src/jalview/schemes/ColourSchemeI.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 public interface ColourSchemeI\r
  24 {\r
  25   public Color findColour(String aa);\r
  26 \r
  27   public Color findColour(String s, int j);\r
  28 \r
  29   public void setConsensus(java.util.Vector v);\r
  30 \r
  31   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);\r
  32 \r
  33   public boolean conservationApplied();\r
  34 \r
  35   public void setConservationInc(int i);\r
  36 \r
  37   public int getConservationInc();\r
  38 \r
  39   public int getThreshold();\r
  40 \r
  41   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);\r
  42 \r
  43 \r
  44 }\r