src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 ////////////////////////////////////////////\r
  22 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!\r
  23 // AW 15th Dec 2004\r
  24 /////////////////////////////////////////\r
  25 public class Consensus\r
  26 {\r
  27   int[] mask;\r
  28   double threshold;\r
  29   String maskstr;\r
  30 \r
  31   public Consensus(String mask, double threshold)\r
  32   {\r
  33     // this.id = id;\r
  34     //    this.mask = mask;\r
  35     this.maskstr = mask;\r
  36     setMask(mask);\r
  37     this.threshold = threshold;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public void setMask(String s)\r
  41   {\r
  42     this.mask = setNums(s);\r
  43 \r
  44     //   for (int i=0; i < mask.length; i++) {\r
  45     //  System.out.println(mask[i] + " " + ResidueProperties.aa[mask[i]]);\r
  46     // }\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size)\r
  50   {\r
  51     int tot = 0;\r
  52 \r
  53     for (int i = 0; i < mask.length; i++)\r
  54     {\r
  55       tot += cons2[col][mask[i]];\r
  56     }\r
  57 \r
  58     if ( (double) tot > ( (threshold * size) / 100))\r
  59     {\r
  60       return true;\r
  61     }\r
  62 \r
  63     return false;\r
  64   }\r
  65 \r
  66   int[] setNums(String s)\r
  67   {\r
  68     int[] out = new int[s.length()];\r
  69     int i = 0;\r
  70 \r
  71     while (i < s.length())\r
  72     {\r
  73       out[i] = ResidueProperties.aaIndex[s.charAt(i)];\r
  74       i++;\r
  75     }\r
  76 \r
  77     return out;\r
  78   }\r
  79 }\r