src/jalview/schemes/HMMERColourScheme.java

   1 package jalview.schemes;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
   5 import jalview.datamodel.HiddenMarkovModel;
   6 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
   7 import jalview.datamodel.SequenceI;
   8 import jalview.util.ColorUtils;
   9 import jalview.util.Comparison;
  10
  11 import java.awt.Color;
  12 import java.util.Map;
  13
  14 public class HMMERColourScheme extends ResidueColourScheme
  15 {
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  17   AnnotatedCollectionI alignment;
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  19   HiddenMarkovModel hmm;
  20
  21   boolean peptideSpecific;
  22
  23   boolean nucleotideSpecific;
  24
  25   public HMMERColourScheme(HiddenMarkovModel markov)
  26   {
  27     hmm = markov;
  28   }
  29   public HMMERColourScheme()
  30   {
  31
  32   }
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  34   @Override
  35   public Color findColour(char symbol, int position, SequenceI seq,
  36           String consensusResidue, float pid)
  37   {
  38     if (hmm ==null)
  39     {
  40       return Color.white;
  41     }
  42     return findColour(symbol, position);
  43   }
  44
  45   public Color findColour(char symbol, int position)
  46   {
  47
  48     if (Comparison.isGap(symbol))
  49     {
  50       return Color.white;
  51     }
  52     Double prob;
  53     prob = hmm.getMatchEmissionProbability(position, symbol);
  54     if (prob == 0)
  55     {
  56       return Color.red;
  57     }
  58     double freq = ResidueProperties.aminoBackgroundFrequencies.get(symbol);
  59     Double value = Math.log(prob / freq);
  60     Color colour = null;
  61     if (value > 0)
  62     {
  63
  64       colour = ColorUtils.getGraduatedColour(value.floatValue(), 0,
  65               Color.WHITE, 3f, Color.blue);
  66     }
  67     else if (value < 0)
  68     {
  69       return Color.ORANGE;
  70
  71     }
  72     return colour;
  73
  74   }
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  81   @Override
  82   public void alignmentChanged(AnnotatedCollectionI collection,
  83           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenReps)
  84   {
  85     AlignmentAnnotation[] annArr = collection.getAlignmentAnnotation();
  86     for (AlignmentAnnotation ann : annArr)
  87     {
  88       if (ann.label.indexOf("Information Content") > -1)
  89       {
  90         hmm = ann.getHMM();
  91       }
  92     }
  93
  94   }
  95
  96   @Override
  97   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI sg,
  98           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hiddenRepSequences)
  99   {
 100     HiddenMarkovModel markov = null;
 101     AlignmentAnnotation[] annArr = sg.getAlignmentAnnotation();
 102     for (AlignmentAnnotation ann : annArr)
 103     {
 104       if (ann.label.indexOf("Information Content") > -1)
 105       {
 106         markov = ann.getHMM();
 107       }
 108     }
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 113
 114     HMMERColourScheme colour = new HMMERColourScheme(markov);
 115     return colour;
 116
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public boolean isApplicableTo(AnnotatedCollectionI ac)
 121   {
 122       return true;
 123
 124   }
 125
 126   @Override
 127   public String getSchemeName()
 128   {
 129
 130     return JalviewColourScheme.HMMER.name();
 131   }
 132
 133   @Override
 134   public boolean isSimple()
 135   {
 136     // TODO Auto-generated method stub
 137     return false;
 138   }
 139
 140 }