src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 public class Blosum62ColourScheme\r
  26     extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28   public Blosum62ColourScheme()\r
  29   {\r
  30     super();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public Color findColour(char res, int j)\r
  34   {\r
  35     if ('a' <= res && res <= 'z')\r
  36     {\r
  37       // TO UPPERCASE !!!\r
  38       res -= ('a' - 'A');\r
  39     }\r
  40 \r
  41     if (consensus == null ||\r
  42         j >= consensus.length ||\r
  43         consensus[j] == null ||\r
  44         (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))\r
  45     {\r
  46       return Color.white;\r
  47     }\r
  48 \r
  49     Color currentColour;\r
  50 \r
  51     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))\r
  52     {\r
  53       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);\r
  54 \r
  55       if (max.indexOf(res) > -1)\r
  56       {\r
  57         currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
  58       }\r
  59       else\r
  60       {\r
  61         int c = 0;\r
  62         int max_aa = 0;\r
  63         int n = max.length();\r
  64 \r
  65         do\r
  66         {\r
  67           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(\r
  68               max.charAt(max_aa), res);\r
  69         }\r
  70         while (++max_aa < n);\r
  71 \r
  72         if (c > 0)\r
  73         {\r
  74           currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
  75         }\r
  76         else\r
  77         {\r
  78           currentColour = Color.white;\r
  79         }\r
  80       }\r
  81 \r
  82       if (conservationColouring)\r
  83       {\r
  84         currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
  85       }\r
  86     }\r
  87     else\r
  88     {\r
  89       return Color.white;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     return currentColour;\r
  93   }\r
  94 }\r