src/jalview/schemes/HMMERAlignmentColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   4 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   5 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.util.ColorUtils;
   8 import jalview.util.Comparison;
   9
  10 import java.awt.Color;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Map;
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  14 public class HMMERAlignmentColourScheme extends ResidueColourScheme
  15 {
  16
  17   AnnotatedCollectionI alignment;
  18
  19   HiddenMarkovModel hmm;
  20
  21   boolean peptideSpecific;
  22
  23   boolean nucleotideSpecific;
  24
  25   public HMMERAlignmentColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  26   {
  27     hmm = markov;
  28   }
  29
  30   public HMMERAlignmentColourScheme()
  31   {
  32
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  37           String consensusResidue, float pid)
  38   {
  39     if (hmm == null)
  40     {
  41       return Color.white;
  42     }
  43     return findColour(symbol, position);
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Returns the colour at a particular symbol at a column in the alignment.
  48    *
  49    * @param symbol
  50    * @param position
  51    * @return Red for an insertion, white for a gap, orange for a negative
  52    *         information content, white to blue for increasing information
  53    *         content.
  54    */
  55   private Color findColour(char symbol, int position)
  56   {
  57
  58     if (Comparison.isGap(symbol))
  59     {
  60       return Color.white;
  61     }
  62     if (Character.isLowerCase(symbol))
  63     {
  64       symbol = Character.toUpperCase(symbol);
  65     }
  66     Double prob;
  67     prob = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  68     double freq = 0;
  69     String alpha = hmm.getAlphabetType();
  70     if (!ResidueProperties.backgroundFrequencies.get(alpha)
  71             .containsKey(symbol))
  72     {
  73       return Color.white;
  74     }
  75     else
  76     {
  77       freq = ResidueProperties.backgroundFrequencies.get(alpha).get(symbol);
  78     }
  79     if (prob == 0)
  80     {
  81       return new Color(230, 0, 0);
  82     }
  83     Double value = Math.log(prob / freq);
  84     Color colour = null;
  85     if (value > 0)
  86     {
  87
  88       colour = ColorUtils.getGraduatedColour(value.floatValue(), 0,
  89               Color.WHITE, 4.52f, Color.blue);
  90     }
  91     else if (value < 0)
  92     {
  93       return Color.ORANGE;
  94
  95     }
  96     return colour;
  97
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
 102           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 103   {
 104     List<SequenceI> seqs = collection.getSequences();
 105     for (SequenceI seq : seqs)
 106     {
 107       if (seq.isHMMConsensusSequence())
 108       {
 109         hmm = seq.getHMM();
 110         break;
 111       }
 112     }
 113
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
 118           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 119   {
 120     HiddenMarkovModel markov = null;
 121     List<SequenceI> seqs = sg.getSequences();
 122     for (SequenceI seq : seqs)
 123     {
 124       if (seq.getHMM() != null)
 125       {
 126         markov = seq.getHMM();
 127         break;
 128       }
 129     }
 130     HMMERColourScheme colour = new HMMERColourScheme(markov);
 131     return colour;
 132
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 137   {
 138     return true;
 139
 140   }
 141
 142   @Override
 143   public String getSchemeName()
 144   {
 145
 146     return JalviewColourScheme.HMMERA.name();
 147   }
 148
 149   @Override
 150   public boolean isSimple()
 151   {
 152     return false;
 153   }
 154
 155 }
 156