src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   public Blosum62ColourScheme()
  34   {
  35     super();
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  40   {
  41     if ('a' <= res && res <= 'z')
  42     {
  43       // TO UPPERCASE !!!
  44       res -= ('a' - 'A');
  45     }
  46
  47     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  48             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  49     {
  50       return Color.white;
  51     }
  52
  53     Color currentColour;
  54
  55     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  56     {
  57       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  58
  59       if (max.indexOf(res) > -1)
  60       {
  61         // TODO use a constant here?
  62         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  63       }
  64       else
  65       {
  66         int c = 0;
  67         int max_aa = 0;
  68         int n = max.length();
  69
  70         do
  71         {
  72           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  73         } while (++max_aa < n);
  74
  75         if (c > 0)
  76         {
  77           // TODO use a constant here?
  78           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  79         }
  80         else
  81         {
  82           currentColour = Color.white;
  83         }
  84       }
  85
  86       if (conservationColouring)
  87       {
  88         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  89       }
  90     }
  91     else
  92     {
  93       return Color.white;
  94     }
  95
  96     return currentColour;
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 101           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 102   {
 103     ColourSchemeI newcs = super.applyTo(sg, hiddenRepSequences);
 104     return newcs;
 105   }
 106 }