src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 public class ColourSchemeProperty
   4 {
   5   public static final int CLUSTAL = 0;
   6   public static final int BLOSUM = 1;
   7   public static final int PID = 2;
   8   public static final int ZAPPO = 3;
   9   public static final int HYDROPHOBIC=4;
  10   public static final int HELIX=5;
  11   public static final int STRAND=6;
  12   public static final int TURN = 7;
  13   public static final int BURIED = 8;
  14   public static final int NUCLEOTIDE = 9;
  15   public static final int USER_DEFINED = 10;
  16   public static final int NONE = 11;
  17
  18   public static int getColourIndexFromName(String name)
  19   {
  20     int ret=11;
  21     if(name.equals("Clustal"))
  22       ret = CLUSTAL;
  23     else if(name.equals("Blosum62"))
  24       ret = BLOSUM;
  25     else if(name.equals("% Identity"))
  26       ret = PID;
  27     else if(name.equals("Zappo"))
  28       ret = ZAPPO;
  29     else if(name.equals("Hydrophobic"))
  30       ret = HYDROPHOBIC;
  31     else if(name.equals("Helix Propensity"))
  32       ret = HELIX;
  33     else if(name.equals("Strand Propensity"))
  34       ret = STRAND;
  35     else if(name.equals("Turn Propensity"))
  36       ret = TURN;
  37     else if(name.equals("Buried Index"))
  38       ret = BURIED;
  39     else if(name.equals("Nucleotide"))
  40       ret = NUCLEOTIDE;
  41     else if(name.equals("User Defined"))
  42       ret =  USER_DEFINED;
  43
  44     return ret;
  45   }
  46
  47   public static String getColourName(int index)
  48   {
  49     String ret=null;
  50     switch(index)
  51     {
  52       case CLUSTAL: ret = "Clustal";    break;
  53       case BLOSUM:  ret = "Blosum62";   break;
  54       case PID:     ret = "% Identity"; break;
  55       case ZAPPO:   ret = "Zappo";      break;
  56       case HYDROPHOBIC: ret="Hydrophobic";break;
  57       case HELIX:   ret="Helix Propensity";break;
  58       case STRAND:  ret="Strand Propensity";break;
  59       case TURN:    ret="Turn Propensity";break;
  60       case BURIED:  ret="Buried Index";break;
  61       case NUCLEOTIDE:ret="Nucleotide"; break;
  62       case USER_DEFINED:ret="User Defined";break;
  63       default: ret = "None"; break;
  64     }
  65     return ret;
  66   }
  67
  68   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, String name)
  69   {
  70     return getColour(al, getColourIndexFromName(name));
  71   }
  72
  73   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, int index)
  74   {
  75     ColourSchemeI cs = null;
  76     switch(index)
  77     {
  78       case CLUSTAL: cs = new ClustalxColourScheme(al.getSequences(), al.getWidth()); break;
  79       case BLOSUM: cs = new Blosum62ColourScheme(); break;
  80       case PID: cs = new PIDColourScheme();  break;
  81       case ZAPPO: cs = new ZappoColourScheme(); break;
  82       case HYDROPHOBIC: cs = new HydrophobicColourScheme(); break;
  83       case HELIX: cs = new HelixColourScheme(); break;
  84       case STRAND: cs = new StrandColourScheme(); break;
  85       case TURN: cs = new TurnColourScheme(); break;
  86       case BURIED: cs = new BuriedColourScheme(); break;
  87       case NUCLEOTIDE: cs = new NucleotideColourScheme(); break;
  88       case USER_DEFINED:
  89         if(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR")!=null)
  90         {
  91           cs = jalview.gui.UserDefinedColours.loadDefaultColours(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR"));
  92         }
  93         break;
  94
  95       default: break;
  96     }
  97
  98     return cs;
  99   }
 100 }