src/jalview/schemes/Consensus.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 // //////////////////////////////////////////
  24 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!
  25 // AW 15th Dec 2004
  26 // ///////////////////////////////////////
  27 public class Consensus
  28 {
  29   int[] mask;
  30
  31   double threshold;
  32
  33   String maskstr;
  34
  35   public Consensus(String mask, double threshold)
  36   {
  37     // this.id = id;
  38     // this.mask = mask;
  39     this.maskstr = mask;
  40     setMask(mask);
  41     this.threshold = threshold;
  42   }
  43
  44   public void setMask(String s)
  45   {
  46     this.mask = setNums(s);
  47
  48     // for (int i=0; i < mask.length; i++) {
  49     // System.out.println(mask[i] + " " + ResidueProperties.aa[mask[i]]);
  50     // }
  51   }
  52
  53   /**
  54    * @deprecated Use {@link #isConserved(int[][],int,int,boolean)} instead
  55    */
  56   @Deprecated
  57   public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size)
  58   {
  59     System.out.println("DEPRECATED!!!!");
  60     return isConserved(cons2, col, size, true);
  61   }
  62
  63   public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size,
  64           boolean includeGaps)
  65   {
  66     int tot = 0;
  67     if (!includeGaps)
  68     {
  69       size -= cons2[col][cons2[col].length - 1];
  70     }
  71     for (int i = 0; i < mask.length; i++)
  72     {
  73       tot += cons2[col][mask[i]];
  74     }
  75
  76     if (tot > ((threshold * size) / 100))
  77     {
  78       // System.out.println("True conserved "+tot+" from "+threshold+" out of
  79       // "+size+" : "+maskstr);
  80       return true;
  81     }
  82
  83     return false;
  84   }
  85
  86   int[] setNums(String s)
  87   {
  88     int[] out = new int[s.length()];
  89     int i = 0;
  90
  91     while (i < s.length())
  92     {
  93       out[i] = ResidueProperties.aaIndex[s.charAt(i)];
  94       i++;
  95     }
  96
  97     return out;
  98   }
  99 }