RefreshPanels after a colour change
[jalview.git] / src / jalview / schemes / ConservationColourScheme.java
1 /* Jalview - a java multiple alignment editor\r
2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp\r
3  *\r
4  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
5  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
6  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
7  * of the License, or (at your option) any later version.\r
8  *\r
9  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
10  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
11  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
12  * GNU General Public License for more details.\r
13  *\r
14  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
15  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.\r
17  */\r
18 \r
19 package jalview.schemes;\r
20 import java.awt.*;\r
21 import jalview.gui.*;\r
22 import jalview.datamodel.*;\r
23 import jalview.analysis.*;\r
24 \r
25 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
26   public Conservation conserve;\r
27   boolean byResidue = true;\r
28   public ColourSchemeI cs;\r
29   public int inc = 30;\r
30   int colourThreshold =  7;\r
31 \r
32   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)\r
33   {\r
34     super();\r
35     conserve = cons;\r
36     cs = oldcs;\r
37   }\r
38 \r
39   public void setColours(DrawableSequence seq, int j) {\r
40     Color c = Color.white;\r
41     String s = seq.getSequence().substring(j,j+1);\r
42 \r
43       if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null) {\r
44         if (fullConservation(j)) {\r
45           if (byResidue) {\r
46             c = findColour(seq,s,j);\r
47            } else {\r
48              c = Color.red;\r
49            }\r
50         } else {\r
51           if (byResidue) {\r
52 \r
53             int tmp = 10;\r
54             int t = Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1));\r
55             c = findColour(seq,s,j);\r
56 \r
57              while (tmp >= t) {\r
58               //      c = c.darker();\r
59               c = lighter(c,inc);\r
60                tmp--;\r
61              }\r
62           } else {\r
63           c = Color.yellow;\r
64           }\r
65         }\r
66       }\r
67 \r
68       seq.setColor(c);\r
69   }\r
70    public Color findColour(String s, int i, java.util.Vector whatever)\r
71    {\r
72      Color c = null;\r
73      if (colourThreshold > 0 && conserve.getConsSequence() != null)\r
74      {\r
75        if (fullConservation(i)) {\r
76          if (byResidue) {\r
77            c = findColour(null,s,i);\r
78           } else {\r
79             c = Color.red;\r
80           }\r
81        } else {\r
82          if (byResidue) {\r
83 \r
84            int tmp = 10;\r
85            int t = 0;\r
86            try\r
87              {t=Integer.parseInt(conserve.getConsSequence().getSequence().substring(i,i+1));}\r
88              catch(NumberFormatException ex){\r
89                System.out.println("fix this bug, conserveColourScheme");\r
90                t=0;\r
91              }\r
92            c = findColour(null,s,i);\r
93 \r
94             while (tmp >= t) {\r
95              //      c = c.darker();\r
96              c = lighter(c,inc);\r
97               tmp--;\r
98             }\r
99          } else {\r
100          c = Color.yellow;\r
101          }\r
102        }\r
103      }\r
104      return c;\r
105    }\r
106 \r
107   public Color findColour(DrawableSequence seq, String s, int j) {\r
108     return cs.findColour( s, -1, null);\r
109   }\r
110   public boolean fullConservation(int j) {\r
111     String tmp = conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1);\r
112     if (tmp.equals("*")) return true; else return false;\r
113   }\r
114   public boolean aboveThreshold(DrawableSequence seq, int j, int threshold) {\r
115     String tmp = conserve.getConsSequence().getSequence().substring(j,j+1);\r
116 \r
117     if (Integer.parseInt(tmp) >= threshold || tmp.equals("*")) {\r
118       return true;\r
119     } else {\r
120       return false;\r
121     }\r
122   }\r
123 \r
124   public Color lighter(Color c, int inc) {\r
125     int red = c.getRed();\r
126     int blue = c.getBlue();\r
127     int green = c.getGreen();\r
128 \r
129     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}\r
130     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}\r
131     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}\r
132 \r
133     return new Color(red,green,blue);\r
134   }\r
135 \r
136 }\r