src/jalview/schemes/HMMERColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   4 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   5 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7 import jalview.util.ColorUtils;
   8 import jalview.util.Comparison;
   9
  10 import java.awt.Color;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 public class HMMERColourScheme extends ResidueColourScheme
  15 {
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  17   AnnotatedCollectionI alignment;
  18
  19   HiddenMarkovModel hmm;
  20
  21   boolean peptideSpecific;
  22
  23   boolean nucleotideSpecific;
  24
  25   public HMMERColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  26   {
  27     hmm = markov;
  28   }
  29   public HMMERColourScheme()
  30   {
  31
  32   }
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  35   @Override
  36   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  37           String consensusResidue, float pid)
  38   {
  39     if (hmm ==null)
  40     {
  41       return Color.white;
  42     }
  43     return findColour(symbol, position);
  44   }
  45
  46   /**
  47    * Returns the colour at a particular symbol at a column in the alignment.
  48    *
  49    * @param symbol
  50    * @param position
  51    * @return Red for an insertion, white for a gap, orange for a negative
  52    *         information content, white to blue for increasing information
  53    *         content.
  54    */
  55   private Color findColour(char symbol, int position)
  56   {
  57
  58     if (Comparison.isGap(symbol))
  59     {
  60       return Color.white;
  61     }
  62     if (Character.isLowerCase(symbol))
  63     {
  64       return new Color(230, 0, 0);
  65     }
  66     Double prob;
  67     prob = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  68     double freq = 0;
  69     String alpha = hmm.getAlphabetType();
  70     if (!ResidueProperties.backgroundFrequencies.get(alpha).containsKey(symbol))
  71     {
  72       return Color.white;
  73     }
  74     else
  75     {
  76       freq = ResidueProperties.backgroundFrequencies.get(alpha).get(symbol);
  77     }
  78     if (prob == 0)
  79     {
  80       return new Color(230, 0, 0);
  81     }
  82     Double value = Math.log(prob / freq);
  83     Color colour = null;
  84     if (value > 0)
  85     {
  86
  87       colour = ColorUtils.getGraduatedColour(value.floatValue(), 0,
  88               Color.WHITE, 4.52f, Color.blue);
  89     }
  90     else if (value < 0)
  91     {
  92       return Color.ORANGE;
  93
  94     }
  95     return colour;
  96
  97   }
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 104   @Override
 105   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
 106           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
 107   {
 108           List<SequenceI> seqs = collection.getSequences();
 109             for (SequenceI seq : seqs)
 110             {
 111               if (seq.getHMM() != null)
 112               {
 113                 hmm = seq.getHMM();
 114                 break;
 115               }
 116             }
 117
 118   }
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 120
 121
 122   @Override
 123   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
 124           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
 125   {
 126           HiddenMarkovModel markov = null;
 127             List<SequenceI> seqs = sg.getSequences();
 128             for (SequenceI seq : seqs)
 129             {
 130               if (seq.getHMM() != null)
 131               {
 132                 markov = seq.getHMM();
 133                 break;
 134               }
 135             }
 136             HMMERColourScheme colour = new HMMERColourScheme(markov);
 137             return colour;
 138
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 143   {
 144       return true;
 145
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public String getSchemeName()
 150   {
 151
 152     return JalviewColourScheme.HMMER.name();
 153   }
 154
 155   @Override
 156   public boolean isSimple()
 157   {
 158     return false;
 159   }
 160
 161 }