Format changes
[jalview.git] / src / jalview / schemes / Blosum62ColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 \r
22 import java.awt.*;\r
23 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
24 \r
25 public class Blosum62ColourScheme\r
26     extends ResidueColourScheme\r
27 {\r
28   public Blosum62ColourScheme()\r
29   {\r
30     super();\r
31   }\r
32 \r
33   public Color findColour(String s, int j)\r
34   {\r
35 \r
36     char res = s.charAt(0);\r
37     if ('a' <= res && res <= 'z' )\r
38     {\r
39        // TO UPPERCASE !!!\r
40        s = String.valueOf( res -= ('a' - 'A') );\r
41     }\r
42 \r
43     if (consensus == null ||\r
44         j >= consensus.length ||\r
45         consensus[j] == null ||\r
46         (threshold != 0 && !aboveThreshold(s, j)))\r
47     {\r
48       return Color.white;\r
49     }\r
50 \r
51     Color currentColour;\r
52 \r
53     if (!jalview.util.Comparison.isGap( res ))\r
54     {\r
55       String max = (String) consensus[j].get(AAFrequency.MAXRESIDUE);\r
56 \r
57       if (max.indexOf(s) > -1)\r
58       {\r
59         currentColour = new Color(154, 154, 255);\r
60       }\r
61       else\r
62       {\r
63         int c = 0;\r
64         int max_aa = 0;\r
65         int n = max.length();\r
66 \r
67         do\r
68         {\r
69           c += ResidueProperties.getBLOSUM62(max.substring(max_aa,\r
70               max_aa + 1), s);\r
71         }\r
72         while (++max_aa < n);\r
73 \r
74         if (c > 0)\r
75         {\r
76           currentColour = new Color(204, 204, 255);\r
77         }\r
78         else\r
79         {\r
80           currentColour = Color.white;\r
81         }\r
82       }\r
83 \r
84       if(conservationColouring)\r
85        currentColour =  applyConservation(currentColour, j);\r
86     }\r
87     else\r
88     {\r
89       return Color.white;\r
90     }\r
91 \r
92     return currentColour;\r
93   }\r
94 }\r