src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.schemes;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import java.util.Vector;\r
  26 \r
  27 \r
  28 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {\r
  29     public Conservation conserve;\r
  30     public ColourSchemeI cs;\r
  31     public int inc = 30;\r
  32 \r
  33     public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs) {\r
  34         super();\r
  35         conserve = cons;\r
  36         cs = oldcs;\r
  37     }\r
  38 \r
  39     public void setConsensus(Vector consensus) {\r
  40         this.consensus = consensus;\r
  41 \r
  42         if (cs != null) {\r
  43             cs.setConsensus(consensus);\r
  44         }\r
  45     }\r
  46 \r
  47     public Color findColour(String s, int i) {\r
  48         Color c = Color.white;\r
  49 \r
  50         if (cs == null) {\r
  51             return c;\r
  52         }\r
  53 \r
  54         char ch = conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i);\r
  55 \r
  56         if ((ch == '*') || (ch == '+')) {\r
  57             c = cs.findColour(s, i);\r
  58         } else {\r
  59             int tmp = 10;\r
  60             int t = 0;\r
  61 \r
  62             if (!jalview.util.Comparison.isGap(ch)) {\r
  63                 t = Integer.parseInt(ch + "");\r
  64             }\r
  65 \r
  66             c = cs.findColour(s, i);\r
  67 \r
  68             while (tmp >= t) {\r
  69                 c = lighter(c, inc);\r
  70                 tmp--;\r
  71             }\r
  72         }\r
  73 \r
  74         return c;\r
  75     }\r
  76 \r
  77     public Color lighter(Color c, int inc) {\r
  78         int red = c.getRed();\r
  79         int blue = c.getBlue();\r
  80         int green = c.getGreen();\r
  81 \r
  82         if (red < (255 - inc)) {\r
  83             red = red + inc;\r
  84         } else {\r
  85             red = 255;\r
  86         }\r
  87 \r
  88         if (blue < (255 - inc)) {\r
  89             blue = blue + inc;\r
  90         } else {\r
  91             blue = 255;\r
  92         }\r
  93 \r
  94         if (green < (255 - inc)) {\r
  95             green = green + inc;\r
  96         } else {\r
  97             green = 255;\r
  98         }\r
  99 \r
 100         return new Color(red, green, blue);\r
 101     }\r
 102 }\r