src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 import jalview.analysis.*;
  23
  24 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
  25 {
  26   public Blosum62ColourScheme()
  27   {
  28     super();
  29   }
  30
  31   public Color findColour(char res, int j)
  32   {
  33     if ('a' <= res && res <= 'z')
  34     {
  35       // TO UPPERCASE !!!
  36       res -= ('a' - 'A');
  37     }
  38
  39     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
  40             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
  41     {
  42       return Color.white;
  43     }
  44
  45     Color currentColour;
  46
  47     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
  48     {
  49       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
  50
  51       if (max.indexOf(res) > -1)
  52       {
  53         currentColour = new Color(154, 154, 255);
  54       }
  55       else
  56       {
  57         int c = 0;
  58         int max_aa = 0;
  59         int n = max.length();
  60
  61         do
  62         {
  63           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
  64         } while (++max_aa < n);
  65
  66         if (c > 0)
  67         {
  68           currentColour = new Color(204, 204, 255);
  69         }
  70         else
  71         {
  72           currentColour = Color.white;
  73         }
  74       }
  75
  76       if (conservationColouring)
  77       {
  78         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
  79       }
  80     }
  81     else
  82     {
  83       return Color.white;
  84     }
  85
  86     return currentColour;
  87   }
  88 }