src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.schemabinding.version2;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  19 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  22 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  23 \r
  24 /**\r
  25  * Class Viewport.\r
  26  * \r
  27  * @version $Revision$ $Date$\r
  28  */\r
  29 public class Viewport implements java.io.Serializable {\r
  30 \r
  31 \r
  32       //--------------------------/\r
  33      //- Class/Member Variables -/\r
  34     //--------------------------/\r
  35 \r
  36     /**\r
  37      * Field _conservationSelected\r
  38      */\r
  39     private boolean _conservationSelected;\r
  40 \r
  41     /**\r
  42      * keeps track of state for field: _conservationSelected\r
  43      */\r
  44     private boolean _has_conservationSelected;\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Field _pidSelected\r
  48      */\r
  49     private boolean _pidSelected;\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * keeps track of state for field: _pidSelected\r
  53      */\r
  54     private boolean _has_pidSelected;\r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * Field _bgColour\r
  58      */\r
  59     private java.lang.String _bgColour;\r
  60 \r
  61     /**\r
  62      * Field _consThreshold\r
  63      */\r
  64     private int _consThreshold;\r
  65 \r
  66     /**\r
  67      * keeps track of state for field: _consThreshold\r
  68      */\r
  69     private boolean _has_consThreshold;\r
  70 \r
  71     /**\r
  72      * Field _pidThreshold\r
  73      */\r
  74     private int _pidThreshold;\r
  75 \r
  76     /**\r
  77      * keeps track of state for field: _pidThreshold\r
  78      */\r
  79     private boolean _has_pidThreshold;\r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * Field _title\r
  83      */\r
  84     private java.lang.String _title;\r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * Field _showFullId\r
  88      */\r
  89     private boolean _showFullId;\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * keeps track of state for field: _showFullId\r
  93      */\r
  94     private boolean _has_showFullId;\r
  95 \r
  96     /**\r
  97      * Field _showText\r
  98      */\r
  99     private boolean _showText;\r
 100 \r
 101     /**\r
 102      * keeps track of state for field: _showText\r
 103      */\r
 104     private boolean _has_showText;\r
 105 \r
 106     /**\r
 107      * Field _showColourText\r
 108      */\r
 109     private boolean _showColourText;\r
 110 \r
 111     /**\r
 112      * keeps track of state for field: _showColourText\r
 113      */\r
 114     private boolean _has_showColourText;\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * Field _showBoxes\r
 118      */\r
 119     private boolean _showBoxes;\r
 120 \r
 121     /**\r
 122      * keeps track of state for field: _showBoxes\r
 123      */\r
 124     private boolean _has_showBoxes;\r
 125 \r
 126     /**\r
 127      * Field _wrapAlignment\r
 128      */\r
 129     private boolean _wrapAlignment;\r
 130 \r
 131     /**\r
 132      * keeps track of state for field: _wrapAlignment\r
 133      */\r
 134     private boolean _has_wrapAlignment;\r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Field _renderGaps\r
 138      */\r
 139     private boolean _renderGaps;\r
 140 \r
 141     /**\r
 142      * keeps track of state for field: _renderGaps\r
 143      */\r
 144     private boolean _has_renderGaps;\r
 145 \r
 146     /**\r
 147      * Field _showSequenceFeatures\r
 148      */\r
 149     private boolean _showSequenceFeatures;\r
 150 \r
 151     /**\r
 152      * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures\r
 153      */\r
 154     private boolean _has_showSequenceFeatures;\r
 155 \r
 156     /**\r
 157      * Field _showAnnotation\r
 158      */\r
 159     private boolean _showAnnotation;\r
 160 \r
 161     /**\r
 162      * keeps track of state for field: _showAnnotation\r
 163      */\r
 164     private boolean _has_showAnnotation;\r
 165 \r
 166     /**\r
 167      * Field _showConservation\r
 168      */\r
 169     private boolean _showConservation;\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * keeps track of state for field: _showConservation\r
 173      */\r
 174     private boolean _has_showConservation;\r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * Field _showQuality\r
 178      */\r
 179     private boolean _showQuality;\r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * keeps track of state for field: _showQuality\r
 183      */\r
 184     private boolean _has_showQuality;\r
 185 \r
 186     /**\r
 187      * Field _showIdentity\r
 188      */\r
 189     private boolean _showIdentity;\r
 190 \r
 191     /**\r
 192      * keeps track of state for field: _showIdentity\r
 193      */\r
 194     private boolean _has_showIdentity;\r
 195 \r
 196     /**\r
 197      * Field _xpos\r
 198      */\r
 199     private int _xpos;\r
 200 \r
 201     /**\r
 202      * keeps track of state for field: _xpos\r
 203      */\r
 204     private boolean _has_xpos;\r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * Field _ypos\r
 208      */\r
 209     private int _ypos;\r
 210 \r
 211     /**\r
 212      * keeps track of state for field: _ypos\r
 213      */\r
 214     private boolean _has_ypos;\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      * Field _width\r
 218      */\r
 219     private int _width;\r
 220 \r
 221     /**\r
 222      * keeps track of state for field: _width\r
 223      */\r
 224     private boolean _has_width;\r
 225 \r
 226     /**\r
 227      * Field _height\r
 228      */\r
 229     private int _height;\r
 230 \r
 231     /**\r
 232      * keeps track of state for field: _height\r
 233      */\r
 234     private boolean _has_height;\r
 235 \r
 236     /**\r
 237      * Field _startRes\r
 238      */\r
 239     private int _startRes;\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * keeps track of state for field: _startRes\r
 243      */\r
 244     private boolean _has_startRes;\r
 245 \r
 246     /**\r
 247      * Field _startSeq\r
 248      */\r
 249     private int _startSeq;\r
 250 \r
 251     /**\r
 252      * keeps track of state for field: _startSeq\r
 253      */\r
 254     private boolean _has_startSeq;\r
 255 \r
 256     /**\r
 257      * Field _fontName\r
 258      */\r
 259     private java.lang.String _fontName;\r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * Field _fontSize\r
 263      */\r
 264     private int _fontSize;\r
 265 \r
 266     /**\r
 267      * keeps track of state for field: _fontSize\r
 268      */\r
 269     private boolean _has_fontSize;\r
 270 \r
 271     /**\r
 272      * Field _fontStyle\r
 273      */\r
 274     private int _fontStyle;\r
 275 \r
 276     /**\r
 277      * keeps track of state for field: _fontStyle\r
 278      */\r
 279     private boolean _has_fontStyle;\r
 280 \r
 281     /**\r
 282      * Field _annotationColours\r
 283      */\r
 284     private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;\r
 285 \r
 286 \r
 287       //----------------/\r
 288      //- Constructors -/\r
 289     //----------------/\r
 290 \r
 291     public Viewport() {\r
 292         super();\r
 293     } //-- jalview.schemabinding.version2.Viewport()\r
 294 \r
 295 \r
 296       //-----------/\r
 297      //- Methods -/\r
 298     //-----------/\r
 299 \r
 300     /**\r
 301      * Method deleteConsThreshold\r
 302      * \r
 303      */\r
 304     public void deleteConsThreshold()\r
 305     {\r
 306         this._has_consThreshold= false;\r
 307     } //-- void deleteConsThreshold() \r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * Method deleteConservationSelected\r
 311      * \r
 312      */\r
 313     public void deleteConservationSelected()\r
 314     {\r
 315         this._has_conservationSelected= false;\r
 316     } //-- void deleteConservationSelected() \r
 317 \r
 318     /**\r
 319      * Method deleteFontSize\r
 320      * \r
 321      */\r
 322     public void deleteFontSize()\r
 323     {\r
 324         this._has_fontSize= false;\r
 325     } //-- void deleteFontSize() \r
 326 \r
 327     /**\r
 328      * Method deleteFontStyle\r
 329      * \r
 330      */\r
 331     public void deleteFontStyle()\r
 332     {\r
 333         this._has_fontStyle= false;\r
 334     } //-- void deleteFontStyle() \r
 335 \r
 336     /**\r
 337      * Method deleteHeight\r
 338      * \r
 339      */\r
 340     public void deleteHeight()\r
 341     {\r
 342         this._has_height= false;\r
 343     } //-- void deleteHeight() \r
 344 \r
 345     /**\r
 346      * Method deletePidSelected\r
 347      * \r
 348      */\r
 349     public void deletePidSelected()\r
 350     {\r
 351         this._has_pidSelected= false;\r
 352     } //-- void deletePidSelected() \r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * Method deletePidThreshold\r
 356      * \r
 357      */\r
 358     public void deletePidThreshold()\r
 359     {\r
 360         this._has_pidThreshold= false;\r
 361     } //-- void deletePidThreshold() \r
 362 \r
 363     /**\r
 364      * Method deleteRenderGaps\r
 365      * \r
 366      */\r
 367     public void deleteRenderGaps()\r
 368     {\r
 369         this._has_renderGaps= false;\r
 370     } //-- void deleteRenderGaps() \r
 371 \r
 372     /**\r
 373      * Method deleteShowAnnotation\r
 374      * \r
 375      */\r
 376     public void deleteShowAnnotation()\r
 377     {\r
 378         this._has_showAnnotation= false;\r
 379     } //-- void deleteShowAnnotation() \r
 380 \r
 381     /**\r
 382      * Method deleteShowBoxes\r
 383      * \r
 384      */\r
 385     public void deleteShowBoxes()\r
 386     {\r
 387         this._has_showBoxes= false;\r
 388     } //-- void deleteShowBoxes() \r
 389 \r
 390     /**\r
 391      * Method deleteShowColourText\r
 392      * \r
 393      */\r
 394     public void deleteShowColourText()\r
 395     {\r
 396         this._has_showColourText= false;\r
 397     } //-- void deleteShowColourText() \r
 398 \r
 399     /**\r
 400      * Method deleteShowConservation\r
 401      * \r
 402      */\r
 403     public void deleteShowConservation()\r
 404     {\r
 405         this._has_showConservation= false;\r
 406     } //-- void deleteShowConservation() \r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * Method deleteShowFullId\r
 410      * \r
 411      */\r
 412     public void deleteShowFullId()\r
 413     {\r
 414         this._has_showFullId= false;\r
 415     } //-- void deleteShowFullId() \r
 416 \r
 417     /**\r
 418      * Method deleteShowIdentity\r
 419      * \r
 420      */\r
 421     public void deleteShowIdentity()\r
 422     {\r
 423         this._has_showIdentity= false;\r
 424     } //-- void deleteShowIdentity() \r
 425 \r
 426     /**\r
 427      * Method deleteShowQuality\r
 428      * \r
 429      */\r
 430     public void deleteShowQuality()\r
 431     {\r
 432         this._has_showQuality= false;\r
 433     } //-- void deleteShowQuality() \r
 434 \r
 435     /**\r
 436      * Method deleteShowSequenceFeatures\r
 437      * \r
 438      */\r
 439     public void deleteShowSequenceFeatures()\r
 440     {\r
 441         this._has_showSequenceFeatures= false;\r
 442     } //-- void deleteShowSequenceFeatures() \r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * Method deleteShowText\r
 446      * \r
 447      */\r
 448     public void deleteShowText()\r
 449     {\r
 450         this._has_showText= false;\r
 451     } //-- void deleteShowText() \r
 452 \r
 453     /**\r
 454      * Method deleteStartRes\r
 455      * \r
 456      */\r
 457     public void deleteStartRes()\r
 458     {\r
 459         this._has_startRes= false;\r
 460     } //-- void deleteStartRes() \r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * Method deleteStartSeq\r
 464      * \r
 465      */\r
 466     public void deleteStartSeq()\r
 467     {\r
 468         this._has_startSeq= false;\r
 469     } //-- void deleteStartSeq() \r
 470 \r
 471     /**\r
 472      * Method deleteWidth\r
 473      * \r
 474      */\r
 475     public void deleteWidth()\r
 476     {\r
 477         this._has_width= false;\r
 478     } //-- void deleteWidth() \r
 479 \r
 480     /**\r
 481      * Method deleteWrapAlignment\r
 482      * \r
 483      */\r
 484     public void deleteWrapAlignment()\r
 485     {\r
 486         this._has_wrapAlignment= false;\r
 487     } //-- void deleteWrapAlignment() \r
 488 \r
 489     /**\r
 490      * Method deleteXpos\r
 491      * \r
 492      */\r
 493     public void deleteXpos()\r
 494     {\r
 495         this._has_xpos= false;\r
 496     } //-- void deleteXpos() \r
 497 \r
 498     /**\r
 499      * Method deleteYpos\r
 500      * \r
 501      */\r
 502     public void deleteYpos()\r
 503     {\r
 504         this._has_ypos= false;\r
 505     } //-- void deleteYpos() \r
 506 \r
 507     /**\r
 508      * Returns the value of field 'annotationColours'.\r
 509      * \r
 510      * @return AnnotationColours\r
 511      * @return the value of field 'annotationColours'.\r
 512      */\r
 513     public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()\r
 514     {\r
 515         return this._annotationColours;\r
 516     } //-- jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours() \r
 517 \r
 518     /**\r
 519      * Returns the value of field 'bgColour'.\r
 520      * \r
 521      * @return String\r
 522      * @return the value of field 'bgColour'.\r
 523      */\r
 524     public java.lang.String getBgColour()\r
 525     {\r
 526         return this._bgColour;\r
 527     } //-- java.lang.String getBgColour() \r
 528 \r
 529     /**\r
 530      * Returns the value of field 'consThreshold'.\r
 531      * \r
 532      * @return int\r
 533      * @return the value of field 'consThreshold'.\r
 534      */\r
 535     public int getConsThreshold()\r
 536     {\r
 537         return this._consThreshold;\r
 538     } //-- int getConsThreshold() \r
 539 \r
 540     /**\r
 541      * Returns the value of field 'conservationSelected'.\r
 542      * \r
 543      * @return boolean\r
 544      * @return the value of field 'conservationSelected'.\r
 545      */\r
 546     public boolean getConservationSelected()\r
 547     {\r
 548         return this._conservationSelected;\r
 549     } //-- boolean getConservationSelected() \r
 550 \r
 551     /**\r
 552      * Returns the value of field 'fontName'.\r
 553      * \r
 554      * @return String\r
 555      * @return the value of field 'fontName'.\r
 556      */\r
 557     public java.lang.String getFontName()\r
 558     {\r
 559         return this._fontName;\r
 560     } //-- java.lang.String getFontName() \r
 561 \r
 562     /**\r
 563      * Returns the value of field 'fontSize'.\r
 564      * \r
 565      * @return int\r
 566      * @return the value of field 'fontSize'.\r
 567      */\r
 568     public int getFontSize()\r
 569     {\r
 570         return this._fontSize;\r
 571     } //-- int getFontSize() \r
 572 \r
 573     /**\r
 574      * Returns the value of field 'fontStyle'.\r
 575      * \r
 576      * @return int\r
 577      * @return the value of field 'fontStyle'.\r
 578      */\r
 579     public int getFontStyle()\r
 580     {\r
 581         return this._fontStyle;\r
 582     } //-- int getFontStyle() \r
 583 \r
 584     /**\r
 585      * Returns the value of field 'height'.\r
 586      * \r
 587      * @return int\r
 588      * @return the value of field 'height'.\r
 589      */\r
 590     public int getHeight()\r
 591     {\r
 592         return this._height;\r
 593     } //-- int getHeight() \r
 594 \r
 595     /**\r
 596      * Returns the value of field 'pidSelected'.\r
 597      * \r
 598      * @return boolean\r
 599      * @return the value of field 'pidSelected'.\r
 600      */\r
 601     public boolean getPidSelected()\r
 602     {\r
 603         return this._pidSelected;\r
 604     } //-- boolean getPidSelected() \r
 605 \r
 606     /**\r
 607      * Returns the value of field 'pidThreshold'.\r
 608      * \r
 609      * @return int\r
 610      * @return the value of field 'pidThreshold'.\r
 611      */\r
 612     public int getPidThreshold()\r
 613     {\r
 614         return this._pidThreshold;\r
 615     } //-- int getPidThreshold() \r
 616 \r
 617     /**\r
 618      * Returns the value of field 'renderGaps'.\r
 619      * \r
 620      * @return boolean\r
 621      * @return the value of field 'renderGaps'.\r
 622      */\r
 623     public boolean getRenderGaps()\r
 624     {\r
 625         return this._renderGaps;\r
 626     } //-- boolean getRenderGaps() \r
 627 \r
 628     /**\r
 629      * Returns the value of field 'showAnnotation'.\r
 630      * \r
 631      * @return boolean\r
 632      * @return the value of field 'showAnnotation'.\r
 633      */\r
 634     public boolean getShowAnnotation()\r
 635     {\r
 636         return this._showAnnotation;\r
 637     } //-- boolean getShowAnnotation() \r
 638 \r
 639     /**\r
 640      * Returns the value of field 'showBoxes'.\r
 641      * \r
 642      * @return boolean\r
 643      * @return the value of field 'showBoxes'.\r
 644      */\r
 645     public boolean getShowBoxes()\r
 646     {\r
 647         return this._showBoxes;\r
 648     } //-- boolean getShowBoxes() \r
 649 \r
 650     /**\r
 651      * Returns the value of field 'showColourText'.\r
 652      * \r
 653      * @return boolean\r
 654      * @return the value of field 'showColourText'.\r
 655      */\r
 656     public boolean getShowColourText()\r
 657     {\r
 658         return this._showColourText;\r
 659     } //-- boolean getShowColourText() \r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * Returns the value of field 'showConservation'.\r
 663      * \r
 664      * @return boolean\r
 665      * @return the value of field 'showConservation'.\r
 666      */\r
 667     public boolean getShowConservation()\r
 668     {\r
 669         return this._showConservation;\r
 670     } //-- boolean getShowConservation() \r
 671 \r
 672     /**\r
 673      * Returns the value of field 'showFullId'.\r
 674      * \r
 675      * @return boolean\r
 676      * @return the value of field 'showFullId'.\r
 677      */\r
 678     public boolean getShowFullId()\r
 679     {\r
 680         return this._showFullId;\r
 681     } //-- boolean getShowFullId() \r
 682 \r
 683     /**\r
 684      * Returns the value of field 'showIdentity'.\r
 685      * \r
 686      * @return boolean\r
 687      * @return the value of field 'showIdentity'.\r
 688      */\r
 689     public boolean getShowIdentity()\r
 690     {\r
 691         return this._showIdentity;\r
 692     } //-- boolean getShowIdentity() \r
 693 \r
 694     /**\r
 695      * Returns the value of field 'showQuality'.\r
 696      * \r
 697      * @return boolean\r
 698      * @return the value of field 'showQuality'.\r
 699      */\r
 700     public boolean getShowQuality()\r
 701     {\r
 702         return this._showQuality;\r
 703     } //-- boolean getShowQuality() \r
 704 \r
 705     /**\r
 706      * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 707      * \r
 708      * @return boolean\r
 709      * @return the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
 710      */\r
 711     public boolean getShowSequenceFeatures()\r
 712     {\r
 713         return this._showSequenceFeatures;\r
 714     } //-- boolean getShowSequenceFeatures() \r
 715 \r
 716     /**\r
 717      * Returns the value of field 'showText'.\r
 718      * \r
 719      * @return boolean\r
 720      * @return the value of field 'showText'.\r
 721      */\r
 722     public boolean getShowText()\r
 723     {\r
 724         return this._showText;\r
 725     } //-- boolean getShowText() \r
 726 \r
 727     /**\r
 728      * Returns the value of field 'startRes'.\r
 729      * \r
 730      * @return int\r
 731      * @return the value of field 'startRes'.\r
 732      */\r
 733     public int getStartRes()\r
 734     {\r
 735         return this._startRes;\r
 736     } //-- int getStartRes() \r
 737 \r
 738     /**\r
 739      * Returns the value of field 'startSeq'.\r
 740      * \r
 741      * @return int\r
 742      * @return the value of field 'startSeq'.\r
 743      */\r
 744     public int getStartSeq()\r
 745     {\r
 746         return this._startSeq;\r
 747     } //-- int getStartSeq() \r
 748 \r
 749     /**\r
 750      * Returns the value of field 'title'.\r
 751      * \r
 752      * @return String\r
 753      * @return the value of field 'title'.\r
 754      */\r
 755     public java.lang.String getTitle()\r
 756     {\r
 757         return this._title;\r
 758     } //-- java.lang.String getTitle() \r
 759 \r
 760     /**\r
 761      * Returns the value of field 'width'.\r
 762      * \r
 763      * @return int\r
 764      * @return the value of field 'width'.\r
 765      */\r
 766     public int getWidth()\r
 767     {\r
 768         return this._width;\r
 769     } //-- int getWidth() \r
 770 \r
 771     /**\r
 772      * Returns the value of field 'wrapAlignment'.\r
 773      * \r
 774      * @return boolean\r
 775      * @return the value of field 'wrapAlignment'.\r
 776      */\r
 777     public boolean getWrapAlignment()\r
 778     {\r
 779         return this._wrapAlignment;\r
 780     } //-- boolean getWrapAlignment() \r
 781 \r
 782     /**\r
 783      * Returns the value of field 'xpos'.\r
 784      * \r
 785      * @return int\r
 786      * @return the value of field 'xpos'.\r
 787      */\r
 788     public int getXpos()\r
 789     {\r
 790         return this._xpos;\r
 791     } //-- int getXpos() \r
 792 \r
 793     /**\r
 794      * Returns the value of field 'ypos'.\r
 795      * \r
 796      * @return int\r
 797      * @return the value of field 'ypos'.\r
 798      */\r
 799     public int getYpos()\r
 800     {\r
 801         return this._ypos;\r
 802     } //-- int getYpos() \r
 803 \r
 804     /**\r
 805      * Method hasConsThreshold\r
 806      * \r
 807      * \r
 808      * \r
 809      * @return boolean\r
 810      */\r
 811     public boolean hasConsThreshold()\r
 812     {\r
 813         return this._has_consThreshold;\r
 814     } //-- boolean hasConsThreshold() \r
 815 \r
 816     /**\r
 817      * Method hasConservationSelected\r
 818      * \r
 819      * \r
 820      * \r
 821      * @return boolean\r
 822      */\r
 823     public boolean hasConservationSelected()\r
 824     {\r
 825         return this._has_conservationSelected;\r
 826     } //-- boolean hasConservationSelected() \r
 827 \r
 828     /**\r
 829      * Method hasFontSize\r
 830      * \r
 831      * \r
 832      * \r
 833      * @return boolean\r
 834      */\r
 835     public boolean hasFontSize()\r
 836     {\r
 837         return this._has_fontSize;\r
 838     } //-- boolean hasFontSize() \r
 839 \r
 840     /**\r
 841      * Method hasFontStyle\r
 842      * \r
 843      * \r
 844      * \r
 845      * @return boolean\r
 846      */\r
 847     public boolean hasFontStyle()\r
 848     {\r
 849         return this._has_fontStyle;\r
 850     } //-- boolean hasFontStyle() \r
 851 \r
 852     /**\r
 853      * Method hasHeight\r
 854      * \r
 855      * \r
 856      * \r
 857      * @return boolean\r
 858      */\r
 859     public boolean hasHeight()\r
 860     {\r
 861         return this._has_height;\r
 862     } //-- boolean hasHeight() \r
 863 \r
 864     /**\r
 865      * Method hasPidSelected\r
 866      * \r
 867      * \r
 868      * \r
 869      * @return boolean\r
 870      */\r
 871     public boolean hasPidSelected()\r
 872     {\r
 873         return this._has_pidSelected;\r
 874     } //-- boolean hasPidSelected() \r
 875 \r
 876     /**\r
 877      * Method hasPidThreshold\r
 878      * \r
 879      * \r
 880      * \r
 881      * @return boolean\r
 882      */\r
 883     public boolean hasPidThreshold()\r
 884     {\r
 885         return this._has_pidThreshold;\r
 886     } //-- boolean hasPidThreshold() \r
 887 \r
 888     /**\r
 889      * Method hasRenderGaps\r
 890      * \r
 891      * \r
 892      * \r
 893      * @return boolean\r
 894      */\r
 895     public boolean hasRenderGaps()\r
 896     {\r
 897         return this._has_renderGaps;\r
 898     } //-- boolean hasRenderGaps() \r
 899 \r
 900     /**\r
 901      * Method hasShowAnnotation\r
 902      * \r
 903      * \r
 904      * \r
 905      * @return boolean\r
 906      */\r
 907     public boolean hasShowAnnotation()\r
 908     {\r
 909         return this._has_showAnnotation;\r
 910     } //-- boolean hasShowAnnotation() \r
 911 \r
 912     /**\r
 913      * Method hasShowBoxes\r
 914      * \r
 915      * \r
 916      * \r
 917      * @return boolean\r
 918      */\r
 919     public boolean hasShowBoxes()\r
 920     {\r
 921         return this._has_showBoxes;\r
 922     } //-- boolean hasShowBoxes() \r
 923 \r
 924     /**\r
 925      * Method hasShowColourText\r
 926      * \r
 927      * \r
 928      * \r
 929      * @return boolean\r
 930      */\r
 931     public boolean hasShowColourText()\r
 932     {\r
 933         return this._has_showColourText;\r
 934     } //-- boolean hasShowColourText() \r
 935 \r
 936     /**\r
 937      * Method hasShowConservation\r
 938      * \r
 939      * \r
 940      * \r
 941      * @return boolean\r
 942      */\r
 943     public boolean hasShowConservation()\r
 944     {\r
 945         return this._has_showConservation;\r
 946     } //-- boolean hasShowConservation() \r
 947 \r
 948     /**\r
 949      * Method hasShowFullId\r
 950      * \r
 951      * \r
 952      * \r
 953      * @return boolean\r
 954      */\r
 955     public boolean hasShowFullId()\r
 956     {\r
 957         return this._has_showFullId;\r
 958     } //-- boolean hasShowFullId() \r
 959 \r
 960     /**\r
 961      * Method hasShowIdentity\r
 962      * \r
 963      * \r
 964      * \r
 965      * @return boolean\r
 966      */\r
 967     public boolean hasShowIdentity()\r
 968     {\r
 969         return this._has_showIdentity;\r
 970     } //-- boolean hasShowIdentity() \r
 971 \r
 972     /**\r
 973      * Method hasShowQuality\r
 974      * \r
 975      * \r
 976      * \r
 977      * @return boolean\r
 978      */\r
 979     public boolean hasShowQuality()\r
 980     {\r
 981         return this._has_showQuality;\r
 982     } //-- boolean hasShowQuality() \r
 983 \r
 984     /**\r
 985      * Method hasShowSequenceFeatures\r
 986      * \r
 987      * \r
 988      * \r
 989      * @return boolean\r
 990      */\r
 991     public boolean hasShowSequenceFeatures()\r
 992     {\r
 993         return this._has_showSequenceFeatures;\r
 994     } //-- boolean hasShowSequenceFeatures() \r
 995 \r
 996     /**\r
 997      * Method hasShowText\r
 998      * \r
 999      * \r
1000      * \r
1001      * @return boolean\r
1002      */\r
1003     public boolean hasShowText()\r
1004     {\r
1005         return this._has_showText;\r
1006     } //-- boolean hasShowText() \r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * Method hasStartRes\r
1010      * \r
1011      * \r
1012      * \r
1013      * @return boolean\r
1014      */\r
1015     public boolean hasStartRes()\r
1016     {\r
1017         return this._has_startRes;\r
1018     } //-- boolean hasStartRes() \r
1019 \r
1020     /**\r
1021      * Method hasStartSeq\r
1022      * \r
1023      * \r
1024      * \r
1025      * @return boolean\r
1026      */\r
1027     public boolean hasStartSeq()\r
1028     {\r
1029         return this._has_startSeq;\r
1030     } //-- boolean hasStartSeq() \r
1031 \r
1032     /**\r
1033      * Method hasWidth\r
1034      * \r
1035      * \r
1036      * \r
1037      * @return boolean\r
1038      */\r
1039     public boolean hasWidth()\r
1040     {\r
1041         return this._has_width;\r
1042     } //-- boolean hasWidth() \r
1043 \r
1044     /**\r
1045      * Method hasWrapAlignment\r
1046      * \r
1047      * \r
1048      * \r
1049      * @return boolean\r
1050      */\r
1051     public boolean hasWrapAlignment()\r
1052     {\r
1053         return this._has_wrapAlignment;\r
1054     } //-- boolean hasWrapAlignment() \r
1055 \r
1056     /**\r
1057      * Method hasXpos\r
1058      * \r
1059      * \r
1060      * \r
1061      * @return boolean\r
1062      */\r
1063     public boolean hasXpos()\r
1064     {\r
1065         return this._has_xpos;\r
1066     } //-- boolean hasXpos() \r
1067 \r
1068     /**\r
1069      * Method hasYpos\r
1070      * \r
1071      * \r
1072      * \r
1073      * @return boolean\r
1074      */\r
1075     public boolean hasYpos()\r
1076     {\r
1077         return this._has_ypos;\r
1078     } //-- boolean hasYpos() \r
1079 \r
1080     /**\r
1081      * Method isValid\r
1082      * \r
1083      * \r
1084      * \r
1085      * @return boolean\r
1086      */\r
1087     public boolean isValid()\r
1088     {\r
1089         try {\r
1090             validate();\r
1091         }\r
1092         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
1093             return false;\r
1094         }\r
1095         return true;\r
1096     } //-- boolean isValid() \r
1097 \r
1098     /**\r
1099      * Method marshal\r
1100      * \r
1101      * \r
1102      * \r
1103      * @param out\r
1104      */\r
1105     public void marshal(java.io.Writer out)\r
1106         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1107     {\r
1108         \r
1109         Marshaller.marshal(this, out);\r
1110     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
1111 \r
1112     /**\r
1113      * Method marshal\r
1114      * \r
1115      * \r
1116      * \r
1117      * @param handler\r
1118      */\r
1119     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
1120         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1121     {\r
1122         \r
1123         Marshaller.marshal(this, handler);\r
1124     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
1125 \r
1126     /**\r
1127      * Sets the value of field 'annotationColours'.\r
1128      * \r
1129      * @param annotationColours the value of field\r
1130      * 'annotationColours'.\r
1131      */\r
1132     public void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)\r
1133     {\r
1134         this._annotationColours = annotationColours;\r
1135     } //-- void setAnnotationColours(jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours) \r
1136 \r
1137     /**\r
1138      * Sets the value of field 'bgColour'.\r
1139      * \r
1140      * @param bgColour the value of field 'bgColour'.\r
1141      */\r
1142     public void setBgColour(java.lang.String bgColour)\r
1143     {\r
1144         this._bgColour = bgColour;\r
1145     } //-- void setBgColour(java.lang.String) \r
1146 \r
1147     /**\r
1148      * Sets the value of field 'consThreshold'.\r
1149      * \r
1150      * @param consThreshold the value of field 'consThreshold'.\r
1151      */\r
1152     public void setConsThreshold(int consThreshold)\r
1153     {\r
1154         this._consThreshold = consThreshold;\r
1155         this._has_consThreshold = true;\r
1156     } //-- void setConsThreshold(int) \r
1157 \r
1158     /**\r
1159      * Sets the value of field 'conservationSelected'.\r
1160      * \r
1161      * @param conservationSelected the value of field\r
1162      * 'conservationSelected'.\r
1163      */\r
1164     public void setConservationSelected(boolean conservationSelected)\r
1165     {\r
1166         this._conservationSelected = conservationSelected;\r
1167         this._has_conservationSelected = true;\r
1168     } //-- void setConservationSelected(boolean) \r
1169 \r
1170     /**\r
1171      * Sets the value of field 'fontName'.\r
1172      * \r
1173      * @param fontName the value of field 'fontName'.\r
1174      */\r
1175     public void setFontName(java.lang.String fontName)\r
1176     {\r
1177         this._fontName = fontName;\r
1178     } //-- void setFontName(java.lang.String) \r
1179 \r
1180     /**\r
1181      * Sets the value of field 'fontSize'.\r
1182      * \r
1183      * @param fontSize the value of field 'fontSize'.\r
1184      */\r
1185     public void setFontSize(int fontSize)\r
1186     {\r
1187         this._fontSize = fontSize;\r
1188         this._has_fontSize = true;\r
1189     } //-- void setFontSize(int) \r
1190 \r
1191     /**\r
1192      * Sets the value of field 'fontStyle'.\r
1193      * \r
1194      * @param fontStyle the value of field 'fontStyle'.\r
1195      */\r
1196     public void setFontStyle(int fontStyle)\r
1197     {\r
1198         this._fontStyle = fontStyle;\r
1199         this._has_fontStyle = true;\r
1200     } //-- void setFontStyle(int) \r
1201 \r
1202     /**\r
1203      * Sets the value of field 'height'.\r
1204      * \r
1205      * @param height the value of field 'height'.\r
1206      */\r
1207     public void setHeight(int height)\r
1208     {\r
1209         this._height = height;\r
1210         this._has_height = true;\r
1211     } //-- void setHeight(int) \r
1212 \r
1213     /**\r
1214      * Sets the value of field 'pidSelected'.\r
1215      * \r
1216      * @param pidSelected the value of field 'pidSelected'.\r
1217      */\r
1218     public void setPidSelected(boolean pidSelected)\r
1219     {\r
1220         this._pidSelected = pidSelected;\r
1221         this._has_pidSelected = true;\r
1222     } //-- void setPidSelected(boolean) \r
1223 \r
1224     /**\r
1225      * Sets the value of field 'pidThreshold'.\r
1226      * \r
1227      * @param pidThreshold the value of field 'pidThreshold'.\r
1228      */\r
1229     public void setPidThreshold(int pidThreshold)\r
1230     {\r
1231         this._pidThreshold = pidThreshold;\r
1232         this._has_pidThreshold = true;\r
1233     } //-- void setPidThreshold(int) \r
1234 \r
1235     /**\r
1236      * Sets the value of field 'renderGaps'.\r
1237      * \r
1238      * @param renderGaps the value of field 'renderGaps'.\r
1239      */\r
1240     public void setRenderGaps(boolean renderGaps)\r
1241     {\r
1242         this._renderGaps = renderGaps;\r
1243         this._has_renderGaps = true;\r
1244     } //-- void setRenderGaps(boolean) \r
1245 \r
1246     /**\r
1247      * Sets the value of field 'showAnnotation'.\r
1248      * \r
1249      * @param showAnnotation the value of field 'showAnnotation'.\r
1250      */\r
1251     public void setShowAnnotation(boolean showAnnotation)\r
1252     {\r
1253         this._showAnnotation = showAnnotation;\r
1254         this._has_showAnnotation = true;\r
1255     } //-- void setShowAnnotation(boolean) \r
1256 \r
1257     /**\r
1258      * Sets the value of field 'showBoxes'.\r
1259      * \r
1260      * @param showBoxes the value of field 'showBoxes'.\r
1261      */\r
1262     public void setShowBoxes(boolean showBoxes)\r
1263     {\r
1264         this._showBoxes = showBoxes;\r
1265         this._has_showBoxes = true;\r
1266     } //-- void setShowBoxes(boolean) \r
1267 \r
1268     /**\r
1269      * Sets the value of field 'showColourText'.\r
1270      * \r
1271      * @param showColourText the value of field 'showColourText'.\r
1272      */\r
1273     public void setShowColourText(boolean showColourText)\r
1274     {\r
1275         this._showColourText = showColourText;\r
1276         this._has_showColourText = true;\r
1277     } //-- void setShowColourText(boolean) \r
1278 \r
1279     /**\r
1280      * Sets the value of field 'showConservation'.\r
1281      * \r
1282      * @param showConservation the value of field 'showConservation'\r
1283      */\r
1284     public void setShowConservation(boolean showConservation)\r
1285     {\r
1286         this._showConservation = showConservation;\r
1287         this._has_showConservation = true;\r
1288     } //-- void setShowConservation(boolean) \r
1289 \r
1290     /**\r
1291      * Sets the value of field 'showFullId'.\r
1292      * \r
1293      * @param showFullId the value of field 'showFullId'.\r
1294      */\r
1295     public void setShowFullId(boolean showFullId)\r
1296     {\r
1297         this._showFullId = showFullId;\r
1298         this._has_showFullId = true;\r
1299     } //-- void setShowFullId(boolean) \r
1300 \r
1301     /**\r
1302      * Sets the value of field 'showIdentity'.\r
1303      * \r
1304      * @param showIdentity the value of field 'showIdentity'.\r
1305      */\r
1306     public void setShowIdentity(boolean showIdentity)\r
1307     {\r
1308         this._showIdentity = showIdentity;\r
1309         this._has_showIdentity = true;\r
1310     } //-- void setShowIdentity(boolean) \r
1311 \r
1312     /**\r
1313      * Sets the value of field 'showQuality'.\r
1314      * \r
1315      * @param showQuality the value of field 'showQuality'.\r
1316      */\r
1317     public void setShowQuality(boolean showQuality)\r
1318     {\r
1319         this._showQuality = showQuality;\r
1320         this._has_showQuality = true;\r
1321     } //-- void setShowQuality(boolean) \r
1322 \r
1323     /**\r
1324      * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.\r
1325      * \r
1326      * @param showSequenceFeatures the value of field\r
1327      * 'showSequenceFeatures'.\r
1328      */\r
1329     public void setShowSequenceFeatures(boolean showSequenceFeatures)\r
1330     {\r
1331         this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;\r
1332         this._has_showSequenceFeatures = true;\r
1333     } //-- void setShowSequenceFeatures(boolean) \r
1334 \r
1335     /**\r
1336      * Sets the value of field 'showText'.\r
1337      * \r
1338      * @param showText the value of field 'showText'.\r
1339      */\r
1340     public void setShowText(boolean showText)\r
1341     {\r
1342         this._showText = showText;\r
1343         this._has_showText = true;\r
1344     } //-- void setShowText(boolean) \r
1345 \r
1346     /**\r
1347      * Sets the value of field 'startRes'.\r
1348      * \r
1349      * @param startRes the value of field 'startRes'.\r
1350      */\r
1351     public void setStartRes(int startRes)\r
1352     {\r
1353         this._startRes = startRes;\r
1354         this._has_startRes = true;\r
1355     } //-- void setStartRes(int) \r
1356 \r
1357     /**\r
1358      * Sets the value of field 'startSeq'.\r
1359      * \r
1360      * @param startSeq the value of field 'startSeq'.\r
1361      */\r
1362     public void setStartSeq(int startSeq)\r
1363     {\r
1364         this._startSeq = startSeq;\r
1365         this._has_startSeq = true;\r
1366     } //-- void setStartSeq(int) \r
1367 \r
1368     /**\r
1369      * Sets the value of field 'title'.\r
1370      * \r
1371      * @param title the value of field 'title'.\r
1372      */\r
1373     public void setTitle(java.lang.String title)\r
1374     {\r
1375         this._title = title;\r
1376     } //-- void setTitle(java.lang.String) \r
1377 \r
1378     /**\r
1379      * Sets the value of field 'width'.\r
1380      * \r
1381      * @param width the value of field 'width'.\r
1382      */\r
1383     public void setWidth(int width)\r
1384     {\r
1385         this._width = width;\r
1386         this._has_width = true;\r
1387     } //-- void setWidth(int) \r
1388 \r
1389     /**\r
1390      * Sets the value of field 'wrapAlignment'.\r
1391      * \r
1392      * @param wrapAlignment the value of field 'wrapAlignment'.\r
1393      */\r
1394     public void setWrapAlignment(boolean wrapAlignment)\r
1395     {\r
1396         this._wrapAlignment = wrapAlignment;\r
1397         this._has_wrapAlignment = true;\r
1398     } //-- void setWrapAlignment(boolean) \r
1399 \r
1400     /**\r
1401      * Sets the value of field 'xpos'.\r
1402      * \r
1403      * @param xpos the value of field 'xpos'.\r
1404      */\r
1405     public void setXpos(int xpos)\r
1406     {\r
1407         this._xpos = xpos;\r
1408         this._has_xpos = true;\r
1409     } //-- void setXpos(int) \r
1410 \r
1411     /**\r
1412      * Sets the value of field 'ypos'.\r
1413      * \r
1414      * @param ypos the value of field 'ypos'.\r
1415      */\r
1416     public void setYpos(int ypos)\r
1417     {\r
1418         this._ypos = ypos;\r
1419         this._has_ypos = true;\r
1420     } //-- void setYpos(int) \r
1421 \r
1422     /**\r
1423      * Method unmarshal\r
1424      * \r
1425      * \r
1426      * \r
1427      * @param reader\r
1428      * @return Object\r
1429      */\r
1430     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
1431         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1432     {\r
1433         return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller.unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class, reader);\r
1434     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
1435 \r
1436     /**\r
1437      * Method validate\r
1438      * \r
1439      */\r
1440     public void validate()\r
1441         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
1442     {\r
1443         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
1444         validator.validate(this);\r
1445     } //-- void validate() \r
1446 \r
1447 }\r