moved to org.biojava
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ColourSchemeI.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 import java.awt.*;\r
22 \r
23 public interface ColourSchemeI\r
24 {\r
25   public Color findColour(String aa);\r
26 \r
27   public Color findColour(String s, int j);\r
28 \r
29   public void setConsensus(java.util.Vector v);\r
30 \r
31   public void setConservation(jalview.analysis.Conservation c);\r
32 \r
33   public boolean conservationApplied();\r
34 \r
35   public void setConservationInc(int i);\r
36 \r
37   public int getConservationInc();\r
38 \r
39   public int getThreshold();\r
40 \r
41   public void setThreshold(int ct, boolean ignoreGaps);\r
42 \r
43 \r
44 }\r