JAL-2416 allow space in score matrix name
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ColourSchemeI.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
25 import jalview.datamodel.SequenceI;
26
27 import java.awt.Color;
28 import java.util.Map;
29
30 public interface ColourSchemeI
31 {
32   /**
33    * Returns the possibly context dependent colour for the given symbol at the
34    * aligned position in the given sequence. For example, the colour may depend
35    * on the symbol's relationship to the consensus residue for the column.
36    * 
37    * @param symbol
38    * @param position
39    * @param seq
40    * @param consensusResidue
41    *          the modal symbol (e.g. K) or symbols (e.g. KF) for the column
42    * @param pid
43    *          the percentage identity of the column's consensus (if known)
44    * @return
45    */
46   Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
47           String consensusResidue, float pid);
48
49   /**
50    * Recalculate dependent data using the given sequence collection, taking
51    * account of hidden rows
52    * 
53    * @param alignment
54    * @param hiddenReps
55    */
56   void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI alignment,
57           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps);
58
59   /**
60    * Creates and returns a new instance of the colourscheme configured to colour
61    * the given collection. Note that even simple colour schemes should return a
62    * new instance for each call to this method, as different instances may have
63    * differing shading by consensus or percentage identity applied.
64    * 
65    * @param sg
66    * @param hiddenRepSequences
67    * @return copy of current scheme with any inherited settings transferred
68    */
69   ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
70           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences);
71
72   /**
73    * Answers true if the colour scheme is suitable for the given data, else
74    * false. For example, some colour schemes are specific to either peptide or
75    * nucleotide, or only apply if certain kinds of annotation are present.
76    * 
77    * @param ac
78    * @return
79    */
80   // TODO can make this method static in Java 8
81   boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac);
82
83   /**
84    * Answers the 'official' name of the colour scheme (as used, for example, as
85    * a Jalview startup parameter)
86    * 
87    * @return
88    */
89   String getSchemeName();
90
91   /**
92    * Answers true if the colour scheme depends only on the sequence symbol, and
93    * not on other information such as alignment consensus or annotation. (Note
94    * that simple colour schemes may have a fading by percentage identity or
95    * conservation overlaid.) Simple colour schemes can be propagated to
96    * structure viewers.
97    * 
98    * @return
99    */
100   boolean isSimple();
101 }