src/jalview/schemes/ColourSchemeLoader.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.binding.JalviewUserColours;
   4
   5 import java.awt.Color;
   6 import java.io.File;
   7 import java.io.FileInputStream;
   8 import java.io.InputStreamReader;
   9
  10 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;
  11
  12 public class ColourSchemeLoader
  13 {
  14
  15   /**
  16    * Loads a user defined colour scheme from file. The file should contain a
  17    * definition of residue colours in XML format as defined in
  18    * JalviewUserColours.xsd.
  19    *
  20    * @param filePath
  21    *
  22    * @return
  23    */
  24   public static UserColourScheme loadColourScheme(String filePath)
  25   {
  26     UserColourScheme ucs = null;
  27     Color[] newColours = null;
  28     File file = new File(filePath);
  29     try
  30     {
  31       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
  32               new FileInputStream(file), "UTF-8");
  33
  34       jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours jucs = new jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours();
  35
  36       org.exolab.castor.xml.Unmarshaller unmar = new org.exolab.castor.xml.Unmarshaller(
  37               jucs);
  38       jucs = (jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours) unmar
  39               .unmarshal(in);
  40
  41       /*
  42        * non-case-sensitive colours are for 20 amino acid codes,
  43        * B, Z, X and Gap
  44        * optionally, lower-case alternatives for all except Gap
  45        */
  46       newColours = new Color[24];
  47       Color[] lowerCase = new Color[23];
  48       boolean caseSensitive = false;
  49
  50       String name;
  51       int index;
  52       for (int i = 0; i < jucs.getColourCount(); i++)
  53       {
  54         name = jucs.getColour(i).getName();
  55         if (ResidueProperties.aa3Hash.containsKey(name))
  56         {
  57           index = ResidueProperties.aa3Hash.get(name).intValue();
  58         }
  59         else
  60         {
  61           index = ResidueProperties.aaIndex[name.charAt(0)];
  62         }
  63         if (index == -1)
  64         {
  65           continue;
  66         }
  67
  68         Color color = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
  69                 .getRGB(), 16));
  70         if (name.toLowerCase().equals(name))
  71         {
  72           caseSensitive = true;
  73           lowerCase[index] = color;
  74         }
  75         else
  76         {
  77           newColours[index] = color;
  78         }
  79       }
  80
  81       /*
  82        * instantiate the colour scheme
  83        */
  84       ucs = new UserColourScheme(newColours);
  85       ucs.setName(jucs.getSchemeName());
  86       if (caseSensitive)
  87       {
  88         ucs.setLowerCaseColours(lowerCase);
  89       }
  90     } catch (Exception ex)
  91     {
  92       // Could be old Jalview Archive format
  93       try
  94       {
  95         InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(
  96                 file), "UTF-8");
  97
  98         jalview.binding.JalviewUserColours jucs = new jalview.binding.JalviewUserColours();
  99
 100         jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 101
 102         newColours = new Color[jucs.getColourCount()];
 103
 104         for (int i = 0; i < 24; i++)
 105         {
 106           newColours[i] = new Color(Integer.parseInt(jucs.getColour(i)
 107                   .getRGB(), 16));
 108         }
 109         ucs = new UserColourScheme(newColours);
 110         ucs.setName(jucs.getSchemeName());
 111       } catch (Exception ex2)
 112       {
 113         ex2.printStackTrace();
 114       }
 115
 116       if (newColours == null)
 117       {
 118         System.out.println("Error loading User ColourFile\n" + ex);
 119       }
 120     }
 121
 122     return ucs;
 123   }
 124
 125 }