Add pdb ref
[jalview.git] / src / jalview / schemes / Consensus.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.schemes;\r
20 \r
21 ////////////////////////////////////////////\r
22 // This does nothing at all at the moment!!!!!!!!!!\r
23 // AW 15th Dec 2004\r
24 /////////////////////////////////////////\r
25 public class Consensus\r
26 {\r
27   int[] mask;\r
28   double threshold;\r
29   String maskstr;\r
30 \r
31   public Consensus(String mask, double threshold)\r
32   {\r
33     // this.id = id;\r
34     //    this.mask = mask;\r
35     this.maskstr = mask;\r
36     setMask(mask);\r
37     this.threshold = threshold;\r
38   }\r
39 \r
40   public void setMask(String s)\r
41   {\r
42     this.mask = setNums(s);\r
43 \r
44     //   for (int i=0; i < mask.length; i++) {\r
45     //  System.out.println(mask[i] + " " + ResidueProperties.aa[mask[i]]);\r
46     // }\r
47   }\r
48 \r
49   public boolean isConserved(int[][] cons2, int col, int size)\r
50   {\r
51     int tot = 0;\r
52 \r
53     for (int i = 0; i < mask.length; i++)\r
54     {\r
55       tot += cons2[col][mask[i]];\r
56     }\r
57 \r
58     if ( (double) tot > ( (threshold * size) / 100))\r
59     {\r
60       return true;\r
61     }\r
62 \r
63     return false;\r
64   }\r
65 \r
66   int[] setNums(String s)\r
67   {\r
68     int[] out = new int[s.length()];\r
69     int i = 0;\r
70 \r
71     while (i < s.length())\r
72     {\r
73       out[i] = ( (Integer) ResidueProperties.aaHash.get(s.substring(i,\r
74           i + 1))).intValue();\r
75       i++;\r
76     }\r
77 \r
78     return out;\r
79   }\r
80 }\r