src/jalview/schemes/HMMERColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   4 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   5 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 import java.awt.Color;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 public class HMMERColourScheme extends ResidueColourScheme
  12 {
  13
  14   AnnotatedCollectionI alignment;
  15
  16   HiddenMarkovModel hmm;
  17
  18   boolean peptideSpecific;
  19
  20   boolean nucleotideSpecific;
  21
  22   public HMMERColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  23   {
  24     hmm = markov;
  25   }
  26   public HMMERColourScheme()
  27   {
  28
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  33           String consensusResidue, float pid)
  34   {
  35     if (hmm ==null)
  36     {
  37       return new Color(255, 255, 255);
  38     }
  39     return findColour(symbol, position);
  40   }
  41
  42   public Color findColour(char symbol, int position)
  43   {
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  46     Double probability;
  47     probability = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  48     // Double redModifier = Math.pow(probability, 0.9);
  49     Double doubleGreenModifier;
  50     float greenModifier;
  51     if (probability < 0.5)
  52     {
  53       doubleGreenModifier = probability;
  54       greenModifier = doubleGreenModifier.floatValue();
  55     }
  56     else
  57     {
  58       doubleGreenModifier = Math.pow(probability, 1 / 1.9);
  59       greenModifier = doubleGreenModifier.floatValue();
  60     }
  61     // Double blueModifier = Math.pow(probability, 0.9);
  62     return new Color(1f, 1f - greenModifier, 0.f);
  63
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
  68           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  69   {
  70
  71     collection.setHMM(hmm);
  72   }
  73
  74   @Override
  75   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
  76           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
  77   {
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  79
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  82
  83     HMMERColourScheme markov = new HMMERColourScheme(sg.getHMM());
  84     return markov;
  85   }
  86
  87   @Override
  88   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
  89   {
  90       return true;
  91
  92   }
  93
  94   @Override
  95   public String getSchemeName()
  96   {
  97
  98     return JalviewColourScheme.HMMER.name();
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public boolean isSimple()
 103   {
 104     // TODO Auto-generated method stub
 105     return false;
 106   }
 107
 108 }