src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 public class AnnotationColourGradient extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27     public static int NO_THRESHOLD = -1;\r
  28     public static int BELOW_THRESHOLD = 0;\r
  29     public static int ABOVE_THRESHOLD = 1;\r
  30 \r
  31     AlignmentAnnotation annotation;\r
  32     int aboveAnnotationThreshold = -1;\r
  33 \r
  34     GraphLine annotationThreshold;\r
  35 \r
  36     float r1, g1, b1, rr, gg, bb, dr, dg, db;\r
  37     float range;\r
  38 \r
  39     /**\r
  40      * Creates a new AnnotationColourGradient object.\r
  41      */\r
  42     public AnnotationColourGradient(AlignmentAnnotation annotation,\r
  43         Color minColour, Color maxColour, int aboveThreshold)\r
  44     {\r
  45       this.annotation = annotation;\r
  46 \r
  47       aboveAnnotationThreshold = aboveThreshold;\r
  48 \r
  49       if(aboveThreshold!=NO_THRESHOLD && annotation.graphLines!=null)\r
  50         annotationThreshold = annotation.getGraphLine(0);\r
  51 \r
  52       r1 = minColour.getRed();\r
  53       g1 = minColour.getGreen();\r
  54       b1 = minColour.getBlue();\r
  55 \r
  56       rr = maxColour.getRed() - r1;\r
  57       gg = maxColour.getGreen() - g1;\r
  58       bb = maxColour.getBlue() - b1;\r
  59 \r
  60       range = annotation.graphMax - annotation.graphMin;\r
  61 \r
  62     }\r
  63 \r
  64     public Color getMinColour()\r
  65     {\r
  66       return new Color( (int) r1, (int) g1, (int) b1);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     public Color getMaxColour()\r
  70     {\r
  71       return new Color( (int) (r1 + rr), (int) (g1 + gg), (int) (b1 + bb));\r
  72     }\r
  73 \r
  74     /**\r
  75      * DOCUMENT ME!\r
  76      *\r
  77      * @param n DOCUMENT ME!\r
  78      *\r
  79      * @return DOCUMENT ME!\r
  80      */\r
  81     public Color findColour(String n)\r
  82     {\r
  83       System.out.println("AnnotationColourGradient findColour(string)");\r
  84         return Color.red;\r
  85     }\r
  86 \r
  87     /**\r
  88      * DOCUMENT ME!\r
  89      *\r
  90      * @param n DOCUMENT ME!\r
  91      * @param j DOCUMENT ME!\r
  92      *\r
  93      * @return DOCUMENT ME!\r
  94      */\r
  95     public Color findColour(String n, int j)\r
  96     {\r
  97         if ((threshold == 0) || aboveThreshold(n, j))\r
  98         {\r
  99           if( j+1>annotation.annotations.length || annotation.annotations[j]==null)\r
 100             currentColour = Color.white;\r
 101           else\r
 102           {\r
 103             if(  aboveAnnotationThreshold==NO_THRESHOLD\r
 104                || (annotationThreshold!=null && aboveAnnotationThreshold==ABOVE_THRESHOLD && annotation.annotations[j].value>=annotationThreshold.value)\r
 105                || (annotationThreshold!=null && aboveAnnotationThreshold==BELOW_THRESHOLD && annotation.annotations[j].value<=annotationThreshold.value))\r
 106             {\r
 107                 dr = rr *\r
 108                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin) / range )\r
 109                      +r1;\r
 110                 dg = gg *\r
 111                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin)  / range )\r
 112                      +g1;\r
 113                 db = bb *\r
 114                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin) / range )\r
 115                      +b1;\r
 116 \r
 117                  currentColour = new Color( (int) dr, (int) dg, (int) db);\r
 118             }\r
 119             else\r
 120               currentColour = Color.white;\r
 121           }\r
 122         }\r
 123         else\r
 124         {\r
 125             return Color.white;\r
 126         }\r
 127 \r
 128         if(conservationColouring)\r
 129          applyConservation(j);\r
 130 \r
 131        return currentColour;\r
 132     }\r
 133 }\r