src/jalview/schemes/AnnotationColourGradient.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 public class AnnotationColourGradient extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27     AlignmentAnnotation annotation;\r
  28     float minCol, maxCol, minValue, maxValue;\r
  29     boolean aboveAnnotationThreshold = false;\r
  30 \r
  31     float r1, g1, b1, rr, gg, bb, dr, dg, db;\r
  32     float range;\r
  33 \r
  34     /**\r
  35      * Creates a new AnnotationColourGradient object.\r
  36      */\r
  37     public AnnotationColourGradient(AlignmentAnnotation annotation,\r
  38         Color minColour, Color maxColour, boolean aboveThreshold)\r
  39     {\r
  40       this.annotation = annotation;\r
  41 \r
  42       aboveAnnotationThreshold = aboveThreshold;\r
  43 \r
  44       r1 = minColour.getRed();\r
  45       g1 = minColour.getGreen();\r
  46       b1 = minColour.getBlue();\r
  47 \r
  48       rr = maxColour.getRed() - r1;\r
  49       gg = maxColour.getGreen() - g1;\r
  50       bb = maxColour.getBlue() - b1;\r
  51 \r
  52       range = annotation.graphMax - annotation.graphMin;\r
  53 \r
  54     }\r
  55 \r
  56     /**\r
  57      * DOCUMENT ME!\r
  58      *\r
  59      * @param n DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @return DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public Color findColour(String n)\r
  64     {\r
  65       System.out.println("AnnotationColourGradient findColour(string)");\r
  66         return Color.RED;\r
  67     }\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * DOCUMENT ME!\r
  71      *\r
  72      * @param n DOCUMENT ME!\r
  73      * @param j DOCUMENT ME!\r
  74      *\r
  75      * @return DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     public Color findColour(String n, int j)\r
  78     {\r
  79         if ((threshold == 0) || aboveThreshold(n, j))\r
  80         {\r
  81           if(annotation.annotations[j]==null)\r
  82             currentColour = Color.white;\r
  83           else\r
  84           {\r
  85             if(!aboveAnnotationThreshold || (annotation.graphLines!=null\r
  86                && annotation.annotations[j].value>=annotation.getGraphLine(0).value))\r
  87             {\r
  88                 dr = rr *\r
  89                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin) / range )\r
  90                      +r1;\r
  91                 dg = gg *\r
  92                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin)  / range )\r
  93                      +g1;\r
  94                 db = bb *\r
  95                      ((annotation.annotations[j].value-annotation.graphMin) / range )\r
  96                      +b1;\r
  97 \r
  98                  currentColour = new Color( (int) dr, (int) dg, (int) db);\r
  99             }\r
 100             else\r
 101               currentColour = Color.white;\r
 102           }\r
 103         }\r
 104         else\r
 105         {\r
 106             return Color.white;\r
 107         }\r
 108 \r
 109         if(conservationColouring)\r
 110          applyConservation(j);\r
 111 \r
 112        return currentColour;\r
 113     }\r
 114 }\r