src/jalview/schemes/BuriedColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27
  28 /**
  29  * A graduated colour scheme based on residue buried index score
  30  */
  31 public class BuriedColourScheme extends ScoreColourScheme
  32 {
  33   private static final Color minScoreColour = new Color(0, 255, 0);
  34
  35   private static final Color maxScoreColour = new Color(0, 0, 255);
  36
  37   /**
  38    * Constructor
  39    */
  40   public BuriedColourScheme()
  41   {
  42     super(JalviewColourScheme.Buried.toString(), ResidueProperties.aaIndex,
  43             ResidueProperties.buried, minScoreColour, maxScoreColour);
  44   }
  45
  46   @Override
  47   public boolean isPeptideSpecific()
  48   {
  49     return true;
  50   }
  51
  52   /**
  53    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  54    * be coloured
  55    */
  56   @Override
  57   public ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI view,
  58           AnnotatedCollectionI coll)
  59   {
  60     return new BuriedColourScheme();
  61   }
  62 }