src/jalview/schemabinding/version2/descriptors/TreeDescriptor.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemabinding.version2.descriptors;\r
  20 \r
  21 // ---------------------------------/\r
  22 // - Imported classes and packages -/\r
  23 // ---------------------------------/\r
  24 \r
  25 import jalview.schemabinding.version2.Tree;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * Class TreeDescriptor.\r
  29  * \r
  30  * @version $Revision$ $Date$\r
  31  */\r
  32 public class TreeDescriptor extends\r
  33         org.exolab.castor.xml.util.XMLClassDescriptorImpl\r
  34 {\r
  35 \r
  36   // --------------------------/\r
  37   // - Class/Member Variables -/\r
  38   // --------------------------/\r
  39 \r
  40   /**\r
  41    * Field _elementDefinition.\r
  42    */\r
  43   private boolean _elementDefinition;\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * Field _nsPrefix.\r
  47    */\r
  48   private java.lang.String _nsPrefix;\r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * Field _nsURI.\r
  52    */\r
  53   private java.lang.String _nsURI;\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * Field _xmlName.\r
  57    */\r
  58   private java.lang.String _xmlName;\r
  59 \r
  60   // ----------------/\r
  61   // - Constructors -/\r
  62   // ----------------/\r
  63 \r
  64   public TreeDescriptor()\r
  65   {\r
  66     super();\r
  67     _nsURI = "www.jalview.org";\r
  68     _xmlName = "tree";\r
  69     _elementDefinition = true;\r
  70 \r
  71     // -- set grouping compositor\r
  72     setCompositorAsSequence();\r
  73     org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl desc = null;\r
  74     org.exolab.castor.mapping.FieldHandler handler = null;\r
  75     org.exolab.castor.xml.FieldValidator fieldValidator = null;\r
  76     // -- initialize attribute descriptors\r
  77 \r
  78     // -- _width\r
  79     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
  80             java.lang.Integer.TYPE, "_width", "width",\r
  81             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
  82     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
  83     {\r
  84       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
  85               throws IllegalStateException\r
  86       {\r
  87         Tree target = (Tree) object;\r
  88         if (!target.hasWidth())\r
  89         {\r
  90           return null;\r
  91         }\r
  92         return new java.lang.Integer(target.getWidth());\r
  93       }\r
  94 \r
  95       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
  96               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
  97       {\r
  98         try\r
  99         {\r
 100           Tree target = (Tree) object;\r
 101           // if null, use delete method for optional primitives\r
 102           if (value == null)\r
 103           {\r
 104             target.deleteWidth();\r
 105             return;\r
 106           }\r
 107           target.setWidth(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 108         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 109         {\r
 110           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 111         }\r
 112       }\r
 113 \r
 114       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 115       {\r
 116         return null;\r
 117       }\r
 118     };\r
 119     desc.setHandler(handler);\r
 120     desc.setMultivalued(false);\r
 121     addFieldDescriptor(desc);\r
 122 \r
 123     // -- validation code for: _width\r
 124     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 125     { // -- local scope\r
 126       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 127       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 128       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 129       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 130       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 131     }\r
 132     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 133     // -- _height\r
 134     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 135             java.lang.Integer.TYPE, "_height", "height",\r
 136             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 137     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 138     {\r
 139       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 140               throws IllegalStateException\r
 141       {\r
 142         Tree target = (Tree) object;\r
 143         if (!target.hasHeight())\r
 144         {\r
 145           return null;\r
 146         }\r
 147         return new java.lang.Integer(target.getHeight());\r
 148       }\r
 149 \r
 150       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 151               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 152       {\r
 153         try\r
 154         {\r
 155           Tree target = (Tree) object;\r
 156           // if null, use delete method for optional primitives\r
 157           if (value == null)\r
 158           {\r
 159             target.deleteHeight();\r
 160             return;\r
 161           }\r
 162           target.setHeight(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 163         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 164         {\r
 165           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 166         }\r
 167       }\r
 168 \r
 169       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 170       {\r
 171         return null;\r
 172       }\r
 173     };\r
 174     desc.setHandler(handler);\r
 175     desc.setMultivalued(false);\r
 176     addFieldDescriptor(desc);\r
 177 \r
 178     // -- validation code for: _height\r
 179     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 180     { // -- local scope\r
 181       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 182       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 183       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 184       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 185       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 186     }\r
 187     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 188     // -- _xpos\r
 189     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 190             java.lang.Integer.TYPE, "_xpos", "xpos",\r
 191             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 192     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 193     {\r
 194       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 195               throws IllegalStateException\r
 196       {\r
 197         Tree target = (Tree) object;\r
 198         if (!target.hasXpos())\r
 199         {\r
 200           return null;\r
 201         }\r
 202         return new java.lang.Integer(target.getXpos());\r
 203       }\r
 204 \r
 205       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 206               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 207       {\r
 208         try\r
 209         {\r
 210           Tree target = (Tree) object;\r
 211           // if null, use delete method for optional primitives\r
 212           if (value == null)\r
 213           {\r
 214             target.deleteXpos();\r
 215             return;\r
 216           }\r
 217           target.setXpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 218         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 219         {\r
 220           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 221         }\r
 222       }\r
 223 \r
 224       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 225       {\r
 226         return null;\r
 227       }\r
 228     };\r
 229     desc.setHandler(handler);\r
 230     desc.setMultivalued(false);\r
 231     addFieldDescriptor(desc);\r
 232 \r
 233     // -- validation code for: _xpos\r
 234     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 235     { // -- local scope\r
 236       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 237       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 238       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 239       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 240       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 241     }\r
 242     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 243     // -- _ypos\r
 244     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 245             java.lang.Integer.TYPE, "_ypos", "ypos",\r
 246             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 247     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 248     {\r
 249       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 250               throws IllegalStateException\r
 251       {\r
 252         Tree target = (Tree) object;\r
 253         if (!target.hasYpos())\r
 254         {\r
 255           return null;\r
 256         }\r
 257         return new java.lang.Integer(target.getYpos());\r
 258       }\r
 259 \r
 260       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 261               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 262       {\r
 263         try\r
 264         {\r
 265           Tree target = (Tree) object;\r
 266           // if null, use delete method for optional primitives\r
 267           if (value == null)\r
 268           {\r
 269             target.deleteYpos();\r
 270             return;\r
 271           }\r
 272           target.setYpos(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 273         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 274         {\r
 275           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 276         }\r
 277       }\r
 278 \r
 279       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 280       {\r
 281         return null;\r
 282       }\r
 283     };\r
 284     desc.setHandler(handler);\r
 285     desc.setMultivalued(false);\r
 286     addFieldDescriptor(desc);\r
 287 \r
 288     // -- validation code for: _ypos\r
 289     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 290     { // -- local scope\r
 291       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 292       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 293       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 294       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 295       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 296     }\r
 297     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 298     // -- _fontName\r
 299     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 300             java.lang.String.class, "_fontName", "fontName",\r
 301             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 302     desc.setImmutable(true);\r
 303     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 304     {\r
 305       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 306               throws IllegalStateException\r
 307       {\r
 308         Tree target = (Tree) object;\r
 309         return target.getFontName();\r
 310       }\r
 311 \r
 312       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 313               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 314       {\r
 315         try\r
 316         {\r
 317           Tree target = (Tree) object;\r
 318           target.setFontName((java.lang.String) value);\r
 319         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 320         {\r
 321           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 322         }\r
 323       }\r
 324 \r
 325       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 326       {\r
 327         return null;\r
 328       }\r
 329     };\r
 330     desc.setHandler(handler);\r
 331     desc.setMultivalued(false);\r
 332     addFieldDescriptor(desc);\r
 333 \r
 334     // -- validation code for: _fontName\r
 335     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 336     { // -- local scope\r
 337       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 338       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 339       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 340       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 341     }\r
 342     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 343     // -- _fontSize\r
 344     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 345             java.lang.Integer.TYPE, "_fontSize", "fontSize",\r
 346             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 347     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 348     {\r
 349       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 350               throws IllegalStateException\r
 351       {\r
 352         Tree target = (Tree) object;\r
 353         if (!target.hasFontSize())\r
 354         {\r
 355           return null;\r
 356         }\r
 357         return new java.lang.Integer(target.getFontSize());\r
 358       }\r
 359 \r
 360       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 361               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 362       {\r
 363         try\r
 364         {\r
 365           Tree target = (Tree) object;\r
 366           // if null, use delete method for optional primitives\r
 367           if (value == null)\r
 368           {\r
 369             target.deleteFontSize();\r
 370             return;\r
 371           }\r
 372           target.setFontSize(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 373         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 374         {\r
 375           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 376         }\r
 377       }\r
 378 \r
 379       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 380       {\r
 381         return null;\r
 382       }\r
 383     };\r
 384     desc.setHandler(handler);\r
 385     desc.setMultivalued(false);\r
 386     addFieldDescriptor(desc);\r
 387 \r
 388     // -- validation code for: _fontSize\r
 389     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 390     { // -- local scope\r
 391       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 392       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 393       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 394       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 395       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 396     }\r
 397     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 398     // -- _fontStyle\r
 399     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 400             java.lang.Integer.TYPE, "_fontStyle", "fontStyle",\r
 401             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 402     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 403     {\r
 404       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 405               throws IllegalStateException\r
 406       {\r
 407         Tree target = (Tree) object;\r
 408         if (!target.hasFontStyle())\r
 409         {\r
 410           return null;\r
 411         }\r
 412         return new java.lang.Integer(target.getFontStyle());\r
 413       }\r
 414 \r
 415       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 416               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 417       {\r
 418         try\r
 419         {\r
 420           Tree target = (Tree) object;\r
 421           // if null, use delete method for optional primitives\r
 422           if (value == null)\r
 423           {\r
 424             target.deleteFontStyle();\r
 425             return;\r
 426           }\r
 427           target.setFontStyle(((java.lang.Integer) value).intValue());\r
 428         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 429         {\r
 430           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 431         }\r
 432       }\r
 433 \r
 434       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 435       {\r
 436         return null;\r
 437       }\r
 438     };\r
 439     desc.setHandler(handler);\r
 440     desc.setMultivalued(false);\r
 441     addFieldDescriptor(desc);\r
 442 \r
 443     // -- validation code for: _fontStyle\r
 444     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 445     { // -- local scope\r
 446       org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator typeValidator;\r
 447       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.IntValidator();\r
 448       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 449       typeValidator.setMinInclusive(-2147483648);\r
 450       typeValidator.setMaxInclusive(2147483647);\r
 451     }\r
 452     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 453     // -- _threshold\r
 454     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 455             java.lang.Float.TYPE, "_threshold", "threshold",\r
 456             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 457     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 458     {\r
 459       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 460               throws IllegalStateException\r
 461       {\r
 462         Tree target = (Tree) object;\r
 463         if (!target.hasThreshold())\r
 464         {\r
 465           return null;\r
 466         }\r
 467         return new java.lang.Float(target.getThreshold());\r
 468       }\r
 469 \r
 470       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 471               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 472       {\r
 473         try\r
 474         {\r
 475           Tree target = (Tree) object;\r
 476           // if null, use delete method for optional primitives\r
 477           if (value == null)\r
 478           {\r
 479             target.deleteThreshold();\r
 480             return;\r
 481           }\r
 482           target.setThreshold(((java.lang.Float) value).floatValue());\r
 483         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 484         {\r
 485           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 486         }\r
 487       }\r
 488 \r
 489       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 490       {\r
 491         return null;\r
 492       }\r
 493     };\r
 494     desc.setHandler(handler);\r
 495     desc.setMultivalued(false);\r
 496     addFieldDescriptor(desc);\r
 497 \r
 498     // -- validation code for: _threshold\r
 499     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 500     { // -- local scope\r
 501       org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator typeValidator;\r
 502       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.FloatValidator();\r
 503       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 504       typeValidator.setMinInclusive((float) -3.4028235E38);\r
 505       typeValidator.setMaxInclusive((float) 3.4028235E38);\r
 506     }\r
 507     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 508     // -- _showBootstrap\r
 509     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 510             java.lang.Boolean.TYPE, "_showBootstrap", "showBootstrap",\r
 511             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 512     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 513     {\r
 514       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 515               throws IllegalStateException\r
 516       {\r
 517         Tree target = (Tree) object;\r
 518         if (!target.hasShowBootstrap())\r
 519         {\r
 520           return null;\r
 521         }\r
 522         return (target.getShowBootstrap() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 523                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 524       }\r
 525 \r
 526       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 527               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 528       {\r
 529         try\r
 530         {\r
 531           Tree target = (Tree) object;\r
 532           // if null, use delete method for optional primitives\r
 533           if (value == null)\r
 534           {\r
 535             target.deleteShowBootstrap();\r
 536             return;\r
 537           }\r
 538           target.setShowBootstrap(((java.lang.Boolean) value)\r
 539                   .booleanValue());\r
 540         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 541         {\r
 542           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 543         }\r
 544       }\r
 545 \r
 546       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 547       {\r
 548         return null;\r
 549       }\r
 550     };\r
 551     desc.setHandler(handler);\r
 552     desc.setMultivalued(false);\r
 553     addFieldDescriptor(desc);\r
 554 \r
 555     // -- validation code for: _showBootstrap\r
 556     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 557     { // -- local scope\r
 558       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 559       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 560       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 561     }\r
 562     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 563     // -- _showDistances\r
 564     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 565             java.lang.Boolean.TYPE, "_showDistances", "showDistances",\r
 566             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 567     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 568     {\r
 569       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 570               throws IllegalStateException\r
 571       {\r
 572         Tree target = (Tree) object;\r
 573         if (!target.hasShowDistances())\r
 574         {\r
 575           return null;\r
 576         }\r
 577         return (target.getShowDistances() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 578                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 579       }\r
 580 \r
 581       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 582               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 583       {\r
 584         try\r
 585         {\r
 586           Tree target = (Tree) object;\r
 587           // if null, use delete method for optional primitives\r
 588           if (value == null)\r
 589           {\r
 590             target.deleteShowDistances();\r
 591             return;\r
 592           }\r
 593           target.setShowDistances(((java.lang.Boolean) value)\r
 594                   .booleanValue());\r
 595         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 596         {\r
 597           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 598         }\r
 599       }\r
 600 \r
 601       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 602       {\r
 603         return null;\r
 604       }\r
 605     };\r
 606     desc.setHandler(handler);\r
 607     desc.setMultivalued(false);\r
 608     addFieldDescriptor(desc);\r
 609 \r
 610     // -- validation code for: _showDistances\r
 611     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 612     { // -- local scope\r
 613       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 614       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 615       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 616     }\r
 617     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 618     // -- _markUnlinked\r
 619     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 620             java.lang.Boolean.TYPE, "_markUnlinked", "markUnlinked",\r
 621             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 622     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 623     {\r
 624       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 625               throws IllegalStateException\r
 626       {\r
 627         Tree target = (Tree) object;\r
 628         if (!target.hasMarkUnlinked())\r
 629         {\r
 630           return null;\r
 631         }\r
 632         return (target.getMarkUnlinked() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 633                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 634       }\r
 635 \r
 636       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 637               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 638       {\r
 639         try\r
 640         {\r
 641           Tree target = (Tree) object;\r
 642           // if null, use delete method for optional primitives\r
 643           if (value == null)\r
 644           {\r
 645             target.deleteMarkUnlinked();\r
 646             return;\r
 647           }\r
 648           target\r
 649                   .setMarkUnlinked(((java.lang.Boolean) value)\r
 650                           .booleanValue());\r
 651         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 652         {\r
 653           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 654         }\r
 655       }\r
 656 \r
 657       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 658       {\r
 659         return null;\r
 660       }\r
 661     };\r
 662     desc.setHandler(handler);\r
 663     desc.setMultivalued(false);\r
 664     addFieldDescriptor(desc);\r
 665 \r
 666     // -- validation code for: _markUnlinked\r
 667     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 668     { // -- local scope\r
 669       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 670       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 671       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 672     }\r
 673     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 674     // -- _fitToWindow\r
 675     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 676             java.lang.Boolean.TYPE, "_fitToWindow", "fitToWindow",\r
 677             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 678     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 679     {\r
 680       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 681               throws IllegalStateException\r
 682       {\r
 683         Tree target = (Tree) object;\r
 684         if (!target.hasFitToWindow())\r
 685         {\r
 686           return null;\r
 687         }\r
 688         return (target.getFitToWindow() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 689                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 690       }\r
 691 \r
 692       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 693               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 694       {\r
 695         try\r
 696         {\r
 697           Tree target = (Tree) object;\r
 698           // if null, use delete method for optional primitives\r
 699           if (value == null)\r
 700           {\r
 701             target.deleteFitToWindow();\r
 702             return;\r
 703           }\r
 704           target.setFitToWindow(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 705         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 706         {\r
 707           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 708         }\r
 709       }\r
 710 \r
 711       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 712       {\r
 713         return null;\r
 714       }\r
 715     };\r
 716     desc.setHandler(handler);\r
 717     desc.setMultivalued(false);\r
 718     addFieldDescriptor(desc);\r
 719 \r
 720     // -- validation code for: _fitToWindow\r
 721     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 722     { // -- local scope\r
 723       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 724       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 725       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 726     }\r
 727     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 728     // -- _currentTree\r
 729     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 730             java.lang.Boolean.TYPE, "_currentTree", "currentTree",\r
 731             org.exolab.castor.xml.NodeType.Attribute);\r
 732     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 733     {\r
 734       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 735               throws IllegalStateException\r
 736       {\r
 737         Tree target = (Tree) object;\r
 738         if (!target.hasCurrentTree())\r
 739         {\r
 740           return null;\r
 741         }\r
 742         return (target.getCurrentTree() ? java.lang.Boolean.TRUE\r
 743                 : java.lang.Boolean.FALSE);\r
 744       }\r
 745 \r
 746       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 747               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 748       {\r
 749         try\r
 750         {\r
 751           Tree target = (Tree) object;\r
 752           // if null, use delete method for optional primitives\r
 753           if (value == null)\r
 754           {\r
 755             target.deleteCurrentTree();\r
 756             return;\r
 757           }\r
 758           target.setCurrentTree(((java.lang.Boolean) value).booleanValue());\r
 759         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 760         {\r
 761           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 762         }\r
 763       }\r
 764 \r
 765       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 766       {\r
 767         return null;\r
 768       }\r
 769     };\r
 770     desc.setHandler(handler);\r
 771     desc.setMultivalued(false);\r
 772     addFieldDescriptor(desc);\r
 773 \r
 774     // -- validation code for: _currentTree\r
 775     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 776     { // -- local scope\r
 777       org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator typeValidator;\r
 778       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.BooleanValidator();\r
 779       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 780     }\r
 781     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 782     // -- initialize element descriptors\r
 783 \r
 784     // -- _title\r
 785     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 786             java.lang.String.class, "_title", "title",\r
 787             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 788     desc.setImmutable(true);\r
 789     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 790     {\r
 791       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 792               throws IllegalStateException\r
 793       {\r
 794         Tree target = (Tree) object;\r
 795         return target.getTitle();\r
 796       }\r
 797 \r
 798       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 799               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 800       {\r
 801         try\r
 802         {\r
 803           Tree target = (Tree) object;\r
 804           target.setTitle((java.lang.String) value);\r
 805         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 806         {\r
 807           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 808         }\r
 809       }\r
 810 \r
 811       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 812       {\r
 813         return null;\r
 814       }\r
 815     };\r
 816     desc.setHandler(handler);\r
 817     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 818     desc.setMultivalued(false);\r
 819     addFieldDescriptor(desc);\r
 820 \r
 821     // -- validation code for: _title\r
 822     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 823     { // -- local scope\r
 824       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 825       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 826       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 827       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 828     }\r
 829     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 830     // -- _newick\r
 831     desc = new org.exolab.castor.xml.util.XMLFieldDescriptorImpl(\r
 832             java.lang.String.class, "_newick", "newick",\r
 833             org.exolab.castor.xml.NodeType.Element);\r
 834     desc.setImmutable(true);\r
 835     handler = new org.exolab.castor.xml.XMLFieldHandler()\r
 836     {\r
 837       public java.lang.Object getValue(java.lang.Object object)\r
 838               throws IllegalStateException\r
 839       {\r
 840         Tree target = (Tree) object;\r
 841         return target.getNewick();\r
 842       }\r
 843 \r
 844       public void setValue(java.lang.Object object, java.lang.Object value)\r
 845               throws IllegalStateException, IllegalArgumentException\r
 846       {\r
 847         try\r
 848         {\r
 849           Tree target = (Tree) object;\r
 850           target.setNewick((java.lang.String) value);\r
 851         } catch (java.lang.Exception ex)\r
 852         {\r
 853           throw new IllegalStateException(ex.toString());\r
 854         }\r
 855       }\r
 856 \r
 857       public java.lang.Object newInstance(java.lang.Object parent)\r
 858       {\r
 859         return null;\r
 860       }\r
 861     };\r
 862     desc.setHandler(handler);\r
 863     desc.setNameSpaceURI("www.jalview.org");\r
 864     desc.setMultivalued(false);\r
 865     addFieldDescriptor(desc);\r
 866 \r
 867     // -- validation code for: _newick\r
 868     fieldValidator = new org.exolab.castor.xml.FieldValidator();\r
 869     { // -- local scope\r
 870       org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator typeValidator;\r
 871       typeValidator = new org.exolab.castor.xml.validators.StringValidator();\r
 872       fieldValidator.setValidator(typeValidator);\r
 873       typeValidator.setWhiteSpace("preserve");\r
 874     }\r
 875     desc.setValidator(fieldValidator);\r
 876   }\r
 877 \r
 878   // -----------/\r
 879   // - Methods -/\r
 880   // -----------/\r
 881 \r
 882   /**\r
 883    * Method getAccessMode.\r
 884    * \r
 885    * @return the access mode specified for this class.\r
 886    */\r
 887   public org.exolab.castor.mapping.AccessMode getAccessMode()\r
 888   {\r
 889     return null;\r
 890   }\r
 891 \r
 892   /**\r
 893    * Method getIdentity.\r
 894    * \r
 895    * @return the identity field, null if this class has no identity.\r
 896    */\r
 897   public org.exolab.castor.mapping.FieldDescriptor getIdentity()\r
 898   {\r
 899     return super.getIdentity();\r
 900   }\r
 901 \r
 902   /**\r
 903    * Method getJavaClass.\r
 904    * \r
 905    * @return the Java class represented by this descriptor.\r
 906    */\r
 907   public java.lang.Class getJavaClass()\r
 908   {\r
 909     return jalview.schemabinding.version2.Tree.class;\r
 910   }\r
 911 \r
 912   /**\r
 913    * Method getNameSpacePrefix.\r
 914    * \r
 915    * @return the namespace prefix to use when marshaling as XML.\r
 916    */\r
 917   public java.lang.String getNameSpacePrefix()\r
 918   {\r
 919     return _nsPrefix;\r
 920   }\r
 921 \r
 922   /**\r
 923    * Method getNameSpaceURI.\r
 924    * \r
 925    * @return the namespace URI used when marshaling and unmarshaling as XML.\r
 926    */\r
 927   public java.lang.String getNameSpaceURI()\r
 928   {\r
 929     return _nsURI;\r
 930   }\r
 931 \r
 932   /**\r
 933    * Method getValidator.\r
 934    * \r
 935    * @return a specific validator for the class described by this\r
 936    *         ClassDescriptor.\r
 937    */\r
 938   public org.exolab.castor.xml.TypeValidator getValidator()\r
 939   {\r
 940     return this;\r
 941   }\r
 942 \r
 943   /**\r
 944    * Method getXMLName.\r
 945    * \r
 946    * @return the XML Name for the Class being described.\r
 947    */\r
 948   public java.lang.String getXMLName()\r
 949   {\r
 950     return _xmlName;\r
 951   }\r
 952 \r
 953   /**\r
 954    * Method isElementDefinition.\r
 955    * \r
 956    * @return true if XML schema definition of this Class is that of a global\r
 957    *         element or element with anonymous type definition.\r
 958    */\r
 959   public boolean isElementDefinition()\r
 960   {\r
 961     return _elementDefinition;\r
 962   }\r
 963 \r
 964 }\r