src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 import java.awt.*;\r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 import java.util.Vector;\r
  23 \r
  24 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  25   public Conservation conserve;\r
  26   public ColourSchemeI cs;\r
  27   public int inc = 30;\r
  28 \r
  29   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  30   {\r
  31     super();\r
  32     conserve = cons;\r
  33     cs = oldcs;\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public void setConsensus(Vector consensus)\r
  37   {\r
  38     this.consensus = consensus;\r
  39     if(cs!=null)\r
  40       cs.setConsensus(consensus);\r
  41   }\r
  42 \r
  43    public Color findColour(String s, int i)\r
  44    {\r
  45      Color c = Color.white;\r
  46      if (cs == null)\r
  47        return c;\r
  48 \r
  49      char ch = conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i);\r
  50      if (ch == '*' || ch == '+')\r
  51      {\r
  52        c = cs.findColour(s, i);\r
  53      }\r
  54      else\r
  55      {\r
  56        int tmp = 10;\r
  57        int t = 0;\r
  58        if (!jalview.util.Comparison.isGap(ch))\r
  59          t = Integer.parseInt(ch + "");\r
  60 \r
  61        c = cs.findColour(s, i);\r
  62 \r
  63        while (tmp >= t)\r
  64        {\r
  65          c = lighter(c, inc);\r
  66          tmp--;\r
  67        }\r
  68 \r
  69      }\r
  70 \r
  71    return c;\r
  72    }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
  76     int red = c.getRed();\r
  77     int blue = c.getBlue();\r
  78     int green = c.getGreen();\r
  79 \r
  80     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
  81     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
  82     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
  83 \r
  84     return new Color(red,green,blue);\r
  85   }\r
  86 \r
  87 }\r