src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class Blosum62ColourScheme\r
  25     extends ResidueColourScheme\r
  26 {\r
  27   public Blosum62ColourScheme()\r
  28   {\r
  29     super();\r
  30   }\r
  31 \r
  32   public Color findColour(String s, int j)\r
  33   {\r
  34     char res = s.charAt(0);\r
  35     if ('a' <= res && res <= 'z' )\r
  36     {\r
  37        // TO UPPERCASE !!!\r
  38        s = String.valueOf( res -= ('a' - 'A') );\r
  39     }\r
  40 \r
  41 \r
  42     if ( j>=consensus.length || (threshold != 0 && !aboveThreshold(s, j) ))\r
  43     {\r
  44       return Color.white;\r
  45     }\r
  46 \r
  47     if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))\r
  48     {\r
  49       String max = (String) consensus[j].get("maxResidue");\r
  50 \r
  51       if (max.indexOf(s) > -1)\r
  52       {\r
  53         currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
  54       }\r
  55       else\r
  56       {\r
  57         int c = 0;\r
  58         int max_aa = 0;\r
  59         int n = max.length();\r
  60 \r
  61         do\r
  62         {\r
  63           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
  64               max_aa + 1), s);\r
  65         }\r
  66         while (++max_aa < n);\r
  67 \r
  68         if (c > 0)\r
  69         {\r
  70           currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
  71         }\r
  72         else\r
  73         {\r
  74           currentColour = Color.white;\r
  75         }\r
  76       }\r
  77 \r
  78       if(conservationColouring)\r
  79          applyConservation(j);\r
  80     }\r
  81     else\r
  82     {\r
  83       return Color.white;\r
  84     }\r
  85 \r
  86     return currentColour;\r
  87   }\r
  88 }\r