JAL-2668 fix broken factory method for colour scheme
[jalview.git] / src / jalview / schemes / CovariationColourScheme.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
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9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
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14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.schemes;
22
23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
24 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
25 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
26 import jalview.datamodel.SequenceI;
27 import jalview.util.ColorUtils;
28
29 import java.awt.Color;
30 import java.util.Hashtable;
31 import java.util.Map;
32
33 /**
34  * Became RNAHelicesColour.java. Placeholder for true covariation color scheme
35  * 
36  * @author Lauren Michelle Lui
37  * @version 2.5
38  */
39 public class CovariationColourScheme extends ResidueColourScheme
40 {
41   public Map<String, Color> helixcolorhash = new Hashtable<String, Color>();
42
43   public Map<Integer, String> positionsToHelix = new Hashtable<Integer, String>();
44
45   int numHelix = 0;
46
47   public AlignmentAnnotation annotation;
48
49   /**
50    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
51    * be coloured
52    */
53   @Override
54   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
55           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
56   {
57     return new CovariationColourScheme(coll.getAlignmentAnnotation()[0]);
58   }
59
60   /**
61    * Creates a new CovariationColourScheme object.
62    */
63   public CovariationColourScheme(AlignmentAnnotation annotation)
64   {
65     this.annotation = annotation;
66
67     for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
68     {
69       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
70       // this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
71       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
72       // pairs.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
73       // this.annotation._rnasecstr[x].getEnd());
74
75       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
76               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
77       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
78               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
79
80       if (Integer.parseInt(
81               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup()) > numHelix)
82       {
83         numHelix = Integer
84                 .parseInt(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
85       }
86
87     }
88
89     for (int j = 0; j <= numHelix; j++)
90     {
91       helixcolorhash.put(String.valueOf(j),
92               ColorUtils.generateRandomColor(Color.white));
93     }
94
95   }
96
97   /**
98    * DOCUMENT ME!
99    * 
100    * @param n
101    *          DOCUMENT ME!
102    * 
103    * @return DOCUMENT ME!
104    */
105   @Override
106   public Color findColour(char c)
107   {
108     // System.out.println("called"); log.debug
109     // Generate a random pastel color
110
111     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];// jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white);
112   }
113
114   /**
115    * DOCUMENT ME!
116    * 
117    * @param n
118    *          DOCUMENT ME!
119    * @param j
120    *          DOCUMENT ME!
121    * 
122    * @return DOCUMENT ME!
123    */
124   public Color findColour(char c, int j)
125   {
126     Color currentColour = Color.white;
127     String currentHelix = null;
128     // System.out.println(c + " " + j);
129     currentHelix = positionsToHelix.get(j);
130     // System.out.println(positionsToHelix.get(j));
131
132     if (currentHelix != null)
133     {
134       currentColour = helixcolorhash.get(currentHelix);
135     }
136
137     // System.out.println(c + " " + j + " helix " + currentHelix + " " +
138     // currentColour);
139     return currentColour;
140   }
141
142   @Override
143   public boolean isNucleotideSpecific()
144   {
145     return true;
146   }
147
148   @Override
149   public String getSchemeName()
150   {
151     return "Covariation";
152   }
153
154   @Override
155   public boolean isSimple()
156   {
157     return false;
158   }
159 }