apparent bug in JpredFile parser where annotation was not being removed from alignmen...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / Blosum62ColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 import jalview.analysis.*;\r
24 \r
25 public class Blosum62ColourScheme\r
26     extends ResidueColourScheme\r
27 {\r
28   public Blosum62ColourScheme()\r
29   {\r
30     super();\r
31   }\r
32 \r
33   public Color findColour(char res, int j)\r
34   {\r
35     if ('a' <= res && res <= 'z')\r
36     {\r
37       // TO UPPERCASE !!!\r
38       res -= ('a' - 'A');\r
39     }\r
40 \r
41     if (consensus == null ||\r
42         j >= consensus.length ||\r
43         consensus[j] == null ||\r
44         (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))\r
45     {\r
46       return Color.white;\r
47     }\r
48 \r
49     Color currentColour;\r
50 \r
51     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))\r
52     {\r
53       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);\r
54 \r
55       if (max.indexOf(res) > -1)\r
56       {\r
57         currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
58       }\r
59       else\r
60       {\r
61         int c = 0;\r
62         int max_aa = 0;\r
63         int n = max.length();\r
64 \r
65         do\r
66         {\r
67           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(\r
68               max.charAt(max_aa), res);\r
69         }\r
70         while (++max_aa < n);\r
71 \r
72         if (c > 0)\r
73         {\r
74           currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
75         }\r
76         else\r
77         {\r
78           currentColour = Color.white;\r
79         }\r
80       }\r
81 \r
82       if (conservationColouring)\r
83       {\r
84         currentColour = applyConservation(currentColour, j);\r
85       }\r
86     }\r
87     else\r
88     {\r
89       return Color.white;\r
90     }\r
91 \r
92     return currentColour;\r
93   }\r
94 }\r