src/jalview/schemes/ConservationColourScheme.java

   1 /* Jalview - a java multiple alignment editor
   2  * Copyright (C) 1998  Michele Clamp
   3  *
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  13  *
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  15  * along with this program; if not, write to the Free Software
  16  * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA  02111-1307, USA.
  17  */
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  19 package jalview.schemes;
  20 import java.awt.*;
  21 import jalview.gui.*;
  22 import jalview.datamodel.*;
  23 import jalview.analysis.*;
  24 import java.util.Vector;
  25
  26 public class ConservationColourScheme extends ResidueColourScheme {
  27   public Conservation conserve;
  28   public ColourSchemeI cs;
  29   public int inc = 30;
  30
  31   public ConservationColourScheme(Conservation cons, ColourSchemeI oldcs)
  32   {
  33     super();
  34     conserve = cons;
  35     cs = oldcs;
  36   }
  37
  38   public void setConsensus(Vector consensus)
  39   {
  40     this.consensus = consensus;
  41     cs.setConsensus(consensus);
  42   }
  43
  44    public Color findColour(String s, int i)
  45    {
  46      Color c = Color.white;
  47      if (cs == null)
  48        return c;
  49
  50      char ch = conserve.getConsSequence().getSequence().charAt(i);
  51      if (ch == '*' || ch == '+')
  52      {
  53        c = cs.findColour(s, i);
  54      }
  55      else
  56      {
  57        int tmp = 10;
  58        int t = 0;
  59        if (!jalview.util.Comparison.isGap(ch))
  60          t = Integer.parseInt(ch + "");
  61
  62        c = cs.findColour(s, i);
  63
  64        while (tmp >= t)
  65        {
  66          c = lighter(c, inc);
  67          tmp--;
  68        }
  69
  70      }
  71
  72    return c;
  73    }
  74
  75
  76   public Color lighter(Color c, int inc) {
  77     int red = c.getRed();
  78     int blue = c.getBlue();
  79     int green = c.getGreen();
  80
  81     if (red < 255-inc) { red = red +inc;} else {red = 255;}
  82     if (blue < 255-inc) { blue = blue +inc;} else {blue = 255;}
  83     if (green < 255-inc) { green = green +inc;} else {green = 255;}
  84
  85     return new Color(red,green,blue);
  86   }
  87
  88 }