src/jalview/schemes/HMMERColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.util.ColorUtils;
   9 import jalview.util.Comparison;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 public class HMMERColourScheme extends ResidueColourScheme
  15 {
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  17   AnnotatedCollectionI alignment;
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  19   HiddenMarkovModel hmm;
  20
  21   boolean peptideSpecific;
  22
  23   boolean nucleotideSpecific;
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  25   public HMMERColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  26   {
  27     hmm = markov;
  28   }
  29   public HMMERColourScheme()
  30   {
  31
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  36           String consensusResidue, float pid)
  37   {
  38     if (hmm ==null)
  39     {
  40       return Color.white;
  41     }
  42     return findColour(symbol, position);
  43   }
  44
  45   public Color findColour(char symbol, int position)
  46   {
  47
  48     if (Comparison.isGap(symbol))
  49     {
  50       return Color.white;
  51     }
  52     Double prob;
  53     prob = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  54     double freq = 0;
  55     if ("amino".equals(hmm.getAlphabetType()))
  56     {
  57       if (!ResidueProperties.aminoBackgroundFrequencies.containsKey(symbol))
  58       {
  59         return Color.white;
  60       }
  61       freq = ResidueProperties.aminoBackgroundFrequencies.get(symbol);
  62     }
  63     else if ("DNA".equals(hmm.getAlphabetType()))
  64     {
  65       if (!ResidueProperties.dnaBackgroundFrequencies.containsKey(symbol))
  66       {
  67         return Color.white;
  68       }
  69       freq = ResidueProperties.dnaBackgroundFrequencies.get(symbol);
  70     }
  71     else if ("RNA".equals(hmm.getAlphabetType()))
  72     {
  73       if (!ResidueProperties.rnaBackgroundFrequencies.containsKey(symbol))
  74       {
  75         return Color.white;
  76       }
  77       freq = ResidueProperties.rnaBackgroundFrequencies.get(symbol);
  78     }
  79     if (prob == 0)
  80     {
  81       return Color.red;
  82     }
  83     Double value = Math.log(prob / freq);
  84     Color colour = null;
  85     if (value > 0)
  86     {
  87
  88       colour = ColorUtils.getGraduatedColour(value.floatValue(), 0,
  89               Color.WHITE, 3f, Color.blue);
  90     }
  91     else if (value < 0)
  92     {
  93       return Color.ORANGE;
  94
  95     }
  96     return colour;
  97
  98   }
  99
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 105   @Override
 106   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
 107           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 108   {
 109     AlignmentAnnotation[] annArr = collection.getAlignmentAnnotation();
 110     for (AlignmentAnnotation ann : annArr)
 111     {
 112       if (ann.label.indexOf("Information Content") > -1)
 113       {
 114         hmm = ann.getHMM();
 115       }
 116     }
 117
 118   }
 119
 120   @Override
 121   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
 122           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 123   {
 124     HiddenMarkovModel markov = null;
 125     AlignmentAnnotation[] annArr = sg.getAlignmentAnnotation();
 126     for (AlignmentAnnotation ann : annArr)
 127     {
 128       if (ann.label.indexOf("Information Content") > -1)
 129       {
 130         markov = ann.getHMM();
 131       }
 132     }
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 135
 136
 137
 138     HMMERColourScheme colour = new HMMERColourScheme(markov);
 139     return colour;
 140
 141   }
 142
 143   @Override
 144   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 145   {
 146       return true;
 147
 148   }
 149
 150   @Override
 151   public String getSchemeName()
 152   {
 153
 154     return JalviewColourScheme.HMMER.name();
 155   }
 156
 157   @Override
 158   public boolean isSimple()
 159   {
 160     // TODO Auto-generated method stub
 161     return false;
 162   }
 163
 164 }