formatting
[jalview.git] / src / jalview / schemes / Blosum62ColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.schemes;
19
20 import java.awt.*;
21
22 import jalview.analysis.*;
23
24 public class Blosum62ColourScheme extends ResidueColourScheme
25 {
26   public Blosum62ColourScheme()
27   {
28     super();
29   }
30
31   public Color findColour(char res, int j)
32   {
33     if ('a' <= res && res <= 'z')
34     {
35       // TO UPPERCASE !!!
36       res -= ('a' - 'A');
37     }
38
39     if (consensus == null || j >= consensus.length || consensus[j] == null
40             || (threshold != 0 && !aboveThreshold(res, j)))
41     {
42       return Color.white;
43     }
44
45     Color currentColour;
46
47     if (!jalview.util.Comparison.isGap(res))
48     {
49       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);
50
51       if (max.indexOf(res) > -1)
52       {
53         currentColour = new Color(154, 154, 255);
54       }
55       else
56       {
57         int c = 0;
58         int max_aa = 0;
59         int n = max.length();
60
61         do
62         {
63           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.charAt(max_aa), res);
64         } while (++max_aa < n);
65
66         if (c > 0)
67         {
68           currentColour = new Color(204, 204, 255);
69         }
70         else
71         {
72           currentColour = Color.white;
73         }
74       }
75
76       if (conservationColouring)
77       {
78         currentColour = applyConservation(currentColour, j);
79       }
80     }
81     else
82     {
83       return Color.white;
84     }
85
86     return currentColour;
87   }
88 }