src/jalview/schemabinding/version2/Viewport.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  *******************************************************************************/
  21 /*
  22  * This class was automatically generated with
  23  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  24  * Schema.
  25  * $Id$
  26  */
  27
  28 package jalview.schemabinding.version2;
  29
  30 //---------------------------------/
  31 //- Imported classes and packages -/
  32 //---------------------------------/
  33
  34 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;
  35 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  36
  37 /**
  38  * Class Viewport.
  39  *
  40  * @version $Revision$ $Date$
  41  */
  42 public class Viewport implements java.io.Serializable
  43 {
  44
  45   // --------------------------/
  46   // - Class/Member Variables -/
  47   // --------------------------/
  48
  49   /**
  50    * Field _conservationSelected.
  51    */
  52   private boolean _conservationSelected;
  53
  54   /**
  55    * keeps track of state for field: _conservationSelected
  56    */
  57   private boolean _has_conservationSelected;
  58
  59   /**
  60    * Field _pidSelected.
  61    */
  62   private boolean _pidSelected;
  63
  64   /**
  65    * keeps track of state for field: _pidSelected
  66    */
  67   private boolean _has_pidSelected;
  68
  69   /**
  70    * Field _bgColour.
  71    */
  72   private java.lang.String _bgColour;
  73
  74   /**
  75    * Field _consThreshold.
  76    */
  77   private int _consThreshold;
  78
  79   /**
  80    * keeps track of state for field: _consThreshold
  81    */
  82   private boolean _has_consThreshold;
  83
  84   /**
  85    * Field _pidThreshold.
  86    */
  87   private int _pidThreshold;
  88
  89   /**
  90    * keeps track of state for field: _pidThreshold
  91    */
  92   private boolean _has_pidThreshold;
  93
  94   /**
  95    * Field _title.
  96    */
  97   private java.lang.String _title;
  98
  99   /**
 100    * Field _showFullId.
 101    */
 102   private boolean _showFullId;
 103
 104   /**
 105    * keeps track of state for field: _showFullId
 106    */
 107   private boolean _has_showFullId;
 108
 109   /**
 110    * Field _rightAlignIds.
 111    */
 112   private boolean _rightAlignIds;
 113
 114   /**
 115    * keeps track of state for field: _rightAlignIds
 116    */
 117   private boolean _has_rightAlignIds;
 118
 119   /**
 120    * Field _showText.
 121    */
 122   private boolean _showText;
 123
 124   /**
 125    * keeps track of state for field: _showText
 126    */
 127   private boolean _has_showText;
 128
 129   /**
 130    * Field _showColourText.
 131    */
 132   private boolean _showColourText;
 133
 134   /**
 135    * keeps track of state for field: _showColourText
 136    */
 137   private boolean _has_showColourText;
 138
 139   /**
 140    * Field _showUnconserved.
 141    */
 142   private boolean _showUnconserved = false;
 143
 144   /**
 145    * keeps track of state for field: _showUnconserved
 146    */
 147   private boolean _has_showUnconserved;
 148
 149   /**
 150    * Field _showBoxes.
 151    */
 152   private boolean _showBoxes;
 153
 154   /**
 155    * keeps track of state for field: _showBoxes
 156    */
 157   private boolean _has_showBoxes;
 158
 159   /**
 160    * Field _wrapAlignment.
 161    */
 162   private boolean _wrapAlignment;
 163
 164   /**
 165    * keeps track of state for field: _wrapAlignment
 166    */
 167   private boolean _has_wrapAlignment;
 168
 169   /**
 170    * Field _renderGaps.
 171    */
 172   private boolean _renderGaps;
 173
 174   /**
 175    * keeps track of state for field: _renderGaps
 176    */
 177   private boolean _has_renderGaps;
 178
 179   /**
 180    * Field _showSequenceFeatures.
 181    */
 182   private boolean _showSequenceFeatures;
 183
 184   /**
 185    * keeps track of state for field: _showSequenceFeatures
 186    */
 187   private boolean _has_showSequenceFeatures;
 188
 189   /**
 190    * Field _showNPfeatureTooltip.
 191    */
 192   private boolean _showNPfeatureTooltip;
 193
 194   /**
 195    * keeps track of state for field: _showNPfeatureTooltip
 196    */
 197   private boolean _has_showNPfeatureTooltip;
 198
 199   /**
 200    * Field _showDbRefTooltip.
 201    */
 202   private boolean _showDbRefTooltip;
 203
 204   /**
 205    * keeps track of state for field: _showDbRefTooltip
 206    */
 207   private boolean _has_showDbRefTooltip;
 208
 209   /**
 210    * Field _followHighlight.
 211    */
 212   private boolean _followHighlight = true;
 213
 214   /**
 215    * keeps track of state for field: _followHighlight
 216    */
 217   private boolean _has_followHighlight;
 218
 219   /**
 220    * Field _followSelection.
 221    */
 222   private boolean _followSelection = true;
 223
 224   /**
 225    * keeps track of state for field: _followSelection
 226    */
 227   private boolean _has_followSelection;
 228
 229   /**
 230    * Field _showAnnotation.
 231    */
 232   private boolean _showAnnotation;
 233
 234   /**
 235    * keeps track of state for field: _showAnnotation
 236    */
 237   private boolean _has_showAnnotation;
 238
 239   /**
 240    * Field _centreColumnLabels.
 241    */
 242   private boolean _centreColumnLabels = false;
 243
 244   /**
 245    * keeps track of state for field: _centreColumnLabels
 246    */
 247   private boolean _has_centreColumnLabels;
 248
 249   /**
 250    * Field _showGroupConservation.
 251    */
 252   private boolean _showGroupConservation = false;
 253
 254   /**
 255    * keeps track of state for field: _showGroupConservation
 256    */
 257   private boolean _has_showGroupConservation;
 258
 259   /**
 260    * Field _showGroupConsensus.
 261    */
 262   private boolean _showGroupConsensus = false;
 263
 264   /**
 265    * keeps track of state for field: _showGroupConsensus
 266    */
 267   private boolean _has_showGroupConsensus;
 268
 269   /**
 270    * Field _showConsensusHistogram.
 271    */
 272   private boolean _showConsensusHistogram = true;
 273
 274   /**
 275    * keeps track of state for field: _showConsensusHistogram
 276    */
 277   private boolean _has_showConsensusHistogram;
 278
 279   /**
 280    * Field _showSequenceLogo.
 281    */
 282   private boolean _showSequenceLogo = false;
 283
 284   /**
 285    * keeps track of state for field: _showSequenceLogo
 286    */
 287   private boolean _has_showSequenceLogo;
 288
 289   /**
 290    * Field _normaliseSequenceLogo.
 291    */
 292   private boolean _normaliseSequenceLogo = false;
 293
 294   /**
 295    * keeps track of state for field: _normaliseSequenceLogo
 296    */
 297   private boolean _has_normaliseSequenceLogo;
 298
 299   /**
 300    * Field _ignoreGapsinConsensus.
 301    */
 302   private boolean _ignoreGapsinConsensus = true;
 303
 304   /**
 305    * keeps track of state for field: _ignoreGapsinConsensus
 306    */
 307   private boolean _has_ignoreGapsinConsensus;
 308
 309   /**
 310    * Field _startRes.
 311    */
 312   private int _startRes;
 313
 314   /**
 315    * keeps track of state for field: _startRes
 316    */
 317   private boolean _has_startRes;
 318
 319   /**
 320    * Field _startSeq.
 321    */
 322   private int _startSeq;
 323
 324   /**
 325    * keeps track of state for field: _startSeq
 326    */
 327   private boolean _has_startSeq;
 328
 329   /**
 330    * Field _fontName.
 331    */
 332   private java.lang.String _fontName;
 333
 334   /**
 335    * Field _fontSize.
 336    */
 337   private int _fontSize;
 338
 339   /**
 340    * keeps track of state for field: _fontSize
 341    */
 342   private boolean _has_fontSize;
 343
 344   /**
 345    * Field _fontStyle.
 346    */
 347   private int _fontStyle;
 348
 349   /**
 350    * keeps track of state for field: _fontStyle
 351    */
 352   private boolean _has_fontStyle;
 353
 354   /**
 355    * Field _scaleProteinAsCdna.
 356    */
 357   private boolean _scaleProteinAsCdna = true;
 358
 359   /**
 360    * keeps track of state for field: _scaleProteinAsCdna
 361    */
 362   private boolean _has_scaleProteinAsCdna;
 363
 364   /**
 365    * Field _viewName.
 366    */
 367   private java.lang.String _viewName;
 368
 369   /**
 370    * Field _sequenceSetId.
 371    */
 372   private java.lang.String _sequenceSetId;
 373
 374   /**
 375    * Field _gatheredViews.
 376    */
 377   private boolean _gatheredViews;
 378
 379   /**
 380    * keeps track of state for field: _gatheredViews
 381    */
 382   private boolean _has_gatheredViews;
 383
 384   /**
 385    * Field _textCol1.
 386    */
 387   private int _textCol1;
 388
 389   /**
 390    * keeps track of state for field: _textCol1
 391    */
 392   private boolean _has_textCol1;
 393
 394   /**
 395    * Field _textCol2.
 396    */
 397   private int _textCol2;
 398
 399   /**
 400    * keeps track of state for field: _textCol2
 401    */
 402   private boolean _has_textCol2;
 403
 404   /**
 405    * Field _textColThreshold.
 406    */
 407   private int _textColThreshold;
 408
 409   /**
 410    * keeps track of state for field: _textColThreshold
 411    */
 412   private boolean _has_textColThreshold;
 413
 414   /**
 415    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
 416    * views
 417    *
 418    */
 419   private java.lang.String _id;
 420
 421   /**
 422    * The viewport id of this viewport's (cdna/protein) coding complement, if any
 423    *
 424    */
 425   private java.lang.String _complementId;
 426
 427   /**
 428    * Field _width.
 429    */
 430   private int _width;
 431
 432   /**
 433    * keeps track of state for field: _width
 434    */
 435   private boolean _has_width;
 436
 437   /**
 438    * Field _height.
 439    */
 440   private int _height;
 441
 442   /**
 443    * keeps track of state for field: _height
 444    */
 445   private boolean _has_height;
 446
 447   /**
 448    * Field _xpos.
 449    */
 450   private int _xpos;
 451
 452   /**
 453    * keeps track of state for field: _xpos
 454    */
 455   private boolean _has_xpos;
 456
 457   /**
 458    * Field _ypos.
 459    */
 460   private int _ypos;
 461
 462   /**
 463    * keeps track of state for field: _ypos
 464    */
 465   private boolean _has_ypos;
 466
 467   /**
 468    * Field _annotationColours.
 469    */
 470   private jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours _annotationColours;
 471
 472   /**
 473    * Field _hiddenColumnsList.
 474    */
 475   private java.util.Vector _hiddenColumnsList;
 476
 477   /**
 478    * Field _calcIdParamList.
 479    */
 480   private java.util.Vector _calcIdParamList;
 481
 482   // ----------------/
 483   // - Constructors -/
 484   // ----------------/
 485
 486   public Viewport()
 487   {
 488     super();
 489     this._hiddenColumnsList = new java.util.Vector();
 490     this._calcIdParamList = new java.util.Vector();
 491   }
 492
 493   // -----------/
 494   // - Methods -/
 495   // -----------/
 496
 497   /**
 498    *
 499    *
 500    * @param vCalcIdParam
 501    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 502    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 503    */
 504   public void addCalcIdParam(
 505           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 506           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 507   {
 508     this._calcIdParamList.addElement(vCalcIdParam);
 509   }
 510
 511   /**
 512    *
 513    *
 514    * @param index
 515    * @param vCalcIdParam
 516    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 517    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 518    */
 519   public void addCalcIdParam(final int index,
 520           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
 521           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 522   {
 523     this._calcIdParamList.add(index, vCalcIdParam);
 524   }
 525
 526   /**
 527    *
 528    *
 529    * @param vHiddenColumns
 530    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 531    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 532    */
 533   public void addHiddenColumns(
 534           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 535           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 536   {
 537     this._hiddenColumnsList.addElement(vHiddenColumns);
 538   }
 539
 540   /**
 541    *
 542    *
 543    * @param index
 544    * @param vHiddenColumns
 545    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 546    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 547    */
 548   public void addHiddenColumns(final int index,
 549           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
 550           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 551   {
 552     this._hiddenColumnsList.add(index, vHiddenColumns);
 553   }
 554
 555   /**
 556      */
 557   public void deleteCentreColumnLabels()
 558   {
 559     this._has_centreColumnLabels = false;
 560   }
 561
 562   /**
 563      */
 564   public void deleteConsThreshold()
 565   {
 566     this._has_consThreshold = false;
 567   }
 568
 569   /**
 570      */
 571   public void deleteConservationSelected()
 572   {
 573     this._has_conservationSelected = false;
 574   }
 575
 576   /**
 577      */
 578   public void deleteFollowHighlight()
 579   {
 580     this._has_followHighlight = false;
 581   }
 582
 583   /**
 584      */
 585   public void deleteFollowSelection()
 586   {
 587     this._has_followSelection = false;
 588   }
 589
 590   /**
 591      */
 592   public void deleteFontSize()
 593   {
 594     this._has_fontSize = false;
 595   }
 596
 597   /**
 598      */
 599   public void deleteFontStyle()
 600   {
 601     this._has_fontStyle = false;
 602   }
 603
 604   /**
 605      */
 606   public void deleteGatheredViews()
 607   {
 608     this._has_gatheredViews = false;
 609   }
 610
 611   /**
 612      */
 613   public void deleteHeight()
 614   {
 615     this._has_height = false;
 616   }
 617
 618   /**
 619      */
 620   public void deleteIgnoreGapsinConsensus()
 621   {
 622     this._has_ignoreGapsinConsensus = false;
 623   }
 624
 625   /**
 626      */
 627   public void deleteNormaliseSequenceLogo()
 628   {
 629     this._has_normaliseSequenceLogo = false;
 630   }
 631
 632   /**
 633      */
 634   public void deletePidSelected()
 635   {
 636     this._has_pidSelected = false;
 637   }
 638
 639   /**
 640      */
 641   public void deletePidThreshold()
 642   {
 643     this._has_pidThreshold = false;
 644   }
 645
 646   /**
 647      */
 648   public void deleteRenderGaps()
 649   {
 650     this._has_renderGaps = false;
 651   }
 652
 653   /**
 654      */
 655   public void deleteRightAlignIds()
 656   {
 657     this._has_rightAlignIds = false;
 658   }
 659
 660   /**
 661      */
 662   public void deleteScaleProteinAsCdna()
 663   {
 664     this._has_scaleProteinAsCdna = false;
 665   }
 666
 667   /**
 668      */
 669   public void deleteShowAnnotation()
 670   {
 671     this._has_showAnnotation = false;
 672   }
 673
 674   /**
 675      */
 676   public void deleteShowBoxes()
 677   {
 678     this._has_showBoxes = false;
 679   }
 680
 681   /**
 682      */
 683   public void deleteShowColourText()
 684   {
 685     this._has_showColourText = false;
 686   }
 687
 688   /**
 689      */
 690   public void deleteShowConsensusHistogram()
 691   {
 692     this._has_showConsensusHistogram = false;
 693   }
 694
 695   /**
 696      */
 697   public void deleteShowDbRefTooltip()
 698   {
 699     this._has_showDbRefTooltip = false;
 700   }
 701
 702   /**
 703      */
 704   public void deleteShowFullId()
 705   {
 706     this._has_showFullId = false;
 707   }
 708
 709   /**
 710      */
 711   public void deleteShowGroupConsensus()
 712   {
 713     this._has_showGroupConsensus = false;
 714   }
 715
 716   /**
 717      */
 718   public void deleteShowGroupConservation()
 719   {
 720     this._has_showGroupConservation = false;
 721   }
 722
 723   /**
 724      */
 725   public void deleteShowNPfeatureTooltip()
 726   {
 727     this._has_showNPfeatureTooltip = false;
 728   }
 729
 730   /**
 731      */
 732   public void deleteShowSequenceFeatures()
 733   {
 734     this._has_showSequenceFeatures = false;
 735   }
 736
 737   /**
 738      */
 739   public void deleteShowSequenceLogo()
 740   {
 741     this._has_showSequenceLogo = false;
 742   }
 743
 744   /**
 745      */
 746   public void deleteShowText()
 747   {
 748     this._has_showText = false;
 749   }
 750
 751   /**
 752      */
 753   public void deleteShowUnconserved()
 754   {
 755     this._has_showUnconserved = false;
 756   }
 757
 758   /**
 759      */
 760   public void deleteStartRes()
 761   {
 762     this._has_startRes = false;
 763   }
 764
 765   /**
 766      */
 767   public void deleteStartSeq()
 768   {
 769     this._has_startSeq = false;
 770   }
 771
 772   /**
 773      */
 774   public void deleteTextCol1()
 775   {
 776     this._has_textCol1 = false;
 777   }
 778
 779   /**
 780      */
 781   public void deleteTextCol2()
 782   {
 783     this._has_textCol2 = false;
 784   }
 785
 786   /**
 787      */
 788   public void deleteTextColThreshold()
 789   {
 790     this._has_textColThreshold = false;
 791   }
 792
 793   /**
 794      */
 795   public void deleteWidth()
 796   {
 797     this._has_width = false;
 798   }
 799
 800   /**
 801      */
 802   public void deleteWrapAlignment()
 803   {
 804     this._has_wrapAlignment = false;
 805   }
 806
 807   /**
 808      */
 809   public void deleteXpos()
 810   {
 811     this._has_xpos = false;
 812   }
 813
 814   /**
 815      */
 816   public void deleteYpos()
 817   {
 818     this._has_ypos = false;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Method enumerateCalcIdParam.
 823    *
 824    * @return an Enumeration over all jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam
 825    *         elements
 826    */
 827   public java.util.Enumeration enumerateCalcIdParam()
 828   {
 829     return this._calcIdParamList.elements();
 830   }
 831
 832   /**
 833    * Method enumerateHiddenColumns.
 834    *
 835    * @return an Enumeration over all
 836    *         jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns elements
 837    */
 838   public java.util.Enumeration enumerateHiddenColumns()
 839   {
 840     return this._hiddenColumnsList.elements();
 841   }
 842
 843   /**
 844    * Returns the value of field 'annotationColours'.
 845    *
 846    * @return the value of field 'AnnotationColours'.
 847    */
 848   public jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours getAnnotationColours()
 849   {
 850     return this._annotationColours;
 851   }
 852
 853   /**
 854    * Returns the value of field 'bgColour'.
 855    *
 856    * @return the value of field 'BgColour'.
 857    */
 858   public java.lang.String getBgColour()
 859   {
 860     return this._bgColour;
 861   }
 862
 863   /**
 864    * Method getCalcIdParam.
 865    *
 866    * @param index
 867    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 868    *           if the index given is outside the bounds of the collection
 869    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam at the
 870    *         given index
 871    */
 872   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam getCalcIdParam(
 873           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
 874   {
 875     // check bounds for index
 876     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
 877     {
 878       throw new IndexOutOfBoundsException("getCalcIdParam: Index value '"
 879               + index + "' not in range [0.."
 880               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
 881     }
 882
 883     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) _calcIdParamList
 884             .get(index);
 885   }
 886
 887   /**
 888    * Method getCalcIdParam.Returns the contents of the collection in an Array.
 889    * <p>
 890    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
 891    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
 892    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
 893    *
 894    * @return this collection as an Array
 895    */
 896   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] getCalcIdParam()
 897   {
 898     jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] array = new jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[0];
 899     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[]) this._calcIdParamList
 900             .toArray(array);
 901   }
 902
 903   /**
 904    * Method getCalcIdParamCount.
 905    *
 906    * @return the size of this collection
 907    */
 908   public int getCalcIdParamCount()
 909   {
 910     return this._calcIdParamList.size();
 911   }
 912
 913   /**
 914    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
 915    *
 916    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
 917    */
 918   public boolean getCentreColumnLabels()
 919   {
 920     return this._centreColumnLabels;
 921   }
 922
 923   /**
 924    * Returns the value of field 'complementId'. The field 'complementId' has the
 925    * following description: The viewport id of this viewport's (cdna/protein)
 926    * coding complement, if any
 927    *
 928    *
 929    * @return the value of field 'ComplementId'.
 930    */
 931   public java.lang.String getComplementId()
 932   {
 933     return this._complementId;
 934   }
 935
 936   /**
 937    * Returns the value of field 'consThreshold'.
 938    *
 939    * @return the value of field 'ConsThreshold'.
 940    */
 941   public int getConsThreshold()
 942   {
 943     return this._consThreshold;
 944   }
 945
 946   /**
 947    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
 948    *
 949    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
 950    */
 951   public boolean getConservationSelected()
 952   {
 953     return this._conservationSelected;
 954   }
 955
 956   /**
 957    * Returns the value of field 'followHighlight'.
 958    *
 959    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
 960    */
 961   public boolean getFollowHighlight()
 962   {
 963     return this._followHighlight;
 964   }
 965
 966   /**
 967    * Returns the value of field 'followSelection'.
 968    *
 969    * @return the value of field 'FollowSelection'.
 970    */
 971   public boolean getFollowSelection()
 972   {
 973     return this._followSelection;
 974   }
 975
 976   /**
 977    * Returns the value of field 'fontName'.
 978    *
 979    * @return the value of field 'FontName'.
 980    */
 981   public java.lang.String getFontName()
 982   {
 983     return this._fontName;
 984   }
 985
 986   /**
 987    * Returns the value of field 'fontSize'.
 988    *
 989    * @return the value of field 'FontSize'.
 990    */
 991   public int getFontSize()
 992   {
 993     return this._fontSize;
 994   }
 995
 996   /**
 997    * Returns the value of field 'fontStyle'.
 998    *
 999    * @return the value of field 'FontStyle'.
1000    */
1001   public int getFontStyle()
1002   {
1003     return this._fontStyle;
1004   }
1005
1006   /**
1007    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1008    *
1009    * @return the value of field 'GatheredViews'.
1010    */
1011   public boolean getGatheredViews()
1012   {
1013     return this._gatheredViews;
1014   }
1015
1016   /**
1017    * Returns the value of field 'height'.
1018    *
1019    * @return the value of field 'Height'.
1020    */
1021   public int getHeight()
1022   {
1023     return this._height;
1024   }
1025
1026   /**
1027    * Method getHiddenColumns.
1028    *
1029    * @param index
1030    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1031    *           if the index given is outside the bounds of the collection
1032    * @return the value of the jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns at
1033    *         the given index
1034    */
1035   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns getHiddenColumns(
1036           final int index) throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
1037   {
1038     // check bounds for index
1039     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
1040     {
1041       throw new IndexOutOfBoundsException("getHiddenColumns: Index value '"
1042               + index + "' not in range [0.."
1043               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
1044     }
1045
1046     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) _hiddenColumnsList
1047             .get(index);
1048   }
1049
1050   /**
1051    * Method getHiddenColumns.Returns the contents of the collection in an Array.
1052    * <p>
1053    * Note: Just in case the collection contents are changing in another thread,
1054    * we pass a 0-length Array of the correct type into the API call. This way we
1055    * <i>know</i> that the Array returned is of exactly the correct length.
1056    *
1057    * @return this collection as an Array
1058    */
1059   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] getHiddenColumns()
1060   {
1061     jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] array = new jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[0];
1062     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[]) this._hiddenColumnsList
1063             .toArray(array);
1064   }
1065
1066   /**
1067    * Method getHiddenColumnsCount.
1068    *
1069    * @return the size of this collection
1070    */
1071   public int getHiddenColumnsCount()
1072   {
1073     return this._hiddenColumnsList.size();
1074   }
1075
1076   /**
1077    * Returns the value of field 'id'. The field 'id' has the following
1078    * description: unique id used by jalview to synchronize between stored and
1079    * instantiated views
1080    *
1081    *
1082    * @return the value of field 'Id'.
1083    */
1084   public java.lang.String getId()
1085   {
1086     return this._id;
1087   }
1088
1089   /**
1090    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1091    *
1092    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1093    */
1094   public boolean getIgnoreGapsinConsensus()
1095   {
1096     return this._ignoreGapsinConsensus;
1097   }
1098
1099   /**
1100    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1101    *
1102    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1103    */
1104   public boolean getNormaliseSequenceLogo()
1105   {
1106     return this._normaliseSequenceLogo;
1107   }
1108
1109   /**
1110    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1111    *
1112    * @return the value of field 'PidSelected'.
1113    */
1114   public boolean getPidSelected()
1115   {
1116     return this._pidSelected;
1117   }
1118
1119   /**
1120    * Returns the value of field 'pidThreshold'.
1121    *
1122    * @return the value of field 'PidThreshold'.
1123    */
1124   public int getPidThreshold()
1125   {
1126     return this._pidThreshold;
1127   }
1128
1129   /**
1130    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1131    *
1132    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1133    */
1134   public boolean getRenderGaps()
1135   {
1136     return this._renderGaps;
1137   }
1138
1139   /**
1140    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1141    *
1142    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1143    */
1144   public boolean getRightAlignIds()
1145   {
1146     return this._rightAlignIds;
1147   }
1148
1149   /**
1150    * Returns the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
1151    *
1152    * @return the value of field 'ScaleProteinAsCdna'.
1153    */
1154   public boolean getScaleProteinAsCdna()
1155   {
1156     return this._scaleProteinAsCdna;
1157   }
1158
1159   /**
1160    * Returns the value of field 'sequenceSetId'.
1161    *
1162    * @return the value of field 'SequenceSetId'.
1163    */
1164   public java.lang.String getSequenceSetId()
1165   {
1166     return this._sequenceSetId;
1167   }
1168
1169   /**
1170    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1171    *
1172    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1173    */
1174   public boolean getShowAnnotation()
1175   {
1176     return this._showAnnotation;
1177   }
1178
1179   /**
1180    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1181    *
1182    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1183    */
1184   public boolean getShowBoxes()
1185   {
1186     return this._showBoxes;
1187   }
1188
1189   /**
1190    * Returns the value of field 'showColourText'.
1191    *
1192    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1193    */
1194   public boolean getShowColourText()
1195   {
1196     return this._showColourText;
1197   }
1198
1199   /**
1200    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1201    *
1202    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1203    */
1204   public boolean getShowConsensusHistogram()
1205   {
1206     return this._showConsensusHistogram;
1207   }
1208
1209   /**
1210    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1211    *
1212    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1213    */
1214   public boolean getShowDbRefTooltip()
1215   {
1216     return this._showDbRefTooltip;
1217   }
1218
1219   /**
1220    * Returns the value of field 'showFullId'.
1221    *
1222    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1223    */
1224   public boolean getShowFullId()
1225   {
1226     return this._showFullId;
1227   }
1228
1229   /**
1230    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1231    *
1232    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1233    */
1234   public boolean getShowGroupConsensus()
1235   {
1236     return this._showGroupConsensus;
1237   }
1238
1239   /**
1240    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1241    *
1242    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1243    */
1244   public boolean getShowGroupConservation()
1245   {
1246     return this._showGroupConservation;
1247   }
1248
1249   /**
1250    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1251    *
1252    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1253    */
1254   public boolean getShowNPfeatureTooltip()
1255   {
1256     return this._showNPfeatureTooltip;
1257   }
1258
1259   /**
1260    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1261    *
1262    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1263    */
1264   public boolean getShowSequenceFeatures()
1265   {
1266     return this._showSequenceFeatures;
1267   }
1268
1269   /**
1270    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
1271    *
1272    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
1273    */
1274   public boolean getShowSequenceLogo()
1275   {
1276     return this._showSequenceLogo;
1277   }
1278
1279   /**
1280    * Returns the value of field 'showText'.
1281    *
1282    * @return the value of field 'ShowText'.
1283    */
1284   public boolean getShowText()
1285   {
1286     return this._showText;
1287   }
1288
1289   /**
1290    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
1291    *
1292    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
1293    */
1294   public boolean getShowUnconserved()
1295   {
1296     return this._showUnconserved;
1297   }
1298
1299   /**
1300    * Returns the value of field 'startRes'.
1301    *
1302    * @return the value of field 'StartRes'.
1303    */
1304   public int getStartRes()
1305   {
1306     return this._startRes;
1307   }
1308
1309   /**
1310    * Returns the value of field 'startSeq'.
1311    *
1312    * @return the value of field 'StartSeq'.
1313    */
1314   public int getStartSeq()
1315   {
1316     return this._startSeq;
1317   }
1318
1319   /**
1320    * Returns the value of field 'textCol1'.
1321    *
1322    * @return the value of field 'TextCol1'.
1323    */
1324   public int getTextCol1()
1325   {
1326     return this._textCol1;
1327   }
1328
1329   /**
1330    * Returns the value of field 'textCol2'.
1331    *
1332    * @return the value of field 'TextCol2'.
1333    */
1334   public int getTextCol2()
1335   {
1336     return this._textCol2;
1337   }
1338
1339   /**
1340    * Returns the value of field 'textColThreshold'.
1341    *
1342    * @return the value of field 'TextColThreshold'.
1343    */
1344   public int getTextColThreshold()
1345   {
1346     return this._textColThreshold;
1347   }
1348
1349   /**
1350    * Returns the value of field 'title'.
1351    *
1352    * @return the value of field 'Title'.
1353    */
1354   public java.lang.String getTitle()
1355   {
1356     return this._title;
1357   }
1358
1359   /**
1360    * Returns the value of field 'viewName'.
1361    *
1362    * @return the value of field 'ViewName'.
1363    */
1364   public java.lang.String getViewName()
1365   {
1366     return this._viewName;
1367   }
1368
1369   /**
1370    * Returns the value of field 'width'.
1371    *
1372    * @return the value of field 'Width'.
1373    */
1374   public int getWidth()
1375   {
1376     return this._width;
1377   }
1378
1379   /**
1380    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
1381    *
1382    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
1383    */
1384   public boolean getWrapAlignment()
1385   {
1386     return this._wrapAlignment;
1387   }
1388
1389   /**
1390    * Returns the value of field 'xpos'.
1391    *
1392    * @return the value of field 'Xpos'.
1393    */
1394   public int getXpos()
1395   {
1396     return this._xpos;
1397   }
1398
1399   /**
1400    * Returns the value of field 'ypos'.
1401    *
1402    * @return the value of field 'Ypos'.
1403    */
1404   public int getYpos()
1405   {
1406     return this._ypos;
1407   }
1408
1409   /**
1410    * Method hasCentreColumnLabels.
1411    *
1412    * @return true if at least one CentreColumnLabels has been adde
1413    */
1414   public boolean hasCentreColumnLabels()
1415   {
1416     return this._has_centreColumnLabels;
1417   }
1418
1419   /**
1420    * Method hasConsThreshold.
1421    *
1422    * @return true if at least one ConsThreshold has been added
1423    */
1424   public boolean hasConsThreshold()
1425   {
1426     return this._has_consThreshold;
1427   }
1428
1429   /**
1430    * Method hasConservationSelected.
1431    *
1432    * @return true if at least one ConservationSelected has been added
1433    */
1434   public boolean hasConservationSelected()
1435   {
1436     return this._has_conservationSelected;
1437   }
1438
1439   /**
1440    * Method hasFollowHighlight.
1441    *
1442    * @return true if at least one FollowHighlight has been added
1443    */
1444   public boolean hasFollowHighlight()
1445   {
1446     return this._has_followHighlight;
1447   }
1448
1449   /**
1450    * Method hasFollowSelection.
1451    *
1452    * @return true if at least one FollowSelection has been added
1453    */
1454   public boolean hasFollowSelection()
1455   {
1456     return this._has_followSelection;
1457   }
1458
1459   /**
1460    * Method hasFontSize.
1461    *
1462    * @return true if at least one FontSize has been added
1463    */
1464   public boolean hasFontSize()
1465   {
1466     return this._has_fontSize;
1467   }
1468
1469   /**
1470    * Method hasFontStyle.
1471    *
1472    * @return true if at least one FontStyle has been added
1473    */
1474   public boolean hasFontStyle()
1475   {
1476     return this._has_fontStyle;
1477   }
1478
1479   /**
1480    * Method hasGatheredViews.
1481    *
1482    * @return true if at least one GatheredViews has been added
1483    */
1484   public boolean hasGatheredViews()
1485   {
1486     return this._has_gatheredViews;
1487   }
1488
1489   /**
1490    * Method hasHeight.
1491    *
1492    * @return true if at least one Height has been added
1493    */
1494   public boolean hasHeight()
1495   {
1496     return this._has_height;
1497   }
1498
1499   /**
1500    * Method hasIgnoreGapsinConsensus.
1501    *
1502    * @return true if at least one IgnoreGapsinConsensus has been added
1503    */
1504   public boolean hasIgnoreGapsinConsensus()
1505   {
1506     return this._has_ignoreGapsinConsensus;
1507   }
1508
1509   /**
1510    * Method hasNormaliseSequenceLogo.
1511    *
1512    * @return true if at least one NormaliseSequenceLogo has been added
1513    */
1514   public boolean hasNormaliseSequenceLogo()
1515   {
1516     return this._has_normaliseSequenceLogo;
1517   }
1518
1519   /**
1520    * Method hasPidSelected.
1521    *
1522    * @return true if at least one PidSelected has been added
1523    */
1524   public boolean hasPidSelected()
1525   {
1526     return this._has_pidSelected;
1527   }
1528
1529   /**
1530    * Method hasPidThreshold.
1531    *
1532    * @return true if at least one PidThreshold has been added
1533    */
1534   public boolean hasPidThreshold()
1535   {
1536     return this._has_pidThreshold;
1537   }
1538
1539   /**
1540    * Method hasRenderGaps.
1541    *
1542    * @return true if at least one RenderGaps has been added
1543    */
1544   public boolean hasRenderGaps()
1545   {
1546     return this._has_renderGaps;
1547   }
1548
1549   /**
1550    * Method hasRightAlignIds.
1551    *
1552    * @return true if at least one RightAlignIds has been added
1553    */
1554   public boolean hasRightAlignIds()
1555   {
1556     return this._has_rightAlignIds;
1557   }
1558
1559   /**
1560    * Method hasScaleProteinAsCdna.
1561    *
1562    * @return true if at least one ScaleProteinAsCdna has been adde
1563    */
1564   public boolean hasScaleProteinAsCdna()
1565   {
1566     return this._has_scaleProteinAsCdna;
1567   }
1568
1569   /**
1570    * Method hasShowAnnotation.
1571    *
1572    * @return true if at least one ShowAnnotation has been added
1573    */
1574   public boolean hasShowAnnotation()
1575   {
1576     return this._has_showAnnotation;
1577   }
1578
1579   /**
1580    * Method hasShowBoxes.
1581    *
1582    * @return true if at least one ShowBoxes has been added
1583    */
1584   public boolean hasShowBoxes()
1585   {
1586     return this._has_showBoxes;
1587   }
1588
1589   /**
1590    * Method hasShowColourText.
1591    *
1592    * @return true if at least one ShowColourText has been added
1593    */
1594   public boolean hasShowColourText()
1595   {
1596     return this._has_showColourText;
1597   }
1598
1599   /**
1600    * Method hasShowConsensusHistogram.
1601    *
1602    * @return true if at least one ShowConsensusHistogram has been added
1603    */
1604   public boolean hasShowConsensusHistogram()
1605   {
1606     return this._has_showConsensusHistogram;
1607   }
1608
1609   /**
1610    * Method hasShowDbRefTooltip.
1611    *
1612    * @return true if at least one ShowDbRefTooltip has been added
1613    */
1614   public boolean hasShowDbRefTooltip()
1615   {
1616     return this._has_showDbRefTooltip;
1617   }
1618
1619   /**
1620    * Method hasShowFullId.
1621    *
1622    * @return true if at least one ShowFullId has been added
1623    */
1624   public boolean hasShowFullId()
1625   {
1626     return this._has_showFullId;
1627   }
1628
1629   /**
1630    * Method hasShowGroupConsensus.
1631    *
1632    * @return true if at least one ShowGroupConsensus has been adde
1633    */
1634   public boolean hasShowGroupConsensus()
1635   {
1636     return this._has_showGroupConsensus;
1637   }
1638
1639   /**
1640    * Method hasShowGroupConservation.
1641    *
1642    * @return true if at least one ShowGroupConservation has been added
1643    */
1644   public boolean hasShowGroupConservation()
1645   {
1646     return this._has_showGroupConservation;
1647   }
1648
1649   /**
1650    * Method hasShowNPfeatureTooltip.
1651    *
1652    * @return true if at least one ShowNPfeatureTooltip has been added
1653    */
1654   public boolean hasShowNPfeatureTooltip()
1655   {
1656     return this._has_showNPfeatureTooltip;
1657   }
1658
1659   /**
1660    * Method hasShowSequenceFeatures.
1661    *
1662    * @return true if at least one ShowSequenceFeatures has been added
1663    */
1664   public boolean hasShowSequenceFeatures()
1665   {
1666     return this._has_showSequenceFeatures;
1667   }
1668
1669   /**
1670    * Method hasShowSequenceLogo.
1671    *
1672    * @return true if at least one ShowSequenceLogo has been added
1673    */
1674   public boolean hasShowSequenceLogo()
1675   {
1676     return this._has_showSequenceLogo;
1677   }
1678
1679   /**
1680    * Method hasShowText.
1681    *
1682    * @return true if at least one ShowText has been added
1683    */
1684   public boolean hasShowText()
1685   {
1686     return this._has_showText;
1687   }
1688
1689   /**
1690    * Method hasShowUnconserved.
1691    *
1692    * @return true if at least one ShowUnconserved has been added
1693    */
1694   public boolean hasShowUnconserved()
1695   {
1696     return this._has_showUnconserved;
1697   }
1698
1699   /**
1700    * Method hasStartRes.
1701    *
1702    * @return true if at least one StartRes has been added
1703    */
1704   public boolean hasStartRes()
1705   {
1706     return this._has_startRes;
1707   }
1708
1709   /**
1710    * Method hasStartSeq.
1711    *
1712    * @return true if at least one StartSeq has been added
1713    */
1714   public boolean hasStartSeq()
1715   {
1716     return this._has_startSeq;
1717   }
1718
1719   /**
1720    * Method hasTextCol1.
1721    *
1722    * @return true if at least one TextCol1 has been added
1723    */
1724   public boolean hasTextCol1()
1725   {
1726     return this._has_textCol1;
1727   }
1728
1729   /**
1730    * Method hasTextCol2.
1731    *
1732    * @return true if at least one TextCol2 has been added
1733    */
1734   public boolean hasTextCol2()
1735   {
1736     return this._has_textCol2;
1737   }
1738
1739   /**
1740    * Method hasTextColThreshold.
1741    *
1742    * @return true if at least one TextColThreshold has been added
1743    */
1744   public boolean hasTextColThreshold()
1745   {
1746     return this._has_textColThreshold;
1747   }
1748
1749   /**
1750    * Method hasWidth.
1751    *
1752    * @return true if at least one Width has been added
1753    */
1754   public boolean hasWidth()
1755   {
1756     return this._has_width;
1757   }
1758
1759   /**
1760    * Method hasWrapAlignment.
1761    *
1762    * @return true if at least one WrapAlignment has been added
1763    */
1764   public boolean hasWrapAlignment()
1765   {
1766     return this._has_wrapAlignment;
1767   }
1768
1769   /**
1770    * Method hasXpos.
1771    *
1772    * @return true if at least one Xpos has been added
1773    */
1774   public boolean hasXpos()
1775   {
1776     return this._has_xpos;
1777   }
1778
1779   /**
1780    * Method hasYpos.
1781    *
1782    * @return true if at least one Ypos has been added
1783    */
1784   public boolean hasYpos()
1785   {
1786     return this._has_ypos;
1787   }
1788
1789   /**
1790    * Returns the value of field 'centreColumnLabels'.
1791    *
1792    * @return the value of field 'CentreColumnLabels'.
1793    */
1794   public boolean isCentreColumnLabels()
1795   {
1796     return this._centreColumnLabels;
1797   }
1798
1799   /**
1800    * Returns the value of field 'conservationSelected'.
1801    *
1802    * @return the value of field 'ConservationSelected'.
1803    */
1804   public boolean isConservationSelected()
1805   {
1806     return this._conservationSelected;
1807   }
1808
1809   /**
1810    * Returns the value of field 'followHighlight'.
1811    *
1812    * @return the value of field 'FollowHighlight'.
1813    */
1814   public boolean isFollowHighlight()
1815   {
1816     return this._followHighlight;
1817   }
1818
1819   /**
1820    * Returns the value of field 'followSelection'.
1821    *
1822    * @return the value of field 'FollowSelection'.
1823    */
1824   public boolean isFollowSelection()
1825   {
1826     return this._followSelection;
1827   }
1828
1829   /**
1830    * Returns the value of field 'gatheredViews'.
1831    *
1832    * @return the value of field 'GatheredViews'.
1833    */
1834   public boolean isGatheredViews()
1835   {
1836     return this._gatheredViews;
1837   }
1838
1839   /**
1840    * Returns the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
1841    *
1842    * @return the value of field 'IgnoreGapsinConsensus'.
1843    */
1844   public boolean isIgnoreGapsinConsensus()
1845   {
1846     return this._ignoreGapsinConsensus;
1847   }
1848
1849   /**
1850    * Returns the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
1851    *
1852    * @return the value of field 'NormaliseSequenceLogo'.
1853    */
1854   public boolean isNormaliseSequenceLogo()
1855   {
1856     return this._normaliseSequenceLogo;
1857   }
1858
1859   /**
1860    * Returns the value of field 'pidSelected'.
1861    *
1862    * @return the value of field 'PidSelected'.
1863    */
1864   public boolean isPidSelected()
1865   {
1866     return this._pidSelected;
1867   }
1868
1869   /**
1870    * Returns the value of field 'renderGaps'.
1871    *
1872    * @return the value of field 'RenderGaps'.
1873    */
1874   public boolean isRenderGaps()
1875   {
1876     return this._renderGaps;
1877   }
1878
1879   /**
1880    * Returns the value of field 'rightAlignIds'.
1881    *
1882    * @return the value of field 'RightAlignIds'.
1883    */
1884   public boolean isRightAlignIds()
1885   {
1886     return this._rightAlignIds;
1887   }
1888
1889   /**
1890    * Returns the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
1891    *
1892    * @return the value of field 'ScaleProteinAsCdna'.
1893    */
1894   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1895   {
1896     return this._scaleProteinAsCdna;
1897   }
1898
1899   /**
1900    * Returns the value of field 'showAnnotation'.
1901    *
1902    * @return the value of field 'ShowAnnotation'.
1903    */
1904   public boolean isShowAnnotation()
1905   {
1906     return this._showAnnotation;
1907   }
1908
1909   /**
1910    * Returns the value of field 'showBoxes'.
1911    *
1912    * @return the value of field 'ShowBoxes'.
1913    */
1914   public boolean isShowBoxes()
1915   {
1916     return this._showBoxes;
1917   }
1918
1919   /**
1920    * Returns the value of field 'showColourText'.
1921    *
1922    * @return the value of field 'ShowColourText'.
1923    */
1924   public boolean isShowColourText()
1925   {
1926     return this._showColourText;
1927   }
1928
1929   /**
1930    * Returns the value of field 'showConsensusHistogram'.
1931    *
1932    * @return the value of field 'ShowConsensusHistogram'.
1933    */
1934   public boolean isShowConsensusHistogram()
1935   {
1936     return this._showConsensusHistogram;
1937   }
1938
1939   /**
1940    * Returns the value of field 'showDbRefTooltip'.
1941    *
1942    * @return the value of field 'ShowDbRefTooltip'.
1943    */
1944   public boolean isShowDbRefTooltip()
1945   {
1946     return this._showDbRefTooltip;
1947   }
1948
1949   /**
1950    * Returns the value of field 'showFullId'.
1951    *
1952    * @return the value of field 'ShowFullId'.
1953    */
1954   public boolean isShowFullId()
1955   {
1956     return this._showFullId;
1957   }
1958
1959   /**
1960    * Returns the value of field 'showGroupConsensus'.
1961    *
1962    * @return the value of field 'ShowGroupConsensus'.
1963    */
1964   public boolean isShowGroupConsensus()
1965   {
1966     return this._showGroupConsensus;
1967   }
1968
1969   /**
1970    * Returns the value of field 'showGroupConservation'.
1971    *
1972    * @return the value of field 'ShowGroupConservation'.
1973    */
1974   public boolean isShowGroupConservation()
1975   {
1976     return this._showGroupConservation;
1977   }
1978
1979   /**
1980    * Returns the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
1981    *
1982    * @return the value of field 'ShowNPfeatureTooltip'.
1983    */
1984   public boolean isShowNPfeatureTooltip()
1985   {
1986     return this._showNPfeatureTooltip;
1987   }
1988
1989   /**
1990    * Returns the value of field 'showSequenceFeatures'.
1991    *
1992    * @return the value of field 'ShowSequenceFeatures'.
1993    */
1994   public boolean isShowSequenceFeatures()
1995   {
1996     return this._showSequenceFeatures;
1997   }
1998
1999   /**
2000    * Returns the value of field 'showSequenceLogo'.
2001    *
2002    * @return the value of field 'ShowSequenceLogo'.
2003    */
2004   public boolean isShowSequenceLogo()
2005   {
2006     return this._showSequenceLogo;
2007   }
2008
2009   /**
2010    * Returns the value of field 'showText'.
2011    *
2012    * @return the value of field 'ShowText'.
2013    */
2014   public boolean isShowText()
2015   {
2016     return this._showText;
2017   }
2018
2019   /**
2020    * Returns the value of field 'showUnconserved'.
2021    *
2022    * @return the value of field 'ShowUnconserved'.
2023    */
2024   public boolean isShowUnconserved()
2025   {
2026     return this._showUnconserved;
2027   }
2028
2029   /**
2030    * Method isValid.
2031    *
2032    * @return true if this object is valid according to the schema
2033    */
2034   public boolean isValid()
2035   {
2036     try
2037     {
2038       validate();
2039     } catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex)
2040     {
2041       return false;
2042     }
2043     return true;
2044   }
2045
2046   /**
2047    * Returns the value of field 'wrapAlignment'.
2048    *
2049    * @return the value of field 'WrapAlignment'.
2050    */
2051   public boolean isWrapAlignment()
2052   {
2053     return this._wrapAlignment;
2054   }
2055
2056   /**
2057    *
2058    *
2059    * @param out
2060    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2061    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2062    *           marshaling
2063    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2064    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2065    */
2066   public void marshal(final java.io.Writer out)
2067           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2068           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2069   {
2070     Marshaller.marshal(this, out);
2071   }
2072
2073   /**
2074    *
2075    *
2076    * @param handler
2077    * @throws java.io.IOException
2078    *           if an IOException occurs during marshaling
2079    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2080    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2081    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2082    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2083    *           marshaling
2084    */
2085   public void marshal(final org.xml.sax.ContentHandler handler)
2086           throws java.io.IOException,
2087           org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2088           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2089   {
2090     Marshaller.marshal(this, handler);
2091   }
2092
2093   /**
2094      */
2095   public void removeAllCalcIdParam()
2096   {
2097     this._calcIdParamList.clear();
2098   }
2099
2100   /**
2101      */
2102   public void removeAllHiddenColumns()
2103   {
2104     this._hiddenColumnsList.clear();
2105   }
2106
2107   /**
2108    * Method removeCalcIdParam.
2109    *
2110    * @param vCalcIdParam
2111    * @return true if the object was removed from the collection.
2112    */
2113   public boolean removeCalcIdParam(
2114           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2115   {
2116     boolean removed = _calcIdParamList.remove(vCalcIdParam);
2117     return removed;
2118   }
2119
2120   /**
2121    * Method removeCalcIdParamAt.
2122    *
2123    * @param index
2124    * @return the element removed from the collection
2125    */
2126   public jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam removeCalcIdParamAt(
2127           final int index)
2128   {
2129     java.lang.Object obj = this._calcIdParamList.remove(index);
2130     return (jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam) obj;
2131   }
2132
2133   /**
2134    * Method removeHiddenColumns.
2135    *
2136    * @param vHiddenColumns
2137    * @return true if the object was removed from the collection.
2138    */
2139   public boolean removeHiddenColumns(
2140           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2141   {
2142     boolean removed = _hiddenColumnsList.remove(vHiddenColumns);
2143     return removed;
2144   }
2145
2146   /**
2147    * Method removeHiddenColumnsAt.
2148    *
2149    * @param index
2150    * @return the element removed from the collection
2151    */
2152   public jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns removeHiddenColumnsAt(
2153           final int index)
2154   {
2155     java.lang.Object obj = this._hiddenColumnsList.remove(index);
2156     return (jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns) obj;
2157   }
2158
2159   /**
2160    * Sets the value of field 'annotationColours'.
2161    *
2162    * @param annotationColours
2163    *          the value of field 'annotationColours'.
2164    */
2165   public void setAnnotationColours(
2166           final jalview.schemabinding.version2.AnnotationColours annotationColours)
2167   {
2168     this._annotationColours = annotationColours;
2169   }
2170
2171   /**
2172    * Sets the value of field 'bgColour'.
2173    *
2174    * @param bgColour
2175    *          the value of field 'bgColour'.
2176    */
2177   public void setBgColour(final java.lang.String bgColour)
2178   {
2179     this._bgColour = bgColour;
2180   }
2181
2182   /**
2183    *
2184    *
2185    * @param index
2186    * @param vCalcIdParam
2187    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2188    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2189    */
2190   public void setCalcIdParam(final int index,
2191           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam vCalcIdParam)
2192           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2193   {
2194     // check bounds for index
2195     if (index < 0 || index >= this._calcIdParamList.size())
2196     {
2197       throw new IndexOutOfBoundsException("setCalcIdParam: Index value '"
2198               + index + "' not in range [0.."
2199               + (this._calcIdParamList.size() - 1) + "]");
2200     }
2201
2202     this._calcIdParamList.set(index, vCalcIdParam);
2203   }
2204
2205   /**
2206    *
2207    *
2208    * @param vCalcIdParamArray
2209    */
2210   public void setCalcIdParam(
2211           final jalview.schemabinding.version2.CalcIdParam[] vCalcIdParamArray)
2212   {
2213     // -- copy array
2214     _calcIdParamList.clear();
2215
2216     for (int i = 0; i < vCalcIdParamArray.length; i++)
2217     {
2218       this._calcIdParamList.add(vCalcIdParamArray[i]);
2219     }
2220   }
2221
2222   /**
2223    * Sets the value of field 'centreColumnLabels'.
2224    *
2225    * @param centreColumnLabels
2226    *          the value of field 'centreColumnLabels'.
2227    */
2228   public void setCentreColumnLabels(final boolean centreColumnLabels)
2229   {
2230     this._centreColumnLabels = centreColumnLabels;
2231     this._has_centreColumnLabels = true;
2232   }
2233
2234   /**
2235    * Sets the value of field 'complementId'. The field 'complementId' has the
2236    * following description: The viewport id of this viewport's (cdna/protein)
2237    * coding complement, if any
2238    *
2239    *
2240    * @param complementId
2241    *          the value of field 'complementId'.
2242    */
2243   public void setComplementId(final java.lang.String complementId)
2244   {
2245     this._complementId = complementId;
2246   }
2247
2248   /**
2249    * Sets the value of field 'consThreshold'.
2250    *
2251    * @param consThreshold
2252    *          the value of field 'consThreshold'.
2253    */
2254   public void setConsThreshold(final int consThreshold)
2255   {
2256     this._consThreshold = consThreshold;
2257     this._has_consThreshold = true;
2258   }
2259
2260   /**
2261    * Sets the value of field 'conservationSelected'.
2262    *
2263    * @param conservationSelected
2264    *          the value of field 'conservationSelected'.
2265    */
2266   public void setConservationSelected(final boolean conservationSelected)
2267   {
2268     this._conservationSelected = conservationSelected;
2269     this._has_conservationSelected = true;
2270   }
2271
2272   /**
2273    * Sets the value of field 'followHighlight'.
2274    *
2275    * @param followHighlight
2276    *          the value of field 'followHighlight'.
2277    */
2278   public void setFollowHighlight(final boolean followHighlight)
2279   {
2280     this._followHighlight = followHighlight;
2281     this._has_followHighlight = true;
2282   }
2283
2284   /**
2285    * Sets the value of field 'followSelection'.
2286    *
2287    * @param followSelection
2288    *          the value of field 'followSelection'.
2289    */
2290   public void setFollowSelection(final boolean followSelection)
2291   {
2292     this._followSelection = followSelection;
2293     this._has_followSelection = true;
2294   }
2295
2296   /**
2297    * Sets the value of field 'fontName'.
2298    *
2299    * @param fontName
2300    *          the value of field 'fontName'.
2301    */
2302   public void setFontName(final java.lang.String fontName)
2303   {
2304     this._fontName = fontName;
2305   }
2306
2307   /**
2308    * Sets the value of field 'fontSize'.
2309    *
2310    * @param fontSize
2311    *          the value of field 'fontSize'.
2312    */
2313   public void setFontSize(final int fontSize)
2314   {
2315     this._fontSize = fontSize;
2316     this._has_fontSize = true;
2317   }
2318
2319   /**
2320    * Sets the value of field 'fontStyle'.
2321    *
2322    * @param fontStyle
2323    *          the value of field 'fontStyle'.
2324    */
2325   public void setFontStyle(final int fontStyle)
2326   {
2327     this._fontStyle = fontStyle;
2328     this._has_fontStyle = true;
2329   }
2330
2331   /**
2332    * Sets the value of field 'gatheredViews'.
2333    *
2334    * @param gatheredViews
2335    *          the value of field 'gatheredViews'.
2336    */
2337   public void setGatheredViews(final boolean gatheredViews)
2338   {
2339     this._gatheredViews = gatheredViews;
2340     this._has_gatheredViews = true;
2341   }
2342
2343   /**
2344    * Sets the value of field 'height'.
2345    *
2346    * @param height
2347    *          the value of field 'height'.
2348    */
2349   public void setHeight(final int height)
2350   {
2351     this._height = height;
2352     this._has_height = true;
2353   }
2354
2355   /**
2356    *
2357    *
2358    * @param index
2359    * @param vHiddenColumns
2360    * @throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2361    *           if the index given is outside the bounds of the collection
2362    */
2363   public void setHiddenColumns(final int index,
2364           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns vHiddenColumns)
2365           throws java.lang.IndexOutOfBoundsException
2366   {
2367     // check bounds for index
2368     if (index < 0 || index >= this._hiddenColumnsList.size())
2369     {
2370       throw new IndexOutOfBoundsException("setHiddenColumns: Index value '"
2371               + index + "' not in range [0.."
2372               + (this._hiddenColumnsList.size() - 1) + "]");
2373     }
2374
2375     this._hiddenColumnsList.set(index, vHiddenColumns);
2376   }
2377
2378   /**
2379    *
2380    *
2381    * @param vHiddenColumnsArray
2382    */
2383   public void setHiddenColumns(
2384           final jalview.schemabinding.version2.HiddenColumns[] vHiddenColumnsArray)
2385   {
2386     // -- copy array
2387     _hiddenColumnsList.clear();
2388
2389     for (int i = 0; i < vHiddenColumnsArray.length; i++)
2390     {
2391       this._hiddenColumnsList.add(vHiddenColumnsArray[i]);
2392     }
2393   }
2394
2395   /**
2396    * Sets the value of field 'id'. The field 'id' has the following description:
2397    * unique id used by jalview to synchronize between stored and instantiated
2398    * views
2399    *
2400    *
2401    * @param id
2402    *          the value of field 'id'.
2403    */
2404   public void setId(final java.lang.String id)
2405   {
2406     this._id = id;
2407   }
2408
2409   /**
2410    * Sets the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2411    *
2412    * @param ignoreGapsinConsensus
2413    *          the value of field 'ignoreGapsinConsensus'.
2414    */
2415   public void setIgnoreGapsinConsensus(final boolean ignoreGapsinConsensus)
2416   {
2417     this._ignoreGapsinConsensus = ignoreGapsinConsensus;
2418     this._has_ignoreGapsinConsensus = true;
2419   }
2420
2421   /**
2422    * Sets the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2423    *
2424    * @param normaliseSequenceLogo
2425    *          the value of field 'normaliseSequenceLogo'.
2426    */
2427   public void setNormaliseSequenceLogo(final boolean normaliseSequenceLogo)
2428   {
2429     this._normaliseSequenceLogo = normaliseSequenceLogo;
2430     this._has_normaliseSequenceLogo = true;
2431   }
2432
2433   /**
2434    * Sets the value of field 'pidSelected'.
2435    *
2436    * @param pidSelected
2437    *          the value of field 'pidSelected'.
2438    */
2439   public void setPidSelected(final boolean pidSelected)
2440   {
2441     this._pidSelected = pidSelected;
2442     this._has_pidSelected = true;
2443   }
2444
2445   /**
2446    * Sets the value of field 'pidThreshold'.
2447    *
2448    * @param pidThreshold
2449    *          the value of field 'pidThreshold'.
2450    */
2451   public void setPidThreshold(final int pidThreshold)
2452   {
2453     this._pidThreshold = pidThreshold;
2454     this._has_pidThreshold = true;
2455   }
2456
2457   /**
2458    * Sets the value of field 'renderGaps'.
2459    *
2460    * @param renderGaps
2461    *          the value of field 'renderGaps'.
2462    */
2463   public void setRenderGaps(final boolean renderGaps)
2464   {
2465     this._renderGaps = renderGaps;
2466     this._has_renderGaps = true;
2467   }
2468
2469   /**
2470    * Sets the value of field 'rightAlignIds'.
2471    *
2472    * @param rightAlignIds
2473    *          the value of field 'rightAlignIds'.
2474    */
2475   public void setRightAlignIds(final boolean rightAlignIds)
2476   {
2477     this._rightAlignIds = rightAlignIds;
2478     this._has_rightAlignIds = true;
2479   }
2480
2481   /**
2482    * Sets the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
2483    *
2484    * @param scaleProteinAsCdna
2485    *          the value of field 'scaleProteinAsCdna'.
2486    */
2487   public void setScaleProteinAsCdna(final boolean scaleProteinAsCdna)
2488   {
2489     this._scaleProteinAsCdna = scaleProteinAsCdna;
2490     this._has_scaleProteinAsCdna = true;
2491   }
2492
2493   /**
2494    * Sets the value of field 'sequenceSetId'.
2495    *
2496    * @param sequenceSetId
2497    *          the value of field 'sequenceSetId'.
2498    */
2499   public void setSequenceSetId(final java.lang.String sequenceSetId)
2500   {
2501     this._sequenceSetId = sequenceSetId;
2502   }
2503
2504   /**
2505    * Sets the value of field 'showAnnotation'.
2506    *
2507    * @param showAnnotation
2508    *          the value of field 'showAnnotation'.
2509    */
2510   public void setShowAnnotation(final boolean showAnnotation)
2511   {
2512     this._showAnnotation = showAnnotation;
2513     this._has_showAnnotation = true;
2514   }
2515
2516   /**
2517    * Sets the value of field 'showBoxes'.
2518    *
2519    * @param showBoxes
2520    *          the value of field 'showBoxes'.
2521    */
2522   public void setShowBoxes(final boolean showBoxes)
2523   {
2524     this._showBoxes = showBoxes;
2525     this._has_showBoxes = true;
2526   }
2527
2528   /**
2529    * Sets the value of field 'showColourText'.
2530    *
2531    * @param showColourText
2532    *          the value of field 'showColourText'.
2533    */
2534   public void setShowColourText(final boolean showColourText)
2535   {
2536     this._showColourText = showColourText;
2537     this._has_showColourText = true;
2538   }
2539
2540   /**
2541    * Sets the value of field 'showConsensusHistogram'.
2542    *
2543    * @param showConsensusHistogram
2544    *          the value of field 'showConsensusHistogram'.
2545    */
2546   public void setShowConsensusHistogram(final boolean showConsensusHistogram)
2547   {
2548     this._showConsensusHistogram = showConsensusHistogram;
2549     this._has_showConsensusHistogram = true;
2550   }
2551
2552   /**
2553    * Sets the value of field 'showDbRefTooltip'.
2554    *
2555    * @param showDbRefTooltip
2556    *          the value of field 'showDbRefTooltip'
2557    */
2558   public void setShowDbRefTooltip(final boolean showDbRefTooltip)
2559   {
2560     this._showDbRefTooltip = showDbRefTooltip;
2561     this._has_showDbRefTooltip = true;
2562   }
2563
2564   /**
2565    * Sets the value of field 'showFullId'.
2566    *
2567    * @param showFullId
2568    *          the value of field 'showFullId'.
2569    */
2570   public void setShowFullId(final boolean showFullId)
2571   {
2572     this._showFullId = showFullId;
2573     this._has_showFullId = true;
2574   }
2575
2576   /**
2577    * Sets the value of field 'showGroupConsensus'.
2578    *
2579    * @param showGroupConsensus
2580    *          the value of field 'showGroupConsensus'.
2581    */
2582   public void setShowGroupConsensus(final boolean showGroupConsensus)
2583   {
2584     this._showGroupConsensus = showGroupConsensus;
2585     this._has_showGroupConsensus = true;
2586   }
2587
2588   /**
2589    * Sets the value of field 'showGroupConservation'.
2590    *
2591    * @param showGroupConservation
2592    *          the value of field 'showGroupConservation'.
2593    */
2594   public void setShowGroupConservation(final boolean showGroupConservation)
2595   {
2596     this._showGroupConservation = showGroupConservation;
2597     this._has_showGroupConservation = true;
2598   }
2599
2600   /**
2601    * Sets the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2602    *
2603    * @param showNPfeatureTooltip
2604    *          the value of field 'showNPfeatureTooltip'.
2605    */
2606   public void setShowNPfeatureTooltip(final boolean showNPfeatureTooltip)
2607   {
2608     this._showNPfeatureTooltip = showNPfeatureTooltip;
2609     this._has_showNPfeatureTooltip = true;
2610   }
2611
2612   /**
2613    * Sets the value of field 'showSequenceFeatures'.
2614    *
2615    * @param showSequenceFeatures
2616    *          the value of field 'showSequenceFeatures'.
2617    */
2618   public void setShowSequenceFeatures(final boolean showSequenceFeatures)
2619   {
2620     this._showSequenceFeatures = showSequenceFeatures;
2621     this._has_showSequenceFeatures = true;
2622   }
2623
2624   /**
2625    * Sets the value of field 'showSequenceLogo'.
2626    *
2627    * @param showSequenceLogo
2628    *          the value of field 'showSequenceLogo'
2629    */
2630   public void setShowSequenceLogo(final boolean showSequenceLogo)
2631   {
2632     this._showSequenceLogo = showSequenceLogo;
2633     this._has_showSequenceLogo = true;
2634   }
2635
2636   /**
2637    * Sets the value of field 'showText'.
2638    *
2639    * @param showText
2640    *          the value of field 'showText'.
2641    */
2642   public void setShowText(final boolean showText)
2643   {
2644     this._showText = showText;
2645     this._has_showText = true;
2646   }
2647
2648   /**
2649    * Sets the value of field 'showUnconserved'.
2650    *
2651    * @param showUnconserved
2652    *          the value of field 'showUnconserved'.
2653    */
2654   public void setShowUnconserved(final boolean showUnconserved)
2655   {
2656     this._showUnconserved = showUnconserved;
2657     this._has_showUnconserved = true;
2658   }
2659
2660   /**
2661    * Sets the value of field 'startRes'.
2662    *
2663    * @param startRes
2664    *          the value of field 'startRes'.
2665    */
2666   public void setStartRes(final int startRes)
2667   {
2668     this._startRes = startRes;
2669     this._has_startRes = true;
2670   }
2671
2672   /**
2673    * Sets the value of field 'startSeq'.
2674    *
2675    * @param startSeq
2676    *          the value of field 'startSeq'.
2677    */
2678   public void setStartSeq(final int startSeq)
2679   {
2680     this._startSeq = startSeq;
2681     this._has_startSeq = true;
2682   }
2683
2684   /**
2685    * Sets the value of field 'textCol1'.
2686    *
2687    * @param textCol1
2688    *          the value of field 'textCol1'.
2689    */
2690   public void setTextCol1(final int textCol1)
2691   {
2692     this._textCol1 = textCol1;
2693     this._has_textCol1 = true;
2694   }
2695
2696   /**
2697    * Sets the value of field 'textCol2'.
2698    *
2699    * @param textCol2
2700    *          the value of field 'textCol2'.
2701    */
2702   public void setTextCol2(final int textCol2)
2703   {
2704     this._textCol2 = textCol2;
2705     this._has_textCol2 = true;
2706   }
2707
2708   /**
2709    * Sets the value of field 'textColThreshold'.
2710    *
2711    * @param textColThreshold
2712    *          the value of field 'textColThreshold'
2713    */
2714   public void setTextColThreshold(final int textColThreshold)
2715   {
2716     this._textColThreshold = textColThreshold;
2717     this._has_textColThreshold = true;
2718   }
2719
2720   /**
2721    * Sets the value of field 'title'.
2722    *
2723    * @param title
2724    *          the value of field 'title'.
2725    */
2726   public void setTitle(final java.lang.String title)
2727   {
2728     this._title = title;
2729   }
2730
2731   /**
2732    * Sets the value of field 'viewName'.
2733    *
2734    * @param viewName
2735    *          the value of field 'viewName'.
2736    */
2737   public void setViewName(final java.lang.String viewName)
2738   {
2739     this._viewName = viewName;
2740   }
2741
2742   /**
2743    * Sets the value of field 'width'.
2744    *
2745    * @param width
2746    *          the value of field 'width'.
2747    */
2748   public void setWidth(final int width)
2749   {
2750     this._width = width;
2751     this._has_width = true;
2752   }
2753
2754   /**
2755    * Sets the value of field 'wrapAlignment'.
2756    *
2757    * @param wrapAlignment
2758    *          the value of field 'wrapAlignment'.
2759    */
2760   public void setWrapAlignment(final boolean wrapAlignment)
2761   {
2762     this._wrapAlignment = wrapAlignment;
2763     this._has_wrapAlignment = true;
2764   }
2765
2766   /**
2767    * Sets the value of field 'xpos'.
2768    *
2769    * @param xpos
2770    *          the value of field 'xpos'.
2771    */
2772   public void setXpos(final int xpos)
2773   {
2774     this._xpos = xpos;
2775     this._has_xpos = true;
2776   }
2777
2778   /**
2779    * Sets the value of field 'ypos'.
2780    *
2781    * @param ypos
2782    *          the value of field 'ypos'.
2783    */
2784   public void setYpos(final int ypos)
2785   {
2786     this._ypos = ypos;
2787     this._has_ypos = true;
2788   }
2789
2790   /**
2791    * Method unmarshal.
2792    *
2793    * @param reader
2794    * @throws org.exolab.castor.xml.MarshalException
2795    *           if object is null or if any SAXException is thrown during
2796    *           marshaling
2797    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2798    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2799    * @return the unmarshaled jalview.schemabinding.version2.Viewport
2800    */
2801   public static jalview.schemabinding.version2.Viewport unmarshal(
2802           final java.io.Reader reader)
2803           throws org.exolab.castor.xml.MarshalException,
2804           org.exolab.castor.xml.ValidationException
2805   {
2806     return (jalview.schemabinding.version2.Viewport) Unmarshaller
2807             .unmarshal(jalview.schemabinding.version2.Viewport.class,
2808                     reader);
2809   }
2810
2811   /**
2812    *
2813    *
2814    * @throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2815    *           if this object is an invalid instance according to the schema
2816    */
2817   public void validate() throws org.exolab.castor.xml.ValidationException
2818   {
2819     org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();
2820     validator.validate(this);
2821   }
2822
2823 }