   public void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]\r
1495                                hiddenColumnsArray)\r
1496   {\r
1497     //-- copy array\r
1498     _hiddenColumnsList.removeAllElements();\r
1499     for (int i = 0; i < hiddenColumnsArray.length; i++)\r
1500     {\r
1501       _hiddenColumnsList.addElement(hiddenColumnsArray[i]);\r
1502     }\r
1503   } //-- void setHiddenColumns(jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns)\r
1504 \r
1505   /**\r
1506    * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1507    *\r
1508    * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1509    */\r
1510   public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1511   {\r
1512     this._pidSelected = pidSelected;\r
1513     this._has_pidSelected = true;\r
1514   } //-- void setPidSelected(boolean)\r
1515 \r
1516   /**\r
1517    * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1518    *\r
1519    * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1520    */\r
1521   public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1522   {\r
1523     this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1524     this._has_pidThreshold = true;\r
1525   } //-- void setPidThreshold(int)\r
1526 \r
1527   /**\r
1528    * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1529    *\r
1530    * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1531    */\r
1532   public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1533   {\r
1534     this._renderGaps = renderGaps;\r
1535     this._has_renderGaps = true;\r
1536   } //-- void setRenderGaps(boolean)\r
1537 \r
1538   /**\r
1539    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
1540    *\r
1541    * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
1542    */\r
1543   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)\r
1544   {\r
1545     this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
1546     this._has_rightAlignIds = true;\r
1547   } //-- void setRightAlignIds(boolean)\r
1548 \r
1549   /**\r
1550    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1551    *\r
1552    * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1553    */\r
1554   public void setSequenceSetId(java.lang.String sequenceSetId)\r
1555   {\r
1556     this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1557   } //-- void setSequenceSetId(java.lang.String)\r
1558 \r
1559   /**\r
1560    * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1561    *\r
1562    * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1563    */\r
1564   public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1565   {\r
1566     this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1567     this._has_showAnnotation = true;\r
1568   } //-- void setShowAnnotation(boolean)\r
1569 \r
1570   /**\r
1571    * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1572    *\r
1573    * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1574    */\r
1575   public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1576   {\r
1577     this._showBoxes = showBoxes;\r
1578     this._has_showBoxes = true;\r
1579   } //-- void setShowBoxes(boolean)\r
1580 \r
1581   /**\r
1582    * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1583    *\r
1584    * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1585    */\r
1586   public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1587   {\r
1588     this._showColourText = showColourText;\r
1589     this._has_showColourText = true;\r
1590   } //-- void setShowColourText(boolean)\r
1591 \r
1592   /**\r
1593    * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1594    *\r
1595    * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1596    */\r
1597   public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1598   {\r
1599     this._showFullId = showFullId;\r
1600     this._has_showFullId = true;\r
1601   } //-- void setShowFullId(boolean)\r
1602 \r
1603   /**\r
1604    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1605    *\r
1606    * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1607    * 'showSequenceFeatures'.\r
1608    */\r
1609   public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1610   {\r
1611     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1612     this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1613   } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean)\r
1614 \r
1615   /**\r
1616    * Sets the value of field 'showText'.\r
1617    *\r
1618    * @param showText the value of field 'showText'.\r
1619    */\r
1620   public void setShowText(boolean showText)\r
1621   {\r
1622     this._showText = showText;\r
1623     this._has_showText = true;\r
1624   } //-- void setShowText(boolean)\r
1625 \r
1626   /**\r
1627    * Sets the value of field 'startRes'.\r
1628    *\r
1629    * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1630    */\r
1631   public void setStartRes(int startRes)\r
1632   {\r
1633     this._startRes = startRes;\r
1634     this._has_startRes = true;\r
1635   } //-- void setStartRes(int)\r
1636 \r
1637   /**\r
1638    * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1639    *\r
1640    * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1641    */\r
1642   public void setStartSeq(int startSeq)\r
1643   {\r
1644     this._startSeq = startSeq;\r
1645     this._has_startSeq = true;\r
1646   } //-- void setStartSeq(int)\r
1647 \r
1648   /**\r
1649    * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1650    *\r
1651    * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1652    */\r
1653   public void setTextCol1(int textCol1)\r
1654   {\r
1655     this._textCol1 = textCol1;\r
1656     this._has_textCol1 = true;\r
1657   } //-- void setTextCol1(int)\r
1658 \r
1659   /**\r
1660    * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1661    *\r
1662    * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1663    */\r
1664   public void setTextCol2(int textCol2)\r
1665   {\r
1666     this._textCol2 = textCol2;\r
1667     this._has_textCol2 = true;\r
1668   } //-- void setTextCol2(int)\r
1669 \r
1670   /**\r
1671    * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1672    *\r
1673    * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1674    */\r
1675   public void setTextColThreshold(int textColThreshold)\r
1676   {\r
1677     this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1678     this._has_textColThreshold = true;\r
1679   } //-- void setTextColThreshold(int)\r
1680 \r
1681   /**\r
1682    * Sets the value of field 'title'.\r
1683    *\r
1684    * @param title the value of field 'title'.\r
1685    */\r
1686   public void setTitle(java.lang.String title)\r
1687   {\r
1688     this._title = title;\r
1689   } //-- void setTitle(java.lang.String)\r
1690 \r
1691   /**\r
1692    * Sets the value of field 'viewName'.\r
1693    *\r
1694    * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1695    */\r
1696   public void setViewName(java.lang.String viewName)\r
1697   {\r
1698     this._viewName = viewName;\r
1699   } //-- void setViewName(java.lang.String)\r
1700 \r
1701   /**\r
1702    * Sets the value of field 'width'.\r
1703    *\r
1704    * @param width the value of field 'width'.\r
1705    */\r
1706   public void setWidth(int width)\r
1707   {\r
1708     this._width = width;\r
1709     this._has_width = true;\r
1710   } //-- void setWidth(int)\r
1711 \r
1712   /**\r
1713    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1714    *\r
1715    * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1716    */\r
1717   public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1718   {\r
1719     this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1720     this._has_wrapAlignment = true;\r
1721   } //-- void setWrapAlignment(boolean)\r
1722 \r
1723   /**\r
1724    * Sets the value of field 'xpos'.\r
1725    *\r
1726    * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1727    */\r
1728   public void setXpos(int xpos)\r
1729   {\r
1730     this._xpos = xpos;\r
1731     this._has_xpos = true;\r
1732   } //-- void setXpos(int)\r
1733 \r
1734   /**\r
1735    * Sets the value of field 'ypos'.\r
1736    *\r
1737    * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1738    */\r
1739   public void setYpos(int ypos)\r
1740   {\r
1741     this._ypos = ypos;\r
1742     this._has_ypos = true;\r
1743   } //-- void setYpos(int)\r
1744 \r
1745   /**\r
1746    * Method unmarshal\r
1747    *\r
1748    *\r
1749    *\r
1750    * @param reader\r
1751    * @return Object\r
1752    */\r
1753   public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1754       throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,\r
1755       org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1756   {\r
1757     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(\r
1758         jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1759   } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader)\r
1760 \r
1761   /**\r
1762    * Method validate\r
1763    *\r
1764    */\r
1765   public void validate()\r
1766       throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1767   {\r
1768     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.\r
1769         Validator();\r
1770     validator.validate(this);\r
1771   } //-- void validate()\r
1772 \r
1773 }\r