src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.schemes;
  19
  20 import java.awt.*;
  21 import java.util.Hashtable;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24
  25 /**
  26  * Became RNAHelicesColour.java. Placeholder for true covariation color scheme
  27  *
  28  * @author Lauren Michelle Lui
  29  * @version 2.5
  30  */
  31 public class CovariationColourScheme extends ResidueColourScheme
  32 {
  33   public Hashtable helixcolorhash = new Hashtable();
  34
  35   public Hashtable positionsToHelix = new Hashtable();
  36
  37   int numHelix = 0;
  38
  39   public AlignmentAnnotation annotation;
  40
  41   /**
  42    * Creates a new CovariationColourScheme object.
  43    */
  44   public CovariationColourScheme(AlignmentAnnotation annotation)
  45   {
  46     this.annotation = annotation;
  47
  48     for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
  49     {
  50       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
  51       // this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
  52       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  53       // pairs.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  54       // this.annotation._rnasecstr[x].getEnd());
  55
  56       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  57               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  58       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
  59               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  60
  61       if (Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup()) > numHelix)
  62       {
  63         numHelix = Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x]
  64                 .getFeatureGroup());
  65       }
  66
  67     }
  68
  69     for (int j = 0; j <= numHelix; j++)
  70     {
  71       helixcolorhash.put(Integer.toString(j),
  72               jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white));
  73     }
  74
  75   }
  76
  77   /**
  78    * DOCUMENT ME!
  79    *
  80    * @param n
  81    *          DOCUMENT ME!
  82    *
  83    * @return DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public Color findColour(char c)
  86   {
  87     // System.out.println("called"); log.debug
  88     // Generate a random pastel color
  89
  90     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];// jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white);
  91   }
  92
  93   /**
  94    * DOCUMENT ME!
  95    *
  96    * @param n
  97    *          DOCUMENT ME!
  98    * @param j
  99    *          DOCUMENT ME!
 100    *
 101    * @return DOCUMENT ME!
 102    */
 103   public Color findColour(char c, int j)
 104   {
 105     Color currentColour = Color.white;
 106     String currentHelix = null;
 107     // System.out.println(c + " " + j);
 108     currentHelix = (String) positionsToHelix.get(j);
 109     // System.out.println(positionsToHelix.get(j));
 110
 111     if (currentHelix != null)
 112     {
 113       currentColour = (Color) helixcolorhash.get(currentHelix);
 114     }
 115
 116     // System.out.println(c + " " + j + " helix " + currentHelix + " " +
 117     // currentColour);
 118     return currentColour;
 119   }
 120
 121 }