patch to fix occasional arrayoutofbounds exception when working with hidden columns...
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ColourSchemeI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
8  * of the License, or (at your option) any later version.
9  * 
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
13  * GNU General Public License for more details.
14  * 
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
16  * along with this program; if not, write to the Free Software
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
18  */
19 package jalview.schemes;
20
21 import java.awt.*;
22
23 public interface ColourSchemeI
24 {
25   public Color findColour(char c);
26
27   public Color findColour(char c, int j);
28
29   public void setConsensus(java.util.Hashtable[] h);
30
31   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);
32
33   public boolean conservationApplied();
34
35   public void setConservationInc(int i);
36
37   public int getConservationInc();
38
39   public int getThreshold();
40
41   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);
42
43 }