src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
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  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.*;
  21
  22 public interface ColourSchemeI
  23 {
  24   public Color findColour(char c);
  25
  26   public Color findColour(char c, int j);
  27
  28   public void setConsensus(java.util.Hashtable[] h);
  29
  30   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);
  31
  32   public boolean conservationApplied();
  33
  34   public void setConservationInc(int i);
  35
  36   public int getConservationInc();
  37
  38   public int getThreshold();
  39
  40   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);
  41
  42 }