patch to fix occasional arrayoutofbounds exception when working with hidden columns...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / Blosum62ColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.schemes;
20
21 import java.awt.*;
22
23 import jalview.analysis.*;
24
25 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
26 {
27   public Blosum62ColourScheme()
28   {
29     super();
30   }
31
32   public Color findColour(char res, int j)
33   {
34     if ('a' <= res && res <= 'z')
35     {
36       // TO UPPERCASE !!!
37       res -= ('a' - 'A');
38     }
39
40     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
41             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
42     {
43       return Color.white;
44     }
45
46     Color currentColour;
47
48     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
49     {
50       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
51
52       if (max.indexOf(res) > -1)
53       {
54         currentColour = new Color(154, 154, 255);
55       }
56       else
57       {
58         int c = 0;
59         int max_aa = 0;
60         int n = max.length();
61
62         do
63         {
64           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
65         } while (++max_aa < n);
66
67         if (c > 0)
68         {
69           currentColour = new Color(204, 204, 255);
70         }
71         else
72         {
73           currentColour = Color.white;
74         }
75       }
76
77       if (conservationColouring)
78       {
79         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
80       }
81     }
82     else
83     {
84       return Color.white;
85     }
86
87     return currentColour;
88   }
89 }