src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.util.Comparison;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   private static final Color LIGHT_BLUE = new Color(204, 204, 255);
  34   private static final Color DARK_BLUE = new Color(154, 154, 255);
  35
  36   public Blosum62ColourScheme()
  37   {
  38     super();
  39   }
  40
  41   @Override
  42   public Color findColour(char res, int j, SequenceI seq)
  43   {
  44     if ('a' <= res && res <= 'z')
  45     {
  46       // TO UPPERCASE !!!
  47       res -= ('a' - 'A');
  48     }
  49
  50     if (consensus == null || consensus.get(j) == null
  51             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  52     {
  53       return Color.white;
  54     }
  55
  56     Color currentColour;
  57
  58     if (!Comparison.isGap(res))
  59     {
  60       /*
  61        * test if this is the consensus (or joint consensus) residue
  62        */
  63       String max = consensus.get(j).getModalResidue();
  64
  65       if (max.indexOf(res) > -1)
  66       {
  67         currentColour = DARK_BLUE;
  68       }
  69       else
  70       {
  71         int c = 0;
  72         int max_aa = 0;
  73         int n = max.length();
  74
  75         do
  76         {
  77           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  78         } while (++max_aa < n);
  79
  80         if (c > 0)
  81         {
  82           currentColour = LIGHT_BLUE;
  83         }
  84         else
  85         {
  86           currentColour = Color.white;
  87         }
  88       }
  89
  90       if (conservationColouring)
  91       {
  92         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  93       }
  94     }
  95     else
  96     {
  97       return Color.white;
  98     }
  99
 100     return currentColour;
 101   }
 102
 103   @Override
 104   public ColourSchemeI applyTo(AnnotatedCollectionI sg,
 105           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 106   {
 107     ColourSchemeI newcs = super.applyTo(sg, hiddenRepSequences);
 108     return newcs;
 109   }
 110 }