src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 import java.awt.*;\r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  26   public Conservation conserve;\r
  27   boolean byResidue = true;\r
  28   public ColourSchemeI cs;\r
  29   public int inc = 30;\r
  30   int colourThreshold =  7;\r
  31 \r
  32   public ConservationColourScheme(SequenceGroup sg)\r
  33   {\r
  34     super();\r
  35     this.conserve = sg.getConservation();\r
  36     colourThreshold = 7;\r
  37     this.cs = sg.cs;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public void setColours(DrawableSequence seq, int j) {\r
  41     Color c = Color.white;\r
  42     String s = seq.getSequence().substring(j,j+1);\r
  43 \r
  44       if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null) {\r
  45         if (fullConservation(j)) {\r
  46           if (byResidue) {\r
  47             c = findColour(seq,s,j);\r
  48            } else {\r
  49              c = Color.red;\r
  50            }\r
  51         } else {\r
  52           if (byResidue) {\r
  53 \r
  54             int tmp = 10;\r
  55             int t = Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1));\r
  56             c = findColour(seq,s,j);\r
  57 \r
  58              while (tmp >= t) {\r
  59               //      c = c.darker();\r
  60               c = lighter(c,inc);\r
  61                tmp--;\r
  62              }\r
  63           } else {\r
  64           c = Color.yellow;\r
  65           }\r
  66         }\r
  67       }\r
  68 \r
  69       seq.setColor(c);\r
  70 \r
  71   }\r
  72    public Color findColour(SequenceI seq, String s, int i, java.util.Vector whatever)\r
  73    {\r
  74      Color c = null;\r
  75      if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null)\r
  76      {\r
  77        if (fullConservation(i)) {\r
  78          if (byResidue) {\r
  79            c = findColour(null,s,i);\r
  80           } else {\r
  81             c = Color.red;\r
  82           }\r
  83        } else {\r
  84          if (byResidue) {\r
  85 \r
  86            int tmp = 10;\r
  87            int t = 0;\r
  88            try\r
  89              {t=Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().substring(i,i+1));}\r
  90              catch(NumberFormatException ex){\r
  91                System.out.println("fix this bug, conserveColourScheme");\r
  92                t=0;\r
  93              }\r
  94            c = findColour(null,s,i);\r
  95 \r
  96             while (tmp >= t) {\r
  97              //      c = c.darker();\r
  98              c = lighter(c,inc);\r
  99               tmp--;\r
 100             }\r
 101          } else {\r
 102          c = Color.yellow;\r
 103          }\r
 104        }\r
 105      }\r
 106      return c;\r
 107    }\r
 108 \r
 109   public Color findColour(DrawableSequence seq, String s, int j) {\r
 110     return cs.findColour(null, s, -1, null);\r
 111   }\r
 112   public boolean fullConservation(int j) {\r
 113     String tmp = conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1);\r
 114     if (tmp.equals("*")) return true; else return false;\r
 115   }\r
 116   public boolean aboveThreshold(DrawableSequence seq, int j, int threshold) {\r
 117     String tmp = conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1);\r
 118 \r
 119     if (Integer.parseInt(tmp) >= threshold || tmp.equals("*")) {\r
 120       return true;\r
 121     } else {\r
 122       return false;\r
 123     }\r
 124   }\r
 125 \r
 126   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
 127     int red = c.getRed();\r
 128     int blue = c.getBlue();\r
 129     int green = c.getGreen();\r
 130 \r
 131     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
 132     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
 133     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
 134 \r
 135     return new Color(red,green,blue);\r
 136   }\r
 137 \r
 138 }\r