src/jalview/schemes/HMMERColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.util.ColorUtils;
   9 import jalview.util.Comparison;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12 import java.util.Map;
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  14 public class HMMERColourScheme extends ResidueColourScheme
  15 {
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  17   AnnotatedCollectionI alignment;
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  19   HiddenMarkovModel hmm;
  20
  21   boolean peptideSpecific;
  22
  23   boolean nucleotideSpecific;
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  25   public HMMERColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  26   {
  27     hmm = markov;
  28   }
  29   public HMMERColourScheme()
  30   {
  31
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  36           String consensusResidue, float pid)
  37   {
  38     if (hmm ==null)
  39     {
  40       return Color.white;
  41     }
  42     return findColour(symbol, position);
  43   }
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  45   public Color findColour(char symbol, int position)
  46   {
  47
  48     if (Comparison.isGap(symbol))
  49     {
  50       return Color.white;
  51     }
  52     Double prob;
  53     prob = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  54     double freq = ResidueProperties.aminoBackgroundFrequencies.get(symbol);
  55     Double value = prob - freq;
  56
  57     Color colour = null;
  58     if (value >= 0)
  59     {
  60
  61       colour = ColorUtils.getGraduatedColour(value.floatValue(), 0,
  62               Color.WHITE, 1f, Color.green);
  63     }
  64     else if (value < 0)
  65     {
  66       return Color.YELLOW;
  67
  68     }
  69     return colour;
  70
  71   }
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  78   @Override
  79   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
  80           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  81   {
  82     AlignmentAnnotation[] annArr = collection.getAlignmentAnnotation();
  83     for (AlignmentAnnotation ann : annArr)
  84     {
  85       if (ann.label.indexOf("Information Content") > -1)
  86       {
  87         hmm = ann.getHMM();
  88       }
  89     }
  90
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
  95           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
  96   {
  97     HiddenMarkovModel markov = null;
  98     AlignmentAnnotation[] annArr = sg.getAlignmentAnnotation();
  99     for (AlignmentAnnotation ann : annArr)
 100     {
 101       if (ann.label.indexOf("Information Content") > -1)
 102       {
 103         markov = ann.getHMM();
 104       }
 105     }
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 110
 111     HMMERColourScheme colour = new HMMERColourScheme(markov);
 112     return colour;
 113
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 118   {
 119       return true;
 120
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public String getSchemeName()
 125   {
 126
 127     return JalviewColourScheme.HMMER.name();
 128   }
 129
 130   @Override
 131   public boolean isSimple()
 132   {
 133     // TODO Auto-generated method stub
 134     return false;
 135   }
 136
 137 }