Send gapChar to print original Data
[jalview.git] / src / jalview / schemes / Blosum62ColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 \r
24 public class Blosum62ColourScheme\r
25     extends ResidueColourScheme\r
26 {\r
27   public Blosum62ColourScheme()\r
28   {\r
29     super();\r
30   }\r
31 \r
32   public Color findColour(String s, int j)\r
33   {\r
34     char res = s.charAt(0);\r
35     if ('a' <= res && res <= 'z' )\r
36     {\r
37        // TO UPPERCASE !!!\r
38        s = String.valueOf( res -= ('a' - 'A') );\r
39     }\r
40 \r
41 \r
42     if ( j>=consensus.length || (threshold != 0 && !aboveThreshold(s, j) ))\r
43     {\r
44       return Color.white;\r
45     }\r
46 \r
47     if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))\r
48     {\r
49       String max = (String) consensus[j].get("maxResidue");\r
50 \r
51       if (max.indexOf(s) > -1)\r
52       {\r
53         currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
54       }\r
55       else\r
56       {\r
57         int c = 0;\r
58         int max_aa = 0;\r
59         int n = max.length();\r
60 \r
61         do\r
62         {\r
63           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
64               max_aa + 1), s);\r
65         }\r
66         while (++max_aa < n);\r
67 \r
68         if (c > 0)\r
69         {\r
70           currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
71         }\r
72         else\r
73         {\r
74           currentColour = Color.white;\r
75         }\r
76       }\r
77 \r
78       if(conservationColouring)\r
79          applyConservation(j);\r
80     }\r
81     else\r
82     {\r
83       return Color.white;\r
84     }\r
85 \r
86     return currentColour;\r
87   }\r
88 }\r