src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/AnnotationDescriptor.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $(date) The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  *******************************************************************************/
  21 /*
  22  * This class was automatically generated with
  23  * <a href="http://www.castor.org">Castor 1.1</a>, using an XML
  24  * Schema.
  25  * $Id$
  26  */
  27
  28 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;
  29
  30 //---------------------------------/
  31 //- Imported classes and packages -/
  32 //---------------------------------/
  33
  34 import jalview.schemabinding.version2.Annotation;
  35
  36 /**
  37  * Class AnnotationDescriptor.
  38  *
  39  * @version $Revision$ $Date$
  40  */
  41 public class AnnotationDescriptor extends
  42         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl
  43 {
  44
  45   // --------------------------/
  46   // - Class/Member Variables -/
  47   // --------------------------/
  48
  49   /**
  50    * Field _elementDefinition.
  51    */
  52   private boolean _elementDefinition;
  53
  54   /**
  55    * Field _nsPrefix.
  56    */
  57   private java.lang.String _nsPrefix;
  58
  59   /**
  60    * Field _nsURI.
  61    */
  62   private java.lang.String _nsURI;
  63
  64   /**
  65    * Field _xmlName.
  66    */
  67   private java.lang.String _xmlName;
  68
  69   // ----------------/
  70   // - Constructors -/
  71   // ----------------/
  72
  73   public AnnotationDescriptor()
  74   {
  75     super();
  76     _nsURI = "www.vamsas.ac.uk/jalview/version2";
  77     _xmlName = "Annotation";
  78     _elementDefinition = true;
  79
  80     // -- set grouping compositor
  81     setCompositorAsSequence();
  82     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;
  83     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;
  84     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;
  85     // -- initialize attribute descriptors
  86
  87     // -- _graph
  88     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
  89             java.lang.Boolean.TYPE, "_graph", "graph",
  90             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
  91     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
  92     {
  93       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
  94               throws IllegalStateException
  95       {
  96         Annotation target = (Annotation) object;
  97         if (!target.hasGraph())
  98         {
  99           return null;
 100         }
 101         return (target.getGraph() ? java.lang.Boolean.TRUE
 102                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 103       }
 104
 105       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 106               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 107       {
 108         try
 109         {
 110           Annotation target = (Annotation) object;
 111           // ignore null values for non optional primitives
 112           if (value == null)
 113           {
 114             return;
 115           }
 116
 117           target.setGraph(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 118         } catch (java.lang.Exception ex)
 119         {
 120           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 121         }
 122       }
 123
 124       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 125       {
 126         return null;
 127       }
 128     };
 129     desc.setHandler(handler);
 130     desc.setRequired(true);
 131     desc.setMultivalued(false);
 132     addFieldDescriptor(desc);
 133
 134     // -- validation code for: _graph
 135     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 136     fieldValidator.setMinOccurs(1);
 137     { // -- local scope
 138       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 139       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 140       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 141     }
 142     desc.setValidator(fieldValidator);
 143     // -- _graphType
 144     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 145             java.lang.Integer.TYPE, "_graphType", "graphType",
 146             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 147     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 148     {
 149       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 150               throws IllegalStateException
 151       {
 152         Annotation target = (Annotation) object;
 153         if (!target.hasGraphType())
 154         {
 155           return null;
 156         }
 157         return new java.lang.Integer(target.getGraphType());
 158       }
 159
 160       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 161               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 162       {
 163         try
 164         {
 165           Annotation target = (Annotation) object;
 166           // if null, use delete method for optional primitives
 167           if (value == null)
 168           {
 169             target.deleteGraphType();
 170             return;
 171           }
 172           target.setGraphType(((java.lang.Integer) value).intValue());
 173         } catch (java.lang.Exception ex)
 174         {
 175           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 176         }
 177       }
 178
 179       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 180       {
 181         return null;
 182       }
 183     };
 184     desc.setHandler(handler);
 185     desc.setMultivalued(false);
 186     addFieldDescriptor(desc);
 187
 188     // -- validation code for: _graphType
 189     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 190     { // -- local scope
 191       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 192       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 193       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 194       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 195       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 196     }
 197     desc.setValidator(fieldValidator);
 198     // -- _sequenceRef
 199     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 200             java.lang.String.class, "_sequenceRef", "sequenceRef",
 201             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 202     desc.setImmutable(true);
 203     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 204     {
 205       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 206               throws IllegalStateException
 207       {
 208         Annotation target = (Annotation) object;
 209         return target.getSequenceRef();
 210       }
 211
 212       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 213               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 214       {
 215         try
 216         {
 217           Annotation target = (Annotation) object;
 218           target.setSequenceRef((java.lang.String) value);
 219         } catch (java.lang.Exception ex)
 220         {
 221           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 222         }
 223       }
 224
 225       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 226       {
 227         return null;
 228       }
 229     };
 230     desc.setHandler(handler);
 231     desc.setMultivalued(false);
 232     addFieldDescriptor(desc);
 233
 234     // -- validation code for: _sequenceRef
 235     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 236     { // -- local scope
 237       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 238       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 239       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 240       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 241     }
 242     desc.setValidator(fieldValidator);
 243     // -- _groupRef
 244     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 245             java.lang.String.class, "_groupRef", "groupRef",
 246             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 247     desc.setImmutable(true);
 248     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 249     {
 250       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 251               throws IllegalStateException
 252       {
 253         Annotation target = (Annotation) object;
 254         return target.getGroupRef();
 255       }
 256
 257       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 258               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 259       {
 260         try
 261         {
 262           Annotation target = (Annotation) object;
 263           target.setGroupRef((java.lang.String) value);
 264         } catch (java.lang.Exception ex)
 265         {
 266           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 267         }
 268       }
 269
 270       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 271       {
 272         return null;
 273       }
 274     };
 275     desc.setHandler(handler);
 276     desc.setMultivalued(false);
 277     addFieldDescriptor(desc);
 278
 279     // -- validation code for: _groupRef
 280     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 281     { // -- local scope
 282       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 283       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 284       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 285       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 286     }
 287     desc.setValidator(fieldValidator);
 288     // -- _graphColour
 289     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 290             java.lang.Integer.TYPE, "_graphColour", "graphColour",
 291             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 292     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 293     {
 294       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 295               throws IllegalStateException
 296       {
 297         Annotation target = (Annotation) object;
 298         if (!target.hasGraphColour())
 299         {
 300           return null;
 301         }
 302         return new java.lang.Integer(target.getGraphColour());
 303       }
 304
 305       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 306               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 307       {
 308         try
 309         {
 310           Annotation target = (Annotation) object;
 311           // if null, use delete method for optional primitives
 312           if (value == null)
 313           {
 314             target.deleteGraphColour();
 315             return;
 316           }
 317           target.setGraphColour(((java.lang.Integer) value).intValue());
 318         } catch (java.lang.Exception ex)
 319         {
 320           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 321         }
 322       }
 323
 324       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 325       {
 326         return null;
 327       }
 328     };
 329     desc.setHandler(handler);
 330     desc.setMultivalued(false);
 331     addFieldDescriptor(desc);
 332
 333     // -- validation code for: _graphColour
 334     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 335     { // -- local scope
 336       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 337       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 338       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 339       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 340       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 341     }
 342     desc.setValidator(fieldValidator);
 343     // -- _graphGroup
 344     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 345             java.lang.Integer.TYPE, "_graphGroup", "graphGroup",
 346             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 347     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 348     {
 349       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 350               throws IllegalStateException
 351       {
 352         Annotation target = (Annotation) object;
 353         if (!target.hasGraphGroup())
 354         {
 355           return null;
 356         }
 357         return new java.lang.Integer(target.getGraphGroup());
 358       }
 359
 360       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 361               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 362       {
 363         try
 364         {
 365           Annotation target = (Annotation) object;
 366           // if null, use delete method for optional primitives
 367           if (value == null)
 368           {
 369             target.deleteGraphGroup();
 370             return;
 371           }
 372           target.setGraphGroup(((java.lang.Integer) value).intValue());
 373         } catch (java.lang.Exception ex)
 374         {
 375           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 376         }
 377       }
 378
 379       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 380       {
 381         return null;
 382       }
 383     };
 384     desc.setHandler(handler);
 385     desc.setMultivalued(false);
 386     addFieldDescriptor(desc);
 387
 388     // -- validation code for: _graphGroup
 389     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 390     { // -- local scope
 391       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 392       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 393       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 394       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 395       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 396     }
 397     desc.setValidator(fieldValidator);
 398     // -- _graphHeight
 399     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 400             java.lang.Integer.TYPE, "_graphHeight", "graphHeight",
 401             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 402     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 403     {
 404       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 405               throws IllegalStateException
 406       {
 407         Annotation target = (Annotation) object;
 408         if (!target.hasGraphHeight())
 409         {
 410           return null;
 411         }
 412         return new java.lang.Integer(target.getGraphHeight());
 413       }
 414
 415       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 416               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 417       {
 418         try
 419         {
 420           Annotation target = (Annotation) object;
 421           // if null, use delete method for optional primitives
 422           if (value == null)
 423           {
 424             target.deleteGraphHeight();
 425             return;
 426           }
 427           target.setGraphHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());
 428         } catch (java.lang.Exception ex)
 429         {
 430           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 431         }
 432       }
 433
 434       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 435       {
 436         return null;
 437       }
 438     };
 439     desc.setHandler(handler);
 440     desc.setMultivalued(false);
 441     addFieldDescriptor(desc);
 442
 443     // -- validation code for: _graphHeight
 444     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 445     { // -- local scope
 446       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;
 447       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();
 448       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 449       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);
 450       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);
 451     }
 452     desc.setValidator(fieldValidator);
 453     // -- _id
 454     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 455             java.lang.String.class, "_id", "id",
 456             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 457     desc.setImmutable(true);
 458     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 459     {
 460       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 461               throws IllegalStateException
 462       {
 463         Annotation target = (Annotation) object;
 464         return target.getId();
 465       }
 466
 467       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 468               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 469       {
 470         try
 471         {
 472           Annotation target = (Annotation) object;
 473           target.setId((java.lang.String) value);
 474         } catch (java.lang.Exception ex)
 475         {
 476           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 477         }
 478       }
 479
 480       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 481       {
 482         return null;
 483       }
 484     };
 485     desc.setHandler(handler);
 486     desc.setMultivalued(false);
 487     addFieldDescriptor(desc);
 488
 489     // -- validation code for: _id
 490     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 491     { // -- local scope
 492       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 493       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 494       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 495       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 496     }
 497     desc.setValidator(fieldValidator);
 498     // -- _scoreOnly
 499     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 500             java.lang.Boolean.TYPE, "_scoreOnly", "scoreOnly",
 501             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 502     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 503     {
 504       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 505               throws IllegalStateException
 506       {
 507         Annotation target = (Annotation) object;
 508         if (!target.hasScoreOnly())
 509         {
 510           return null;
 511         }
 512         return (target.getScoreOnly() ? java.lang.Boolean.TRUE
 513                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 514       }
 515
 516       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 517               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 518       {
 519         try
 520         {
 521           Annotation target = (Annotation) object;
 522           // if null, use delete method for optional primitives
 523           if (value == null)
 524           {
 525             target.deleteScoreOnly();
 526             return;
 527           }
 528           target.setScoreOnly(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 529         } catch (java.lang.Exception ex)
 530         {
 531           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 532         }
 533       }
 534
 535       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 536       {
 537         return null;
 538       }
 539     };
 540     desc.setHandler(handler);
 541     desc.setMultivalued(false);
 542     addFieldDescriptor(desc);
 543
 544     // -- validation code for: _scoreOnly
 545     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 546     { // -- local scope
 547       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 548       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 549       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 550     }
 551     desc.setValidator(fieldValidator);
 552     // -- _score
 553     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 554             java.lang.Double.TYPE, "_score", "score",
 555             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 556     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 557     {
 558       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 559               throws IllegalStateException
 560       {
 561         Annotation target = (Annotation) object;
 562         if (!target.hasScore())
 563         {
 564           return null;
 565         }
 566         return new java.lang.Double(target.getScore());
 567       }
 568
 569       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 570               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 571       {
 572         try
 573         {
 574           Annotation target = (Annotation) object;
 575           // if null, use delete method for optional primitives
 576           if (value == null)
 577           {
 578             target.deleteScore();
 579             return;
 580           }
 581           target.setScore(((java.lang.Double) value).doubleValue());
 582         } catch (java.lang.Exception ex)
 583         {
 584           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 585         }
 586       }
 587
 588       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 589       {
 590         return null;
 591       }
 592     };
 593     desc.setHandler(handler);
 594     desc.setMultivalued(false);
 595     addFieldDescriptor(desc);
 596
 597     // -- validation code for: _score
 598     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 599     { // -- local scope
 600       org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator typeValidator;
 601       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.DoubleValidator();
 602       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 603       typeValidator.setMinInclusive(-1.7976931348623157E308);
 604       typeValidator.setMaxInclusive(1.7976931348623157E308);
 605     }
 606     desc.setValidator(fieldValidator);
 607     // -- _visible
 608     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 609             java.lang.Boolean.TYPE, "_visible", "visible",
 610             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 611     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 612     {
 613       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 614               throws IllegalStateException
 615       {
 616         Annotation target = (Annotation) object;
 617         if (!target.hasVisible())
 618         {
 619           return null;
 620         }
 621         return (target.getVisible() ? java.lang.Boolean.TRUE
 622                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 623       }
 624
 625       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 626               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 627       {
 628         try
 629         {
 630           Annotation target = (Annotation) object;
 631           // if null, use delete method for optional primitives
 632           if (value == null)
 633           {
 634             target.deleteVisible();
 635             return;
 636           }
 637           target.setVisible(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());
 638         } catch (java.lang.Exception ex)
 639         {
 640           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 641         }
 642       }
 643
 644       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 645       {
 646         return null;
 647       }
 648     };
 649     desc.setHandler(handler);
 650     desc.setMultivalued(false);
 651     addFieldDescriptor(desc);
 652
 653     // -- validation code for: _visible
 654     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 655     { // -- local scope
 656       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 657       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 658       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 659     }
 660     desc.setValidator(fieldValidator);
 661     // -- _centreColLabels
 662     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 663             java.lang.Boolean.TYPE, "_centreColLabels", "centreColLabels",
 664             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 665     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 666     {
 667       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 668               throws IllegalStateException
 669       {
 670         Annotation target = (Annotation) object;
 671         if (!target.hasCentreColLabels())
 672         {
 673           return null;
 674         }
 675         return (target.getCentreColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 676                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 677       }
 678
 679       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 680               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 681       {
 682         try
 683         {
 684           Annotation target = (Annotation) object;
 685           // if null, use delete method for optional primitives
 686           if (value == null)
 687           {
 688             target.deleteCentreColLabels();
 689             return;
 690           }
 691           target.setCentreColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 692                   .booleanValue());
 693         } catch (java.lang.Exception ex)
 694         {
 695           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 696         }
 697       }
 698
 699       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 700       {
 701         return null;
 702       }
 703     };
 704     desc.setHandler(handler);
 705     desc.setMultivalued(false);
 706     addFieldDescriptor(desc);
 707
 708     // -- validation code for: _centreColLabels
 709     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 710     { // -- local scope
 711       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 712       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 713       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 714     }
 715     desc.setValidator(fieldValidator);
 716     // -- _scaleColLabels
 717     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 718             java.lang.Boolean.TYPE, "_scaleColLabels", "scaleColLabels",
 719             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 720     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 721     {
 722       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 723               throws IllegalStateException
 724       {
 725         Annotation target = (Annotation) object;
 726         if (!target.hasScaleColLabels())
 727         {
 728           return null;
 729         }
 730         return (target.getScaleColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 731                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 732       }
 733
 734       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 735               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 736       {
 737         try
 738         {
 739           Annotation target = (Annotation) object;
 740           // if null, use delete method for optional primitives
 741           if (value == null)
 742           {
 743             target.deleteScaleColLabels();
 744             return;
 745           }
 746           target.setScaleColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 747                   .booleanValue());
 748         } catch (java.lang.Exception ex)
 749         {
 750           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 751         }
 752       }
 753
 754       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 755       {
 756         return null;
 757       }
 758     };
 759     desc.setHandler(handler);
 760     desc.setMultivalued(false);
 761     addFieldDescriptor(desc);
 762
 763     // -- validation code for: _scaleColLabels
 764     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 765     { // -- local scope
 766       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 767       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 768       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 769     }
 770     desc.setValidator(fieldValidator);
 771     // -- _showAllColLabels
 772     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 773             java.lang.Boolean.TYPE, "_showAllColLabels",
 774             "showAllColLabels", org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 775     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 776     {
 777       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 778               throws IllegalStateException
 779       {
 780         Annotation target = (Annotation) object;
 781         if (!target.hasShowAllColLabels())
 782         {
 783           return null;
 784         }
 785         return (target.getShowAllColLabels() ? java.lang.Boolean.TRUE
 786                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 787       }
 788
 789       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 790               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 791       {
 792         try
 793         {
 794           Annotation target = (Annotation) object;
 795           // if null, use delete method for optional primitives
 796           if (value == null)
 797           {
 798             target.deleteShowAllColLabels();
 799             return;
 800           }
 801           target.setShowAllColLabels(((java.lang.Boolean) value)
 802                   .booleanValue());
 803         } catch (java.lang.Exception ex)
 804         {
 805           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 806         }
 807       }
 808
 809       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 810       {
 811         return null;
 812       }
 813     };
 814     desc.setHandler(handler);
 815     desc.setMultivalued(false);
 816     addFieldDescriptor(desc);
 817
 818     // -- validation code for: _showAllColLabels
 819     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 820     { // -- local scope
 821       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 822       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 823       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 824     }
 825     desc.setValidator(fieldValidator);
 826     // -- _autoCalculated
 827     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 828             java.lang.Boolean.TYPE, "_autoCalculated", "autoCalculated",
 829             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 830     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 831     {
 832       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 833               throws IllegalStateException
 834       {
 835         Annotation target = (Annotation) object;
 836         if (!target.hasAutoCalculated())
 837         {
 838           return null;
 839         }
 840         return (target.getAutoCalculated() ? java.lang.Boolean.TRUE
 841                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 842       }
 843
 844       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 845               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 846       {
 847         try
 848         {
 849           Annotation target = (Annotation) object;
 850           // if null, use delete method for optional primitives
 851           if (value == null)
 852           {
 853             target.deleteAutoCalculated();
 854             return;
 855           }
 856           target.setAutoCalculated(((java.lang.Boolean) value)
 857                   .booleanValue());
 858         } catch (java.lang.Exception ex)
 859         {
 860           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 861         }
 862       }
 863
 864       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 865       {
 866         return null;
 867       }
 868     };
 869     desc.setHandler(handler);
 870     desc.setMultivalued(false);
 871     addFieldDescriptor(desc);
 872
 873     // -- validation code for: _autoCalculated
 874     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 875     { // -- local scope
 876       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 877       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 878       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 879     }
 880     desc.setValidator(fieldValidator);
 881     // -- _belowAlignment
 882     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 883             java.lang.Boolean.TYPE, "_belowAlignment", "belowAlignment",
 884             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 885     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 886     {
 887       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 888               throws IllegalStateException
 889       {
 890         Annotation target = (Annotation) object;
 891         if (!target.hasBelowAlignment())
 892         {
 893           return null;
 894         }
 895         return (target.getBelowAlignment() ? java.lang.Boolean.TRUE
 896                 : java.lang.Boolean.FALSE);
 897       }
 898
 899       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 900               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 901       {
 902         try
 903         {
 904           Annotation target = (Annotation) object;
 905           // if null, use delete method for optional primitives
 906           if (value == null)
 907           {
 908             target.deleteBelowAlignment();
 909             return;
 910           }
 911           target.setBelowAlignment(((java.lang.Boolean) value)
 912                   .booleanValue());
 913         } catch (java.lang.Exception ex)
 914         {
 915           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 916         }
 917       }
 918
 919       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 920       {
 921         return null;
 922       }
 923     };
 924     desc.setHandler(handler);
 925     desc.setMultivalued(false);
 926     addFieldDescriptor(desc);
 927
 928     // -- validation code for: _belowAlignment
 929     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 930     { // -- local scope
 931       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;
 932       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();
 933       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 934     }
 935     desc.setValidator(fieldValidator);
 936     // -- _calcId
 937     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 938             java.lang.String.class, "_calcId", "calcId",
 939             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);
 940     desc.setImmutable(true);
 941     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 942     {
 943       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 944               throws IllegalStateException
 945       {
 946         Annotation target = (Annotation) object;
 947         return target.getCalcId();
 948       }
 949
 950       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 951               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 952       {
 953         try
 954         {
 955           Annotation target = (Annotation) object;
 956           target.setCalcId((java.lang.String) value);
 957         } catch (java.lang.Exception ex)
 958         {
 959           throw new IllegalStateException(ex.toString());
 960         }
 961       }
 962
 963       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
 964       {
 965         return null;
 966       }
 967     };
 968     desc.setHandler(handler);
 969     desc.setMultivalued(false);
 970     addFieldDescriptor(desc);
 971
 972     // -- validation code for: _calcId
 973     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
 974     { // -- local scope
 975       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
 976       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
 977       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
 978       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
 979     }
 980     desc.setValidator(fieldValidator);
 981     // -- initialize element descriptors
 982
 983     // -- _annotationElementList
 984     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
 985             jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement.class,
 986             "_annotationElementList", "annotationElement",
 987             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
 988     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
 989     {
 990       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
 991               throws IllegalStateException
 992       {
 993         Annotation target = (Annotation) object;
 994         return target.getAnnotationElement();
 995       }
 996
 997       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
 998               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
 999       {
1000         try
1001         {
1002           Annotation target = (Annotation) object;
1003           target.addAnnotationElement((jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement) value);
1004         } catch (java.lang.Exception ex)
1005         {
1006           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1007         }
1008       }
1009
1010       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1011               IllegalArgumentException
1012       {
1013         try
1014         {
1015           Annotation target = (Annotation) object;
1016           target.removeAllAnnotationElement();
1017         } catch (java.lang.Exception ex)
1018         {
1019           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1020         }
1021       }
1022
1023       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1024       {
1025         return new jalview.schemabinding.version2.AnnotationElement();
1026       }
1027     };
1028     desc.setHandler(handler);
1029     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1030     desc.setMultivalued(true);
1031     addFieldDescriptor(desc);
1032
1033     // -- validation code for: _annotationElementList
1034     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1035     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1036     { // -- local scope
1037     }
1038     desc.setValidator(fieldValidator);
1039     // -- _label
1040     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1041             java.lang.String.class, "_label", "label",
1042             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1043     desc.setImmutable(true);
1044     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1045     {
1046       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1047               throws IllegalStateException
1048       {
1049         Annotation target = (Annotation) object;
1050         return target.getLabel();
1051       }
1052
1053       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1054               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1055       {
1056         try
1057         {
1058           Annotation target = (Annotation) object;
1059           target.setLabel((java.lang.String) value);
1060         } catch (java.lang.Exception ex)
1061         {
1062           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1063         }
1064       }
1065
1066       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1067       {
1068         return null;
1069       }
1070     };
1071     desc.setHandler(handler);
1072     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1073     desc.setRequired(true);
1074     desc.setMultivalued(false);
1075     addFieldDescriptor(desc);
1076
1077     // -- validation code for: _label
1078     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1079     fieldValidator.setMinOccurs(1);
1080     { // -- local scope
1081       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1082       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1083       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1084       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1085     }
1086     desc.setValidator(fieldValidator);
1087     // -- _description
1088     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1089             java.lang.String.class, "_description", "description",
1090             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1091     desc.setImmutable(true);
1092     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1093     {
1094       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1095               throws IllegalStateException
1096       {
1097         Annotation target = (Annotation) object;
1098         return target.getDescription();
1099       }
1100
1101       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1102               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1103       {
1104         try
1105         {
1106           Annotation target = (Annotation) object;
1107           target.setDescription((java.lang.String) value);
1108         } catch (java.lang.Exception ex)
1109         {
1110           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1111         }
1112       }
1113
1114       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1115       {
1116         return null;
1117       }
1118     };
1119     desc.setHandler(handler);
1120     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1121     desc.setMultivalued(false);
1122     addFieldDescriptor(desc);
1123
1124     // -- validation code for: _description
1125     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1126     { // -- local scope
1127       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;
1128       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();
1129       fieldValidator.setValidator(typeValidator);
1130       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");
1131     }
1132     desc.setValidator(fieldValidator);
1133     // -- _thresholdLine
1134     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1135             jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine.class,
1136             "_thresholdLine", "thresholdLine",
1137             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1138     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1139     {
1140       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1141               throws IllegalStateException
1142       {
1143         Annotation target = (Annotation) object;
1144         return target.getThresholdLine();
1145       }
1146
1147       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1148               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1149       {
1150         try
1151         {
1152           Annotation target = (Annotation) object;
1153           target.setThresholdLine((jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine) value);
1154         } catch (java.lang.Exception ex)
1155         {
1156           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1157         }
1158       }
1159
1160       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1161       {
1162         return new jalview.schemabinding.version2.ThresholdLine();
1163       }
1164     };
1165     desc.setHandler(handler);
1166     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1167     desc.setMultivalued(false);
1168     addFieldDescriptor(desc);
1169
1170     // -- validation code for: _thresholdLine
1171     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1172     { // -- local scope
1173     }
1174     desc.setValidator(fieldValidator);
1175     // -- _propertyList
1176     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(
1177             jalview.schemabinding.version2.Property.class, "_propertyList",
1178             "property", org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);
1179     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()
1180     {
1181       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)
1182               throws IllegalStateException
1183       {
1184         Annotation target = (Annotation) object;
1185         return target.getProperty();
1186       }
1187
1188       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)
1189               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException
1190       {
1191         try
1192         {
1193           Annotation target = (Annotation) object;
1194           target.addProperty((jalview.schemabinding.version2.Property) value);
1195         } catch (java.lang.Exception ex)
1196         {
1197           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1198         }
1199       }
1200
1201       public void resetValue(Object object) throws IllegalStateException,
1202               IllegalArgumentException
1203       {
1204         try
1205         {
1206           Annotation target = (Annotation) object;
1207           target.removeAllProperty();
1208         } catch (java.lang.Exception ex)
1209         {
1210           throw new IllegalStateException(ex.toString());
1211         }
1212       }
1213
1214       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)
1215       {
1216         return new jalview.schemabinding.version2.Property();
1217       }
1218     };
1219     desc.setHandler(handler);
1220     desc.setNameSpaceURI("www.vamsas.ac.uk/jalview/version2");
1221     desc.setMultivalued(true);
1222     addFieldDescriptor(desc);
1223
1224     // -- validation code for: _propertyList
1225     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();
1226     fieldValidator.setMinOccurs(0);
1227     { // -- local scope
1228     }
1229     desc.setValidator(fieldValidator);
1230   }
1231
1232   // -----------/
1233   // - Methods -/
1234   // -----------/
1235
1236   /**
1237    * Method getAccessMode.
1238    *
1239    * @return the access mode specified for this class.
1240    */
1241   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()
1242   {
1243     return null;
1244   }
1245
1246   /**
1247    * Method getIdentity.
1248    *
1249    * @return the identity field, null if this class has no identity.
1250    */
1251   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()
1252   {
1253     return super.getIdentity();
1254   }
1255
1256   /**
1257    * Method getJavaClass.
1258    *
1259    * @return the Java class represented by this descriptor.
1260    */
1261   public java.lang.Class getJavaClass()
1262   {
1263     return jalview.schemabinding.version2.Annotation.class;
1264   }
1265
1266   /**
1267    * Method getNameSpacePrefix.
1268    *
1269    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.
1270    */
1271   public java.lang.String getNameSpacePrefix()
1272   {
1273     return _nsPrefix;
1274   }
1275
1276   /**
1277    * Method getNameSpaceURI.
1278    *
1279    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.
1280    */
1281   public java.lang.String getNameSpaceURI()
1282   {
1283     return _nsURI;
1284   }
1285
1286   /**
1287    * Method getValidator.
1288    *
1289    * @return a specific validator for the class described by this
1290    *         ClassDescriptor.
1291    */
1292   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()
1293   {
1294     return this;
1295   }
1296
1297   /**
1298    * Method getXMLName.
1299    *
1300    * @return the XML Name for the Class being described.
1301    */
1302   public java.lang.String getXMLName()
1303   {
1304     return _xmlName;
1305   }
1306
1307   /**
1308    * Method isElementDefinition.
1309    *
1310    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global
1311    *         element or element with anonymous type definition.
1312    */
1313   public boolean isElementDefinition()
1314   {
1315     return _elementDefinition;
1316   }
1317
1318 }