src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  15 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  16 \r
  17 /**\r
  18  * Class Viewport.\r
  19  * \r
  20  * @version $Revision$ $Date$\r
  21  */\r
  22 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  23 \r
  24 \r
  25       //--------------------------/\r
  26      //- Class/Member Variables -/\r
  27     //--------------------------/\r
  28 \r
  29     /**\r
  30      * Field _conservationSelected.\r
  31      */\r
  32     private boolean _conservationSelected;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  36      */\r
  37     private boolean _has_conservationSelected;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Field _pidSelected.\r
  41      */\r
  42     private boolean _pidSelected;\r
  43 \r
  44     /**\r
  45      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  46      */\r
  47     private boolean _has_pidSelected;\r
  48 \r
  49     /**\r
  50      * Field _bgColour.\r
  51      */\r
  52     private java.lang.String _bgColour;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Field _consThreshold.\r
  56      */\r
  57     private int _consThreshold;\r
  58 \r
  59     /**\r
  60      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  61      */\r
  62     private boolean _has_consThreshold;\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * Field _pidThreshold.\r
  66      */\r
  67     private int _pidThreshold;\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  71      */\r
  72     private boolean _has_pidThreshold;\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * Field _title.\r
  76      */\r
  77     private java.lang.String _title;\r
  78 \r
  79     /**\r
  80      * Field _showFullId.\r
  81      */\r
  82     private boolean _showFullId;\r
  83 \r
  84     /**\r
  85      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  86      */\r
  87     private boolean _has_showFullId;\r
  88 \r
  89     /**\r
  90      * Field _rightAlignIds.\r
  91      */\r
  92     private boolean _rightAlignIds;\r
  93 \r
  94     /**\r
  95      * keeps track of state for field: _rightAlignIds\r
  96      */\r
  97     private boolean _has_rightAlignIds;\r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Field _showText.\r
 101      */\r
 102     private boolean _showText;\r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * keeps track of state for field: _showText\r
 106      */\r
 107     private boolean _has_showText;\r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Field _showColourText.\r
 111      */\r
 112     private boolean _showColourText;\r
 113 \r
 114     /**\r
 115      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 116      */\r
 117     private boolean _has_showColourText;\r
 118 \r
 119     /**\r
 120      * Field _showBoxes.\r
 121      */\r
 122     private boolean _showBoxes;\r
 123 \r
 124     /**\r
 125      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 126      */\r
 127     private boolean _has_showBoxes;\r
 128 \r
 129     /**\r
 130      * Field _wrapAlignment.\r
 131      */\r
 132     private boolean _wrapAlignment;\r
 133 \r
 134     /**\r
 135      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 136      */\r
 137     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 138 \r
 139     /**\r
 140      * Field _renderGaps.\r
 141      */\r
 142     private boolean _renderGaps;\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 146      */\r
 147     private boolean _has_renderGaps;\r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Field _showSequenceFeatures.\r
 151      */\r
 152     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 153 \r
 154     /**\r
 155      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 156      */\r
 157     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * Field _showAnnotation.\r
 161      */\r
 162     private boolean _showAnnotation;\r
 163 \r
 164     /**\r
 165      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 166      */\r
 167     private boolean _has_showAnnotation;\r
 168 \r
 169     /**\r
 170      * Field _xpos.\r
 171      */\r
 172     private int _xpos;\r
 173 \r
 174     /**\r
 175      * keeps track of state for field: _xpos\r
 176      */\r
 177     private boolean _has_xpos;\r
 178 \r
 179     /**\r
 180      * Field _ypos.\r
 181      */\r
 182     private int _ypos;\r
 183 \r
 184     /**\r
 185      * keeps track of state for field: _ypos\r
 186      */\r
 187     private boolean _has_ypos;\r
 188 \r
 189     /**\r
 190      * Field _width.\r
 191      */\r
 192     private int _width;\r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * keeps track of state for field: _width\r
 196      */\r
 197     private boolean _has_width;\r
 198 \r
 199     /**\r
 200      * Field _height.\r
 201      */\r
 202     private int _height;\r
 203 \r
 204     /**\r
 205      * keeps track of state for field: _height\r
 206      */\r
 207     private boolean _has_height;\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * Field _startRes.\r
 211      */\r
 212     private int _startRes;\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * keeps track of state for field: _startRes\r
 216      */\r
 217     private boolean _has_startRes;\r
 218 \r
 219     /**\r
 220      * Field _startSeq.\r
 221      */\r
 222     private int _startSeq;\r
 223 \r
 224     /**\r
 225      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 226      */\r
 227     private boolean _has_startSeq;\r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Field _fontName.\r
 231      */\r
 232     private java.lang.String _fontName;\r
 233 \r
 234     /**\r
 235      * Field _fontSize.\r
 236      */\r
 237     private int _fontSize;\r
 238 \r
 239     /**\r
 240      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 241      */\r
 242     private boolean _has_fontSize;\r
 243 \r
 244     /**\r
 245      * Field _fontStyle.\r
 246      */\r
 247     private int _fontStyle;\r
 248 \r
 249     /**\r
 250      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 251      */\r
 252     private boolean _has_fontStyle;\r
 253 \r
 254     /**\r
 255      * Field _viewName.\r
 256      */\r
 257     private java.lang.String _viewName;\r
 258 \r
 259     /**\r
 260      * Field _sequenceSetId.\r
 261      */\r
 262     private java.lang.String _sequenceSetId;\r
 263 \r
 264     /**\r
 265      * Field _gatheredViews.\r
 266      */\r
 267     private boolean _gatheredViews;\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * keeps track of state for field: _gatheredViews\r
 271      */\r
 272     private boolean _has_gatheredViews;\r
 273 \r
 274     /**\r
 275      * Field _textCol1.\r
 276      */\r
 277     private int _textCol1;\r
 278 \r
 279     /**\r
 280      * keeps track of state for field: _textCol1\r
 281      */\r
 282     private boolean _has_textCol1;\r
 283 \r
 284     /**\r
 285      * Field _textCol2.\r
 286      */\r
 287     private int _textCol2;\r
 288 \r
 289     /**\r
 290      * keeps track of state for field: _textCol2\r
 291      */\r
 292     private boolean _has_textCol2;\r
 293 \r
 294     /**\r
 295      * Field _textColThreshold.\r
 296      */\r
 297     private int _textColThreshold;\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * keeps track of state for field: _textColThreshold\r
 301      */\r
 302     private boolean _has_textColThreshold;\r
 303 \r
 304     /**\r
 305      * Field _annotationColours.\r
 306      */\r
 307     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * Field _hiddenColumnsList.\r
 311      */\r
 312     private java.util.Vector _hiddenColumnsList;\r
 313 \r
 314 \r
 315       //----------------/\r
 316      //- Constructors -/\r
 317     //----------------/\r
 318 \r
 319     public Viewport() {\r
 320         super();\r
 321         this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();\r
 322     }\r
 323 \r
 324 \r
 325       //-----------/\r
 326      //- Methods -/\r
 327     //-----------/\r
 328 \r
 329     /**\r
 330      * \r
 331      * \r
 332      * @param vHiddenColumns\r
 333      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 334      * given is outside the bounds of the collection\r
 335      */\r
 336     public void addHiddenColumns(\r
 337             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 338     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 339         this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);\r
 340     }\r
 341 \r
 342     /**\r
 343      * \r
 344      * \r
 345      * @param index\r
 346      * @param vHiddenColumns\r
 347      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 348      * given is outside the bounds of the collection\r
 349      */\r
 350     public void addHiddenColumns(\r
 351             final int index,\r
 352             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
 353     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 354         this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);\r
 355     }\r
 356 \r
 357     /**\r
 358      */\r
 359     public void deleteConsThreshold(\r
 360     ) {\r
 361         this._has_consThreshold= false;\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      */\r
 366     public void deleteConservationSelected(\r
 367     ) {\r
 368         this._has_conservationSelected= false;\r
 369     }\r
 370 \r
 371     /**\r
 372      */\r
 373     public void deleteFontSize(\r
 374     ) {\r
 375         this._has_fontSize= false;\r
 376     }\r
 377 \r
 378     /**\r
 379      */\r
 380     public void deleteFontStyle(\r
 381     ) {\r
 382         this._has_fontStyle= false;\r
 383     }\r
 384 \r
 385     /**\r
 386      */\r
 387     public void deleteGatheredViews(\r
 388     ) {\r
 389         this._has_gatheredViews= false;\r
 390     }\r
 391 \r
 392     /**\r
 393      */\r
 394     public void deleteHeight(\r
 395     ) {\r
 396         this._has_height= false;\r
 397     }\r
 398 \r
 399     /**\r
 400      */\r
 401     public void deletePidSelected(\r
 402     ) {\r
 403         this._has_pidSelected= false;\r
 404     }\r
 405 \r
 406     /**\r
 407      */\r
 408     public void deletePidThreshold(\r
 409     ) {\r
 410         this._has_pidThreshold= false;\r
 411     }\r
 412 \r
 413     /**\r
 414      */\r
 415     public void deleteRenderGaps(\r
 416     ) {\r
 417         this._has_renderGaps= false;\r
 418     }\r
 419 \r
 420     /**\r
 421      */\r
 422     public void deleteRightAlignIds(\r
 423     ) {\r
 424         this._has_rightAlignIds= false;\r
 425     }\r
 426 \r
 427     /**\r
 428      */\r
 429     public void deleteShowAnnotation(\r
 430     ) {\r
 431         this._has_showAnnotation= false;\r
 432     }\r
 433 \r
 434     /**\r
 435      */\r
 436     public void deleteShowBoxes(\r
 437     ) {\r
 438         this._has_showBoxes= false;\r
 439     }\r
 440 \r
 441     /**\r
 442      */\r
 443     public void deleteShowColourText(\r
 444     ) {\r
 445         this._has_showColourText= false;\r
 446     }\r
 447 \r
 448     /**\r
 449      */\r
 450     public void deleteShowFullId(\r
 451     ) {\r
 452         this._has_showFullId= false;\r
 453     }\r
 454 \r
 455     /**\r
 456      */\r
 457     public void deleteShowSequenceFeatures(\r
 458     ) {\r
 459         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      */\r
 464     public void deleteShowText(\r
 465     ) {\r
 466         this._has_showText= false;\r
 467     }\r
 468 \r
 469     /**\r
 470      */\r
 471     public void deleteStartRes(\r
 472     ) {\r
 473         this._has_startRes= false;\r
 474     }\r
 475 \r
 476     /**\r
 477      */\r
 478     public void deleteStartSeq(\r
 479     ) {\r
 480         this._has_startSeq= false;\r
 481     }\r
 482 \r
 483     /**\r
 484      */\r
 485     public void deleteTextCol1(\r
 486     ) {\r
 487         this._has_textCol1= false;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      */\r
 492     public void deleteTextCol2(\r
 493     ) {\r
 494         this._has_textCol2= false;\r
 495     }\r
 496 \r
 497     /**\r
 498      */\r
 499     public void deleteTextColThreshold(\r
 500     ) {\r
 501         this._has_textColThreshold= false;\r
 502     }\r
 503 \r
 504     /**\r
 505      */\r
 506     public void deleteWidth(\r
 507     ) {\r
 508         this._has_width= false;\r
 509     }\r
 510 \r
 511     /**\r
 512      */\r
 513     public void deleteWrapAlignment(\r
 514     ) {\r
 515         this._has_wrapAlignment= false;\r
 516     }\r
 517 \r
 518     /**\r
 519      */\r
 520     public void deleteXpos(\r
 521     ) {\r
 522         this._has_xpos= false;\r
 523     }\r
 524 \r
 525     /**\r
 526      */\r
 527     public void deleteYpos(\r
 528     ) {\r
 529         this._has_ypos= false;\r
 530     }\r
 531 \r
 532     /**\r
 533      * Method enumerateHiddenColumns.\r
 534      * \r
 535      * @return an Enumeration over all\r
 536      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements\r
 537      */\r
 538     public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns(\r
 539     ) {\r
 540         return this._hiddenColumnsList.elements();\r
 541     }\r
 542 \r
 543     /**\r
 544      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 545      * \r
 546      * @return the value of field 'AnnotationColours'.\r
 547      */\r
 548     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours(\r
 549     ) {\r
 550         return this._annotationColours;\r
 551     }\r
 552 \r
 553     /**\r
 554      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 555      * \r
 556      * @return the value of field 'BgColour'.\r
 557      */\r
 558     public java.lang.String getBgColour(\r
 559     ) {\r
 560         return this._bgColour;\r
 561     }\r
 562 \r
 563     /**\r
 564      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 565      * \r
 566      * @return the value of field 'ConsThreshold'.\r
 567      */\r
 568     public int getConsThreshold(\r
 569     ) {\r
 570         return this._consThreshold;\r
 571     }\r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 575      * \r
 576      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
 577      */\r
 578     public boolean getConservationSelected(\r
 579     ) {\r
 580         return this._conservationSelected;\r
 581     }\r
 582 \r
 583     /**\r
 584      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 585      * \r
 586      * @return the value of field 'FontName'.\r
 587      */\r
 588     public java.lang.String getFontName(\r
 589     ) {\r
 590         return this._fontName;\r
 591     }\r
 592 \r
 593     /**\r
 594      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 595      * \r
 596      * @return the value of field 'FontSize'.\r
 597      */\r
 598     public int getFontSize(\r
 599     ) {\r
 600         return this._fontSize;\r
 601     }\r
 602 \r
 603     /**\r
 604      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 605      * \r
 606      * @return the value of field 'FontStyle'.\r
 607      */\r
 608     public int getFontStyle(\r
 609     ) {\r
 610         return this._fontStyle;\r
 611     }\r
 612 \r
 613     /**\r
 614      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
 615      * \r
 616      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
 617      */\r
 618     public boolean getGatheredViews(\r
 619     ) {\r
 620         return this._gatheredViews;\r
 621     }\r
 622 \r
 623     /**\r
 624      * Returns the value of field 'height'.\r
 625      * \r
 626      * @return the value of field 'Height'.\r
 627      */\r
 628     public int getHeight(\r
 629     ) {\r
 630         return this._height;\r
 631     }\r
 632 \r
 633     /**\r
 634      * Method getHiddenColumns.\r
 635      * \r
 636      * @param index\r
 637      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
 638      * given is outside the bounds of the collection\r
 639      * @return the value of the\r
 640      * jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at the given\r
 641      * index\r
 642      */\r
 643     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(\r
 644             final int index)\r
 645     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
 646         // check bounds for index\r
 647         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
 648             throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
 649         }\r
 650         \r
 651         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList.get(index);\r
 652     }\r
 653 \r
 654     /**\r
 655      * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the\r
 656      * collection in an Array.  <p>Note:  Just in case the\r
 657      * collection contents are changing in another thread, we pass\r
 658      * a 0-length Array of the correct type into the API call. \r
 659      * This way we <i>know</i> that the Array returned is of\r
 660      * exactly the correct length.\r
 661      * \r
 662      * @return this collection as an Array\r
 663      */\r
 664     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns(\r
 665     ) {\r
 666         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];\r
 667         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList.toArray(array);\r
 668     }\r
 669 \r
 670     /**\r
 671      * Method getHiddenColumnsCount.\r
 672      * \r
 673      * @return the size of this collection\r
 674      */\r
 675     public int getHiddenColumnsCount(\r
 676     ) {\r
 677         return this._hiddenColumnsList.size();\r
 678     }\r
 679 \r
 680     /**\r
 681      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 682      * \r
 683      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
 684      */\r
 685     public boolean getPidSelected(\r
 686     ) {\r
 687         return this._pidSelected;\r
 688     }\r
 689 \r
 690     /**\r
 691      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 692      * \r
 693      * @return the value of field 'PidThreshold'.\r
 694      */\r
 695     public int getPidThreshold(\r
 696     ) {\r
 697         return this._pidThreshold;\r
 698     }\r
 699 \r
 700     /**\r
 701      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 702      * \r
 703      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
 704      */\r
 705     public boolean getRenderGaps(\r
 706     ) {\r
 707         return this._renderGaps;\r
 708     }\r
 709 \r
 710     /**\r
 711      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
 712      * \r
 713      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
 714      */\r
 715     public boolean getRightAlignIds(\r
 716     ) {\r
 717         return this._rightAlignIds;\r
 718     }\r
 719 \r
 720     /**\r
 721      * Returns the value of field 'sequenceSetId'.\r
 722      * \r
 723      * @return the value of field 'SequenceSetId'.\r
 724      */\r
 725     public java.lang.String getSequenceSetId(\r
 726     ) {\r
 727         return this._sequenceSetId;\r
 728     }\r
 729 \r
 730     /**\r
 731      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 732      * \r
 733      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
 734      */\r
 735     public boolean getShowAnnotation(\r
 736     ) {\r
 737         return this._showAnnotation;\r
 738     }\r
 739 \r
 740     /**\r
 741      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 742      * \r
 743      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
 744      */\r
 745     public boolean getShowBoxes(\r
 746     ) {\r
 747         return this._showBoxes;\r
 748     }\r
 749 \r
 750     /**\r
 751      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 752      * \r
 753      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
 754      */\r
 755     public boolean getShowColourText(\r
 756     ) {\r
 757         return this._showColourText;\r
 758     }\r
 759 \r
 760     /**\r
 761      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 762      * \r
 763      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
 764      */\r
 765     public boolean getShowFullId(\r
 766     ) {\r
 767         return this._showFullId;\r
 768     }\r
 769 \r
 770     /**\r
 771      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 772      * \r
 773      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
 774      */\r
 775     public boolean getShowSequenceFeatures(\r
 776     ) {\r
 777         return this._showSequenceFeatures;\r
 778     }\r
 779 \r
 780     /**\r
 781      * Returns the value of field 'showText'.\r
 782      * \r
 783      * @return the value of field 'ShowText'.\r
 784      */\r
 785     public boolean getShowText(\r
 786     ) {\r
 787         return this._showText;\r
 788     }\r
 789 \r
 790     /**\r
 791      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 792      * \r
 793      * @return the value of field 'StartRes'.\r
 794      */\r
 795     public int getStartRes(\r
 796     ) {\r
 797         return this._startRes;\r
 798     }\r
 799 \r
 800     /**\r
 801      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 802      * \r
 803      * @return the value of field 'StartSeq'.\r
 804      */\r
 805     public int getStartSeq(\r
 806     ) {\r
 807         return this._startSeq;\r
 808     }\r
 809 \r
 810     /**\r
 811      * Returns the value of field 'textCol1'.\r
 812      * \r
 813      * @return the value of field 'TextCol1'.\r
 814      */\r
 815     public int getTextCol1(\r
 816     ) {\r
 817         return this._textCol1;\r
 818     }\r
 819 \r
 820     /**\r
 821      * Returns the value of field 'textCol2'.\r
 822      * \r
 823      * @return the value of field 'TextCol2'.\r
 824      */\r
 825     public int getTextCol2(\r
 826     ) {\r
 827         return this._textCol2;\r
 828     }\r
 829 \r
 830     /**\r
 831      * Returns the value of field 'textColThreshold'.\r
 832      * \r
 833      * @return the value of field 'TextColThreshold'.\r
 834      */\r
 835     public int getTextColThreshold(\r
 836     ) {\r
 837         return this._textColThreshold;\r
 838     }\r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * Returns the value of field 'title'.\r
 842      * \r
 843      * @return the value of field 'Title'.\r
 844      */\r
 845     public java.lang.String getTitle(\r
 846     ) {\r
 847         return this._title;\r
 848     }\r
 849 \r
 850     /**\r
 851      * Returns the value of field 'viewName'.\r
 852      * \r
 853      * @return the value of field 'ViewName'.\r
 854      */\r
 855     public java.lang.String getViewName(\r
 856     ) {\r
 857         return this._viewName;\r
 858     }\r
 859 \r
 860     /**\r
 861      * Returns the value of field 'width'.\r
 862      * \r
 863      * @return the value of field 'Width'.\r
 864      */\r
 865     public int getWidth(\r
 866     ) {\r
 867         return this._width;\r
 868     }\r
 869 \r
 870     /**\r
 871      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 872      * \r
 873      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
 874      */\r
 875     public boolean getWrapAlignment(\r
 876     ) {\r
 877         return this._wrapAlignment;\r
 878     }\r
 879 \r
 880     /**\r
 881      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 882      * \r
 883      * @return the value of field 'Xpos'.\r
 884      */\r
 885     public int getXpos(\r
 886     ) {\r
 887         return this._xpos;\r
 888     }\r
 889 \r
 890     /**\r
 891      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 892      * \r
 893      * @return the value of field 'Ypos'.\r
 894      */\r
 895     public int getYpos(\r
 896     ) {\r
 897         return this._ypos;\r
 898     }\r
 899 \r
 900     /**\r
 901      * Method hasConsThreshold.\r
 902      * \r
 903      * @return true if at least one ConsThreshold has been added\r
 904      */\r
 905     public boolean hasConsThreshold(\r
 906     ) {\r
 907         return this._has_consThreshold;\r
 908     }\r
 909 \r
 910     /**\r
 911      * Method hasConservationSelected.\r
 912      * \r
 913      * @return true if at least one ConservationSelected has been\r
 914      * added\r
 915      */\r
 916     public boolean hasConservationSelected(\r
 917     ) {\r
 918         return this._has_conservationSelected;\r
 919     }\r
 920 \r
 921     /**\r
 922      * Method hasFontSize.\r
 923      * \r
 924      * @return true if at least one FontSize has been added\r
 925      */\r
 926     public boolean hasFontSize(\r
 927     ) {\r
 928         return this._has_fontSize;\r
 929     }\r
 930 \r
 931     /**\r
 932      * Method hasFontStyle.\r
 933      * \r
 934      * @return true if at least one FontStyle has been added\r
 935      */\r
 936     public boolean hasFontStyle(\r
 937     ) {\r
 938         return this._has_fontStyle;\r
 939     }\r
 940 \r
 941     /**\r
 942      * Method hasGatheredViews.\r
 943      * \r
 944      * @return true if at least one GatheredViews has been added\r
 945      */\r
 946     public boolean hasGatheredViews(\r
 947     ) {\r
 948         return this._has_gatheredViews;\r
 949     }\r
 950 \r
 951     /**\r
 952      * Method hasHeight.\r
 953      * \r
 954      * @return true if at least one Height has been added\r
 955      */\r
 956     public boolean hasHeight(\r
 957     ) {\r
 958         return this._has_height;\r
 959     }\r
 960 \r
 961     /**\r
 962      * Method hasPidSelected.\r
 963      * \r
 964      * @return true if at least one PidSelected has been added\r
 965      */\r
 966     public boolean hasPidSelected(\r
 967     ) {\r
 968         return this._has_pidSelected;\r
 969     }\r
 970 \r
 971     /**\r
 972      * Method hasPidThreshold.\r
 973      * \r
 974      * @return true if at least one PidThreshold has been added\r
 975      */\r
 976     public boolean hasPidThreshold(\r
 977     ) {\r
 978         return this._has_pidThreshold;\r
 979     }\r
 980 \r
 981     /**\r
 982      * Method hasRenderGaps.\r
 983      * \r
 984      * @return true if at least one RenderGaps has been added\r
 985      */\r
 986     public boolean hasRenderGaps(\r
 987     ) {\r
 988         return this._has_renderGaps;\r
 989     }\r
 990 \r
 991     /**\r
 992      * Method hasRightAlignIds.\r
 993      * \r
 994      * @return true if at least one RightAlignIds has been added\r
 995      */\r
 996     public boolean hasRightAlignIds(\r
 997     ) {\r
 998         return this._has_rightAlignIds;\r
 999     }\r
1000 \r
1001     /**\r
1002      * Method hasShowAnnotation.\r
1003      * \r
1004      * @return true if at least one ShowAnnotation has been added\r
1005      */\r
1006     public boolean hasShowAnnotation(\r
1007     ) {\r
1008         return this._has_showAnnotation;\r
1009     }\r
1010 \r
1011     /**\r
1012      * Method hasShowBoxes.\r
1013      * \r
1014      * @return true if at least one ShowBoxes has been added\r
1015      */\r
1016     public boolean hasShowBoxes(\r
1017     ) {\r
1018         return this._has_showBoxes;\r
1019     }\r
1020 \r
1021     /**\r
1022      * Method hasShowColourText.\r
1023      * \r
1024      * @return true if at least one ShowColourText has been added\r
1025      */\r
1026     public boolean hasShowColourText(\r
1027     ) {\r
1028         return this._has_showColourText;\r
1029     }\r
1030 \r
1031     /**\r
1032      * Method hasShowFullId.\r
1033      * \r
1034      * @return true if at least one ShowFullId has been added\r
1035      */\r
1036     public boolean hasShowFullId(\r
1037     ) {\r
1038         return this._has_showFullId;\r
1039     }\r
1040 \r
1041     /**\r
1042      * Method hasShowSequenceFeatures.\r
1043      * \r
1044      * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been\r
1045      * added\r
1046      */\r
1047     public boolean hasShowSequenceFeatures(\r
1048     ) {\r
1049         return this._has_showSequenceFeatures;\r
1050     }\r
1051 \r
1052     /**\r
1053      * Method hasShowText.\r
1054      * \r
1055      * @return true if at least one ShowText has been added\r
1056      */\r
1057     public boolean hasShowText(\r
1058     ) {\r
1059         return this._has_showText;\r
1060     }\r
1061 \r
1062     /**\r
1063      * Method hasStartRes.\r
1064      * \r
1065      * @return true if at least one StartRes has been added\r
1066      */\r
1067     public boolean hasStartRes(\r
1068     ) {\r
1069         return this._has_startRes;\r
1070     }\r
1071 \r
1072     /**\r
1073      * Method hasStartSeq.\r
1074      * \r
1075      * @return true if at least one StartSeq has been added\r
1076      */\r
1077     public boolean hasStartSeq(\r
1078     ) {\r
1079         return this._has_startSeq;\r
1080     }\r
1081 \r
1082     /**\r
1083      * Method hasTextCol1.\r
1084      * \r
1085      * @return true if at least one TextCol1 has been added\r
1086      */\r
1087     public boolean hasTextCol1(\r
1088     ) {\r
1089         return this._has_textCol1;\r
1090     }\r
1091 \r
1092     /**\r
1093      * Method hasTextCol2.\r
1094      * \r
1095      * @return true if at least one TextCol2 has been added\r
1096      */\r
1097     public boolean hasTextCol2(\r
1098     ) {\r
1099         return this._has_textCol2;\r
1100     }\r
1101 \r
1102     /**\r
1103      * Method hasTextColThreshold.\r
1104      * \r
1105      * @return true if at least one TextColThreshold has been added\r
1106      */\r
1107     public boolean hasTextColThreshold(\r
1108     ) {\r
1109         return this._has_textColThreshold;\r
1110     }\r
1111 \r
1112     /**\r
1113      * Method hasWidth.\r
1114      * \r
1115      * @return true if at least one Width has been added\r
1116      */\r
1117     public boolean hasWidth(\r
1118     ) {\r
1119         return this._has_width;\r
1120     }\r
1121 \r
1122     /**\r
1123      * Method hasWrapAlignment.\r
1124      * \r
1125      * @return true if at least one WrapAlignment has been added\r
1126      */\r
1127     public boolean hasWrapAlignment(\r
1128     ) {\r
1129         return this._has_wrapAlignment;\r
1130     }\r
1131 \r
1132     /**\r
1133      * Method hasXpos.\r
1134      * \r
1135      * @return true if at least one Xpos has been added\r
1136      */\r
1137     public boolean hasXpos(\r
1138     ) {\r
1139         return this._has_xpos;\r
1140     }\r
1141 \r
1142     /**\r
1143      * Method hasYpos.\r
1144      * \r
1145      * @return true if at least one Ypos has been added\r
1146      */\r
1147     public boolean hasYpos(\r
1148     ) {\r
1149         return this._has_ypos;\r
1150     }\r
1151 \r
1152     /**\r
1153      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
1154      * \r
1155      * @return the value of field 'ConservationSelected'.\r
1156      */\r
1157     public boolean isConservationSelected(\r
1158     ) {\r
1159         return this._conservationSelected;\r
1160     }\r
1161 \r
1162     /**\r
1163      * Returns the value of field 'gatheredViews'.\r
1164      * \r
1165      * @return the value of field 'GatheredViews'.\r
1166      */\r
1167     public boolean isGatheredViews(\r
1168     ) {\r
1169         return this._gatheredViews;\r
1170     }\r
1171 \r
1172     /**\r
1173      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
1174      * \r
1175      * @return the value of field 'PidSelected'.\r
1176      */\r
1177     public boolean isPidSelected(\r
1178     ) {\r
1179         return this._pidSelected;\r
1180     }\r
1181 \r
1182     /**\r
1183      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
1184      * \r
1185      * @return the value of field 'RenderGaps'.\r
1186      */\r
1187     public boolean isRenderGaps(\r
1188     ) {\r
1189         return this._renderGaps;\r
1190     }\r
1191 \r
1192     /**\r
1193      * Returns the value of field 'rightAlignIds'.\r
1194      * \r
1195      * @return the value of field 'RightAlignIds'.\r
1196      */\r
1197     public boolean isRightAlignIds(\r
1198     ) {\r
1199         return this._rightAlignIds;\r
1200     }\r
1201 \r
1202     /**\r
1203      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
1204      * \r
1205      * @return the value of field 'ShowAnnotation'.\r
1206      */\r
1207     public boolean isShowAnnotation(\r
1208     ) {\r
1209         return this._showAnnotation;\r
1210     }\r
1211 \r
1212     /**\r
1213      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
1214      * \r
1215      * @return the value of field 'ShowBoxes'.\r
1216      */\r
1217     public boolean isShowBoxes(\r
1218     ) {\r
1219         return this._showBoxes;\r
1220     }\r
1221 \r
1222     /**\r
1223      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
1224      * \r
1225      * @return the value of field 'ShowColourText'.\r
1226      */\r
1227     public boolean isShowColourText(\r
1228     ) {\r
1229         return this._showColourText;\r
1230     }\r
1231 \r
1232     /**\r
1233      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
1234      * \r
1235      * @return the value of field 'ShowFullId'.\r
1236      */\r
1237     public boolean isShowFullId(\r
1238     ) {\r
1239         return this._showFullId;\r
1240     }\r
1241 \r
1242     /**\r
1243      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1244      * \r
1245      * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.\r
1246      */\r
1247     public boolean isShowSequenceFeatures(\r
1248     ) {\r
1249         return this._showSequenceFeatures;\r
1250     }\r
1251 \r
1252     /**\r
1253      * Returns the value of field 'showText'.\r
1254      * \r
1255      * @return the value of field 'ShowText'.\r
1256      */\r
1257     public boolean isShowText(\r
1258     ) {\r
1259         return this._showText;\r
1260     }\r
1261 \r
1262     /**\r
1263      * Method isValid.\r
1264      * \r
1265      * @return true if this object is valid according to the schema\r
1266      */\r
1267     public boolean isValid(\r
1268     ) {\r
1269         try {\r
1270             validate();\r
1271         } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1272             return false;\r
1273         }\r
1274         return true;\r
1275     }\r
1276 \r
1277     /**\r
1278      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
1279      * \r
1280      * @return the value of field 'WrapAlignment'.\r
1281      */\r
1282     public boolean isWrapAlignment(\r
1283     ) {\r
1284         return this._wrapAlignment;\r
1285     }\r
1286 \r
1287     /**\r
1288      * \r
1289      * \r
1290      * @param out\r
1291      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1292      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1293      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1294      * object is an invalid instance according to the schema\r
1295      */\r
1296     public void marshal(\r
1297             final java.io.Writer out)\r
1298     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1299         Marshaller.marshal(this, out);\r
1300     }\r
1301 \r
1302     /**\r
1303      * \r
1304      * \r
1305      * @param handler\r
1306      * @throws java.io.IOException if an IOException occurs during\r
1307      * marshaling\r
1308      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1309      * object is an invalid instance according to the schema\r
1310      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1311      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1312      */\r
1313     public void marshal(\r
1314             final org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1315     throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1316         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1317     }\r
1318 \r
1319     /**\r
1320      */\r
1321     public void removeAllHiddenColumns(\r
1322     ) {\r
1323         this._hiddenColumnsList.clear();\r
1324     }\r
1325 \r
1326     /**\r
1327      * Method removeHiddenColumns.\r
1328      * \r
1329      * @param vHiddenColumns\r
1330      * @return true if the object was removed from the collection.\r
1331      */\r
1332     public boolean removeHiddenColumns(\r
1333             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns) {\r
1334         boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);\r
1335         return removed;\r
1336     }\r
1337 \r
1338     /**\r
1339      * Method removeHiddenColumnsAt.\r
1340      * \r
1341      * @param index\r
1342      * @return the element removed from the collection\r
1343      */\r
1344     public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(\r
1345             final int index) {\r
1346         java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);\r
1347         return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;\r
1348     }\r
1349 \r
1350     /**\r
1351      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1352      * \r
1353      * @param annotationColours the value of field\r
1354      * 'annotationColours'.\r
1355      */\r
1356     public void setAnnotationColours(\r
1357             final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours) {\r
1358         this._annotationColours = annotationColours;\r
1359     }\r
1360 \r
1361     /**\r
1362      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1363      * \r
1364      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1365      */\r
1366     public void setBgColour(\r
1367             final java.lang.String bgColour) {\r
1368         this._bgColour = bgColour;\r
1369     }\r
1370 \r
1371     /**\r
1372      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1373      * \r
1374      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1375      */\r
1376     public void setConsThreshold(\r
1377             final int consThreshold) {\r
1378         this._consThreshold = consThreshold;\r
1379         this._has_consThreshold = true;\r
1380     }\r
1381 \r
1382     /**\r
1383      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1384      * \r
1385      * @param conservationSelected the value of field\r
1386      * 'conservationSelected'.\r
1387      */\r
1388     public void setConservationSelected(\r
1389             final boolean conservationSelected) {\r
1390         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1391         this._has_conservationSelected = true;\r
1392     }\r
1393 \r
1394     /**\r
1395      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1396      * \r
1397      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1398      */\r
1399     public void setFontName(\r
1400             final java.lang.String fontName) {\r
1401         this._fontName = fontName;\r
1402     }\r
1403 \r
1404     /**\r
1405      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1406      * \r
1407      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1408      */\r
1409     public void setFontSize(\r
1410             final int fontSize) {\r
1411         this._fontSize = fontSize;\r
1412         this._has_fontSize = true;\r
1413     }\r
1414 \r
1415     /**\r
1416      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1417      * \r
1418      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1419      */\r
1420     public void setFontStyle(\r
1421             final int fontStyle) {\r
1422         this._fontStyle = fontStyle;\r
1423         this._has_fontStyle = true;\r
1424     }\r
1425 \r
1426     /**\r
1427      * Sets the value of field 'gatheredViews'.\r
1428      * \r
1429      * @param gatheredViews the value of field 'gatheredViews'.\r
1430      */\r
1431     public void setGatheredViews(\r
1432             final boolean gatheredViews) {\r
1433         this._gatheredViews = gatheredViews;\r
1434         this._has_gatheredViews = true;\r
1435     }\r
1436 \r
1437     /**\r
1438      * Sets the value of field 'height'.\r
1439      * \r
1440      * @param height the value of field 'height'.\r
1441      */\r
1442     public void setHeight(\r
1443             final int height) {\r
1444         this._height = height;\r
1445         this._has_height = true;\r
1446     }\r
1447 \r
1448     /**\r
1449      * \r
1450      * \r
1451      * @param index\r
1452      * @param vHiddenColumns\r
1453      * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException if the index\r
1454      * given is outside the bounds of the collection\r
1455      */\r
1456     public void setHiddenColumns(\r
1457             final int index,\r
1458             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)\r
1459     throws java.lang.IndexOutOfBoundsException {\r
1460         // check bounds for index\r
1461         if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size()) {\r
1462             throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '" + index + "' not in range [0.." + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");\r
1463         }\r
1464         \r
1465         this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);\r
1466     }\r
1467 \r
1468     /**\r
1469      * \r
1470      * \r
1471      * @param vHiddenColumnsArray\r
1472      */\r
1473     public void setHiddenColumns(\r
1474             final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray) {\r
1475         //-- copy array\r
1476         _hiddenColumnsList.clear();\r
1477         \r
1478         for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++) {\r
1479                 this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);\r
1480         }\r
1481     }\r
1482 \r
1483     /**\r
1484      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1485      * \r
1486      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1487      */\r
1488     public void setPidSelected(\r
1489             final boolean pidSelected) {\r
1490         this._pidSelected = pidSelected;\r
1491         this._has_pidSelected = true;\r
1492     }\r
1493 \r
1494     /**\r
1495      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1496      * \r
1497      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1498      */\r
1499     public void setPidThreshold(\r
1500             final int pidThreshold) {\r
1501         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1502         this._has_pidThreshold = true;\r
1503     }\r
1504 \r
1505     /**\r
1506      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1507      * \r
1508      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1509      */\r
1510     public void setRenderGaps(\r
1511             final boolean renderGaps) {\r
1512         this._renderGaps = renderGaps;\r
1513         this._has_renderGaps = true;\r
1514     }\r
1515 \r
1516     /**\r
1517      * Sets the value of field 'rightAlignIds'.\r
1518      * \r
1519      * @param rightAlignIds the value of field 'rightAlignIds'.\r
1520      */\r
1521     public void setRightAlignIds(\r
1522             final boolean rightAlignIds) {\r
1523         this._rightAlignIds = rightAlignIds;\r
1524         this._has_rightAlignIds = true;\r
1525     }\r
1526 \r
1527     /**\r
1528      * Sets the value of field 'sequenceSetId'.\r
1529      * \r
1530      * @param sequenceSetId the value of field 'sequenceSetId'.\r
1531      */\r
1532     public void setSequenceSetId(\r
1533             final java.lang.String sequenceSetId) {\r
1534         this._sequenceSetId = sequenceSetId;\r
1535     }\r
1536 \r
1537     /**\r
1538      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1539      * \r
1540      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1541      */\r
1542     public void setShowAnnotation(\r
1543             final boolean showAnnotation) {\r
1544         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1545         this._has_showAnnotation = true;\r
1546     }\r
1547 \r
1548     /**\r
1549      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1550      * \r
1551      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1552      */\r
1553     public void setShowBoxes(\r
1554             final boolean showBoxes) {\r
1555         this._showBoxes = showBoxes;\r
1556         this._has_showBoxes = true;\r
1557     }\r
1558 \r
1559     /**\r
1560      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1561      * \r
1562      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1563      */\r
1564     public void setShowColourText(\r
1565             final boolean showColourText) {\r
1566         this._showColourText = showColourText;\r
1567         this._has_showColourText = true;\r
1568     }\r
1569 \r
1570     /**\r
1571      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1572      * \r
1573      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1574      */\r
1575     public void setShowFullId(\r
1576             final boolean showFullId) {\r
1577         this._showFullId = showFullId;\r
1578         this._has_showFullId = true;\r
1579     }\r
1580 \r
1581     /**\r
1582      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1583      * \r
1584      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1585      * 'showSequenceFeatures'.\r
1586      */\r
1587     public void setShowSequenceFeatures(\r
1588             final boolean showSequenceFeatures) {\r
1589         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1590         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1591     }\r
1592 \r
1593     /**\r
1594      * Sets the value of field 'showText'.\r
1595      * \r
1596      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1597      */\r
1598     public void setShowText(\r
1599             final boolean showText) {\r
1600         this._showText = showText;\r
1601         this._has_showText = true;\r
1602     }\r
1603 \r
1604     /**\r
1605      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1606      * \r
1607      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1608      */\r
1609     public void setStartRes(\r
1610             final int startRes) {\r
1611         this._startRes = startRes;\r
1612         this._has_startRes = true;\r
1613     }\r
1614 \r
1615     /**\r
1616      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1617      * \r
1618      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1619      */\r
1620     public void setStartSeq(\r
1621             final int startSeq) {\r
1622         this._startSeq = startSeq;\r
1623         this._has_startSeq = true;\r
1624     }\r
1625 \r
1626     /**\r
1627      * Sets the value of field 'textCol1'.\r
1628      * \r
1629      * @param textCol1 the value of field 'textCol1'.\r
1630      */\r
1631     public void setTextCol1(\r
1632             final int textCol1) {\r
1633         this._textCol1 = textCol1;\r
1634         this._has_textCol1 = true;\r
1635     }\r
1636 \r
1637     /**\r
1638      * Sets the value of field 'textCol2'.\r
1639      * \r
1640      * @param textCol2 the value of field 'textCol2'.\r
1641      */\r
1642     public void setTextCol2(\r
1643             final int textCol2) {\r
1644         this._textCol2 = textCol2;\r
1645         this._has_textCol2 = true;\r
1646     }\r
1647 \r
1648     /**\r
1649      * Sets the value of field 'textColThreshold'.\r
1650      * \r
1651      * @param textColThreshold the value of field 'textColThreshold'\r
1652      */\r
1653     public void setTextColThreshold(\r
1654             final int textColThreshold) {\r
1655         this._textColThreshold = textColThreshold;\r
1656         this._has_textColThreshold = true;\r
1657     }\r
1658 \r
1659     /**\r
1660      * Sets the value of field 'title'.\r
1661      * \r
1662      * @param title the value of field 'title'.\r
1663      */\r
1664     public void setTitle(\r
1665             final java.lang.String title) {\r
1666         this._title = title;\r
1667     }\r
1668 \r
1669     /**\r
1670      * Sets the value of field 'viewName'.\r
1671      * \r
1672      * @param viewName the value of field 'viewName'.\r
1673      */\r
1674     public void setViewName(\r
1675             final java.lang.String viewName) {\r
1676         this._viewName = viewName;\r
1677     }\r
1678 \r
1679     /**\r
1680      * Sets the value of field 'width'.\r
1681      * \r
1682      * @param width the value of field 'width'.\r
1683      */\r
1684     public void setWidth(\r
1685             final int width) {\r
1686         this._width = width;\r
1687         this._has_width = true;\r
1688     }\r
1689 \r
1690     /**\r
1691      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1692      * \r
1693      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1694      */\r
1695     public void setWrapAlignment(\r
1696             final boolean wrapAlignment) {\r
1697         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1698         this._has_wrapAlignment = true;\r
1699     }\r
1700 \r
1701     /**\r
1702      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1703      * \r
1704      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1705      */\r
1706     public void setXpos(\r
1707             final int xpos) {\r
1708         this._xpos = xpos;\r
1709         this._has_xpos = true;\r
1710     }\r
1711 \r
1712     /**\r
1713      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1714      * \r
1715      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1716      */\r
1717     public void setYpos(\r
1718             final int ypos) {\r
1719         this._ypos = ypos;\r
1720         this._has_ypos = true;\r
1721     }\r
1722 \r
1723     /**\r
1724      * Method unmarshal.\r
1725      * \r
1726      * @param reader\r
1727      * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException if object is\r
1728      * null or if any SAXException is thrown during marshaling\r
1729      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1730      * object is an invalid instance according to the schema\r
1731      * @return the unmarshaled\r
1732      * jalview.schemabinding.version2.Viewport\r
1733      */\r
1734     public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(\r
1735             final java.io.Reader reader)\r
1736     throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1737         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1738     }\r
1739 \r
1740     /**\r
1741      * \r
1742      * \r
1743      * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException if this\r
1744      * object is an invalid instance according to the schema\r
1745      */\r
1746     public void validate(\r
1747     )\r
1748     throws org.exolab.castor.xml.ValidationException {\r
1749         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1750         validator.validate(this);\r
1751     }\r
1752 \r
1753 }\r