src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
   3  *\r
   4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   8  *\r
   9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  12  * GNU General Public License for more details.\r
  13  *\r
  14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
  17  */\r
  18 \r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 import java.awt.*;\r
  21 import jalview.gui.*;\r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.*;\r
  24 \r
  25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  26   public Conservation conserve;\r
  27   boolean byResidue = true;\r
  28   public ColourSchemeI cs;\r
  29   public int inc = 30;\r
  30   int colourThreshold =  7;\r
  31 \r
  32   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
  33   {\r
  34     super();\r
  35     conserve = cons;\r
  36     cs = oldcs;\r
  37   }\r
  38 \r
  39   public void setColours(DrawableSequence seq, int j) {\r
  40     Color c = Color.white;\r
  41     String s = seq.getSequence().substring(j,j+1);\r
  42 \r
  43       if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null) {\r
  44         if (fullConservation(j)) {\r
  45           if (byResidue) {\r
  46             c = findColour(seq,s,j);\r
  47            } else {\r
  48              c = Color.red;\r
  49            }\r
  50         } else {\r
  51           if (byResidue) {\r
  52 \r
  53             int tmp = 10;\r
  54             int t = Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1));\r
  55             c = findColour(seq,s,j);\r
  56 \r
  57              while (tmp >= t) {\r
  58               //      c = c.darker();\r
  59               c = lighter(c,inc);\r
  60                tmp--;\r
  61              }\r
  62           } else {\r
  63           c = Color.yellow;\r
  64           }\r
  65         }\r
  66       }\r
  67 \r
  68       seq.setColor(c);\r
  69   }\r
  70    public Color findColour(String s, int i, java.util.Vector whatever)\r
  71    {\r
  72      Color c = null;\r
  73      if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null)\r
  74      {\r
  75        if (fullConservation(i)) {\r
  76          if (byResidue) {\r
  77            c = findColour(null,s,i);\r
  78           } else {\r
  79             c = Color.red;\r
  80           }\r
  81        } else {\r
  82          if (byResidue) {\r
  83 \r
  84            int tmp = 10;\r
  85            int t = 0;\r
  86            try\r
  87              {t=Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().substring(i,i+1));}\r
  88              catch(NumberFormatException ex){\r
  89                System.out.println("fix this bug, conserveColourScheme");\r
  90                t=0;\r
  91              }\r
  92            c = findColour(null,s,i);\r
  93 \r
  94             while (tmp >= t) {\r
  95              //      c = c.darker();\r
  96              c = lighter(c,inc);\r
  97               tmp--;\r
  98             }\r
  99          } else {\r
 100          c = Color.yellow;\r
 101          }\r
 102        }\r
 103      }\r
 104      return c;\r
 105    }\r
 106 \r
 107   public Color findColour(DrawableSequence seq, String s, int j) {\r
 108     return cs.findColour( s, -1, null);\r
 109   }\r
 110   public boolean fullConservation(int j) {\r
 111     String tmp = conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1);\r
 112     if (tmp.equals("*")) return true; else return false;\r
 113   }\r
 114   public boolean aboveThreshold(DrawableSequence seq, int j, int threshold) {\r
 115     String tmp = conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1);\r
 116 \r
 117     if (Integer.parseInt(tmp) >= threshold || tmp.equals("*")) {\r
 118       return true;\r
 119     } else {\r
 120       return false;\r
 121     }\r
 122   }\r
 123 \r
 124   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
 125     int red = c.getRed();\r
 126     int blue = c.getBlue();\r
 127     int green = c.getGreen();\r
 128 \r
 129     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
 130     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
 131     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
 132 \r
 133     return new Color(red,green,blue);\r
 134   }\r
 135 \r
 136 }\r