src/jalview/schemes/ColourSchemeProperty.java

   1 package jalview.schemes;\r
   2 \r
   3 public class ColourSchemeProperty\r
   4 {\r
   5   public static final int CLUSTAL = 0;\r
   6   public static final int BLOSUM = 1;\r
   7   public static final int PID = 2;\r
   8   public static final int ZAPPO = 3;\r
   9   public static final int HYDROPHOBIC=4;\r
  10   public static final int HELIX=5;\r
  11   public static final int STRAND=6;\r
  12   public static final int TURN = 7;\r
  13   public static final int BURIED = 8;\r
  14   public static final int NUCLEOTIDE = 9;\r
  15   public static final int USER_DEFINED = 10;\r
  16   public static final int NONE = 11;\r
  17 \r
  18   public static int getColourIndexFromName(String name)\r
  19   {\r
  20     int ret=11;\r
  21     if(name.equalsIgnoreCase("Clustal"))\r
  22       ret = CLUSTAL;\r
  23     else if(name.equalsIgnoreCase("Blosum62"))\r
  24       ret = BLOSUM;\r
  25     else if(name.equalsIgnoreCase("% Identity"))\r
  26       ret = PID;\r
  27     else if(name.equalsIgnoreCase("Zappo"))\r
  28       ret = ZAPPO;\r
  29     else if(name.equalsIgnoreCase("Hydrophobic"))\r
  30       ret = HYDROPHOBIC;\r
  31     else if(name.equalsIgnoreCase("Helix Propensity"))\r
  32       ret = HELIX;\r
  33     else if(name.equalsIgnoreCase("Strand Propensity"))\r
  34       ret = STRAND;\r
  35     else if(name.equalsIgnoreCase("Turn Propensity"))\r
  36       ret = TURN;\r
  37     else if(name.equalsIgnoreCase("Buried Index"))\r
  38       ret = BURIED;\r
  39     else if(name.equalsIgnoreCase("Nucleotide"))\r
  40       ret = NUCLEOTIDE;\r
  41     else if(name.equalsIgnoreCase("User Defined"))\r
  42       ret =  USER_DEFINED;\r
  43 \r
  44     return ret;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public static String getColourName(int index)\r
  48   {\r
  49     String ret=null;\r
  50     switch(index)\r
  51     {\r
  52       case CLUSTAL: ret = "Clustal";    break;\r
  53       case BLOSUM:  ret = "Blosum62";   break;\r
  54       case PID:     ret = "% Identity"; break;\r
  55       case ZAPPO:   ret = "Zappo";      break;\r
  56       case HYDROPHOBIC: ret="Hydrophobic";break;\r
  57       case HELIX:   ret="Helix Propensity";break;\r
  58       case STRAND:  ret="Strand Propensity";break;\r
  59       case TURN:    ret="Turn Propensity";break;\r
  60       case BURIED:  ret="Buried Index";break;\r
  61       case NUCLEOTIDE:ret="Nucleotide"; break;\r
  62       case USER_DEFINED:ret="User Defined";break;\r
  63       default: ret = "None"; break;\r
  64     }\r
  65     return ret;\r
  66   }\r
  67 \r
  68   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, String name)\r
  69   {\r
  70     return getColour(al, getColourIndexFromName(name));\r
  71   }\r
  72 \r
  73   public static ColourSchemeI getColour(jalview.datamodel.AlignmentI al, int index)\r
  74   {\r
  75     ColourSchemeI cs = null;\r
  76     switch(index)\r
  77     {\r
  78       case CLUSTAL: cs = new ClustalxColourScheme(al.getSequences(), al.getWidth()); break;\r
  79       case BLOSUM: cs = new Blosum62ColourScheme(); break;\r
  80       case PID: cs = new PIDColourScheme();  break;\r
  81       case ZAPPO: cs = new ZappoColourScheme(); break;\r
  82       case HYDROPHOBIC: cs = new HydrophobicColourScheme(); break;\r
  83       case HELIX: cs = new HelixColourScheme(); break;\r
  84       case STRAND: cs = new StrandColourScheme(); break;\r
  85       case TURN: cs = new TurnColourScheme(); break;\r
  86       case BURIED: cs = new BuriedColourScheme(); break;\r
  87       case NUCLEOTIDE: cs = new NucleotideColourScheme(); break;\r
  88       case USER_DEFINED:\r
  89        // if(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR")!=null)\r
  90         {\r
  91        //   cs = jalview.gui.UserDefinedColours.loadDefaultColours(jalview.bin.Cache.getProperty("USER_DEFINED_COLOUR"));\r
  92         }\r
  93         break;\r
  94 \r
  95       default: break;\r
  96     }\r
  97 \r
  98     return cs;\r
  99   }\r
 100 }\r