src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 public interface ColourSchemeI
  32 {
  33   /**
  34    * Returns the possibly context dependent colour for the given symbol at the
  35    * aligned position in the given sequence. For example, the colour may depend
  36    * on the symbol's relationship to the consensus residue for the column.
  37    *
  38    * @param symbol
  39    * @param position
  40    * @param seq
  41    * @param consensusResidue
  42    *          the modal symbol (e.g. K) or symbols (e.g. KF) for the column
  43    * @param pid
  44    *          the percentage identity of the column's consensus (if known)
  45    * @return
  46    */
  47   Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  48           String consensusResidue, float pid);
  49
  50   /**
  51    * Recalculate dependent data using the given sequence collection, taking
  52    * account of hidden rows
  53    *
  54    * @param alignment
  55    * @param hiddenReps
  56    */
  57   void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
  58           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps);
  59
  60   /**
  61    * Creates and returns a new instance of the colourscheme configured to colour
  62    * the given collection. Note that even simple colour schemes should return a
  63    * new instance for each call to this method, as different instances may have
  64    * differing shading by consensus or percentage identity applied.
  65    *
  66    * @param viewport
  67    *          - the parent viewport
  68    * @param sg
  69    *          - the collection of sequences to be coloured
  70    * @param hiddenRepSequences
  71    * @return copy of current scheme with any inherited settings transferred
  72    */
  73   ColourSchemeI getInstance(AlignViewportI viewport,
  74           AnnotatedCollectionI sg,
  75           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences);
  76
  77   /**
  78    * Answers true if the colour scheme is suitable for the given data, else
  79    * false. For example, some colour schemes are specific to either peptide or
  80    * nucleotide, or only apply if certain kinds of annotation are present.
  81    *
  82    * @param ac
  83    * @return
  84    */
  85   // TODO can make this method static in Java 8
  86   boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac);
  87
  88   /**
  89    * Answers the 'official' name of the colour scheme (as used, for example, as
  90    * a Jalview startup parameter)
  91    *
  92    * @return
  93    */
  94   String getSchemeName();
  95
  96   /**
  97    * Answers true if the colour scheme depends only on the sequence symbol, and
  98    * not on other information such as alignment consensus or annotation. (Note
  99    * that simple colour schemes may have a fading by percentage identity or
 100    * conservation overlaid.) Simple colour schemes can be propagated to
 101    * structure viewers.
 102    *
 103    * @return
 104    */
 105   boolean isSimple();
 106
 107   /**
 108    * Answers true if the colour scheme has a colour specified for gaps.
 109    *
 110    * @return
 111    */
 112   boolean hasGapColour();
 113 }