src/jalview/schemes/Blosum62ColourScheme.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  24 \r
  25 public class Blosum62ColourScheme\r
  26     extends ResidueColourScheme\r
  27 {\r
  28   public Blosum62ColourScheme()\r
  29   {\r
  30     super();\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public Color findColour(String s, int j)\r
  34   {\r
  35 \r
  36     char res = s.charAt(0);\r
  37     if ('a' <= res && res <= 'z' )\r
  38     {\r
  39        // TO UPPERCASE !!!\r
  40        s = String.valueOf( res -= ('a' - 'A') );\r
  41     }\r
  42 \r
  43     if (consensus == null ||\r
  44         j >= consensus.length ||\r
  45         consensus[j] == null ||\r
  46         (threshold != 0 && !aboveThreshold(s, j)))\r
  47     {\r
  48       return Color.white;\r
  49     }\r
  50 \r
  51     Color currentColour;\r
  52 \r
  53     if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))\r
  54     {\r
  55       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);\r
  56 \r
  57       if (max.indexOf(s) > -1)\r
  58       {\r
  59         currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
  60       }\r
  61       else\r
  62       {\r
  63         int c = 0;\r
  64         int max_aa = 0;\r
  65         int n = max.length();\r
  66 \r
  67         do\r
  68         {\r
  69           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
  70               max_aa + 1), s);\r
  71         }\r
  72         while (++max_aa < n);\r
  73 \r
  74         if (c > 0)\r
  75         {\r
  76           currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
  77         }\r
  78         else\r
  79         {\r
  80           currentColour = Color.white;\r
  81         }\r
  82       }\r
  83 \r
  84       if(conservationColouring)\r
  85        currentColour =  applyConservation(currentColour, j);\r
  86     }\r
  87     else\r
  88     {\r
  89       return Color.white;\r
  90     }\r
  91 \r
  92     return currentColour;\r
  93   }\r
  94 }\r