formatting
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ColourSchemeI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 package jalview.schemes;
19
20 import java.awt.*;
21
22 public interface ColourSchemeI
23 {
24   public Color findColour(char c);
25
26   public Color findColour(char c, int j);
27
28   public void setConsensus(java.util.Hashtable[] h);
29
30   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);
31
32   public boolean conservationApplied();
33
34   public void setConservationInc(int i);
35
36   public int getConservationInc();
37
38   public int getThreshold();
39
40   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);
41
42 }