apparent bug in JpredFile parser where annotation was not being removed from alignmen...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / BuriedColourScheme.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 /**\r
24  * DOCUMENT ME!\r
25  *\r
26  * @author $author$\r
27  * @version $Revision$\r
28  */\r
29 public class BuriedColourScheme\r
30     extends ScoreColourScheme\r
31 {\r
32   /**\r
33    * Creates a new BuriedColourScheme object.\r
34    */\r
35   public BuriedColourScheme()\r
36   {\r
37     super(ResidueProperties.buried, ResidueProperties.buriedmin,\r
38           ResidueProperties.buriedmax);\r
39   }\r
40 \r
41   /**\r
42    * DOCUMENT ME!\r
43    *\r
44    * @param c DOCUMENT ME!\r
45    *\r
46    * @return DOCUMENT ME!\r
47    */\r
48   public Color makeColour(float c)\r
49   {\r
50     return new Color(0, (float) (1.0 - c), c);\r
51   }\r
52 }\r