src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.schemes;
  20
  21 ////////////////////////////////////////////
  22 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!
  23 // AW 15th Dec 2004
  24 /////////////////////////////////////////
  25 public class Consensus
  26 {
  27   int[] mask;
  28   double threshold;
  29   String maskstr;
  30
  31   public Consensus(String mask, double threshold)
  32   {
  33     // this.id = id;
  34     //    this.mask = mask;
  35     this.maskstr = mask;
  36     setMask(mask);
  37     this.threshold = threshold;
  38   }
  39
  40   public void setMask(String s)
  41   {
  42     this.mask = setNums(s);
  43
  44     //   for (int i=0; i < mask.length; i++) {
  45     //  System.out.println(mask[i] + " " + ResidueProperties.aa[mask[i]]);
  46     // }
  47   }
  48
  49   public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size)
  50   {
  51     int tot = 0;
  52
  53     for (int i = 0; i < mask.length; i++)
  54     {
  55       tot += cons2[col][mask[i]];
  56     }
  57
  58     if ( (double) tot > ( (threshold * size) / 100))
  59     {
  60       return true;
  61     }
  62
  63     return false;
  64   }
  65
  66   int[] setNums(String s)
  67   {
  68     int[] out = new int[s.length()];
  69     int i = 0;
  70
  71     while (i < s.length())
  72     {
  73       out[i] = ( (Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s.substring(i,
  74           i + 1))).intValue();
  75       i++;
  76     }
  77
  78     return out;
  79   }
  80 }