src/jalview/schemes/HelixColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
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  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AnnotatedCollectionI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.util.Map;
  29
  30 public class HelixColourScheme extends ScoreColourScheme
  31 {
  32   public HelixColourScheme()
  33   {
  34     super(ResidueProperties.aaIndex, ResidueProperties.helix,
  35             ResidueProperties.helixmin, ResidueProperties.helixmax);
  36   }
  37
  38   @Override
  39   public Color makeColour(float c)
  40   {
  41     return new Color(c, (float) 1.0 - c, c);
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public boolean isPeptideSpecific()
  46   {
  47     return true;
  48   }
  49
  50   @Override
  51   public String getSchemeName()
  52   {
  53     return JalviewColourScheme.Helix.toString();
  54   }
  55
  56   /**
  57    * Returns a new instance of this colour scheme with which the given data may
  58    * be coloured
  59    */
  60   @Override
  61   public ColourSchemeI getInstance(AnnotatedCollectionI coll,
  62           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> hrs)
  63   {
  64     return new HelixColourScheme();
  65   }
  66 }