src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.schemes;\r
  21 \r
  22 public class ColourSchemeProperty\r
  23 {\r
  24   public static final int CLUSTAL = 0;\r
  25   public static final int BLOSUM = 1;\r
  26   public static final int PID = 2;\r
  27   public static final int ZAPPO = 3;\r
  28   public static final int HYDROPHOBIC=4;\r
  29   public static final int HELIX=5;\r
  30   public static final int STRAND=6;\r
  31   public static final int TURN = 7;\r
  32   public static final int BURIED = 8;\r
  33   public static final int NUCLEOTIDE = 9;\r
  34   public static final int USER_DEFINED = 10;\r
  35   public static final int NONE = 11;\r
  36 \r
  37   public static int getColourIndexFromName(String name)\r
  38   {\r
  39     int ret=11;\r
  40     if(name.equalsIgnoreCase("Clustal"))\r
  41       ret = CLUSTAL;\r
  42     else if(name.equalsIgnoreCase("Blosum62"))\r
  43       ret = BLOSUM;\r
  44     else if(name.equalsIgnoreCase("% Identity"))\r
  45       ret = PID;\r
  46     else if(name.equalsIgnoreCase("Zappo"))\r
  47       ret = ZAPPO;\r
  48     else if(name.equalsIgnoreCase("Hydrophobic"))\r
  49       ret = HYDROPHOBIC;\r
  50     else if(name.equalsIgnoreCase("Helix Propensity"))\r
  51       ret = HELIX;\r
  52     else if(name.equalsIgnoreCase("Strand Propensity"))\r
  53       ret = STRAND;\r
  54     else if(name.equalsIgnoreCase("Turn Propensity"))\r
  55       ret = TURN;\r
  56     else if(name.equalsIgnoreCase("Buried Index"))\r
  57       ret = BURIED;\r
  58     else if(name.equalsIgnoreCase("Nucleotide"))\r
  59       ret = NUCLEOTIDE;\r
  60     else if(name.equalsIgnoreCase("User Defined"))\r
  61       ret =  USER_DEFINED;\r
  62 \r
  63     return ret;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public static String getColourName(ColourSchemeI cs)\r
  67   {\r
  68     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
  69      cs = ((ConservationColourScheme)cs).cs;\r
  70 \r
  71 \r
  72     int index = 11;\r
  73     if(cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
  74       index = CLUSTAL;\r
  75     else if(cs instanceof  Blosum62ColourScheme)\r
  76       index = BLOSUM;\r
  77     else if(cs instanceof  PIDColourScheme)\r
  78       index = PID;\r
  79     else if(cs instanceof  ZappoColourScheme)\r
  80       index = ZAPPO;\r
  81     else if(cs instanceof  HydrophobicColourScheme)\r
  82       index = HYDROPHOBIC;\r
  83     else if(cs instanceof  HelixColourScheme)\r
  84       index = HELIX;\r
  85     else if(cs instanceof  StrandColourScheme)\r
  86       index = STRAND;\r
  87     else if(cs instanceof  TurnColourScheme)\r
  88       index = TURN;\r
  89     else if(cs instanceof  BuriedColourScheme)\r
  90       index = BURIED;\r
  91     else if(cs instanceof  NucleotideColourScheme)\r
  92       index = NUCLEOTIDE;\r
  93     else if(cs instanceof  UserColourScheme)\r
  94       index = USER_DEFINED;\r
  95 \r
  96     return getColourName(index);\r
  97   }\r
  98 \r
  99   public static String getColourName(int index)\r
 100   {\r
 101     String ret=null;\r
 102     switch(index)\r
 103     {\r
 104       case CLUSTAL: ret = "Clustal";    break;\r
 105       case BLOSUM:  ret = "Blosum62";   break;\r
 106       case PID:     ret = "% Identity"; break;\r
 107       case ZAPPO:   ret = "Zappo";      break;\r
 108       case HYDROPHOBIC: ret="Hydrophobic";break;\r
 109       case HELIX:   ret="Helix Propensity";break;\r
 110       case STRAND:  ret="Strand Propensity";break;\r
 111       case TURN:    ret="Turn Propensity";break;\r
 112       case BURIED:  ret="Buried Index";break;\r
 113       case NUCLEOTIDE:ret="Nucleotide"; break;\r
 114       case USER_DEFINED:ret="User Defined";break;\r
 115       default: ret = "None"; break;\r
 116     }\r
 117     return ret;\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, String name)\r
 121   {\r
 122     return getColour(al, getColourIndexFromName(name));\r
 123   }\r
 124 \r
 125   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, int index)\r
 126   {\r
 127     ColourSchemeI cs = null;\r
 128     switch(index)\r
 129     {\r
 130       case CLUSTAL: cs = new ClustalxColourScheme(al.getSequences(), al.getWidth()); break;\r
 131       case BLOSUM: cs = new Blosum62ColourScheme(); break;\r
 132       case PID: cs = new PIDColourScheme();  break;\r
 133       case ZAPPO: cs = new ZappoColourScheme(); break;\r
 134       case HYDROPHOBIC: cs = new HydrophobicColourScheme(); break;\r
 135       case HELIX: cs = new HelixColourScheme(); break;\r
 136       case STRAND: cs = new StrandColourScheme(); break;\r
 137       case TURN: cs = new TurnColourScheme(); break;\r
 138       case BURIED: cs = new BuriedColourScheme(); break;\r
 139       case NUCLEOTIDE: cs = new NucleotideColourScheme(); break;\r
 140       case USER_DEFINED: cs = new UserColourScheme(null);\r
 141         break;\r
 142 \r
 143       default: break;\r
 144     }\r
 145 \r
 146     return cs;\r
 147   }\r
 148 }\r