src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.Comparison;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   private static final Color LIGHT_BLUE = new Color(204, 204, 255);
  34   private static final Color DARK_BLUE = new Color(154, 154, 255);
  35
  36   public Blosum62ColourScheme()
  37   {
  38     super();
  39   }
  40
  41   /**
  42    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  43    * be coloured
  44    */
  45   @Override
  46   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
  47           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
  48   {
  49     return new Blosum62ColourScheme();
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq,
  54           String consensusResidue, float pid)
  55   {
  56     /*
  57      * compare as upper case; note consensusResidue is
  58      * always computed as uppercase
  59      */
  60     if ('a' <= res && res <= 'z')
  61     {
  62       res -= ('a' - 'A');
  63     }
  64
  65     if (Comparison.isGap(res) || consensusResidue == null)
  66     {
  67       return Color.white;
  68     }
  69
  70     Color colour;
  71
  72     if (consensusResidue.indexOf(res) > -1)
  73     {
  74       colour = DARK_BLUE;
  75     }
  76     else
  77     {
  78       float score = 0;
  79
  80       for (char consensus : consensusResidue.toCharArray())
  81       {
  82         score += ResidueProperties.getBLOSUM62(consensus, res);
  83       }
  84
  85       if (score > 0)
  86       {
  87         colour = LIGHT_BLUE;
  88       }
  89       else
  90       {
  91         colour = Color.white;
  92       }
  93     }
  94     return colour;
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public boolean isPeptideSpecific()
  99   {
 100     return true;
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public String getSchemeName()
 105   {
 106     return JalviewColourScheme.Blosum62.toString();
 107   }
 108
 109   @Override
 110   public boolean isSimple()
 111   {
 112     return false;
 113   }
 114 }